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비영리법인의 이자소득에 대하여는 법인세 과세표준 및 세액을 신고하거나, 이자소득 수령 시 원천징수된 것으로 법인세 납세의무가 종결되는 방법 중 하나를 법인이 선택할 수 있는 것임.

[회신] 비영리법인의 이자소득에 대하여는 법인세법 제60조의 규정에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 신고하거나 같은법 제62조의 특례규정에 의하여 이자소득 수령시 원천징수된 것으로 법인세 납세의무가 종결되는 방법중 하나를 법인이 선택할 수 있는 것이며, 다만, 이 경우 납부하여야 할 원천징수세액을 미납한 경우에는 미납세액을 자진납부하거나, 당해 환급할 세액에서 충당할 수 있는 것입니다. 1. 질의내용 요약 본 질의자는 교회 재정실무 자로서 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 비영리단체로 승인(비영리 사업자등록필증)을 받고 교회(단체) 운영관리기금의 이자소득원천세 선납급의 환급신청에 대하여 사업년도 법인세신고(이자소득만 있음)시 아래와 같이 양설이 있사오니 어느것이 정설인지 회신하여 주시기 원합니다. 아 래 “갑” 설 : 비영리 종교단체(교회)도 비영리단체(법인)로 승인된 대표자는 근로소득 원천징수 의무를 행하여야만 이자소득에 대한 원천소득세 환급이 가능하다. “을” 설 : 비영리 종교단체(교회) 대표자는 근로소득 원천징수 의무를 이행하지 않아도 사업년도 법인세신고(이자소득만 있음)를 하면 이자소득 원천세 환급이 된다. (★일선 법인담당에 따라 해석이 다르게 시행되고 있음) 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득” 이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다. (1998. 12. 31 개정) ② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. (1998. 12. 31 개정) ○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】 ① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. (1976. 12. 22 개정) ② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제3호의 국세에의 충당은 세법에 의하여 세무서장에게 제출하는 계산서류에 납세자가 그 국세에 충당받고자 하는 뜻을 부기한 경우에 한한다. (1996. 12. 30 단서개정) 1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세 2. 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비 3. 세법에 의하여 자진납부하는 국세 4. 삭 제 (1996. 12. 30) ③ 납세자가 세법에 의하여 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 이를 제2항 제3호의 국세에 충당하기 위하여 청구를 할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 당해 국세를 납부한 것으로 본다. (1996. 12. 30 신설) ○ 국세기본법시행령 제31조 【국세환급금등의 충당통지】 세무서장은 법 제51조 제2항의 규정에 의하여 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 다른 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당한 때에는 그 뜻을 기재한 문서로 당해 납세자에게 통지하여야 한다. (1977. 8. 20 개정) ○ 국세기본법시행령 제33조 【국세환급금등의 환급】 ① 세무서장은 법 제51조의 규정에 의하여 국세환급금(국세환급가산금을 포함한다)을 충당하고, 잔여금이 있는 때에는 이를 지급명령관에게 통보하여 납세자에게 환급하게 하여야 한다. ② 세무서장은 제1항의 통보와 동시에 당해 연도의 소관세입금 중에서 환급에 필요한 금액을 한국은행 또는 국고대리점에 설치된 지급명령관의 국세환급금 지급계정에 이체하도록 이체지시서에 의하여 한국은행 또는 국고대리점에 통지하여야 한다. (1981. 12. 31 개정) ③ 한국은행은 제2항의 이체지시서를 받은 때에는 지체없이 이체를 하고, 이를 이체필통지서에 의하여 지급명령관에게 통지하여야 한다. 다만, 지급명령관계정이 국고대리점에 설치되어 있는 경우에는 한국은행으로부터 자금이체를 받은 국고대리점이 이를 행한다. (1980. 12. 31 단서신설)