재경정시 국세환급금에 대한 환급가산금 추징여부

당초 부과처분에 대하여 감액경정을 한 후 당초 부과처분과 같은 내용으로 경정 하는 경우 감액경정을 취소함으로서 이를 소생시킬 수 없고, 새로운 부과처분으로서 과세하는 것이므로 감액경정시 기 지급한 환급가산금은 추징할 수 없는 것임

[회신] 기 회신한 기획재정부 조세정책과 46019-226 (2003.7.23.)호를 참고하기 바랍니다. ○ 기획재정부 조세정책과 46019-226, 2003.7.23. 당초 부과처분에 대하여 감액경정을 한 후 당초 부과처분과 같은 내용으로 경정하는 경우 감액경정을 취소함으로서 이를 소생시킬 수 없고, 새로운 부과처분으로서 과세하는 것이므로 감액경정시 기 지급한 환급가산금은 추징할 수 없는 것입니다. 1. 질의내용 요약 <사실관계> ○ 처분청은 아파트 신축 분양업을 영위하는 A법인에 대해 2006.11.~2006.12월 기 간 동안 법인제세 통합조사를 실시 공사 진행률을 재계산하여 수입금액을 경정함 ○ 수입금액 경정에 따라 2003~2004년 사업연도 법인세는 증액경정 고지하고 2005년 사업연도 법인세 2,360백만원 및 환급가산금 84백만원 환급결정하고 동 환급금은 2004년 사업연도 법인세 고지세액에 충당함(2007.02.05) ○ A법인은 이에 불복청구를 제기하여 2008.7월 조세심판원의 일부인용 결정(국심20 07서2064, 2008.07.18)으로 처분청은 공사진행률을 재계산하여 2003~2004년 사업연도 법인세는 환급(결정취소)하고 2005년 사업연도 법인세는 고지(환급 세액 취소 및 추가 증액경정)하고자 함 <질의내용> ○ 당초 납세자가 신고납부한 법인세를 조사결정시 감액 경정하여 환급하였으나, 심판결정에 따라 재경정시 증액 경정되어 고지하는 경우에 감액경정에 따라 지급한 환급가산금을 추징하여야 하는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 법령 ○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】 (2007. 12. 31. 제목개정) ① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다. (2003. 12. 30. 후단신설) ②～⑥ 생략 ⑦ 세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 「국세징수법」의 고지·독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다. <신설 1996.12.30, 2006.12.30> ○ 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】 (2007. 12. 31. 제목개정) 세무서장은 국세환급금을 제51조에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각 호에서 정하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다. (2007. 12. 31. 개정) 1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. (2000. 12. 29 개정) 2. (삭제, 2000. 12. 29.) 3. 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일 4. (삭제, 1979. 12. 28.) 5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일 6. 「소득세법」ㆍ「법인세법」ㆍ「부가가치세법」ㆍ「개별소비세법」ㆍ 「주세법」 또는 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」에 의한 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정을 원인으로 하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 지난 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급함에 있어서는 당해 결정일부터 30일이 지난 때 (2007. 12. 31. 개정) 7. 제45조의 2 제4항의 규정에 의한 경정청구에 의하여 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 원천징수의무자 또는 원천징수대상자에게 환급함에 있어서는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한으로부터 30일이 지난 때 (2007. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제76조 【가산세】(2005.12.31.법률 제7838호로 개정된 것) ① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법 인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (단서생략) 2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액 (1998. 12. 28 개정) 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다. (1998. 12. 28 개정) 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만，산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) 3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항ㆍ제31조 제4항 및 「조세특례제한법」에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 때 또는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때(당해 법인에게 귀책사유가 없는 경우에는 그러하지 아니하다)에는 다음 각 목의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액 (2005.12.31.개정) 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (2005. 12. 31. 개정) 나. 초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (2005.12.31. 개정) ○ 법인세법 부 칙 (2005. 12. 31. 법률 제7838호) 제1조 【시행일】이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. (단서생략) 제2조 【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 제17조 【가산세에 관한 적용례】① 제76조 제1항 제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 법인세를 납부하거나 징수하는 분부터 적용한다. 나. 관련 사례 ○ 대법원 2002.1.11.선고 2001다60767 원심에 의하면, 피고가 1999. 11. 13. 원고에게 반환한 금원은 원고가 이미 납부한 부담금 중 그에 관한 부과처분이 취소된 부분의 합계액에 불과하여, 동 금원만으로는 피고가 원고에게 지급하여야 할 '환급금 및 환급가산금' 전액에 변제충당하기에 부족함이 명백하며, 한편, 환급금의 성질은 일종의 부당이득이고(대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체판결, 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 등 참조), 환급금에 부담금의 납부일부터 실제 지급일까지의 기간 동안의 소정의 비율을 곱하여 산정되는 환급가산금은 부당이득에 대한 이자라고 할 것이므로, 환급가산금은 환급금과 별개의 독립한 것이 아니라 환급금 채권·채무에 대한 법정이자의 성격을 가지고 있다고 할 것인바, 위와 같은 제반 법리에 비추어 특별한 사정이 없는 한, 원고가 피고로부터 1999. 11. 13. 지급받은 위 금원도 민법상 법정변제충당의 법리에 따라 환급금의 이자에 해당하는 환급가산금에 먼저 변제충당되어야 할 것이며, 그 변제충당에 있어 변제자인 피고가 그 순서를 임의로 지정하여 환급금 원본의 변제에 충당할 수는 없다고 할 것이다. ○ 국심2007서 3700, 2008.04.24 구상이익과 관련된 납부불성실가산세를 보면, 청구법인이 쟁점사업연도 법인세 신고시 (△)구상이익을 익금산입하여 신고하였으나 처분청의 제1차경정시 이를 익금불산입하는 감액경정으로 2,170,015천원(환급가산금 제외)의 법인세 환급이 발생된 것을 2007.5.1. 국세심판결정○○에 따른 제2차경정으로 법인세 3,375,837천원의 고지세액이 발생되어 당초 환급한 법인세 2,170,015천원은 제1차경정일(2006.10.1)부터 제2차경정일(2007.6.11)까지 253일간을 미납된 것으로 보아야 할 것이나, 제2차경정 결과 구상이익과 관련된 청구법인의 당초 신고내용에 변화가 없었던 것으로 나타나고 있어 이에 대해 청구법인의 귀책사유를 묻기는 어려운 것으로 판단되므로 처분청이 구상이익과 관련된 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다. 이 경우 구상이익에 대한 법인세 상당액의 환급이 없었던 것으로 보아야 하므로 환급가산금에 대해서는 이를 회수하는 것이 타당한 것으로 판단된다. ○ 재정책-363, 2006.03.22 【제목】 미상장으로 인해 구조세감면규제법상 요건을 충족하지 못하여 법인세를 과세하고 재평가세를 취소하는 경우 재평가세 환급과 관련하여 가지급한 환급가산금은 전액 환수함 【질의】 생명보험회사의 미상장으로 구조세감면규제법의 요건을 충족하지 못하여 법인세를 과세하고 재평가세를 취소하는 경우 ｏ 자산재평가세 환급가산금 기산일. 〈갑설〉적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금이므로 그 법률의 시행일(2004.1.1.) 다음날부터 기산 〈을설〉납부일의 다음날부터 기산함이 타당 【회신】 귀 질의의 경우 자산재평가세의 환급에 따른 기 지급한 환급가산금은 전액 환수되어야 하는 것임. ○ 재조세 46019-226, 2003.7.23, 징세46101-491, 2003.10.28 당초부과처분에 대하여 감액경정을 한 후 당초 부과처분과 같은 내용으로 경정하는 경우 감액경정을 취소함으로써 이를 소생시킬 수 없고, 새로운 부과처분으로서 과세하는 것이므로 감액경정시 기지급한 환급가산금은 추징할 수 없는 것임. ○ 국심2007서 316, 2007.4.5, 국심2006중3852, 2007.7.27 청구법인이 납부한 재평가세는 구조세감면규제법 제56조의 2의 규정에 따라 적법하게 납부한 세금으로 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 부과가 취소된 경우에 해당되는 것으로 보기는 어려운 것으로 보여질 뿐만 아니라 동일한 자산재평가차익에 대하여 감면된 법인세 등을 과세하면서 납부한 재평가세를 환급하는 경우 법인세 등과 재평가세는 서로 밀접한 관련이 있는 것으로 판단되며, 청구법인이 주식 상장기한인 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 아니함에 따라 처분청은 감면한 법인세 등을 과세하면서 미납부가산세를 가산하여 과세하였으나 국세심판결정○○○에서 주식 상장기한 인 2003.12.31.이 속하는 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한까지는 미납부가산세를 징수할 수 없다고 결정함에 따라 동일한 자산재평가차익에 대하여 이미 납부한 재평가세를 환급함에 있어서 법인세 등 가산세를 징수하지 아니한 기간에 해당하는 기간에 대하여는 환급가산금도 가산하지 아니한 것이 적법한 것으로 판단된다. ○ 법규과-4337, 2008.10.17 질의1(2005사업연도)의 경우와 같이, 납세지 관할세무서장 등이 경정한 법인세 과세표준 및 세액을 추후 심판결정에 따라 증액된 과세표준 및 세액으로 재경정하는 경우, 재경정된 과세표준에서 당초 「법인세법(1998.12.28 개정된 것. 이하 같음)」 제60조의 규정에 따라 법인이 신고한 과세표준을 차감한 금액에 대하여 같은법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 신고불성실가산세를 징수하고, 재경정하는 과세표준과 신고한 과세표준에 의한 산출세액의 차액에 대하여 같은법 같은항 제3호의 규정에 의한 납부불성실가산세를 징수하는 것입니다.