농협중앙회가 지역농협에 전산용역을 공급하고 대가를 받는 경우 부가가치세 과세여부

농협협동조합중앙회가 「농업협동조합법」제134조제1항제1호의 교육지원사업의 일환으로 「농업협동조합법」제2조제1호의 조합에게 공급하는 전산용역은 「조세특례제한법」제106조제1항제6호, 같은법 시행령 제106조제7항제5호 및 같은 법 시행규칙 별표10제5호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역에 해당함

[회신] 농협협동조합중앙회가 「농업협동조합법」제134조제1항제1호의 교육지원사업의 일환으로 「농업협동조합법」제2조제1호의 조합에게 공급하는 전산용역은 「조세특례제한법」제106조제1항제6호, 같은법 시행령 제106조제7항제5호 및 같은 법 시행규칙 별표10제5호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역에 해당함 ○ 농 업협동조합중앙회(이하 “농협중앙회”라 함)는 1961년 설립된 비 영리 법인으로「농업협동조합법」제134조에 따른 사업을 영위하고 있음 - 수익사업인 상호금융사업, 농업경제사업, 축산경제사업 등을 영위하여 조달한 재원을 바탕으로 - 고 유목적사업인 교육․지원사업을 통해 회원조합과 그 구 성원인 농민 등 조합원들의 공동이익을 증진하기 위한 활 동을 함 ○ 농협중앙회의 IT본부는 농협은행 각 지점 등에 필요한 각종 전 산시스템이나 소프트웨어를 구입․개발․운영․유지․보수하고 있으며 이를 농협은행 각 지점뿐만 아니라 - 회 원조합 및 자회사 등에 제공하고 그에 따른 전산용역 제공대가를 연간 4회(3, 6, 9, 12월) 에 나누어 받고 있음 - 중 앙회가 제공하는 전산용역제공 대가에 대하여 자회사로부터 받 는 대가는 부가가치세 과세로 신고하고 있으나, - 회 원조합으로부터 받는 대가는 고유목적사업인 교육․지원사업으 로 판단하여 부가가치세 면세로 신고하고 있음 - 전산시스템은 금융, 경영, 관리, 인프라지원, 채널, 경제통합시스템 등으로 구성되며 금융부분이 전체 전산시스템 사용량의 90% 이상을 점유하고 있음 - 금융부분이란 농협중앙회가 수익사업인 은행업과 관련하여 지 역단위 농협 등 회원조합이 영위하는 대고객 여․수신, 대 출업무 등에 필요한 전산용역임 ○ 용역제공에 따른 대가는 전산센터 및 전 계통사무소의 각종 전산기기 운영과 전산업무개발에 소요되는 제반 비용을 중앙회의 각 부서, 회원조합, 자회사 등에 배분하며, - 회 원조합과는 별도의 용역제공 계약 없이 이사회 합의 및 중 앙회 , 회원조합의 정산규정 등 자체 배부기준으로 비용을 배분함 2. 질의내용 농업협동조합중앙회(농협중앙회)가 신용사업(은행업 등) 등 관련 전산용역을 지역농협에 공급하고 지역농협은 그 전산용역으로 신용사업을 경영하는 경우 농협중앙회가 공급하는 전산용역이 부가가치세 면세대상인지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다 음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대 해서는 부가가치세를 면제한다. 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행 하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다 5. 「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부 령이 정 하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역 을 말한다. 다 만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제 7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호 에도 불 구하고 적용한다. 1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업 2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항 에 규정된 사업 3. 부동산임대업 4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업 5. 수상오락서비스업 6. 유원지·테마파크운영업 7. 주차장운영업 및 자동차견인업 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제등】 ① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. ○ 조세특례제한법 시행규칙 별표 10 5. 「농업협동조합법」 제57조 (제2호 마목 및 자목을 제외한다)ㆍ제106조(제2호 마목을 제외한다)ㆍ제111조, 제112조의 8 및 제134조(제1항 제1호 카목을 제외한다)에 규정된 사업. 다 만, 식품가공사 업( 「식품위생법 시행령」에 따른 식품제조ㆍ 가 공업 및 식품첨 가물제조업을 말한다), 인삼제조업(백삼제 조업을 제외한다), 인삼 ㆍ홍삼제품제조업, 사료제조사업, 사 료포장재 사업, 도축업(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따른 수탁판매를 위한 도축업을 제외한다), 농업용자 재제조업(농업용필름ㆍ골판지포 장상 자ㆍ폴리프로필렌포대ㆍ 종이포대 제조업을 말한다), 도매업 (농 산물수탁판매업 및 그 부수업무를 제외한다) 및 상품권 발행사업과 「부가가치세법 시행령」 제33조 제4항 제1호부터 제4호까 지에 따른 용역을 제공하는 사업은 제외 한다. (2012. 2. 28. 개정) ○ 구 부가가치세법 제12조 【면세】<2013.6.7. 개정 전의 것> ① 다 음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2011.12.31> 11. 금융ㆍ보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 구 부가가치세법 시행령 제33조 【금융·보험용역의 범위】<2013.6.28. 개정 전의 것> ① 법 제12조제1항제11호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각 호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다. ④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융·보험용역으로 보지 아니한다. 1. 복 권·입장권·상품권·지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역. 다 만 , 수익증권 등 금융업자의 금융상품 판매대행용역, 유가증권의 명의개서대행용역, 수납·지급대행용역 및 국가·지방자치단체의 금고대행용역은 제외한다. 2. 기 업합병 또는 기업매수의 중개·주선·대리, 신용정보서비스 및 은 행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매·대여용역 3. 부동산의 임대용역 4. 제 1호 및 제2호에 규정된 것과 유사한 용역 및 그 밖에 기획재 정부령이 정하는 용역