코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금 여부 ​

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입하지 아니함

[회신] 의료업을 영위하는 비영리내국법인이「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금산입 여부 (제1안) 손금산입 가능 (제2안) 손금산입 불가능 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 1. 사실관계 ○ A법인은 ｢의료법｣에 따른 의료법인이자 비영리내국법인으로 - 2020.12.24. 운영중인 병원이 코로나19 전담병원으로 지정되어 2021년부 터 현재까지 코로나19 환자를 치료 하고 있으며 - ｢감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣ 제36조 및 제 70조에 따라 2021년 보건복지부로부터 손실보상금 을 수령함 ○ A법인은 쟁점손실금이 법인세법상 수익사업에서 발생하는 소득에 해당하는 것으로 보아 수익으로 계상하고, 간접비용 및 보전 받은 직접비용은 손금으로 하여 2021사업연도 법인세 신고하였으나 - 손실보상금이 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는다는 해석에 따라 쟁점보상금을 익금불산입하고, 간접비용(일반관리비) 104억원 * 을 손금불산입으로 소득금액 조정하여 경정청구함 * 일반관리비(17,659백만원)를 쟁점보상금 (25,318백만원) / 총수입금액(42,921백만원)로 안분계산 [ 2021사업연도 총 수입금액 구성 ] (백만원) | 합 계 | 손실보상금 | 건강보험 | 일반 | 임상시험 | 의료급여 | 일반검진 | 산재보험등 | | 42,921 | 25,318 | 13,241 | 1,734 | 1,631 | 661 | 329 | 7 | 2. 질의내용 ○ 코로나19 전담병원으로 지정된 의료법인이 국가로부터 수령한 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금 여부 (제1안) 손금산입 가능 (제2안) 손금산입 불가능