지방자치단체 산하기관으로부터 받는 지원금의 감면대상소득 해당여부

「조세특례제한법」제121조의2 제1항 제1호에 따른 고도기술수반사업으로 같은 법 시행령 제116조의3 제1항에 따라 조세감면결정을 받은 외국인투자기업인 내국법인이, 경제자유구역청으로부터 지급받는 지원금이 감면대상소득에 해당하는지 여부, 비감면소득인 경우 해당 지원금으로 지출한 비용 등을 비감면사업의 손금으로 처리하는지 여부 등

[회신] (질의1) 외국인투자기업이 외국법인으로부터 받는 연구개발용역수입은 해당 수입에 대응되는 용역이 해당 외국인투자기업이 조세특례제한법 제121조의2 제1항에 따라 고도기술수반사업으로 감면승인 받은 사업에 해당하는 경우에는 법인세법시행령 제69조 제1항에 따른 용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도에 조세특례제한법 제121조의2 제2항에 따른 감면사업의 익금으로 계산하는 것입니다. (질의2) 조세특례제한법 제121조의2 제2항에 따라 ‘조세감면결정 받은 고도기술을 사용한 감면대상사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면’하는 것이며, 외국법인 丁에게 제공하는 연구개발용역이 이에 해당하는지는 사실판단할 사항입니다. 만약 해당 용역대가가 비감면사업의 개별익금에 해당하는 경우 해당 용역원가는 비감면사업의 개별손금에 해당하는 것입니다. 【관련 참고자료】 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 <거래흐름> ○ 외국인투자기업인 내국법인 甲의 조세감면결정서상 감면사업 범위 - 개인맞춤형 의료정보서비스를 지원하는 첨단 솔루션 개발 -「 외국인투자 등에 의한 조세감면규정」별표1 제2편 산업지원서비스업 4-4.첨단의료진료서비스분야의 원격진료용 의료기기, 전자의료장비 관리시스템에 해당 ○ 내국법인 甲에 투자한 외국기업그룹 乙의 사업협약 등 - 외국기업그룹 乙은 2009년 △△경제자유구역청 및 내국법인 丙과 외국대학․연구소 유치 지원사업 협약서를 체결하였고 그 주요 내용은 다음과 같음 ∙ 인천경제자유구역청은 5년간 매년 **억원의 자금을 甲 에게 지원하고 동 지원자금은 사업계획서 및 지원자금 관리지침에 부합되게 건축비, 시설비, 기자재비, 임대료, 인건비 등에 사용되어야 하며 매년 정산후 잔액은 △△경제자유구역청에 반납하여야 함 ∙ 乙그룹 내의 외국법인 丁이 甲과 연구개발용역계약을 체결한 후 甲의 연구개발용역 결과로 발생한 권리 등의 50%(예상)를 취득하는 대신 5년간 용역대가를 지급하고, 乙그룹 내의 외국법인 戊가 甲의 주주로 참여하여 자본투자 ○ 질의요지 「 조세특례제한법」제121조의2 제1항 제1호에 따른 고도기술수반사업 으로 같은 법 시행령 제116조의3 제1항에 따라 조세감면결정을 받은 외국인투자기업인 내국법인이, (질의1) △△경제자유구역청으로부터 지급받는 지원금이 감면대상소득에 해당하는지 여부 및 비감면소득인 경우 해당 지원금으로 지출한 비용 등을 비감면사업의 손금으로 처리하는지 여부 (질의2) 외국법인에게 연구개발용역을 제공하고 받는 수입금액이 감면대상소득에 해당하는지 여부 및 비감면소득인 경우 해당 용 역원가 등을 비감면사업의 손금으로 처리하는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. ② 다음 각호의 금액은 이를 익금으로 본다. 1. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동조 제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액 2. 제57조 제4항의 규정에 의한 외국법인세액(세액공제된 경우에 한한다)에 상당하는 금액 ③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외 하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 제121조의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자 ( 「외국인투자촉진법」 제2조제1항제4호 에 따른 외국인투자를 말 한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해 당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다. 1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업 ②「 외국인투자촉진법」 제2조 제1항 제6호 에 따른 외국인투자기업(이 하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면 하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5 년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액 (총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총 과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령 으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을 , 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면 한다. (단서 생략) ○ 조세특례제한법 기본통칙 6-0…2 【감면대상소득의 범위】 법 제6조 제1항 및 제2항ㆍ제7조 제1항ㆍ제63조 제1항ㆍ제64조 제1항ㆍ제66조 제1항ㆍ제67조 제1항ㆍ제68조 제1항의 규정에 의한 감면대상 소득계산시 이자수익ㆍ유가증권처분이익ㆍ유가증권처분손실 등은 포함하지 아니한다. ○ 법인세법 기본통칙 113-156…6 【개별손익ㆍ공통손익 등의 계산】 규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영 하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음 과 같이 계산한다. 1. 개별익금 가. 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다. 나. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. (1) 부산물ㆍ작업폐물의 매출액 (2) 채무면제익 (3) 원가차익 (4) 채권추심익 (5) 지출된 손금 중 환입된 금액 (6) 준비금 및 충당금의 환입액 다. 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다. (1) 수입배당금 (2) 수입이자 (3) 유가증권처분익 (4) 수입임대료 (5) 가지급금인정이자 (6) 고정자산처분익 (7) 수증익 2. 공통익금 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 수익이나 귀속이 불분명한 부수수익은 공통익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. 가. 귀속이 불분명한 부산물ㆍ작업폐물의 매출액 나. 귀속이 불분명한 원가차익, 채무면제익 다. 공통손금의 환입액 라. 기타 개별익금으로 구분하는 것이 불합리한 수익 3. 개별손금 가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. (1) 매출원가 (2) 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용 (3) 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금ㆍ충당금전입액 (4) 기타 귀속이 분명한 제비용 나. 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다. (1) 유가증권 처분손 (2) 고정자산 처분손 4. 공통손금 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. 가. 사채발행비 상각 나. 사채할인발행차금 상각 다. 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용 5. 지급이자 차입금에 대한 지급이자는 그 이자의 발생장소에 따라 구분하거나 그 이자전액을 공통손금으로 구분할 수 없으며, 차입한 자금의 실제 사용용도를 기준으로 사실판단하여 과세 및 감면사업의 개별 또는 공통손금으로 구분한다. 6. 외환차손익 가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련되는 외환차손익은 당해 사업의 개별손익으로 구분한다. 나. 외상매출채권의 회수와 관련된 외환차손익(공사수입의 본사 송금거래로 인한 외환차손익 포함)은 외국환은행에 당해 외화를 매각할 수 있는 시점까지는 당해 외상매출채권이 발생된 사업의 개별 손익으로 하고 그 이후에 발생되는 외환차손익은 과세사업의 개별 손익으로 구분한다. 다. 외상매출채권을 제외한 기타 외화채권과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로 구분한다. 라. 외상매입채무의 변제와 관련된 외환차손익은 당해 외상매입 채무와 관련된 사업의 개별손익으로 구분한다. 마. 외상매입채무를 제외한 기타 외화채무와 관련하여 발생하는 외환 차손익은 외화채무의 용도에 따라 감면사업 또는 과세사업의 개별 손익으로 구분하고, 용도가 불분명한 경우에는 공통손익으로 구분 한다. 바. 외환증서, 외화표시예금, 외화표시유가증권등과 관련하여 발생하는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로 구분한다. 사. 감면사업의 손익수정에 따른 외환차손익은 감면사업의 개별손익으로 구분한다. ○ 서면2팀-1912, 2006.9.26. ⇦ 법규과-4032, 2006.9.25. 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 의 감면사업을 영위하는 외국인투자법인이 당해 감면사업의 기술개발과 관련하여 정부로부터 지원받은 출연금을 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 경우, 당해 출연금은 외국인투자에 대한 법인세 감면대상소득의 범 위에 포함되지 않는 것임 ○ 서면2팀-2285, 2006.11.9. 법인이 「산업기술혁신촉진법」에 의해 중기거점 기술개발사업에 소요되는 경비를 출연금 명목으로 정부로부터 지원 받는 경우, 동 출연금은 추후 기술개발의 성공여부에 따른 출연금 일부의 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것이며, 「조세특례제한법」 제121조의2 제1항 제1호 의 감면사업을 영위하는 외국인 투자법인이 당해 감면사업의 기술개발과 관련하여 정부로부터 지 원받은 출연금을 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 경우, 당해 출연금은 외국인투자에 대한 법인세 감면대상소득의 범 위에 포함되지 않는 것임 ○ 국제세원-2283, 2008.11.21 ⇦ 법규과-4080, 2008.11.19. 외국인투자법인이 정부출연금을 비감면사업의 개별익금으로 계상한 이후 그 목적사업에 부합하게 지출하고 계상한 손금은 비감면사업의 개별손금에 해당하는 것임 ○ 국제세원-5, 2010.1.7. 외국인투자기업이 경제자유구역위원회 등의 의결을 거쳐 특정 사용 용도를 지정하여 지급받는 보조금을 비감면사업의 개별익금으로 계상한 이후 그 특정된 용도에 부합 하게 지출하고 계상한 손금은 비감면사업의 개별손금에 해당하는 것임 ○ 재조세-404, 2004.6.14. 조세특례제한법 제7조 의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 유자를 원재료로 하여 제조한 유자차를 수출하는 법인이 농수산물유통공사로부터 지급받는 농수산물 판매촉진비는 감면대상이 되는 제조업소득에서 제외하는 것임 ○ 국심 2003서974, 2003.6.3. 청구법인이 모법인으로부터 수령한 쟁점보조금은 청구법인이 지출한 지상매체 및 TV광고비에 대한 보조금으로 확인되므로 이를 청구법인의 제조활동에서 발생한 소득이라고 보기는 어렵다고 판단됨. 따라서, 처분청이 쟁점보조금을 제조업소득이 아니라고 하여 감면대상 소득금액에서 제외하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음 ○ 재조특-379, 2008.7.8. 「화물자동차 운수사업법」에 따라 지급받는 유가보조금은 「조세 특례제한법」 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 감면 대상 소득에 해당함 ○ 법인세과-1257, 2009.11.9. 중소기업 중 제조업을 영위하는 법인이 한국장애인고용촉진공단으로부터 받는 국고 보조금과 이와 유사한 성격으로 장애인을 고용함으로써 받는 관리비용, 노동청의 종합고용지원센터에서 받는 휴업 수당지원금은 조세특례제한법 제7조 의 종소기업 특별세액 감면대 상 소득에 해당하지 아니하는 것임 ○ 서이46012-10411, 2002.3.7. 귀 질의의 경우 조세특례제한법 제7조 (2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것)『중소제조업 등에 대한 특별세액감면』을 적용함에 있어 제조업을 주업으로 영위 하는 중소법인이 산업발전법 제24조 의 규정에 의하여 산업기반 기술개발사업을 수행하고 그 대가로 받은 정부출연금은 당해 법인의 제조업에서 발생한 소득에 해당 하지 아니 하는 것이나 당해 법인이 산업기반기술개발사업을 수행한 용역이 한국표준산업 분류상 연구 및 개발업(분류코드 73)에 해당하는 경우에는 감면소득에 해당하는 것이며, 그 용역이 연구 및 개발업에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임