외국인투자기업의 조직변경시 조세감면 적용

정기 법인세 신고 및 법인세 조사 경정시 적용된 외투감면을 적용배제하고 임시투자세액공제만을 적용받는 방식으로 수정신고 가능여부

[회신] 법인이 세액의 감면 및 세액공제의 요건을 모두 충족하였으나, 이 중 세액감면을 선택하여 과세표준신고서를 법정 신고기한 내에 제출한 이후 해당 사업연도의 과세표준이 변경되어 「조세특례제한법」제121조의2에 따른 세액감면을 취소하고 같은 법 제26조에 따른 투자세액공제를 적용받고자 하는 경우 「국세기본법」 제45조의2에 따른 경정 등의 청구를 통해 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다. 【관련 참고자료】 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 당사는 제조업과 도매업을 겸영하는 외국인투자기업으로 제조업은 외투감면 적용대상인 고도기술수반사업에 해당함 - 당사는 2009사업년도에 약 ***억원의 설비를 투자하고 동 투자에 대하여 외국인지분만큼은 외투감면을 적용하고 내국인지분만큼은 임시투자세액공제 적용하여 법인세 신고함 - 최근 당사에 대한 법인세 조사로 2009사업년도 법인세가 경정되면서 법인세 산출세액이 감소하고, 감면사업소득율이 감소하면서 외투감면세액이 감소함 - 이에 당사는 2009사업년도 법인세 계산시 적용하였던 외투감면을 적용배제하고 임시투자세액공제를 최저한세의 범위 내에서 적용하는 방법을 모색 중임 ○ 질의요지 - 정기 법인세 신고 및 법인세 조사 경정시 적용된 외투감면을 적용배제하고 임시투자세액공제만을 적용받는 방식으로 수정신고 가능여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제121조의2 【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외촉법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다) 로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항 부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다. 1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업 2～3. 생략 ② 외촉법 제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인 투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면 대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율 (외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정 하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업 에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도) 의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인 투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다. ○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 ③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항을 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4 에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다. ○ 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】 ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. ○ 조세특례제한법기본통칙 127-0…4 【외국인투자에 대한 감면과 투자세액공제의 선택적용】 법 제121조의2 또는 제121조의4의 법인세 등의 감면대상에 해당하여 감면 결정을 통지 받은 법인이 실제 조세감면을 받지 아니한 경우에는 법 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제94조, 법률 제4666호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호「조세감면규제법」개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 세액공제를 전액 받을 수 있다. ○ 국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고 하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날) 부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급 세액에 미치지 못할 때 ○ 법인세과-278, 2009.01.22 (제 목) 감면신청 적용 착오시 경정청구 가능 여부 (요 지) 감면신청 적용 착오시 조항을 변경하여 경정청구 가능 (회 신) 1997년도에 창업하여 조세감면규제법 제6조에 해당하는 법인이 법인세 과세표준신고서를 법정 신고 기한 내에 제출한 경우로서 당해 사업연도에 적용하였던 투자세액공제 조항을 변경하여 적용하고자 하는 경우에는 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 것입니다. ○ 서면2팀-1082, 2004.05.25 (제 목) 중소기업투자세액감면을 중소기업투자세액공제로 변경하는 경정청구 가능함 (요 지) 중소기업을 영위하는 법인이 중소기업특별세액감면을 신청하여 당해 감면 규정을 적용받았으나, 당해 사업연도에 대하여 중소기업특별세액감면이 아닌 중소기업투자세액공제로 변경적용받고자, 투자내역을 첨부하여 수정신고 하고 추가납부할 세액을 납부하는 경우 수정신고가 적법한지 여부 (회 신) 귀 질의의 경우 법인세 과세표준신고서를 법정기한 내에 제출한 법인이 당해 사업연도에 적용하였던 중소기업특별세액감면을 중소기업투자세액공제로 변경 적용하고자 하는 경우 수정신고 가능여부에 대하여는 관련 질의회신(법인 46012-2154, 1999.6.7. ; 법인 46012-1826, 1997.7.4.)를 참고바람. ○ 법인46012-2154, 1999.06.07 법인세 과세표준신고서를 법정 신고 기한내에 제출한 법인이 당해 사업연도에 적용하였던 투자세액공제 조항을 변경하여 적용하고자 하는 경우로서 당해연도의 납부세액에는 변동이 없더라도 이월되는 공제세액의 증가로 인하여 그 다음 사업연도 이후 납부세액이 감소되는 경우에는, 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 것임. ○ 법인46012-1826, 1997.07.04 (제 목) 착오로 잘못 적용한 창업중소기업에 대한 세액감면을 취소하고 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면을 적용하여 납부세액이 변동되는 경우에는 국세기본법의 규정에 의해 수정신고 또는 경정청구할 수 있음 (질 의) 1. 대도시에서 창업하여 농·어촌지역으로 이전한 중소제조업 영위법인이 1996사업연도 법인세 신고시 조세감면규제법 제6조의 규정에 의한 창업중소 기업에 대한 세액감면을 신청했으나, 2. 착오로 잘못 적용한 동 감면신청을 취소하고 당초 신청하지 않았던 같은법 제7조의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용하여 수정신고시 감면을 적용받을 수 있는지. (회 신) 대도시에서 창업하여 농·어촌지역으로 이전한 중소제조업 영위법인이 착오로 잘못 적용한 조세감면규제법 제6조의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 세액감면을 취소하고 같은법 제7조의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용함으로써 납부세액이 변동되는 경우에는 국세기본법 제45조 및 제45조의 2의 규정에 의한 수정신고 또는 경정청구를 할 수 있는 것임. ○ 서면2팀-543, 2007.03.29 1. 귀 질의의 경우, 법인이 세액의 감면 및 세액공제의 요건을 모두 충족을 하였으나 세액감면신청서 또는 공제신청서를 제출하지 않고 당해연도에 납부할 세액이 있어 공제ㆍ감면을 적용 받을 수 있음에도 불구하고 공제ㆍ 감면을 적용받지 않은 경우에는 경정청구를 통하여 공제ㆍ감면을 적용받을 수 있는 것임. 2. 이와 관련한 기 질의회신문(서면2팀-2068, 2005.12.14.)을 참고하기 바람. ○ 서면2팀-2068, 2005.12.14 (질 의) 조세특례제한법에 의한 세액감면 및 세액공제와 관련하여(요건은 모두 충족한 경우) 1) 법인세과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 제출하지 아니한 경우 경정 청구를 통하여 감면을 받을 수 있는지. 2) 당해 연도에 납부할 세액이 있어 세액공제를 적용받을 수 있음에도 불구 하고 법인세 과세표준신고와 함께 세액공제신청서를 제출하지 아니하고 세액공제를 받지 아니한 경우, 경정청구를 통하여 세액공제를 받을 수 있는지. (회 신) 질의5와 관련하여 법인이 세액의 감면 및 세액공제의 요건을 모두 충족을 하였으나 세액감면신청서 또는 공제신청서를 제출하지 않고 당해연도에 납부할 세액이 있어 공제ㆍ감면을 적용 받을 수 있음에도 불구하고 공제ㆍ 감면을 적용받지 않은 경우에는 경정청구를 통하여 공제ㆍ감면을 적용 받을 수 있는 것임. ○ 서면2팀-730, 2006.05.02 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 내국법인이 2004사업연도 법인세 조사시 창업중소기업에 대한 세액감면 요건에 해당되지 않아 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 중소기업에 대한 특볍세액감면을 적용하여 경정한 후, 경정시 적용하였던 중소기업에 대한 특별세액감면을 임시투자세액공제로 변경ㆍ적용하여 납부할 세액이 감소하는 경우 국세기본법 제45조의2 각항에 규정한 기한 내에 경정청구를 할 수 있는 것이나 기한을 경과한 후에는 경정청구를 할 수 없는 것임. ○ 서면1팀-909, 2005.07.23 (제 목) 중소기업특별세액 감면을 받은 거주자가 임시투자세액공제로 경정청구 가능 여부 (요 지) 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 중소기업특별세액 감면을 받은 후 임시투자세액공제로 변경하기 위하여 경정청구를 할 수 있음 (회 신) 귀 질의의 경우 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자로서 당해 사업연도에 적용하였던 조세특례제한법 규정의 세액감면을 변경하여 다른 조세지원을 적용하고자 할 경우 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 것입니다.