기술도입대가에 대한 조세면제신청기한을 경과해 조세면제신청을 제출한 경우 조세면제 가능여부 및 환급여부

기술도입대가에 대한 조세면제신청 기한을 경과해 조세면제신청을 하는 경우, ‘조세면제 기준’의 충족여부는 검토 하여야 하고 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한해 조세면제가 가능하며, 기납부세액은 환급이 안됨

[회신] 조세특례제한법시행령 제116조의 12 제4항의 규정에 의한 조세면제신청기간이 경과한 이후에 제출되는 조세면제신청에 대하여도 동법 제121조의 6 제3항의 규정에 의거 당해 기술에 대한 주무부처의 장은 동 신청기술이 동법시행령 제116조의 12 제1항의 규정에 의한 ‘조세면제의 기준’을 충족하는 지의 여부를 검토하여 조세면제의 해당여부를 확인하여야 하며 이에 따라 당해 기술제공자가 조세면제의 확인을 받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 동법 제121조의 6 제1항의 규정에 의한 조세면제가 가능하며 이 경우에도 동 조세면제의 확인을 받기 이전에 이미 납부한 세액에 대하여는 환급되지 아니함. 1. 질의내용 요약 1. 사실관계 기술도입자인 대한민국 법인(이하 “갑”)은 프랑스 법인(이하 “을”)과 1998. 12. 29자로 기술도입계약을 체결하였음. 동 기술도입계약서상 갑은 계약체결일로부터 3년이 되는 해부터 을에게 로열티를 지급하도록 되어 있는 바, 최초 로열티 지급은 2001년 7월에 이루어질 예정임. 따라서, 동 기술도입계약에 대해서는 당시 외국인투자촉진법시행령 제33조 제4항 에 따라, 당해 기술도입계약이 체결된 날로부터 1년 이내, 즉 1999. 12. 28까지 조세면제를 신청하였어야 하지만, 당사자들의 부주의로 인해 이를 신청하지 못하고 현재에 이르고 있음. 한편, 을은 2000. 12. 29자로 개정된 조세특례제한법(“조특법”)에 따라 조세면제신청을 하고자 함. 2. 관련규정 가. 2000. 12. 29 조특법이 개정되기 전의 외국인투자촉진법에 의하여 조세면제신청기한은 “당해 기술도입계약이 체결된 날부터 1년 또는 기술도입대가의 최초 지급일중 먼저 도래하는 날 이내”로 제한되어 있었지만, 조세면제대상 고도기술도입에 해당되나 단지 조세면제신청기한의 경과에 따라 면제신청을 할 수 없는 자를 구제하기 위한 취지로 2000. 12. 29자 개정 조특법 제121조의 6 제3항을 신설하여, 조세면제신청기한 경과 후 면제신청을 하고 면제를 확인받은 경우에는 그 면제신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 조세면제를 해주도록 하고 있음. 나. 그러나, 이러한 상기 규정이 신설되었음에도 불구하고, 동법시행령 제116조의 12 제4항은 종전과 동일하게 조세면제의 신청은 당해 기술도입계약이 체결된 날부터 1년 또는 기술도입대가의 최초 지급일 중 먼저 도래하는 날로 제한하고 있음. 3. 질의사항 이에, 기술제공자인 외국법인 을이 기술도입자인 갑으로부터 지급받은 기술도입대가에 대하여 금번에 신설된 법 제121조의 6 제3항에 근거하여 기술도입대가에 대한 면제신청이 가능한지 여부, 즉 조세특례제한법시행령 제116조 의 12 제4항에서 정하는 기술도입대가에 대한 조세면제 신청기한을 경과하여 동 조세면제를 신청하는 경우에 조세특례제한법시행령 제116조 의 12 제4항의 기술도입대가에 대한 조세면제 신청기한이 배제되는지 여부가 명확하지 않아 질의함.