원고들은 제2차납세의무자에 해당함

사 건 2025구합78 납세의무자지정 및 부가가치세 등 부과처분취소 원 고 노A 외 2 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 11. 4. 판 결 선 고

2025. 11. 25.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 7. 2.자로

• 가. 원고 노A에 대하여 한 2019년 근로소득세 ○,380원(가산세 있는 것은 가산세 포함, 이하 같다), 2019년 2기분 부가가치세 ○,033,690원, 2019년 2기분 부가가치세 ○,449,860원, 2020년 근로소득세 ○,260원, 2020년 1기분 부가가치세 ○,938,640원, 2020년 2기분 부가가치세 ○,821,890원의 각 과세처분,
• 나. 원고 이BB에 대하여 한 2019년 근로소득세 ○,290원, 2019년 2기분 부가가치세 ○,025,260원, 2019년 2기분 부가가치세 ○,337,390원, 2020년 근로소득세 ○,450원, 2020년 1기분 부가가치세 ○,703,980원, 2020년 2기분 부가가치세 ○,616,410원, 2021년 근로소득세 ○,960원, 2021년 2기분 부가가치세 ○,520원, 2022년 1기분 부가가치세 ○,880원의 각 과세처분,
• 다. 원고 장CC에 대하여 한 2019년 근로소득세 ○,090원, 2019년 2기분 부가가치세 ○,008,420원, 2019년 2기분 부가가치세 ○,112,460원, 2020년 근로소득세 ○,810원, 2020년 1기분 부가가치세 ○,234,650원, 2020년 2기분 부가가치세 ○,205,480원, 2021년 근로소득세 ○,960원, 2021년 2기분 부가가치세 ○,520원, 2022년 1기분 부가가치세 ○,880원의 각 과세처분을 모두 취소한다.

• 가. 주식회사 ○○디자인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)은 2005. 2. 21. 실내장식업, 의장공사업 등을 목적으로 설립되었다.
• 나. 원고 노A, 이BB는 2018. 3. 14. 혼인신고를 마친 법률상 부부이고, 원고 장CC은 원고 노A의 모(母)이다. 원고 장CC은 이 사건 법인의 발행주식 총수 ○주의 ○%인 1,000주를 보유하고 있고, 원고 노A은 이 사건 법인의 발행주식 4,000주를 보유하다 2020. 12. 31. 장DD에게 3,000주, 장EE에게 1,000주를 각 양도하였으며, 원고 이BB는 이 사건 법인의 발행주식 3,000주를 보유하다 2020. 12. 31. 장EE에게 2,000주를 양도하였다. 그 후 원고 노A, 이BB는 2021. 2.경 위 각 주식양도에 관한 양도소득세를 신고하였다.
• 다. 피고는 2024. 7. 2. 기준으로 이 사건 법인이 2019년 2기분 내지 2022년 1기분 부가가치세, 2019년 내지 2021년 근로소득세 등 총 ○,053,260원의 국세를 체납하자(이하 통틀어 ‘이 사건 체납세액’이라 하고, 개별 체납세액을 칭할 때에는 ‘제○번 체납세액’이라 한다), 이 사건 법인의 재산으로 위 체납세액을 충당할 수 없고 원고들은 이 사건 법인의 과점주주로서 제2차 납부의무자에 해당한다는 전제에서 같은 날 원고들을 제2차 납세의무자로 지정하면서 별지 1 기재 ‘제2차 납세의무자 지정내역’란 기재 각 ‘지정금액’에 해당하는 부가가치세 및 근로소득세 등을 부과․고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2025. 5. 22. 이를 기각하였다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 법인을 실질적으로 지배․운영한 것은 원고 노A의 부이자 원고 장CC의 배우자인 노FF이고, 원고들은 노FF의 부탁을 받아 형식적으로 이 사건 법인의 주주가 된 것일 뿐 이 사건 법인을 실질적으로 운영하거나 그로부터 배당을 받은 사실이 없으므로 원고들은 과점주주에 해당하지 않는다.
• 나. 원고들의 주식 변동상황을 고려하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.
• 다. 이 사건 법인이 청산 및 해산이 된 이후에야 원고들을 제2차 납세의무자로 지정할 수 있는데, 이 사건 법인은 현재 정상적으로 운영되고 있으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 라. 이 사건 처분 중 제1 내지 3번 체납세액 부분은 소멸시효가 완성된 이후에 세액의 납부․고지가 이루어졌다.

별지 2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

• 가. 원고들이 과점주주에 해당하는지 여부

(1) 관련 법리 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도이다. 한편 위 조항의 취지는, 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다. 그러나 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결 등 참조) 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없다. 주식의 소유 사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 등 참조). 그리고 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단 앞서 든 증거에 을 제3 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음의 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 원고들은 이 사건 법인의 과점주주에 해당하고, 원고들이 제출한 증거나 자료만으로는 원고들이 이 사건 법인의 실질소유주가 아니라고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고들의 주장은 이유 없다.

① 구 국세기본법 제39조 제2항 본문은 “법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.”라고 규정하면서 제2호에서 “주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 ‘과점주주’라 한다)”을 제2차 납세의무자로 들고 있고, 구 국세기본법 시행령(2025. 2. 28. 대통령령 제35345호로 개정되기 전의 것) 제20조, 제18조의2는 ‘특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자’에 ‘친족관계가 있는 자’를 포함하고 있다.

② 이 사건 법인의 주식변동사항명세서에 따르면, 제1번 내지 제6번 체납세액의 납세의무 성립일인 2019. 10.부터 2020. 10.까지 원고 노A이 이 사건 법인의 주식 40%를, 원고 이BB가 이 사건 법인의 주식 30%를, 원고 장CC이 이 사건 법인의 주식 10%를 각 보유하고 있어 원고들이 보유한 이 사건 법인의 발행주식은 80%에 달하였다. 또한 제7번 내지 제9번 체납세액의 납세의무 성립일인 2021. 7. 10.부터 2022.6.까지는 원고 이BB, 장CC이 이 사건 법인의 주식 각 10%를, 원고 이BB의 오빠인 이주호가 이 사건 법인의 주식 10%를, 원고 장CC의 조카인 장DD이 원고 노A으로부터 이 사건 법인의 주식 30%를 양도받아 보유하여 원고 이BB, 장CC이 속한 과점주주 집단은 이 사건 법인의 발행주식 60%를 보유하고 있었다. 그러므로 원고들은 특별한 사정이 없는 한 이 사건 법인의 발행주식 과반수 소유집단인 과점주주의 일원으로 이 사건 체납세액에 관하여 별지 1 기재와 같이 제2차 납세의무를 부담한다.

③ 이에 대하여 원고들은 노FF이 임의로 원고들의 명의를 이용해 이 사건 법인의 주주로 등재한 것일 뿐이므로 이 사건 처분이 부당하다는 취지로 주장하나, 아래와 같은 사정을 고려하면 원고들이 이 사건 법인의 주주명의를 도용당하였거나 원고들이 보유하였던 주식의 실질소유자가 노FF이라는 점이 증명되었다고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 주장은 이유 없다. ㉠ 이 사건 법인이 설립된 2005. 2. 21.부터 2020. 3. 31.까지 원고 노A은 이 사건 법인의 사내이사 또는 대표이사로, 원고 장CC은 감사로 각 등기되어 있었다. ㉡ 원고 노A, 이BB는 2020. 12. 31. 이 사건 법인의 발행주식 3,000주, 2,000주를 각각 장DD(원고 장CC의 조카), 장EE에게 양도하였는데, 이에 관한 주식양도양수계약서에는 원고 노A, 이BB의 인장이 날인되어 있고, 인감증명서가 첨부되어 있으며, 위 원고들은 위 주식양도거래에 관한 양도소득세를 신고하였다. ㉢ 이 사건 법인은 원고들에게 근로소득으로 2005. 2.부터 2020. 12.까지 원고 노A에게 259,900,000원을, 2005. 및 2007.경 원고 이BB에게 7,350,000원을, 2005.2.경부터 2007. 12.까지 원고 장CC에게 31,500,000원을 지급하였다고 신고하였는데, 원고들은 위와 같은 근로소득을 실제로 지급받은 적이 없다고 주장하나 이를 그대로 믿기 어렵고, 위 근로소득이 원고들이 아닌 노FF에게 귀속되었음을 확인할 만한 자료도 없다. ㉣ 이 사건 법인은 2005. 5. 24. 국세청에 이메일 주소를 원고 이BB의 것인 BB@○mail.○’으로 등록하였고, 2015. 10.경 본점을 서울 ○구 ○로 ○에서 ○시 ○면 ○길 1○으로 이전하였는데, 위와 같은 내용의 사업자등록정정신청은 원고 노A이 직접 이행한 것으로 보인다.

• 나. 원고들의 주식변동내역을 고려하지 않아 위법하다는 주장에 대한 판단 앞서 인정한 사실관계에 비추어 보면, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 이 사건 체납세액의 납세의무 성립시기별로 원고들이 이 사건 법인의 과점주주로서 제2차납세의무자에 해당하는지 여부를 고려하면서 원고 노A, 이BB의 주식양도 내역을 반영하였다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 원고들의 주식변동내역을 고려하지 않았다는 원고들의 주장은 이유 없다.
• 다. 이 사건 법인의 청산이나 해산이 이루어지지 아니하였음에도 2차 납세의무자를 지정한 것이 위법한 것인지 여부 구 국세기본법 제39조 본문은 “법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.”라고 규정하고 있을 뿐이어서, 법인이 청산이나 해산된 경우를 제2차 납세의무자 지정의 요건으로 삼고 있지 않다. 그렇다면, 구 국세기본법 제39조 에 따른 제2차 납세의무자 지정을 위해서는 대상 법인의 해산이나 청산이 먼저 이루어져야 한다는 원고들의 주장은 구 국세기본법에 관한 해석을 그르친 것으로 받아들일 수 없다. 더구나, 을 제3호증의 기재에 의하면 이 사건 법인은 이 사건 처분일인 2024. 7. 2. 기준으로 부동산, 동산, 근저당권 등 물권, 채권 등을 전혀 보유하고 있지 아니하였던 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 법인은 이 사건 처분일 무렵 ‘법인의 재산으로 이 사건 체납세액(○,053,260원)을 충당하기에 부족한 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분에 구 국세기본법 제39조 를 위반한 위법이 있다고 볼 수 없으므로, 원고들의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.
• 라. 제1번 내지 제3번 체납세액의 소멸시효 완성 여부 구 국세기본법 제27조 제1항 제2호, 제3항 제1호, 제4항 제1호는 5억 원 미만의 국세징수권은 이를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다고 규정하면서 ‘과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 국세의 경우 신고한 세액에 대해서는 그 법정 신고납부기한의 다음 날’을, ‘원천징수의무자 또는 납세조합으로부터 징수하는 국세의 경우 납세고지한 원천징수세액 또는 납세조합징수세액에 대해서는 그 고지에 따른 납부기한의 다음 날’을 각각 소멸시효의 기산점인 ‘국세징수권을 행사할 수 있는 때’로 본다고 규정하고 있다. 부가가치세법 제48조, 제49조, 제5조에 따르면 제2기 예정신고에 따른 신고납부기한을 ‘제2기 예정신고기간(7. 1.부터 9. 30.까지)이 끝난 후 25일 이내’로, 확정신고기간을 ‘제2기 과세기간(7. 1.부터 12. 31.까지)이 끝난 후 25일 이내’로 각 정하고 있고, 소득세법 제128조 제1항 은 원천징수되는 근로소득세의 납부기한을 ‘그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일’로 정하고 있다. 이와 같은 관계 규정의 내용에 비추어 보면, 제1, 2번 체납세액(2019년 제2기 예정신고 및 확정신고에 따른 각 부가가치세)의 소멸시효의 기산점은 2019. 10. 26. 및 2020. 1. 26.이고, 제3번 체납세액(2019년 하반기 근로소득세)의 소멸시효의 기산점은 2020. 1. 11.이라 할 것인데, 이 사건 처분은 그로부터 5년이 경과하기 이전인 2024. 7. 2. 이루어진 사실은 명백하므로 이 사건 처분 중 제1번 내지 제3번 체납세액 부분이 소멸시효가 완성된 국세에 관하여 이루어진 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고들의 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.