양도 당시 양수인이 공익사업의 시행자로 지정되지 아니한 경우에만 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면이 적용됨

사 건 2020구합617 양도소득세부과처분취소 원 고 원○○ 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2021. 5. 25. 판 결 선 고 2021. 6. 15.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 11. 4. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 136,110,000원(가산세 36,110,000원 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. ○○도지사는 2010. 12. 7. 원고 소유이던 시 동 산 임야 17,488㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 비롯해 시 동 일원을 사업부지로 하는 ‘ 2지구 도시개발사업’(이하 ’이 사건 사업‘이라 한다)에 관하여 주식회사 BB(이하 ’BB‘라 한다) 외 16인을 시행자로 지정하였다.
• 나. 원고는 2017. 2. 28. AA홀딩스 주식회사(이하 ‘AA홀딩스’라 한다)에 이 사건 토지를 매매대금 65억 원에 매도하였다.
• 다. AA홀딩스는 위 무렵 이 사건 사업의 시행자 변경 신청을 하였고, ○○도지사는 2017. 4. 28. AA홀딩스를 이 사건 사업의 시행자로 지정하였다.
• 라. 원고는 2017. 4. 28. 이 사건 토지의 양도소득이 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제77조 제1항 제1호(이하 ‘이 사건 과세특례 규정’이라 한다)에서 정하는 조세감면 특례 적용대상으로 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득’에 해당한다고 보아 공제되는 감면세액을 1억 원으로 기재하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였고, 그에 따라 산출된 양도소득세 1,649,330,506원을 납부하였다.
• 마. 피고는 2019. 11. 4. 이 사건 토지 양도 당시 AA홀딩스가 공익사업의 시행자로 지정되지 아니하여 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라는 이유로 원고에 대하여 감면을 배제하여 2017년 귀속 양도소득세 136,110,000원(일반과소신고 가산세 1,000만 원, 납부불성실 가산세 26,110,000원 합계 36,110,000원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2020. 1. 17. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 6. 22. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였고, 위 결정서는 2020. 7. 9. 원고에게 송달되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 토지를 양도한 2017. 2. 28. 무렵에는 AA홀딩스가 이 사건 사업의 시행자로 지정되어 있지 않았다. 그러나 이 사건 사업의 시행자이던 BB가 자금부족 및 사업부진 등을 이유로 일체의 사업권을 AA홀딩스에 양도하였고, AA홀딩스는 이 사건 토지 양수 당시에 이미 이 사건 사업의 실질적인 사업주체로 활동하고 있었으며, 그 직후인 2017. 4. 28. AA홀딩스가 이 사건 사업의 시행자로 지정되었다. 이러한 사정을 고려하면, AA홀딩스는 이 사건 과세특례규정에서 정하는 공익사업의 시행자에 해당한다고 봄이 타당하므로 원고의 이 사건 토지 양도에는 이 사건 과세특례규정이 적용되어야 한다. 설령 이 사건 토지의 양도에 관하여 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다고 하더라도, 원고는 이미 거액의 양도소득세 1,649,330,506원을 납부한 점, 원고에게 조세회피 의도가 없었던 점, 세무조사 등을 거치면서 상당한 시간이 경과한 후에 이 사건 처분이 이루어지게 되어 가산세 금액이 커진 점 등을 고려하면, 원고에게 납부의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있으므로 가산세가 면제되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 이 사건 과세특례규정의 적용 여부

1. 이 사건 과세특례규정은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 2018. 12. 31. 이전에 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있다. 한편, 도시개발법 제11조 제1항, 제8항은 지정권자가 제1항 각호에 해당하는 자를 도시개발사업의 시행자로 지정하되, 도시개발사업의 목적을 달성하기 어렵다고 인정되는 등 제8항 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 시행자를 변경할 수 있다고 규정한다. 또한 도시개발법 제22조 제1항, 제2항은 시행자는 도시개발사업에 필요한 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있고, 이 경우 토지 등의 수용 또는 사용에 관하여 동법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다고 규정한다. 위 각 규정의 문언 내용과 ① 도시개발사업의 시행자에게는 토지 등에 대한 수용권한 등을 인정하고 있어 양도인이 토지 등을 시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 제한될 수밖에 없으므로 양도소득세를 감면하여 양도소득세 부담을 완화함과 동시에 도시개발사업의 원활한 시행을 도모하는 데 이 사건 과세특례규정의 입법 취지가 있는 점, ② 도시개발법 제11조 에서 지정권자로 하여금 시행자를 지정하도록 하고 있고, 시행자의 변경도 지정권자의 결정에 의하여 이루어지도록 한 점, ③ 시행자에게 부여되는 수용 권한 등은 지정권자에 의하여 시행자로 지정된 때에 비로소 행사할 수 있는 것이고, 향후에 시행자로 지정될 가능성이 있다고 해서 그 자에게 수용 권한 등이 인정되는 것도 아닌 점, ④ 시행자로 지정되지는 않았으나 사업권을 양수하는 등으로 향후 시행자로 지정될 가능성이 있는 자에게 토지 등을 양도한 경우에도 이 사건 과세특례규정을 적용하게 되면 기준시점이 불분명하여 이 사건 과세특례 규정의 요건 자체가 불명확해질 수 있는 점, ⑤ 그 밖에 도시개발법 등 관계 규정에서 시행자 지정이 이루어지기 전의 사업시행의 개념을 인정하고 있지도 않은 점 등을 고려할 때, 도시개발사업에 있어서는 사전에 지정권자로부터 시행자로 지정받은 자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 양도 당시 양수인이 시행자로 지정되지 아니한 경우라면 사후에 시행자로 지정되었다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2009두14088 판결의 취지 참조).

2. AA홀딩스가 이 사건 사업의 시행자로 지정되기 전에 원고가 AA홀딩스에 이 사건 토지를 양도한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 이 사건 토지 양도에는 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 라. 가산세를 면제할 정당한 이유가 있는지 여부 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지․착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조). 원고에게 가산세가 부과된 것은 원고가 자기 나름의 해석에 의하여 이 사건 토지 양도에 이 사건 과세특례규정이 적용되는 것으로 잘못 판단한 것에 기인한 것이고, 이는 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하며, 그 밖에 원고가 이미 거액의 양도소득세를 납부하였다거나, 원고에게 조세회피 목적이 없었다거나, 세무조사 등을 거치면서 상당한 시간이 경과하여 가산세 금액이 커졌다는 등의 사정만으로는 원고가 납부의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.