비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대하여 적용되는 양소득세율

사 건 2018구합52240 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2018. 3. 19. 판 결 선 고

2019. 4. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 2. 26. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 경정거부처분을 취소 한다.

• 가. 원고는 비상장 중소기업인 주식회사 bb푸드(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 주주로서, 2016. 12. 20. 그 보유주식 27,500주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 씨제이프레시웨이 주식회사에 1주당 23,835원씩 합계 655,462,500원에 양도하였다.
• 나. 원고는 2017. 2. 28. 이 사건 주식의 양도가 ‘대주주가 양도하는 중소기업 주식’에 해당함을 전제로, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 다.목에서 정한 20%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 100,959,400원을 신고․납부하였다.
• 다. 원고는 2017. 12. 27. ‘구 소득세법 제104조 제1항 제11호 의 나.목에 따른 10%세율의 적용이 배제되는 “대주주”는 “주권상장법인의 대주주”를 의미하는 것인데, 원고는 주권상장법인의 대주주가 아니므로 이 사건 주식의 양도에 관하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에서 정한 10%의 세율이 적용되어야 한다’고 주장하면서, 이미 납부한 2016년 귀속 양도소득세 중 50,479,700원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2018. 2. 26. ‘비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대해서도 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목의 적용이 배제되어 같은 호 다.목에서 정한 20%의 세율이 적용된다’는 이유로 원고에 대하여 양도소득세 경정거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 5. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2018. 8. 2. 기각결정을 받았다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목 및 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 법률제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항에서 규정하고 있는 ‘대통령령으로 정하는 대주주’는, ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 ’주권상장법인‘이라 한다)의 주식 등을 보유한 주주 중에서 일정 비율 이상의주식을 보유한 주주’를 의미하는 것으로 해석해야 한다. 따라서 주권상장법인이 아닌법인(이하 ‘주권비상장법인’이라 한다)인 이 사건 회사의 주주에게는 대주주의 개념이적용될 수 없으므로, 주권비상장법인의 주식(이하 ‘비상장주식’이라 한다)을 양도한 원고에게는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에 따라 양도소득세율 10%가 적용되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 살피건대, 아래와 같은 관련 법령의 문언, 체계, 입법취지, 개정연혁 등을 종합하면, 비상장주식을 양도한 경우에도 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 의 요건을 충족하면 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목의 ‘대주주’로서 같은 호 다.목에 따라 양도소득세율 20%의 적용을 받는다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

1. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 ‘주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것’의 양도로 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있다.

2. 종래 소득세법은, ① 비상장주식 양도의 경우 원칙적으로 과세대상에 포함시키고 있었던 반면, ② 상장주식 양도의 경우에는 주식시장의 활성화를 촉진하기 위하여 양도차익이 발생하더라도 이를 소득세법상의 과세소득으로 취급하지 아니하다가, 자본이득에 대한 과세형평 등을 고려하여 1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정된 소득세법제94조 제3호에서 처음으로 ‘한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 양도소득으로 규정한 이래, 현재까지 주주 및 그와 특수관계에 있는 자가 일정규모 이상의 주식을 소유하거나 소유주식의 시가총액이 일정규모 이상인 경우의 양도를 대상으로 그 양도차익에 대해 과세하는 방식을 취하고 있다. 즉, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 상장주식을 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하되, 일시에 모든 상장주식을대상으로 하기보다는 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호해 주기 위하여, 일정 규모 이상의 주식을 소유한 자의 거래 등을 과세대상으로 하다가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법자의 의도를 반영한 ‘과세범위’에 관한 규정이다[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바32, 2005헌바63․02․04․05(병합) 결정 등 참조], 법문언 및 위와 같은 입법취지를 종합하면, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목은, 일정한 예외에 해당하지 않는 한 원칙적으로 모두 양도소득세 과세대상이 되는 비상장주식의 양도와 달리, 상장주식 양도의 경우에는 ① ‘소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것’과 ② ‘증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것‘에 한하여 그 양도차익이 과세대상이 된다는 의미로 해석될 뿐이고, 이를 넘어 주권상장법인의 경우에만 대주주의 개념을 인정하기 위한 규정이라고는 해석되지 않는다. 따라서 상장법인인지 여부를 불문하고 소유주식의 비율․시가총액 등 대주주의 요건에 관하여 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 의 기준을 충족하면 ’대주주‘에 해당한다고 보아야 하고, 구 소득세법 제94조 와 같은 장에 규정된 제104조 제1항 제11호 나.목의 ‘대주주’도 동일한 의미로 새김이 타당하다.

3. 또한 ① 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 은 ‘대주주’에 해당하기 위한 요건을‘코스닥상장법인의 주식’, ‘코넥스상장법인의 주식’, ‘벤처기업의 주식’ 및 ‘기타 법인의 주식’ 별로 달리 정하고 있고, ② 같은 조 제6항은 같은 조 제4항 제2호에 의해 대주주에 해당하기 위한 시가총액의 산정기준을 주권상장법인의 주식인 경우와 그 외의 경우로 나누어 규정하고 있는바, 이는 비상장법인의 주식의 경우에도 ‘대주주’의 개념이 적 용됨을 전제로 한 것으로 볼 수밖에 없다.

4. 한편 원고는, ‘2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 가.목이 종전과 달리 ’대주주‘의 개념에 관하여 별도로 정의하는 규정을 두고,이에 따라 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의8 제1항 에서 대주주를 ‘주권상장법인의 대주주’와 ‘주권비상장법인의 대주주’로 구분하여 규정하게 된 것은, 위와 같은 법령의 개정을 통해 비로소 대주주의 범위에 비상장법인의주주까지 포함시킨 것‘이라고 주장한다. 그러나 ① 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법의 개정법률안 의안이나 개정이유에서 ‘비상장주식에 대해서도 대주주 기준을 새로이 도입한다’는 취지의 내용은 전혀 찾아 볼 수 없고, ② 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의8 제1항 의 개정이유에서는 ‘비상장주식 양도 시 중소기업 소액주주 우대세율이 적용되지 아니하는 대주주의 지분율 기준을 100분의 1에서 100분의 4로 상향 조정하고, 시가총액 기준은 상장주식 대주주와 동일하게 현행 25억 원에서 2018년 4월 1일 이후부터는 15억 원으로, 2020년 4월 1일 이후부터는 10억 원으로 각각 하향 조정하기 위한 것’이라고 명시하고 있다. 이에 비추어 보면 위 각 개정 규정이 원고가 주장하는 바와 같은 의미를 가진다고 볼 수는 없고, 오히려 대주주의 기준에 관하여 상장법인과 비상장법인을 구분하지 않고 일괄하여 규정하고 있던 구 소득세법령이 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주 기준을 일부 달리하는 내용으로 개정된것이라고 봄이 타당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.