국세기본법에 규정된 부과제척기간 특례를 적용하여처분을 한 것은 적법함

사 건 춘천지방법원2017구합52045 원 고 00건설(주) 피 고 00세무서장 변 론 종 결 2018.12.11. 판 결 선 고 2019.2.22.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 2. 17. 원고에 대하여 한, 2005 사업연도 법인세 0원, 2006 사업연도 법인세 0원, 2007 사업연도 법인세 0원, 2008 사업연도법인세 0원, 2009 사업연도 법인세 0원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 당사자

1. 원고는 00.00. 설립되어 건설업을 영위하는 법인으로, SS 주식회사,주식회사, MD 주식회사, MI 주식회사(이하, 각 ‘주식회사’ 표시는 모두 생략한다), 학교법인 SS학원(이하, ‘SS학원’이라 한다)과 특수관계에 있다.

2. 원고는 SS으로부터 OO2차아파트, KK2차아파트, CC아파트, MM2치아파트 신축공사를 도급받아 이를 완공하였고, SS유통, SS학원으로부터 물류센터건설․대학신축공사를 각 도급받아 이를 완공하였다.

• 나. 피고의 종전처분 및 관련 소송의 경위

1. 대전지방국세청장은 2010. 10. 19.부터 2011. 2. 24.까지 원고에 대한 법인사업자 통합세무조사 결과, 원고가 2005년부터 2009년까지의 사업연도에 특수관계자인 SS산업에 대한 공사대금채권(이하, ‘제1 채권’이라 한다), SS유통․SS대학에 대한공사대금채권(이하, ‘제2 채권’이라 한다), MD․MI건축에 대한 채권(이하,‘제3 채권’이라 한다)을 회수할 수 있었음에도 별다른 합리적인 이유 없이 평균 채권회수기일인 92일을 초과하여 미회수하였다고 보고(이하, 제1, 2, 3 채권과 관련하여 미회수한 대금을 통틀어 ‘이 사건 미수금’이라 한다), 1. 이를 법인세법상의 부당행위계산부인의 대상으로 보아 각 사업연도에 이 사건 미수금에 대한 인정이자를 익금에 산입하고, 2. 이 사건 미수금을 법인세법상의 업무무관가지급금으로 인정하여 각 사업연도차입금에 대한 지급이자를 손금에 불산입하는 내용이 포함된 제세결정결의안을 피고에게 통보하였다. 해당 자료 중 이 사건과 관련된 내역은 다음 표 기재와 같다.

2. 피고는 이에 따라 2011. 3. 2. 원고에게 2005 사업연도 법인세 0원,2006 사업연도 법인세 00원, 2007 사업연도 법인세 00원, 2008 사업연도 법인세00원, 2009 사업연도 법인세 00원을 각 부과․고지하였다(이하, 통틀어 ‘이 사건 종전처분’이라 한다).

3. 원고는 이 사건 종전처분 중 일부의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 00지방법원은 2014. 1. 17. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다(위 법원 2012구합0000호).

4. 원고는 위 판결에 불복하여 항소를 제기하였는데, 00고등법원은 2014. 12.

24. 다음과 같은 이유로 제1심판결을 취소하고, 원고의 청구취지 확장에 따라 이사건종전처분 전부를 취소하는 판결을 선고하였다[00고등법원0 2014누0000호, 이하,‘이 사건 종전판결’이라 한다]. ⑴ 피고가 업무무관자산에 대해 지급이자를 손금불산입하여 이 사건 종전처분을 한 사실, 그러나 피고가 업무무관자산으로 본 것들 중 주차장 감면 토지, 도로용 토지가업무무관자산이 아닌 사실은 모두 당사자들이 다투지 아니하므로, 이와 정반대의 전제에서 행한 이 사건 종전처분은 그것만으로도 전부 위법하다. ⑵ 2008년도 법인세 과세표준이 0000원인 사실, 거기에 법인세 세율(25%)을적용해도 납세고지서의 세액산출근거에 기재한 000원의 법인세를 산출할 수없는 사실, 세액산출근거에 가산세를 별다른 근거 설명 없이 음수인 -0000원으로 기재하고, 거기서 다시 각종 공제세액00원(그 명세도 나와 있지 않다)을 빼 부과세액을 산출한 사실을 인정할 수 있는데, 사정이 이러하다면 위 납세고지서는 해당 본세의 과세표준과 세액 산출근거를 제대로 기재하지 않은 것이므로, 그에 근거한 과세처분은 위법하다. ⑶ 피고가 이 사건 종전처분을 하면서 각 납세고지서에 가산세의 종류와 산출근거를 전혀 기재하지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 가산세 부과처분은 그 납세고지 방식에 하자가 있어 위법하다.

5. 피고가 위 판결에 불복하여 상고를 제기하였으나, 2015. 0.00 상고가 기각되어(대법원 2015두0000호) 이 사건 종전판결이 그대로 확정되었다.

• 다. 피고의 법인세 부과․고지 및 원고의 불복 등

1. 피고는 2016. 2. 17. 원고에게 2005 사업연도 법인세 0원, 2006 사업연도 법인세 0원, 2007 사업연도 법인세0원, 2008 사업연도 법인세 0원, 2009 사업연도 법인세 0원을 각 부과․고지하였다(이하, 통틀어 ‘2016. 2. 17.자 처분’이라 한다).

2. 원고는 2000.0. 중부지방국세청에 이의신청을 하였고, 피고는 2000. 3. 8.이의신청에 대한 결정에 따라 2000. 2. 17.자 처분을 일부 감액하였다.

3. 원고는 2000. 4. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2000. 9. 21. 심판청구가 기각되었고, 원고는 2017. 9. 25. 결정문을 송달받았다.

4. 피고는 2000. 9. 19. 다시 2008 사업연도 법인세 부분을 일부 감액하였고, 이에따라 원고에 대한 법인세 부과처분은 2005 사업연도 법인세 0원, 2006 사업연도 법인세 0원, 2007 사업연도 법인세 0원, 2008 사업연도 법인세 0원, 2009 사업연도 법인세 0원이 남게 되었다(이하, 감액된위 각 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다), 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 부과제척기간 도과

• 가) 이 사건 종전판결은 이 사건 종전처분에 절차적 하자가 있다는 이유와, ‘피 고가 업무무관자산에 대해 지급이자를 손금불산입하여 이 사건 종전처분을 하였는데,위 업무무관자산 중 주차장 감면 토지, 도로용 토지는 업무무관자산이 아니므로, 이와다른 전제에 선 이 사건 종전처분은 전부 위법하다‘는 이유로 이 사건 종전처분을 취소하는 판결을 선고하였다. 그런데 이 사건 처분 중 절차적 하자를 이유로 재처분한것을 제외한 나머지 부분은 이 사건 종전처분과 같은 사유로 내려진 것이므로, 여기에는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 의 부과제척기간 특례가 인정되지 않아 부과제척기간이 도과하였다고 보아야 한다.
• 나) 이 사건 종전처분 중 2008 사업연도에 관한 부분의 경우, 법인세 부과처분 이 아니라 법인세법 제72조 제5항 제1호 에 규정된 결손금 소급 공제에 따른 법인세징수처분에 해당한다. 따라서 원고는 2008 사업연도 소득에 대한 법인세 부과처분을받은 사실이 없고, 그에 대한 소를 제기하거나 판결을 받은 사실도 없다. 또한, 이 사건 종전처분 중 2008 사업연도에 관한 부분과 2016. 2. 17.자 처분 중 2008 사업연도에 관한 부분은 2008 사업연도의 법인세라는 점에서는 같으나, 근거 규정․성질이 서로 다르다. 그러므로 이 사건 처분 중 2008 사업연도에 관한 부분은 부과제척기간 특례의 적용 대상에 해당하지 않는다고 보아야 한다.

2. 부당행위계산 부인 규정 적용 위법(아래와 같이 이해한다)

• 가) 원고가 SS산업으로부터 도급받은 공사의 규모는 합계 760억 원이고, 평균 이익률은 13.38%(원고의 현장관리 잘못으로 손실이 발생한 KK2차아파트를 제외하면14.38%)이다. 즉, 원고는 SS산업과 특수관계에 있었던 덕분에 위와 같은 규모․이익률의 공사를 도급받는 이익을 얻었음에도, 피고는 원고가 공사대금을 다소 늦게 지급받았다는 점만으로 원고와 SS산업의 거래에 부당행위계산 부인 규정을 적용하였다.
• 나) 피고는 원고와 SS산업의 거래와 관련하여, 원고가 발행한 세금계산서․계 산서에 기초하여 원고의 SS산업에 대한 공사대금 채권액 및 발생일을 산정하여 이사건 처분을 하였다. 그런데 원고가 발행한 세금계산서 등은 원고와 SS산업이 작성한 계약서, 부가가치세법, 법인세법에 반하는 것일뿐더러, 작업진행률에 따라 발행된것이 아니다. 설령 원고가 발행한 세금계산서 등이 적법하게 발행된 것이라고 하더라도, 공사대금 채권은 세금계산서가 아니라 공사도급계약에 따라 확정되는데, 원고는 SS산업과 공사도급계약을 체결하면서 국민주택기금 수령 시, 임대분양금 입금 시 기성금을 우선 지급 받기로 약정하였으므로, 세금계산서에 기재된 발행일에 공사대금 채권이 발생한다고 볼 수도 없다. 그럼에도 피고는 사실과 다르게 발행된 세금계산서를 근거로 원고의 공사대금 채권액 및 발생일을 확정하여 이 사건 처분을 하였다.

3. 이 사건 처분 중 2008 사업연도 부분의 계산상 오류로 인한 취소세액 과소 산정피고는 2017. 3. 8., 2008 사업연도 법인세 부과처분을 경정하면서, 계산상 오류를 범하여 취소세액을 과소하게 산정하였다. 즉, 피고의 ‘법인세 과세표준 및 세액 계산서’(을 제3호증의 4)에 따르면, ‘차감징수할 세액’이 169,117원으로, ‘당초 결정 고지세액’이 0원’으로 기재되어 있는데, ’차감고지세액(차감징수할 세액 - 당초결정 고지세액)‘을 ’-0원’(= 차감징수할 세액 0원 - 당초 결정 고지세액 0원)이 아닌 ’-0원’으로 계산함으로써 위법하게 취소세액을 과소하게 결정하였다. 따라서 취소되지 않은 세액 0원(= 30원 -0원)은 추가로 취소되어야 한다.

4. 소멸시효가 완성된 채권을 근거로 익금 산입, 손금 불산입원고의 SS유통, SS대학에 대한 공사대금 채권은 2001. 12. 31. 이전에 발생하였으므로, 2004. 12. 31. 이전에 소멸시효가 완성되었다. 또한, 원고의 MD,MI건축, SS대학, SS미디어, SS유통에 대한 채권도 소멸시효가 완성되었다. 그럼에도 피고는 이미 소멸한 위 각 채권을 근거로 인정이자를 계산하여 익금에 산입하고,지급이자를 손금에 불산입하였다.

5. 인정이자 적용 이자율 오류 법인세법 시행령 제89조 제3항 개정일(2007. 2. 28.) 이후 발생하는 금전대여와 관련하여 인정이자를 계산할 때에는 가중평균차입이자율을 적용하여야 함에도, 피고는2007 사업연도 대여금에 대한 인정이자를 계산하면서 연간 10%, 9%의 이자율을 적용하였다. 또한, 2009. 3. 30. 개정된 법인세법 시행규칙 제43조 제3항 에 따르면 금전대여에 적용되는 이율인 당좌대출이율은 연간 1,000분의 85임에도, 피고는 원고가 연이율 9% 이상으로 대여한 금원에 대하여는 해당 이율을, 나머지 대여금에 대하여는 연이율 9%를 적용하여 인정이자를 계산하였다.

• 나. 관계 규정 별지 기재와 같다.
• 다. 부과제척기간 도과 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 는 ‘국세의 부과에 관한 이의신청․심사청 구․심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는경우에는 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 해당 결정․판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다’고 규정하여 국세부과 제척기간의 특례를 규정하고 있다. 위 특례제척기간 규정이 신설된 입법 취지 등에 비추어 보면, 원칙적으로 확정 된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세단위나 과세기간을 달리하는 새로운과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수는 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 참조).

2. 인정사실

• 가) 원고는 2009. 3. 31. 다음 표 ‘당초’란 기재와 같이 2008 사업연도 법인세 과세표준을 신고하면서, 2008 사업연도의 결손금이 0원이라는 전제에서 법인 세법 제72조에 따라 결손금 소급공제에 따른 환급액0원의 환급 신청을 하 여, 해당 액수를 환급받았다.
• 나) 피고는 위 표 ‘경정’란 기재와 같이 과세표준을 경정하여, 2011. 3. 2. 원고 에게 2008 사업연도 법인세로 0원(= 환급한0원 + 이자0원)을 부과․고지하였다.
• 다) 이 사건 종전판결이 확정되자, 피고는 이 사건 종전처분을 하면서 업무무관 자산으로 보았던 주차장 감면 토지, 도로용 토지에 대한 지급이자를 제외하는 것으로세액을 경정한 뒤, 2016. 2. 17.자 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5에서 8호증, 을 제1, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 판단 이 사건 종전판결이 2015. 9. 10. 확정된 사실, 피고가 2015. 9. 10.로부터 1년이지나기 전인 2016. 2. 17. 원고에 대하여 각 법인세 부과처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 나아가 앞서 본 사실관계에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉,1. 피고가 주차장 감면 토지, 도로용 토지를 업무무관자산으로 보아 그에 대한 지급이자를 손금불산입하여 이 사건 종전처분을 하였다가, 주차장 감면 토지, 도로용 토지가 업무무관자산이 아니라는 이유로 이 사건 종전처분을 취소하는 내용의 이사건 종전판결이 선고되어 확정되자, 주차장 감면 토지, 도로용 토지에 대한 지급이자를 손금에 산입하는 것으로 하여 세액을 경정한 뒤 2016. 2. 17.자 처분을 한 점, 2.원고가 이 사건 종전처분 중 2008 사업연도에 관한 부분이 법인세 ‘부과’처분이라는전제에서 소를 제기하였고, 이 사건 종전판결도 그와 같은 전제에서 이 사건 종전처분을 취소하는 판결을 선고한 점, 3. 피고는 2011. 3. 2. 이 사건 종전처분을 하면서 소급공제받을 결손금을 감소시키는 결의를 하는 외에 익금산입액을 증가시키는 결의도아울러 하였으므로, 이 사건 종전처분 중 2008 사업연도에 관한 부분을 법인세 ‘부과’처분으로 볼 수 있는 점, 4.이 사건 종전처분 중 2008 사업연도에 관한 부분과 2016.2. 17.자 처분 중 2008 사업연도에 관한 부분은 모두 동일한 납세의무자에 대한 2008사업연도 법인세로서, 과세단위나 과세기간이 서로 다르다고 할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 규정된 부과제척기간 특례를 적용하여 2016. 2. 17.자 처분을 한 것은 적법하다고 판단된다. 따라서 원고의 이 부분주장을 받아들이지 아니한다.1)

1. 그 외에도 원고는, ‘피고는 이 사건 종전판결 진행 중 주차장 감면 토지, 도로용 토지가 업무무관자산이 아닌 점을 인정하였음에도, 그에 따른 감액경정을 하지 않음에 따라, 이 사건 종전처분 전체를 취소하는 내용의 이 사건 종전판결이 선고되었다. 그런데 만약 피고가 감액경정을 하였다면, 원고가 이 사건 종전판결 과정에서 이 사건 종전처분의 위법 여부를 판단 받을 수 있었을 것임에도, 피고가 감액경정을 하지 않아 원고는 이 사건 소를다시 제기하여야 하는 불이익을 입게 되었으므로, 이 사건 처분에 부과제척기간 특례 규정을 적용하여서는 아니된다’고도 주장한다. 그러나 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 의 법문에 비추어, 부과제척기간 특례 규정의 적용 범위를 원고 주장과 같이 제한하여 해석할 근거를 찾을 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

• 라. 부당행위계산의 부인 규정을 적용한 것이 위법하다는 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 한편 법인이 특수관계자로부터 지급 받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 그 채권 상당액이 의무이행기한 내에 전부 회수되었다가다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서, 그 미회수 채권 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호

• 나. 목이 규정하는 ‘당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하지만, 채권의 회수 시기를 늦출만한 정당한 사유가 있어 채무의 이행기를 장래의 일정한 사유 발생시로 정한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 채권상당액을 ‘당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당한다고 볼 수 없 다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두16971 판결 등 참조).

2. 인정사실

• 가) 원고의 차입금 및 지급이자 내역은 다음 표 기재와 같다.
• 나) SS산업의 연도별 대여금 및 투자자산 내역은 다음 표 기재와 같다.
• 다) 원고의 대표이사는 2010년 11월 무렵 다음과 같은 내용의 확인서(을 제4호 증의 2)를 대전지방국세청에 제출하였다.원고는 특수관계법인인 SS산업에 대한 YY2차아파트, KK2차아파트, CC아파트,YY2차아파트 신축 공사 미수금을 특별한 사유 없이 회수하지 않고 있으며, 법인세법 제52조 에 따라 인정이자를 계산하여 익금 산입하고 법인세법 제28조 에 따라이자비용을 손금 불산입하는 세무조정을 하여야 하나 이를 이행하지 않았음. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체 의 취지

3. 판단 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비 추어 보면, 원고는 정당한 사유 없이 특수관계에 있는SS산업에 대한 채권의 회수를지연시킴으로써, 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 조세부담을 부당하게 경감시켰다고 판단되므로, 피고가 원고와 SS산업의 거래에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용한 것이 위법하다고 볼 수 없다.

• 가) 먼저, 원고가 SS산업과 공사도급계약을 체결하면서 ‘국민주택기금 수령 시’, ‘임대분양금 입금 시’ 기성금을 지급 받기로 약정하였는지에 관하여 본다. 원고는 이 사건에서 SS산업과 체결한 계약서(갑 제9호증의 1, 갑 제10호증 의 1, 갑 제11호증의 1, 갑 제12호증의 1)를 제출하였으나, 1. CC아파트, YY2차아파트에 관하여는 변경계약서(갑 제10호증의 1, 갑 제11호증의 1)만 제출되었을뿐 원계약서가 제출되지 않아 공사대금 지급 시기를 알 수 없는 점, 2. YY아파트에 관한 계약서(갑 제9호증의 1)에는 ‘기성금을 월 1회 지급한다’고 기재되어 있을뿐인 점, 3. KK아파트에 관한 계약서(갑 제12호증의 1)에는 ‘국민주택기금 수령시,임대분양금 입금시 기성금 우선적으로 지급’이라고 기재되어 있으나, 해당 계약서에는계약당사자, 작성일이 기재되어 있지 않아 진정하게 성립된 계약서인지조차 불분명한점 등에 비추어, 원고가 제출한 각 계약서만으로는 원고가 SS산업과 공사도급계약을체결하면서 공사대금 지급 시기를 ‘국민주택기금 수령 시’, ‘임대분양금 입금 시’로 약정하였다고 보기 부족하다.
• 나) 나아가 1.앞서 본 대로 원고가 공사대금 지급 시기를 ‘국민주택기금 수령 시’, ‘임대분양금 입금 시’로 약정하였다고 보기 어려운 점, 2. 구 부가가치세법(2013.6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제16조 제1항이 납세의무자로 등록한사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급을 받은 자에게 세금계산서를 교부할의무를 규정하고 있고, 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제22조 제2항 제1호가 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다른 세금계산서를 교부한 사업자에 대하여는 가산세를 부과하도록 규정하고 있는데, 이러한 규정들의 취지에 비추어 보면 사업자가 세금계산서를 발행하여 제3자에게교부한 때에는 그 세금계산서가 허위로 작성되었다는 등의 특단의 사유가 없는 한 그세금계산서의 기재내용과 같은 재화 또는 용역의 공급이 있었던 것이라고 보아야 하는점(대법원 1987. 6. 23. 선고 86누663 판결 참조) 등에 비추어, 피고가, 원고가 발행한세금계산서 등에 기초하여 원고의 공사대금 채권 발생일․채권액을 확정한 데 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.
• 다) 설령 원고의 주장대로, 원고와 SS산업이 공사대금 지급 시기를 ‘국민주택 기금 수령 시’, ‘임대분양금 입금 시’로 약정하였다고 하더라도, 1. 건물 신축 공사 도급계약에 있어 공사대금은 작업진행률(기성고)에 따라 지급 받는 것이 일반적인 점, 2.그럼에도 원고는 굳이 공사대금 지급 시기를 ‘국민주택기금 수령 시’ 또는 ‘임대분양금입금 시’로 약정함으로써 채권의 회수시기를 늦춘 이유에 관하여 아무런 주장을 하고있지 않고, 그와 같이 채권 회수시기를 늦추어야 했던 특별한 사정을 찾아볼 수도 없는 점 등에 비추어, 원고가 공사대금 지급 시기를 위와 같이 약정한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 갖춘 것으로 볼 수 없다.
• 라) 원고는 2005년에 비해 2006년부터 2009년까지 차입금액이 약 100배 가까이증가하였을뿐더러, 차입금의 비중 역시 크게 높아졌고, 이로 인하여 지급이자도 2006년 0원, 2007년 0원, 2008년 0원, 2009년0원을 지출하였음에도, 미수금을 회수하지 않았다.
• 마) SS산업은 2005년부터 2010년까지 상당한 액수의 대여금, 장기금융상품, 투자자산 등이 있어 공사대금을 적기에 변제할 여력이 충분하였던 것으로 보임에도,원고가 SS산업으로부터 미수금을 회수하기 위하여 적극적인 조치를 취하였다고 볼만한 자료도 없다.
• 바) 원고의 대표이사는 대전지방국세청의 조사 과정에서 ‘원고는 SS산업에 대 한 YY2차아파트, KK2차아파트, CC아파트, YY2차아파트 신축 공사미수금을 특별한 사유 없이 회수하지 않고 있다’는 내용의 확인서를 제출하였다.
• 마. 이 사건 처분 중 2008 사업연도 부분에 계산상 오류가 있어 취소세액을 과소하게 산정하였다는 주장에 대한 판단

1. 인정사실

• 가) 피고의 법인세 과세표준 및 세액 결정(경정) 결의서(을 제1호증의 4, 을 제3 호증의 4) 중 2008 사업연도에 관한 계산서 부분에는 다음과 같이 기재되어 있다.
• 나) 피고는 위 표 ‘2016. 2. 17.자 처분’란 기재와 같이, 결손금 소급 공제에 따 른 환급세액 징수분과 그 이자 상당액 합계 0원(= 0원 +0원)을 기납부세액에 반영하여 차감고지세액을 0원으로 산정한 뒤,2016. 2. 17. 원고에게 2008 사업연도 법인세로 0원을 부과․고지하였다.
• 다) 피고는 법인세 과세표준을 재계산하는 과정에서 결손금 소급 공제에 따른 환급세액 징수분과 그 이자 상당액이 기납부세액에 잘못 반영된 것을 발견하여, 위 표‘2017. 3. 8. 경정’란 기재와 같이 기납부세액에서 결손금 소급 공제에 따른 환급세액징수분과 그 이자 상당액 0원을 차감하고, 위 0원을 반영한 소급 공제 법인세액 환급결정(경정) 결의를 하여, 2017. 3. 8. 2008 사업연도에 관한 법인세를 0원 감액하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 2, 3, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 판단 원고는, ‘법인세 과세표준 및 세액 결정(경정) 결의서(을 제3호증의 4)상 차감징 수할 세액 0원에서 당초 결정(경정) 고지세액 0원을 뺀 0원이 정당한 취소세액이다’라고 주장한다. 그런데 위 인정사실에 따라 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 1. 피고가 2016.

2. 17.자 처분을 하면서 결손금 소급 공제에 따른 환급세액 징수분과 그 이자 상당액 합계 0원을 기납부세액에 잘못 반영하여 차감 징수할 세액을 0원으로 산정한 점, 2. 이후 피고가 기납부세액에서 결손금 소급 공제에 따른 환급세액 징수분과 그 이자 상당액 0원을 차감하고, 위 0원을 반영한 소급공제 법인세액 환급결정(경정) 결의를 한 점, 3.따라서 당초 결정(경정) 고지세액은 0원(=0원 - 0원)이 되므로, 계산서(을 제3호증의 4)의‘당초 결정(경정) 고지세액’에 기재된 05원은 오기로 보이는 점, 4. 올바른 당초 결정(경정) 고지세액(0원)에 따라 차감고지세액을 계산하면, 계산서(을 제3호증의 4)의 ‘차감고지세액’에 기재된 ‘-0원’(= 0원 - 0원)이되는 점 등에 비추어 보면, 피고가 2008 사업연도 법인세에 관하여 취소세액을 과소하게 산정하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

• 바. 소멸시효 완성 관련 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 참조).

2. 판단 이 사건의 경우, 원고는 SS유통, SS대학, MD, MI건축, SS미디어에 대한 채권자로서 채권 내역과 추심 등에 관한 자료를 모두 보유하고 있을 것으로단되므로, 원고가 위 각 채권의 시효소멸 사실을 증명할 필요가 있다. 그런데 원고가 제출한 증거(갑 제21, 23에서 27호증)에 따르면, 원고가 주장하는각 채권이 2005. 12. 31. 이전에 발생한 사실을 인정할 수 있을 뿐이고, 이를 넘어 원고가 채권자로서 그 추심을 위한 합리적인 노력을 하였음에도 불구하고 시효소멸을 막지 못하였다는 점 등에 관한 증거가 제출되어 있지 않으므로, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고가 주장하는 각 채권의 시효소멸 사실을 인정할 수 없다[오히려 조세심판원 결정문(갑 제3호증의 2)에는, ‘원고가 소멸시효가 완성되었다고 주장하는 채권을 대손금으로 처리하지 않고 여전히 재무제표에 자산으로 계상하고 있다’고 기재되어 있다]. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

• 사. 인정이자 적용 이자율 오류 주장에 대한 판단 1) 법인세법 시행령 제89조 제3항 의 규정 내용 및 개정 내역 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되어 2007. 2. 28.대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3항은, ‘금전 기타 자산을 무상으로 대부하거나 제공한 경우, 재정경제부령이 정하는 당좌대출이자율을 시가로 하되, 당해 법인에게 당좌대출이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우에는 그 차입금에상당하는 금액의 대여금에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다’고 규정하였다. 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되어 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3항은, ‘금전 기타 자산을 무상으로 대부하거나 제공한 경우, 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 계산한 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 한다’고 규정하는 것으로 개정되었고, 위시행령 부칙 제18조는 해당 규정을 위 시행령 시행일(2007. 2. 28.) 이후 최초로 대여하는 분부터 적용하도록 규정하였다. 한편 위 시행령 단서의 위임에 따른 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경 제부령 제547호로 개정되어 2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정되기 전의 것) 제43조 제3항은, ‘재정경제부령으로 정하는 경우’를 ‘특수관계자가 아닌 자로부터 차입한금액이 없거나 차입금 전액이 채권자가 불분명한 사채 또는 매입자가 불분명한 채권․증권의 발행으로 조달된 경우를 말한다’고 규정하고 있다. 이후 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되어 2010. 12.30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3항은 ‘금전 기타 자산을 무상으로 대부하거나 제공한 경우, 해당 법인이 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서 당좌대출이자율과 가중평균차입이자율 중 선택하는 비율을 시가로 한다’고 규정하는 것으로 개정되었고, 위 시행령 부칙 제16조는 해당 규정을 위 시행령 시행일(2009. 2. 4.) 이후 최초로 신고하는 사업연도분부터 적용하도록 규정하고 있다. 법인세법 시행령 제89조 제3항 의 규정 내용 및 개정 내역을 정리하면 다음 표 기재와 같다.
• 나) 원고의 2007 사업연도에 관한 ‘업무무관부동산 등에 관련한 차입금이자조정 명세서’(을 제11호증의 3) 중 ‘지급이자 및 차입금 적수계산’에 기재된 차입금의 이자율중 가장 높은 이자율은 연간 10%이고, 그에 해당하는 차입금 적수는 0 원, 그에 대한 지급이자는 0이며, 위 차입금을 제외한 차입금의 이자율 중 가장 높은 이자율은 연간 9%이다.
• 다) 원고의 2008 사업연도에 관한 ‘가지급금 등의 인정이자조정명세서’(갑 제29 호증, 을 제12호증의 4)에는, 원고가 적용 이자율로 ‘ 법인세법 시행령 제89조 제3항 제1호 에 따른 당좌대출이자율’을 선택한 것으로 기재되어 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 29호증, 을 제4, 11, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

4. 판단

• 가) 2007 사업연도 대여금에 대한 인정이자율의 적법 여부 ⑴ 2007. 2. 28. 이전 대여분에 대한 판단 앞서 본 대로, 2007. 2. 28. 이전 대여분에 대하여는 원칙적으로 당좌대출이 자율(연간 9%)을 적용하여야 하고, 해당 법인에게 당좌대출이자율보다 높은 이자율의차입금이 있는 경우에는 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금에 대하여는 해당 이자율을 적용하여야 한다. 한편 위 인정사실에 따르면, 원고의 2007 사업연도에 관한 ‘업무무관부동산 등에 관련한 차입금이자조정명세서’에 기재된 차입금의 이자율 중 가장 높은 이자율은연간 10%이고, 그에 해당하는 차입금 적수는 534,695,245,200원, 그에 대한 지급이자는 00이며, 위 차입금을 제외한 차입금의 이자율 중 가장 높은 이자율은연간 9%이다. 따라서 피고가 2007 사업연도의 대여금 중 연간 10% 이자율의 차입금 적수 (0원)에 상당하는 부분에 대하여 연간 10%의 이자율을, 나머지 대여금에 대하여 당좌대출이자율(연간 9%)을 적용한 데 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. ⑵ 2007. 2. 28. 이후 대여분에 대한 판단 원고는, ‘2007. 2. 28. 이후 대여분이 있다’고 주장하고, 이에 대하여 피고는, ‘2007 사업연도 가지급금 등의 인정이자조정명세서’(을 제12호증의 3)에 2007. 2. 28.이후 대여분이 없는 것으로 기재된 점을 근거로 2007. 2. 28. 이후 대여분이 없다고 주장한다. 앞서 본 대로 2007. 2. 28. 이후 최초로 대여하는 분부터는 재정경제부령으 로 정하는 바에 따라 계산한 가중평균차입이자율을 적용하나, 가중평균차입이자율의적용이 불가능한 경우로서 특수관계자가 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우에는 당좌대출이자율(연간 9%)을 적용하게 된다. 그런데 원고가 특수관계자가 아닌 자로부터 차입한 금액이 있다고 볼 만한 자료가 없는 이상, 원고에게 2007. 2. 28. 이후 대여분이 있는지 여부와 무관하게, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우에 해당하여 당좌대출이자율(연간 9%)을 적용하여야 한다.따라서 설령 원고의 주장대로 2007. 2. 28. 이후 대여분이 있다고 하더라도,피고가 당좌대출이자율(연간 9%)을 적용하여 인정이자를 계산한 것이 위법하다고 볼수 없다.
• 나) 2008, 2009 사업연도 대여금에 대한 인정이자율의 적법 여부 ⑴ 원고는, ‘2008, 2009 사업연도 대여금에 대하여 가중평균차입이자율이 적용 되어야 한다’고 주장한다. 그런데 앞서 본 대로 2009. 2. 4. 이후로 최초로 신고하는 사업연도분부터는, 해당 법인이 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서 당좌대출이자율과가중평균차입이자율 중 선택한 비율을 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속 적용하여야 하는데, 위 인정사실에 따르면, 원고가 2009. 2. 4. 이후 신고한 2008 사업연도에관하여 적용할 이자율로 당좌대출이자율을 선택하였으므로, 피고가 2008, 2009 사업연도에 관하여 당좌대출이자율을 적용한 것이 위법하다고 볼 수 없다. ⑵ 원고는, ‘ 법인세법 시행규칙 제43조 제3항 이 2009. 3. 30. 개정되어 당좌대 출이자율이 연간 8.5%로 변경되었음에도, 피고가 이를 초과하는 이자율을 적용하여 인정이자를 계산하였다’고도 주장한다. 그러나 을 제3호증의 5의 기재에 따르면, 피고가

2017. 3. 8. 연간 8.5%의 당좌대출이자율을 적용하여 2009 사업연도의 인정이자를 경 정한 사실이 인정되므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

• 아. 소결 따라서 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 주장을 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.