총급여액 3천7백만 원 규정 시행이후 양도분은 전체 경작기간에 대하여 쟁점규정의 적용을 받음

사 건 2016구합610 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2017. 9. 19. 판 결 선 고

2017. 10. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 6. 7. 원고에 대하여 한 양도소득세 14,994,120원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 4. 22. ○○시 ○○면 ○○리 1204-2 도로 318㎡(2005. 7. 15. 같은 리 전 268㎡와 같은 리 1204-5 도로 50㎡로 분할되었다. 이하, ‘분할 전 ○○리 1204-2 토지’라 한다), 같은 리 1204-4 답 822㎡(이하, 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 2014. 8. 14. CCC, DDD에게 매도한 후 피고에게 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지를 이유로 한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 피고는 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지를 보유한 기간 중 2003년부터 2008년까지 기간의 총급여액이 3,700만 원 이상인 사실을 확인하고, 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 에 따라 이 사건 토지 보유 기간(11년 4개월)에서 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간(6년)을 제외하면 8년 이상 자경 요건을 충족하지 못한다는 이유로 자경 감면신청을 배제하여 2016. 6. 7. 원고에게 2014년 귀속 양도소득세 14,994,120원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2016. 6. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 7. 22. 기각되었다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 1983년부터 ○○시에서 거주하면서 2009년까지 ○○시에 위치한 주식회사 EEEEE에서 근무하였고, 이 사건 토지를 취득한 후 여가 시간, 공휴일, 휴가 등을 이용하여 거주지로부터 5㎞ 내에 있는 이 사건 토지를 8년 이상 경작하였으므로 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조 제1항에 규정된 양도소득세 감면 요건을 충족하였다.

2. 피고는 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 제외한다는 내용의 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제66조 제14항(2014. 2. 21. 신설되어 2014. 7. 1.부터 시행되었다. 이하, ‘이 사건 쟁점조항’이라 한다)에 따라 원고의 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간(2003년부터 2008년까지)을 제외하면 원고가 8년 이상 이 사건 토지를 자경하였다고 볼 수 없다는 이유로 자경감면을 부인하였는데, ① 이 사건 쟁점조항은 구체적․개별적 법률의 위임 없이 신설되었으므로 조세법률주의 또는 법률유보원칙에 반하고, ② 이 사건 쟁점조항은 이미 완결된 과세요건 사실에 관하여 소급과세를 하는 것이어서 소급입법금지원칙에 반하며, ③ 이 사건 쟁점조항은 유예기간이 지나치게 짧아 과잉금지원칙에 반하여 납세자의 재산권을 침해하므로 이 사건 쟁점조항은 위헌․위법으로 무효에 해당하여 이를 근거로 한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

3. 이 사건 쟁점조항이 유효하더라도, 이 사건 쟁점조항의 시행일(2014. 7. 1.) 이후 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간만을 경작기간에서 제외하여야 함에도 이 사건 처분은 시행일 이전 기간(2003년부터 2008년까지)을 경작기간에서 제외한 위법이 있다.

• 나. 관계 규정 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고가 구 조세특례제한법 제69조 제1항 에 규정된 양도소득세 감면 요건을 충족하였는지(원고가 8년 이상 이 사건 토지를 경작하였는지) 1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제1항 에 따르면, 양도소득세의 감면을 받기 위해서는 8년 이상 해당농지가 소재하는 시·군·구, 해당농지 소재지와 연접하는 시·군·구 안의 지역 또는 해당농지로부터 직선거리 20㎞ 이내의 지역에 거주하면서 해당농지를 직접 경작하여야 한다. 구 조세특례제한법 시행령제66조 제13항은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하여야 한다고 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 ‘상시 종사’ 및 ‘자기의 노동력’의 의미는 문언대로 해석하여야 하고(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 참조), 다른 직업에 전념하면서 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 2002. 10. 11. 선고 2002두844 판결 등 참조), 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건으로서 양도한 토지를 직접 경작한 사실에 대한 증명책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조). 갑 제6 내지 9호증의 각 기재에 의하면, 원고가 1983. 1. 16. ○○시로 전입한 이래 이 사건 토지를 양도한 후인 2014. 9. 26.경까지 계속해서 ○○시에 거주한 사실, 농지원부(갑 제7호증)에 원고가 이 사건 토지 중 ○○리 1204-2 토지와 ○○리 1204-4 토지를 자경한다는 취지가 기재되어 있는 사실, 이장 FFF가 2014. 9. 21. 원고가 2003년 3월부터 2014년 9월까지 이 사건 토지 중 ○○리 1204-2 토지와 ○○리 1204-4 토지를 경작하였다는 내용의 경작사실확인서를 작성한 사실, 거래자별 매출 상세내역(갑 제9호증)에 원고가 소초농협 장양지점에서 농작물, 퇴비, 농약 등을 구매한 것으로 기재되어 있는 사실이 각 인정되나, 한편으로 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 토지를 양도하기 전 8년 이상 “농작물의 경작에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 직접 경작하였음”을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 쟁점조항의 무효 여부와 무관하게 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

• 가) 이 사건 토지 중 분할 전 ○○리 1204-2 토지는 지목이 도로였다가 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후인 2005. 7. 15.에야 비로소 같은 리 1204-2 전 268㎡와 같은 리 1204-5 도로 50㎡로 분할되었는데, 분할 전 ○○리 1204-2 토지가 지목이 도로였던 기간 중 농지로 이용되었다고 단정할 수 없고, 분할된 ○○리 1204-5 토지는 원고가 보유한 기간 중 계속하여 지목이 도로였으므로 역시 농지로 이용되었다고 보기 어렵다[농지원부(갑 제7호증)에도 ○○리 1204-5 도로 50㎡는 포함되어 있지 않은 상태이다].
• 나) 농지원부(갑 제7호증)는 농지관리 및 농업정책의 효율적 추진을 위해 작성·비치하는 행정 내부자료로서 행정관청이 직접 원고의 경작 사실을 확인한 후 농지원부를 작성하였다고 볼 만한 자료가 없어 그 기재 내용을 그대로 신빙하기 어려울뿐더러, 농지원부의 기재 내용에 따르더라도 농지원부의 최초작성일이 2008. 5. 15.로 되어 있는 점, 거래자별 매출 상세내역(갑 제9호증)에 원고가 농작물 등을 구매한 기간이 2010년(2010. 3. 25.부터 2010. 8. 16.까지), 2011년(2011. 4. 15.부터 2011. 8. 23.까지), 2013년(2013. 4. 12.)으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 원고의 경작기간은 8년에 못 미치는 약 6년 3개월(2008. 5. 15.부터 이 사건 토지를 양도한 2014. 8. 14.까지)에 불과하다.
• 다) 원고가 2003년부터 2009년까지 주식회사 케이티앤지에서 근무하면서 2003년부터 2008년까지 3,700만 원 이상의 급여를 수령한 점에 비추어 원고가 2003년부터 2008년까지는 위 회사에서 근무하는 데 전념하였을 것으로 추측되므로, 원고가 해당 기간 중 농작물의 경작에 상시 종사하였다거나, 여가 시간, 공휴일, 휴가 등을 이용하여 농작업의 1/2 이상을 원고의 노동력으로 직접 경작하였다고 보기 어렵다.

2. 이 사건 쟁점조항이 무효인지(부가적 판단)

• 가) 이 사건 쟁점조항이 조세법률주의 또는 법률유보원칙에 반하는지 구 조세특레제한법 제69조 제1항은 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하여 거주자, 경작 방법, 토지에 관하여 명시적으로 하위 법령에 위임하고 있을 뿐 경작 기간인 8년에 관하여는 하위 법령에 위임하고 있지 않다. 다만 다음과 같은 사정을 고려하면, 이 사건 쟁점조항은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 중 ’농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 경작한 토지‘라는 위임규정에 근거하여 제정된 것이라고 봄이 타당하므로 이 사건 쟁점조항이 조세법률주의 또는 법률유보원칙에 반한다고 볼 수 없다. ⑴ 이 사건 쟁점조항은 경작 기간 중 거주자의 소득세법 제20조 제2항 에 따른 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 제외하도록 규정하고 있는데, 이는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 에 규정된 ‘거주자가 8년 이상 경작’이라는 요건을 ‘총급여액 3,700만 원 미만의 거주자로서 8년 이상 경작할 것’으로 제한한 것일 뿐 제69조 제1항에 규정된 경작 기간(8년) 자체를 확대한 것이 아니므로 이 사건 쟁점조항은 명시적 위임 규정(‘대통령령으로 정하는 거주자’)에 따라 규정된 것으로 보아야 한다. ⑵ 구 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되고 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제1호는 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하였는데, 위 법 제69조의 입법목적은 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주기 위한 것으로서, 특히 위 법 제69조 제1항 제1호의 목적은 외지인의 농지투기를 방지하고 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업·농촌을 활성화하기 위하여 그 면제 대상자를 육농정책의 변화에 따라 융통성 있게 정할 수 있도록 대통령령에 위임한 것이다(헌법재판소 2003. 11. 27. 선고 2003헌바2 전원재판부 결정 참조). 위와 같은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 의 입법목적 및 조세감면의 우대조치의 한정된 범위를 고려하면, 위 조항에 따라 대통령령에서 양도소득세가 면제되는 것으로 규정될 내용은 ‘경작 기간(8년) 중 육농정책의 필요성에 부합하는 경우’에만 한정된다고 예측할 수 있다.
• 나) 이 사건 쟁점조항이 소급입법금지원칙에 반하는지 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수 없다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2008두9324 판결 등 참조). 이 사건 쟁점조항은 앞서 본 대로 양도소득세 감면 요건을 강화하는 방향으로 개정되어 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있고, 2014. 7. 1. 이후 양도되는 분부터 적용되도록 규정되어(구 조세특례제한법 시행령 부칙 제1조 단서, 제2조 제3항) 농지의 취득․보유․경작이라는 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하고 있으나, 이 사건 쟁점조항 시행 이후 양도되는 농지에 적용될 뿐 시행 이전 이미 양도되어 법률관계가 종결된 농지에 적용되는 것은 아니므로 이 사건 쟁점조항이 소급입법금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.
• 다) 이 사건 쟁점조항이 과잉금지원칙에 반하는지 이 사건 쟁점조항이 2014. 2. 21. 신설되어 2014. 7. 1. 이후 양도되는 분부터 적용된다고 규정됨으로써 약 4개월의 유예기간이 주어졌는데, 원고가 이 사건 토지를 처분함에 있어 위 기간이 지나치게 짧다고 보기 어려운 점, 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없는 점(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 전원재판부 결정 등 참조) 등에 비추어 이 사건 쟁점조항이 과잉금지의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.
• 라) 소결 따라서 이 사건 쟁점조항이 무효라고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장을 받아들이지 아니한다.

3. 이 사건 쟁점조항 시행일 이후 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간만을 경작기간에서 제외하여야 하는지(부가적 판단) 이 사건 쟁점조항은 구 조세특례제한법 제66조 제4항 에 따른 경작한 기간 중 거주자의 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 제외하도록 규정하고 있고, 위 제66조 제4항은 경작 기간을 ‘취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상’으로 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점조항에 따라 경작기간에서 제외되어야 하는 기간은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 경작기간 중 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간으로 해석될 뿐이고, 원고의 주장과 같이 이 사건 쟁점조항 시행일 이후의 기간만을 경작기간에서 제외하여야 한다고 볼 아무런 근거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 피고는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 에 따라 이 사건 토지 보유 기간(11년 4개월)에서 총급여액이 3,700만 원 이상인 기간(6년)을 제외하면 8년 이상 자경 요건을 충족하지 못한다는 이유로 이 사건 처분을 하였다가, 이 법원에서 원고가 8년간 이 사건 토지를 자경하지 못하였다는 처분사유를 추가하였다. 그런데 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니므로(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결 참조), 피고의 처분사유 추가는 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 이루어진 것이어서 허용된다고 봄이 타당하다.