조세특례제한법 제127조 단서규정상 ‘일부’의 개념은 기간개념이 아닌 물리적 개념임

사 건 2015구합4134 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2015. 9. 9. 판 결 선 고

2015. 10. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 7. 3. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 별지 목록 기재 각 지번 소재 농지(이하 ‘이 사건 각 농지’라 한다)를, 소득세법상 의제취득일인 1985. 1. 1. 이전부터, 도시계획 및 관리에 관한 법률에 의하여 공업지역으로 지정된 2003. 1. 24.(이하 ‘이 사건 지정일’이라 한다)까지, 8년 이상의 기간 동안 소유자로서 직접 경작하여 왔다.
• 나. 원고는 2010. 12. 29.경 이 사건 각 농지를, 수용을 원인으로 한국산업단지공단에게 양도한 후, 2011. 2. 28.경 피고에게 위 수용으로 받게 될 보상금이 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득’에 해당한다는 이유로 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고만 한다) 제77조(이하 ‘수용감면규정’이라 한다)를 적용하여 계산한 양도소득세 687,766,470원을 예정신고·납부하였고, 2012. 6. 29.경에는 피고에게 이 사건 각 농지 중 일부 필지의 보상액의 증가로 인한 양도소득세 9,662,062원을 추가신고·납부하였다.
• 다. 원고는 2014. 2. 18. 피고에게, 이 사건 각 농지 중 별지 목록 제7 내지 12항 기재 각 지번 소재 농지(이하 '이 사건 제1 농지‘라 하고, 나머지 농지를 ’이 사건 제2 농지‘라 한다)가 8년 이상 자경한 농지에 해당한다는 이유로, ’당초 수용감면규정을 적용하여 신고·납부한 이 사건 제1 농지에 관한 양도소득세‘에서 ’자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관하여 규정하고 있는 법 제69조(이하 ‘자경감면규정’이라 한다)를 적용하여 계산한 양도소득세‘를 공제한 나머지 23,969,886원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 제1 경정청구’라 한다)를 하였고, 피고는 위 청구에 따른 환급결정을 하였다.
• 라. 원고는 2014. 5. 21. 피고에게, 이 사건 각 농지에 관하여 이 사건 지정일까지의 보유기간에 대하여는 자경감면규정을, 이 사건 지정일 이후 보유기간에 대하여는 수용감면규정을 적용하여 양도소득세를 계산하여야 한다는 이유로, 43,454,357원을 추가로 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 제2 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 중복지원의 배제에 관하여 규정하고 있는 법 제127조 제7항(이하 ‘배제규정’이라고만 한다)에 근거하여 2014. 7. 3. 이 사건 제2 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2014. 10. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 12. 10. 원고의 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고는, 배제규정의 단서를 토지등의 ‘면적별 내지 물리적 부분별’ 뿐만 아니라 ‘보유기간별’로도 서로 다른 감면규정이 적용될 수 있도록 규정하고 있는 것으로 해석해야 하므로, 위 배제규정의 단서 규정에 따라 이 사건 각 농지에 관하여, 이 사건 지정일까지의 보유기간에 대하여는 자경감면규정을, 이 사건 지정일 이후 보유기간에 대하여는 수용감면규정을 적용하여 양도소득세를 산정할 수 있음에도 불구하고, 배제규정을 근거로 원고의 이 사건 제2 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

2. 이에 대하여 피고는, 배제규정의 단서 중 ‘토지등의 일부’라 함은 ‘토지등의 한 부분’을 일컫는 것으로 면적 내지 물리적 부분의 개념임이 문언상 명백하므로, 이를 원고의 주장과 같이 기간별 개념으로 해석하는 것은 가능한 해석범위를 벗어난 유추해석 내지 확장해석으로 허용될 수 없다고 주장한다.

• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건의 쟁점인 배제규정의 단서를 토지등의 ‘면적별’ 뿐만 아니라 ‘보유기간별’로도 서로 다른 감면규정을 적용받을 수 있도록 규정하고 있는 것으로 해석할 수 있는지에 관하여 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 앞서 채택한 증거에 배제규정의 내용과 입법목적 등을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉, (1) 배제규정의 단서는 ‘토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여는 다른 감면규정을 적용받을 수 있다’고 규정하고 있는 점, (2) 배제규정의 단서상 ‘토지등’은 ‘토지 또는 건물’을 가리키는 점(법 제60조 제6항), (3) 그렇다면 위 배제규정의 단서는 토지 또는 건물을 양도한 경우 물리적 부분별로 유리한 감면규정 중 하나를 선택하여 감면을 수 있다는 내용을 규정하고 있음이 법문상 명백한 것으로 보이는 점, (4) 원고도 배제규정의 단서를 위와 같이 해석하고 이 사건 각 농지를 이 사건 제1 농지와 이 사건 제2 농지로 나누어, 제1 농지에는 자경감면규정을, 제2농지에는 수용감면규정을 적용받는 것을 전제로 이 사건 제1 경정청구를 한 것으로 보이는 점, (5) 법이 여러 가지 조세감면규정과 함께 배제규정을 둔 것은 동일한 토지 또는 건물의 양도에 있어 납세자가 조세감면의 혜택을 중첩적으로 받는 것을 제한하려는데 그 취지가 있다고 할 것인데, 배제규정의 단서를 원고의 주장과 같이 보유기간별로도 서로 다른 감면규정을 적용받을 수 있도록 규정한 것이라고 해석하게 되면, 이 사건 각 농지의 양도에 있어 원고는 수용감면의 혜택과 자경감면의 혜택을 중첩적으로 받게 되는 결과가 되어 법이 배제규정을 둔 취지에 정면으로 반하게 되는 점, (6) 법에 구조조정대상 부동산 내지 신축주택 등을 양도하는 경우 양도소득세의 감면여부 내지 감면내용을 보유기간별로 달리 적용하는 규정 및 일정기간 동안 발생한 양도소득세를 산정할 수 있는 규정을 두고 있다 하더라도 위 규정들과 배제규정 단서 사이에 어떠한 유기성 내지 체계성이 있다고 보기 어려워 위 규정들이 배제규정 단서를 보유기간별 개념으로 해석하여야 하는 근거가 될 수는 없는 점, (7) 달리 배제규정 단서를 보유기간별 개념으로 해석하여야 할 특별한 사정 내지 합리적 이유를 찾을 수 없는 점 등에 비추어 보면, 배제규정 단서를 원고의 주장처럼 토지등의 보유기간별로 서로 다른 감면규정을 적용받을 수 있도록 규정하고 있는 것으로 해석할 수는 없다 할 것이다.

3. 따라서 피고가 배제규정을 적용하여 원고의 이 사건 제2 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.