2. 이 사건 처분의 적법 여부
1. 절차적 위법성 이 사건 처분은 다음과 같이 법령에 규정된 절차를 위반한 세무조사를 통해 확보 된 자료를 기초로 한 것이므로 위법하다.
① 피고의 직원들은 1차 조사 당시 장부， 컴퓨터파일 등 모든 자료를 수집하여 실질적으로 세무조사를 하였기에， 2차 조사는 1차 조사와 그 대상을 같이 하여 재조사에 해당하는데， 피고는 법 제81조의4 제2항 각호의 사유가 없음에도 재조사를 하였고， 법 제81조의8 제1항 단서 각호의 사유가 없음에도 조사기간을 연장하였으며， 납세보호사 무처리규정 제42조 제4항에 따라 조사기간 종료 전에 직접 원고에게 연장통지를 하지도 않았고，그 연장통지도 조사기간이 경과한 후에 원고에게 도달되었다. 따라서 2차 조사는 법률에 규정된 절차를 위반한 것이고， 이에 근거한 3차 조사 또한 위법하다.
② 원고는 서울사업장과 춘천사업장을 운영하고 있고 각 사업장은 별개인데， 이 사건 처분의 근거가 된 수입금액 중 1차 조사 후 작성된 확인서(갑 제1호증， 을 제15 호증)에 기재된 수입금액을 초과하는 부분은 피고의 직원이 서울사업장에서 조사하여 확인한 것이므로 법 제44조의 세무관할 위반에 해당한다.
2. 실체적 위법성 이 사건 처분은 다음과 같이 누적 수입금액 산정에 오류가 있으므로 위법하다.
① 피고가 원고의 조사대상기간 총 수입금액의 근거로 삼은 통장 입금액에는，㉠ 원고가 연립주택을 소유하면서 2005. 4.경부터 2008. 6.경까지 지급받아 통장에 입금한 월세 000원과 전세금 000원，㉡ 원고가 지인들에게 대여한 금원을 여러 차례에 걸쳐 변제받은 000원，㉢ 원고가 ’EE상사’라는 상호로 사업을 하면서 발생한 외상매출금의 회수금 1억 5천만 원이 포함되어 있다.
② 관련 형사판결은 원고가 2005년 1기부터 2008년 1기까지 총 0000원의 부가가치세를 포탈하였음을 인정하였으므로， 피고는 원고에 대하여 위 금액을 초과한 부가가치세 부과처분을 할 수 없다.
③ 서울사업장과 춘천사업장은 별개의 사업장이므로 서울사업장의 매출금액을 포함하여 산정한 매출금액을 기초로 부가가치세를 부과할 수 없다.
1. 절차적 위법 여부
- 가) '2차 조사가 재조사에 해당하는지 구 법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제1항은 세무 공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며， 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다고 규정하면 서， 같은 조 제2항에서 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 각 호에서 정한 사유에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 한편 '현지확인’이라 함은 자료상혐의자료，위장가공자료， 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무， 민원처리 등 을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료，과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업 무， 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말하고，’세무조사’라 함은 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 조세범처벌법， 조세범처벌절차법에 의하여 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것을 말하며 일반세무조사와 조세범칙조사로 구분된다(조세사무처리규정 제2조). 갑 제1， 2 내지 5호증， 을 제4， 15호증(해당 가지변호 포함)의 각 기재， 증인 이FF의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면， 피고의 직원은 이 사건 사업장에 대하여 2008. 12. 18.부터 같은 달 26.까지 탈세제보에 관한 사실확인을 하여 현지확인을 하 되， 그 결과 명백한 탈루세액이 발견되어 조사전환이 필요하다고 판단되는 즉시 조사 유형을 전환하여 세무조사를 실시하고， 현지확인 결과에 대하여 현지확인종결보고서에 의거 서장 결재를 받는 내용으로 현지확인계획을 세운 후 피고로부터 결재를 받은 사실， 이에 최DD 등 피고의 직원 5명은 2008. 12. 18. ’조사원증’이 아닌 ’현지확인출장 증’을 소지하고 원고의 춘천사업장에 나가 원고의 직원들에게 2008. 12. 18.부터 같은 달 26.까지 조사를 한다는 내용의 문서를 제시한 사실， 피고의 직원들은 이 사건 사업장에서 원고의 직원들로부터 컴퓨터 하드디스크를 임의로 제출받고 노트와 메모를 점검하여 차명계좌로 의심되는 계좌에 관한 정보 등을 적어간 사실， 원고는 2008. 12. 19. "귀서에서 2008년 12월 18일부터 2008년 12월 26일까지 실시하는 현지확인 실시 와 관련하여 국세기본법 제81조의2 제2항 및 제81조의7 제1항의 규정에 따라 교부한 아래의 서류를 수령하였습니다”라고 기재된 수령증에 날인한 사실， 피고는 탈세제보관 리규정에 따라 현지확인이 탈세제보에 의한 것이라는 점을 알리지 않기 위하여 ’현지 확인출장증’에 그 확인 목적을 ’탈세제보의 사실여부 확인’이 아닌 ’총 수입금액 누락여부 확인’이라고 기재한 사실， 피고는 2차 조사에서 조사대상기간의 모든 매출·매입 거래， 전체적인 자금흐름， 관련인들에 대한 확인， 거래처 확인， 장부외 비용 지출 유무 등에 대한 조사를 실시한 사실， 2차 조사를 통해 원고의 세금탈루가 여러 명의의 차명 계좌를 통하여 이루어진 것을 확인하고 금융조사를 위해 조사기간을 연장하게 된 사실， 원고는 2008. 12. 26. "상기 본인은 2008. 12. 18.부터 2008. 12. 26.까지 실시 한 수 입금액 누락여부 확인을 위한 현지확인에서 일별판매전표 및 지로판매에 의한 2005. 1 기부터 2008. 1기까지 수입금액(매출)이 아래와 같음을 확인합니다，
• 아 래 -
2005. 1기 000원， 2005. 2기 000원， 2006. 1기 0000원， 2006. 2기 000원， 2007. 1기 000원， 2007. 2기 0000원， 2008. 1기 000원”라고 기재된 확인서에 서명·날인한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면， 비록 피고가 1차 조사 완료 후 원고로부터 위와 같이 수 입금액을 확인받았다고 하더라도 1차 조사는 조사가 이루어진 경위， 조사의 내용 및 범위 등에 비추어 보면 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 또는 사업자에 대한 사업장현황 확인 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위인 현지확인에 해당한다 할 것이고，2차 조사는 현지확인 결과를 토대로 한 것으로서 재조사가 아닌 최초의 세무조사라고 봄이 상당하므로， 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
- 나) 통지절차 위반 여부 우선 원고가 주장하는 납세자보호사무처리규정은 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로 피고가 세무조사를 함에 있어 위 규정에 정한 세무조사 기간의 제한， 세무조사기간 연장절차 등에 위반하였다고 하더라도 그러한 사유만으로 이 사건 처분을 위법하다 고 볼 수 없다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2009두2580 판결， 그 전심인 서울고등법원 2008. 12. 19. 선고 2008누34707 판결 참조). 또한 을 제5호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면， 피고가 원고에게 조사기간 연장 통지서를 등기우편으로 발송하고 2009. 2. 13. 우체국으로부터 우편요금후납계산서를 받은 사실을 인정할 수 있어， 원고는 최초 조사기간 종료일 직후 조사기간 연장통 지를 실제로 수령한 것으로 보이고， 과세처분은 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부 에 의하여 결정되어야 하는 것이어서 피고가 조사기간 종료일 전에 원고에게 조사연장 통지를 하지 않은 것을 절차상 하자로 본다고 하더라도 절차위배의 내용， 정도， 실제 통지 여부 등에 비추어 이를 이 사건 처분의 취소할 만한 사유로 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
- 다) 세무관할 위반 여부 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제4조에 의하면 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 하고(제1항)， 사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄 하여 납부할 수 있다(제2항). 그리고 「국세청 부가가치세법 집행기준 4-4-4 [사업장에 해당하지 않는 장소의 예시]J 에는 제품의 판매목적이나 보관·관리를 위한 별도의 시설을 갖추지 아니하고 단순히 견본품만을 전시할 목적으로 진열시설을 갖춘 장소，재 화 또는 용역의 공급 없이 주문만을 받는 장소， 물품을 판매하지 아니하고 단순히 본점의 지시에 따라 판매업무에 수반하는 상품의 수주나 대금의 영수，신용조사 및 주문처와의 단순한 업무연락만 하는 장소 등을 부가가치세법상 사업장에 해당하지 아니하는 장소로 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대， 갑 제8， 9， 14호증의 2， 3의 각 기재， 증인 이OO， 반OO의 각 증언(증인 이OO의 증언 중 뒤에서 배척하는 부분 제외)에 의하면， 원고는 2005. 7.경부터 2007. 4.경까지는 서울 종로구 OO동 000에， 2007. 4.경부터는 서울 동대문구 0000호에 각 사무실을 둔 사실， 위 서울사업장에는 현재 상근 근로자 3명， 판매실적에 따라 수당을 받는 영업직 25명이 각 고용되어 있고， 일부 옥제품이 진열되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 그러나 나아가 원고가 서울사업장에서도 옥제품을 직접 판매하였다는 사실에 부합하는 듯한 증인 이OO의 일부 증언은 이를 그대로 믿기 어렵고， 갑 제8 내지 17호 증(해당 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하며 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다 오히려 갑 제5호증， 을 제8， 10호증， 증인 이OO의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면， 원고는 서울사업장에 대하여는 사업자등록을 하지 않았고， 피고에게 춘천사 업장에서 총괄하여 세금을 납부하겠다는 신고를 하지도 않은 사실， 원고는 서울사업장과 춘천사업장 별로 판매수량， 판매대금 등을 나누어 관리하지 않았고(통장 개설 지역만으로 사업장 별로 매출금을 따로 관리했다고 인정하기는 어렵다)， 서울사업장에서 춘천사업장으로 거래명세서， 영수증 등을 보내면 춘천사업장에서 일괄하여 세금계산서를 발행하고 세금신고를 하는 방식으로 사업을 운영해 온 사실을 인정할 수 있는바， 위 인정사실에 의하면 서울사업장은 단순히 견본품만을 전시할 목적으로 진열시설을 갖춘 장소이거나 물품을 판매하지 아니하고 단순히 본점인 춘천사업장의 지시에 따라 판매 업무에 수반하는 상품의 수주나 대금의 영수，신용조사 및 주문처와의 단순한 업무연락만을 하는 장소로 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2. 실체적 위법 여부
- 가) 변제금 등에 관하여 소득세법의 규정에 의한 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바，관계 법령에서 규정하고 있는 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로，납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이고，일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없고(대법원 1998. 3. 24. 선고 97누9895 판결 참조)，위와 같은 법리는 부가가치세 부과의 경우에도 마찬가지라 할 것이다. 이 사건의 경우， 갑 제1， 5， 7호증， 을 제11호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지에 의하면，① 원고는 개업 초기부터 원고， 원고의 처인 조OO， 조카인 안OO와 전OO， 형인 전OO 명의의 계좌를 사용하여 사업을 한 사실，② 피고는 원고 계좌 및 위 차명 계좌의 입금내역을 토대로 이 사건 사업장의 수입금액 누락내역 을 확인한 사실을 인정할 수 있으므로， 피고가 위와 같은 방법으로 원고의 총 수입액을 결정한 것은 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이고，① 갑 제12， 13호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 ’EE상사’ 운영으로 인한 외상매출금이 존재한다고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며， 오히려 을 제8， 9호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 원고는 1988. 8. 26.부터 서울 동대문구 0000에서 'EE상사’라는 상호로 주방용품 등을 판매하다가， 2003. 3. 25. 사업부진을 이유로 폐업한 사실 원고는 위 사업으로 2002년에는 부가가치세 신고를 하지 않았고 2003년 제1기에 매출액 000원을 신고한 사실， 원고는 이 사건 사업장을 위 폐업일로부터 약 2년 후인 2005. 4. 16. 개업한 사실을 인정할 수 있을 뿐이고，② 갑 제12， 13호증(해당 가지변호 포함)의 각 기재만으로 원고가 위 폐업일 이후에도 ’EE상사!라는 상호로 영업을 계속하면서 이 사건 처분의 대상기간 동안 물품을 판매하였다거나 서울사업장에서 춘천사업장과 별도로 물품을 판매하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으며，③ 원고에게 월세나 전세금 수입이 있었다거나 위 000원이 원고가 지인들에게 대여한 금원을 변제받았다고 인정 할 아무런 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 할 수 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.
- 나) 형사판결에 관하여 원고가 이 사건 처분의 대상기간과 같은 기간 동안 총 000원의 부가가치세를 포탈하였다는 범죄사실로 유죄의 판결을 받은 사실은 앞서 인정한 바와 같으나，이는 검사가 이 사건 처분의 근거가 된 위 기간의 총 공급가액인 000원보다 적은 금액인 000원을 총 공급가액으로 하여 기소하였기 때문에 포탈세액이 0000원으로 정해진 것으로 보이므로， 위 인정사실만으로 위 금액을 초과하여 부가가치세 부과처분을 하는 것이 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유없다.
- 다) 서울사업장에 관하여 앞서 인정한 바와 같이 서울사업장은 춘천사업장과 부가가치세법상 별개의 사업장이라고 할 수 없으므로 원고의 옥제품 수입금액 전부를 대상으로 산정한 이 사건 처분은 적법하고， 원고의 위 주장은 이유 없다.