법인으로 보는 단체 승인이 없다면 국세기본법상 1거주자에 해당함

청 주 지 방 법 원 제 1 행 정 부 판 결 사 건 2023구합52180 양도소득세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 1. BB세무서장

변 론 종 결 2023. 11. 30. 판 결 선 고 2024. 1. 18.

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고 청주세무서장이 2021. 8. 1. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 62,842,240원의 부과처분을 취소하고, 피고 대한민국은 원고에게 30,450,460원을 지급하라.

• 가. 원고는 CCC 소속 교회로서 2006. 2. 17. 충북 OO시 OO구 OO동 XX-X 대지 391㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다.
• 나. 이후 원고는 2019. 10. 29. 나은화에게 이 사건 토지를 7억 5,000만 원의 거래가액으로 양도(이하 ’이 사건 양도‘라 한다)하고, 2021. 6. 21. 피고 BB세무서장에게 양도가액 7억 5,000만 원, 취득가액 591,428,571원으로 하여 양도소득세 30,450,460원을기한후 신고․납부하였다.
• 다. 피고 BB세무서장은 원고가 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조에 따른 ’법인으로 보는 단체‘로 승인받지 않아 이 사건 양도가 법인 아닌 단체인 종교단체가 부동산을 양도하는 경우에 해당하여 양도소득세 과세대상이 된다고 보고, 2021. 8. 5. 원고에게 실제취득가액 418,000,000원을 전제로 이 사건 양도로 인한 2019년 귀속 양도소득세를 93,292,706원(가산세 포함)으로 산정하고, 여기에서 기납부세액 30,450,460원을 공제한 62,842,240원을 결정․고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2022. 2. 23. 심판청구를 하였으나, 2023. 6. 29. 심판청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 취지 원고는 비록 이 사건 처분 이후이기는 하나 2021. 12. 2. 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인받았고, 이 사건 토지도 원고의 명의로 취득하였으며, 그동안 취득세 및 재산세에 대하여 비과세혜택을 받았고, 이 사건 토지의 처분 이전부터 구 국세기본법 제13조 제2항 각호의 요건을 모두 갖추고 있었던 이상 같은 항에 규정된 법인으로 보는 단체에 해당함에도 불구하고, 이와 달리 원고가 법인 아닌 단체로서 거주자에 해당 한다는 전제 하에 한 이 사건 처분은 위법하다. 또한 이와 같이 원고가 법인으로 보는 단체에 해당하는 경우 이 사건 토지의 양도차익에 관하여는 양도소득세가 아니라 법인세를 납부하게 되는데, 이 사건 토지는 양도 당시 원고가 3년 이상 고유목적사업에 사용하여 법인세가 면제되는 것이므로 결국 원고가 납부한 양도소득세는 잘못 납부된 것이어서 피고 대한민국은 원고에게 그 과오납부액을 부당이득으로 반환하여야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 국세기본법 제13조 제1항 은, ‘법인 아닌 단체’ 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단 ･ 재단 등은 법인으로 본다고 규정하고, 같은 법 제13조 제2항은, 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 ‘법인 아닌 단체’ 중 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 ･ 관리하는 등 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하고 있다. 위와 같은 구 국세기본법 규정은, 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단 ･ 재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조). 이러한 규정의 성격과 아울러 구 국세기본법 제13조 제1항 은 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은법 제13조 제2항은 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정한 취지에 비추어 보면, 구 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 법인으로 보는 단체로 볼 수 없다고 할 것이다.

2. 앞서 든 증거, 갑 제1호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종 합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

• 가) 피고를 비롯한 관할 세무서는 사업자등록번호의 고유번호를 부여함에 있어 4, 5번째 자리에 소득세법 제2조 제3항 에 해당하는 법인 아닌 종교단체의 경우에는 개인구분 코드인 ‘89’, 법인으로 보는 단체의 경우에는 법인성격 코드인 ‘82’를 부여 하여 왔고, 그 신청 및 승인 절차를 구분하여 처리를 하여 왔다.
• 나) 원고는 2002. 10. 21. ’상호 AAA, 대표자: DDD, 사업장소재지: 청주시 OO구 OO동 XX번지'로 하여 사업자등록(사업자등록번호'XXX-89-XXXXX)을 하였다.
• 다) 원고는 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였다가, 2021. 11. 26. 기각결정을 받은 후 피고 청주세무서장에 대하여 국세기본법 제13조 제6항 및 같은 법 시행령 제10조에 따라 ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 신청하였다.
• 라) 피고 청주세무서장은 2021. 12. 2. 원고에게 신규로 ‘법인으로 보는 단체'로 지정 통지를 하면서, 그 고유번호로 'XXX-82-XXXXX'를 부여하였다.

3. 위 2)항의 인정 사실을 위 1)항 법리에 비추어 보면, 이 사건 양도 당시에는 원고가 피고 BB세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로서 승인을 받은 사실이 없으므로, 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다. 그 후에 원고가 법인으로 보는 단체로서의 지위를 취득하였다 하여 이미 원고에게 거주자로서 성립한 양도소득세 납세의무에 영향을 줄 수는 없다.

4. 결국 이 사건 처분은 적법하므로 이 사건 양도는 양도소득의 과세대상이 되고, 원고는 이 사건 처분에 따른 납세의무가 있으며, 원고가 이미 납부한 양도소득세는 납부하여야 할 세액의 범위 내에 있어 잘못 납부되거나 초과 납부된 것이라고 할 수 없다.

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 각 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.