2. 이 사건 처분의 적법성
- 가. 원고의 주장 요지 이 사건 각 토지는 다음과 같은 이유에서 ‘3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’이므로, 이 사건 각 토지의 양도에 따른 수익은 법인세 과세대상에 해당하지 않는다.
① 원고의 정관상 목적에는 ‘서원재산의 유지·관리‘가 목적사업으로 규정되어 있는데, 원고는 이 사건 각 토지의 임대료로 연간 3, 4백만 원을 받아 제사 비용 및 재산세 납부 등 **서원을 유지·관리하기 위한 목적으로 사용하였고, 위 임대료는 부수수익에불과하므로, 원고가 이 사건 각 토지를 임대한 것은 고유목적사업에 해당한다.
② 고유목적사업에 사용하였는지 여부의 기산점은 원고가 이 사건 토지를 취득한때(사액받은 때)부터 판단하여야 한다. 원고는 이 사건 각 토지를 1660년에 사액 받아 1999년 이후에야 임대하여, 3년 이상 도조를 받지 않고 고유목적에 사용하였다.
- 나. 관련 법령 별지 2 기재와 같다.
- 다. 판단
1. 고유목적사업 사용의 기산점에 관한 판단
- 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건 을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).
- 나) 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 의하면, 비영리내국법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세소득의 범위에 포함되나, 다만 ‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 위 규정에서 자산의 고유목적사용기간인 3년의 기준시점을 “처분일 현재”로 한정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분하여 생기는 수입만이 법인세의 과세소득 범위에서 제외된다고 해석함이 타당하고, 원고의 주장처럼 자산을 취득할 때부터 양도할 때까지 사이에 3년 이상 고유목적사업에 사용하면 위 요건을 충족하는 것으로 해석할 수는 없다[원고는 구 법인세법 집행기준(2020. 10. 28. 개정되기 전의 것) 3-2-5에서 “법인격 없는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 사용한 날부터 기산한다.“고 규정한 점을 근거로 하고 있으나, 위 집행기준은 법인격 없는 단체라 할지라도 고유목적사업에 직접 사용하였을 경우 그 실질적인 직접사용기간을 기간 산정에 포함하여 준다는 취지일 뿐이어서, 기산점을 다투는 이 사건에 적용될 수 없다]. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2. 이 사건 토지가 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부
- 가) 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제3조 제3항 제1, 5호, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 3. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제2조 제1, 2항에 의하면, 비영리내국법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세소득의 범위에 포함되나, ‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외되며, 다만 부동산 임대 사업으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것은 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에서 제외된다. 여기서 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 이 규정하고 있는 “비영리법인이 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용”한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 법인의 목적이 광범위한경우에는 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우에 한정하여 해석하여야 할 것이다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조). 한편 그 규정형식과 문언에 비추어 해당 고정자산이 ‘처분일 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당하여 과세소득의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명해야 한다.
- 나) 살피건대, 원고의 정관상 목적(제3조)은 ‘춘추향사를 봉행하고 삼남(충청, 전라, 경상도)의 수급 서열로 정격된 위상으로 발전하여 유도진흥과 문화향상에 공헌하며 재산 유지관리’하는 것이다. 그런데 위와 같은 목적 중 ‘재산유지관리‘ 부분은 그 의미가 광범위하므로 결국 위 목적 외에 원고가 이 사건 토지를 ’고유‘목적사업에 직접 사용하였는지 여부로 판단하여야 하는바, 위 처분의 경위 및 앞서 든 증거들에 갑 제3, 17, 19호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 정관 중서원의 ’고유‘목적이라 할 수 있는 것은 선현에 대한 봉제사라 할 것이므로, 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이라 함은 서원 건물 및 향사 등을 직·간접적으로수행할 목적으로 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용하는 부지로 한정함이 상당한 점, ② 그런데 이 사건 각 토지는 농경지 및 임야로, 원고의 서원 건물이나 재실,사적비 등 시설물 등이 위치하여 있지 않고, 서원 건물과도 다소 떨어진 곳에 위치하고 있는 점, ③ 원고는 이 사건 각 토지 중 일부를 임대하여 연간 3, 4백 만 원의 수익을 올렸는데, 위와 같은 임대업은 한국표준산업분류상의 수익사업에 해당하고, 원고의 주장과 같이 토지의 임대수입을 토지에 대한 입장료·관람료 등과 같은 부수적인 수입과 동일하게 취급할 근거가 없는 점, ④ 원고 주장에 따르더라도, 원고 정관에 이 사건 각 토지와 같은 서원 재산을 유지·관리하는 것을 목적으로 규정한 것은 제사 및 향배 등을 하기 위하여 하사받은 토지의 도조를 받거나 그곳에 나는 곡식 등으로 서원을 운영하기 위한 것이었는바, 이는 그 자체로 원고의 고유목적사업 수행에 필요한 경비를 마련하기 위한 것에 불과한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 각 토지를 처분할 당시 3년 이상 위 토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
3. 소결론 따라서 이 사건 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 법인세 과세소득에 포함되는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.