이 사건 주식 발행법인이 중소기업에 해당하는 지 여부

사 건 청주지방법원 2017구합3316 원고, 항소인 *** 피고, 피항소인 ㅁㅁ세무서장 제1심 판 결 국승 변 론 종 결 판 결 선 고 2018.05.31.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 93,926,560원(가산세 포 함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2013. 1. 23. 비상장법인인 AA 주식회사(이하 ‘AA’이라 한다)에게 AA이 발행한 보통주 20,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 대금 824,000,000원(1주당 가격 4,120원)에 양도(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다)하는 계약 을 체결하였다.
• 나. 원고는 2013. 5. 27. 이 사건 주식양도에 대한 양도소득세를 신고하면서, AA 이 소득세법상 중소기업에 해당하는 것으로 보고 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제104조 제1항 제11 호 나.목에 따라 중소기업 주식 양도에 따른 양도소득세율 10%를 적용하여 양소득세 71,738,000원을 신고․납부하였다.
• 다. 그러나 피고는 이 사건 주식양도일 기준 AA이 중소기업에 해당하지 않 는다고 판단하여, 2016. 2. 1. 원고에 대하여 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다.목 에 따라 일반기업 주식 양도에 따른 양도소득세율 20%를 적용하여 양도소득세 93,926,560원(가산세 포함)을 추가 납부하는 내용의 경정 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 4. 20. 감사원에 심사청구를 하였으나 감사원은 2017. 9. 28. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였고, 원고는 이를 2017. 10.

10. 수령하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 당사자들의 주장

1. 원고의 주장 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 및 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대 통령령 제24356호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제167조의8은 중소기업의 판단기준만을 중소기업기본법 및 그 시행령에 위임하였을 뿐, 판단시점에 관하여는 구 소득세법 시행령 자체에서 ‘주식 등의 양도일 현재’로 명시하 고 있으므로, 양도소득세를 산출할 때 양도일 현재 중소기업에 해당하는지 여부는 ‘주 식 등의 양도일’의 직전 사업연도인 2012년도 말을 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 2012년도 말일을 기준으로 이 사건 주식의 발행인인 AA은 중소기 업에 해당하므로, 위와 같은 기준에 의할 때 이 사건 주식양도에 적용될 양도소득세율 은 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나.목에 따른 10%가 되고, 이와 달리 AA 이 중소기업에 해당하지 않는다는 전제 아래 양도소득세율을 20%로 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 피고의 주장 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 는 ‘중소기업’ 해당 여부에 관한 판단을 구 소득세법 시행령 제167조의8 에 위임하고 있고, 구 소득세법 시행령 제167조의8 은 중소기업 여부의 판단을 다시 구 중소기업기본법 제2조 (2014. 1. 14. 법률 제12240호 로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법’이라 한다)에 위임하고 있다. 나아가 구 중소기업기본법 제2조 는 중소기업인지에 관한 구체적 판단기준을 구 중 소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법 시행령’이라 한다) 제3조 내지 제3조의3에 위임하고 있는데, 그 중 에서도 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항 후단은 중소기업 여부의 적용기간을 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날로부터 1년까지로 정하고 있다. 즉, 2011년도 말을 기준으로 중소기업의 적용요건을 갖추었다면 2012. 4. 1.부터

2013. 3. 31.까지 중소기업에 해당하고, 2012년도 말을 기준으로 중소기업의 적용요건 을 갖추었다면 2013. 4. 1.부터 2014. 3. 31.까지 중소기업에 해당한다. 따라서 이 사건 주식양도일인 2013. 1. 23.를 기준으로 AA이 중소기업인지 여부는 2011년도 말일을 기준으로 판단하여야 한다. 한편, 이 사건 주식양도의 대상기업인 AA은 2011년도 말일을 기준으로 할 때에는 독립성 기준을 충족하지 못하여 구 중소기업기본법상의 중소기업에 해당하지 아니하므로, 결국 이 사건 주식양도에 양도소득세율 20%를 적용한 이 사건 처분은 적 법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 이 사건 처분의 적법(適法)

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해 석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래 하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 참조).

2. 중소기업 해당 여부의 판단시점 위 법리나 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의8 에 따라 ‘이 사건 주식 등의 양도일 현재’인 2013. 1. 23.을 기준으로 이 사건 주식양도의 대상기업인 AA이 중소기업에 해당하는지 여부는, 피고의 주장과 같이 구 중소기업기본법 제2 조, 구 중소기업기본법 시행령 제3조, 제3조의3 제1항 등에 따라 2011년 말일을 기준 으로 판단하는 것이 타당하다.

• 가) 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 및 구 소득세법 시행령 제167조의8 에서 양도소득세율 10%가 적용되는 ‘중소기업’은 ‘주식 등의 양도일 현재 중소기업기본 법 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업’을 말한다고 규정하여 중소기업의 판단기 준을 구 중소기업기본법에 위임하고 있다.
• 나) 그런데 구 중소기업기본법 제2조 는 중소기업의 요건을 크게 ① 상시 근 로자 수 등의 ‘규모 기준’, ② 소유와 경영의 독립성에 관한 ‘독립성 기준’으로 나누면 서, 다시 그 구체적인 기준에 관하여 구 중소기업기본법 시행령에 위임하였고, 이에 따 라 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제1호 는 구체적인 규모 기준을, 제2호는 구 체적인 독립성 기준을 각 규정하고 있으며, 나아가 같은 시행령 제3조의2에서는 독립 성 기준의 판단시점을, 같은 시행령 제3조의3에서는 규모 기준의 판단시점과 중소기업 의 적용기간 등을 각 규정하고 있다.
• 다) 위와 같은 규정들의 위임체계나 내용 등을 종합할 때, 구 소득세법령에 따른 중소기업에 해당하기 위해서는 구 중소기업기본법령에 따른 중소기업의 요건을 충족하여야 하고, 여기에는 구 중소기업기본법 시행령 제3조 부터 적용기간에 관한 같 은 시행령 제3조의3 제1항 단서에 이르기까지의 각 해당 요건이 모두 충족되어야 한다 고 봄이 타당하다. 1)
• 라) 이와 관련, 2012. 2. 2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 구 소득세 법 시행령 제167조의8은 ‘대통령령으로 정하는 중소기업이란 주식 등의 양도일이 속하 는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업을 말 한다’고 규정하였다가, 2012. 2. 2. 개정되면서 위와 같은 ‘주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재’를 ‘주식 등의 양도일 현재’로 변경하였고, 이는 앞서 본 바와 같이 이 사건에 적용되는 구 소득세법 시행령 제167조의8 에서도 동일하 게 유지된 사실을 확인할 수 있다. 살피건대, 구 소득세법 시행령이 위와 같이 개정된 이유는, 개정 전 규정에 따르면 양도일 당시 기업의 실질을 정확히 파악하기 어렵게 되는 측면이 존재하여 그러한 문 제를 해결하기 위하여 2) 구 소득세법 시행령의 표현을 수정함으로써 중소기업기본법령 에 따라 적용될 판단시점을 변경한 것으로 보일 뿐이므로, 이를 두고 구 소득세법 시행령에서 독자적으로 중소기업의 판단시점을 변경하였다고 보기는 어렵다.
• 마) 따라서 구 소득세법 시행령 제167조의8 에서 정한 ‘양도일 현재 중소기업’ 인지 여부를 판단하기 위해서는, 먼저 해당 양도일이 ‘직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날’의 이전인지 이후인지를 따져본 후, 후자(後者)의 경우에만 직전 사업연도 말일을 기준으로 하고, 전자(前者)의 경우에는 직전 사업연도 말일이 아닌 그보다 1년 전 사업연도 말일을 기준으로 하여야 한다. 이를 양도일 기준 2013년, 2014년을 예를 들어 표로 나타내면 아래와 같고, 아래 표는 2013. 1. 23.이 양도일인 이 사건에 그대 로 적용된다

3. AA이 2011년도 말 기준으로 중소기업에 해당하는지 여부 AA이 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 에 따라 전진CMS의 관 계기업인 사실, AA이 2011사업연도 말일(2011. 12. 31.)을 기준으로 전진 CMS 의 지분을 51.39% 보유하였던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, AA은 2011년 말일을 기준으로 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목 등에 따 른 독립성 기준을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 않는다.

그렇다면, AA이 이 사건 양도일 현재 중소기업에 해당하지 않음을 전제로 양도소득세율 20%를 적용한 이 사건 처분은 적법하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1)

1. 원고가 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 제1항 단서의 적용이 배제되어야 한다고 주장하면서 예로 드는 참고자료 4 내지 6(질의회신)은 조세특례제한법에 관한 것이다. 그런데 조세특례제한법 및 그 시행령은 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있고, 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정 기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있으며, 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령과 다르게 규정하고 있다. 즉, 조세특례제한법령은 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부를 중소기업기본법령이 아닌 조세특례제한법령에 따라 판단하도록 하고 있으므로(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 참조), 조세특례제한법의 유예기간 등에 관한 위 참고자료 4내지 6의 회신내용을 이 사건에 원용할 수 없다. 2)

2. 원고가 제출한 참고자료 1(기획재정부가 발간한 2011 간추린 개정세법, 290면) 참조.