이 사건 토지는 합병후 분할하여 양도하는 경우로 양도자산의 필지별 구분이 가능하므로 그 취득시기는 지분별로 안분하는 것이 아님

사 건 청주지방법원 2015구합320 양도소득세부과처분취소 원 고 오** 피 고 청주세무서장 변 론 종 결 2015.09.17. 판 결 선 고 2015.10.08.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 7. 9. 원고에 대하여 한 양도소득세 34,653,185원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2012. 2. 15. 00시 00군 00리 739-3 답 376㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 하고, 토지는 ‘리’와 ‘지번’으로만 특정한다)를 천00 외 2인에게 양도하고, 피고에게 이 사건 토지가 조세특례제한법 제69조 제1항 이 정하는 양도소득세 감면대상 자경농지라고 주장하면서 양도소득세 감면 신고를 하였다.
• 나. 피고는 2014. 4. 14.부터 2014. 5. 3.까지 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, ① 원고는 2011. 10. 10. 교환계약에 의하여 국유재산인 00리 786-11 하천부지 430㎡(이하 ‘이 사건 교환토지’라 한다)를 취득하고, ② 2011. 10. 31. 이 사건 교환토지를 00리 739 답 3,746㎡(이하 ‘이 사건 자경토지’라 한다)에 합병한 후 합병된 00리 739 답 4,176㎡(이하 ‘이 사건 합병토지’라 한다)를 다시 2012. 1. 30.00리 739 답 3,800㎡와 이 사건 토지로 분할하였는데, ③ 원고가 천00 외 2인에게 양도한 이 사건 토지는 그 위치 및 면적에 비추어 볼 때 이 사건 교환토지의 일부에 해당한다고 확인하였다.
• 다. 이에 피고는 2014. 7. 9. 원고에게, 이 사건 토지의 양도는 8년의 자경요건을 갖추지 못하여 조세특례제한법 제69조 제1항 이 정하는 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 양도소득세 36,109,680원을 부과하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2015. 2. 16. 기각되었다.
• 마. 한편, 피고는 이 사건 소가 제기된 후인 2015. 9. 11. 이 사건 토지에 대한 측량을 실시하였고 그 결과 이 사건 토지 중 364㎡는 원고가 2011. 10. 10. 취득한 이 사건 교환토지의 일부에 해당하므로 8년 자경농지에 해당하지 아니하나, 이 사건 토지 중 12㎡는 원고가 1965. 1. 3. 취득한 후 계속 농사를 지은 것으로 확인되는 이 사건 자경토지의 일부에 해당하여 8년 자경의 요건을 갖춘 것으로 볼 수 있다는 이유로 이 사건 토지에 대한 양도소득세 부과금액을 34,653,185원으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하 피고의 2014. 7. 9.자 양도소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 합병토지는 이 사건 교환토지와 이 사건 자경토지가 합병된 것이고, 이 사건 토지는 그 지분별로 취득시기를 달리하는 이 사건 합병토지로부터 분필된 것이므로, 이 사건 토지의 취득시기는 이 사건 교환토지와 이 사건 자경토지의 각 면적에 비례하여 정해야 한다.

2. 한편, 원고가 이 사건 교환토지 중 382.1㎡(이하 ‘이 사건 상계 취득토지 (1))’라 한다)를 취득한 시기는 원고가 교환 차액(이 사건 교환토지 중 47.9㎡ 상당 부분의 가액)을 납부하고 00군과 사이에 교환 계약서를 작성한 2011. 10. 10.이 아니라 원고가 이 사건 상계 취득토지에 대한 실질적인 처분권을 취득한 것으로 볼 수 있는 2007.12. 27. (2))로 보아야 한다. 주석 (1) 원고는 이 사건 교환토지 중 위 면적 상당이 원고가 소유하던 00리 743-7 토지 및 00리 743-8 토지의 평가 가액 상당과 상계될 수 있는 면적 상당이라고 주장한다. 주석 (2) 00000장관이 대통령의 승인을 받아 00군수에게 교환업무를 위임한 일자.

3. 따라서 ① 이 사건 토지 중 337.28㎡(= 이 사건 토지 376㎡ × 이 사건 자경토지 3,746㎡ / 이 사건 합병토지 4,176㎡)의 취득시기는 1965. 1. 3.로 보아야 하고,② 이 사건 토지 중 34.4㎡[= (이 사건 토지 376㎡ × 이 사건 교환토지 430㎡ / 이사건 합병토지 4,176㎡) × 이 사건 상계 취득토지 382.1㎡ / 이 사건 교환토지 430㎡]의 취득시기는 2007. 12. 27.로 보아야 하며, ③ 이 사건 토지 중 4.32㎡[= (이 사건 토지 376㎡ × 이 사건 교환토지 430㎡ / 이 사건 합병토지 4,176㎡) × 이 사건 교환토지 중 교환 차액 상당 부분 47.9㎡ / 이 사건 교환토지 430㎡]의 취득시기는 2011. 10. 10.로 보아야 한다. 그렇다면 결국 이 사건 토지 중 위 ①, ②부분의 경우는 8년 자경농지에 해당하여 조세특례제한법이 정하는 양도소득세 감면대상에 해당하는바, 원고가 납부하여야 할 양도소득세는 ③부분, 즉 이 사건 토지 중 4.32㎡에 대한 양도소득세에 한한다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 먼저 이 사건 교환토지의 취득시기에 관한 원고 주장의 당부에 대하여 살피건대, 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항은 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 않거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 마친 경우에는 등기접수일을 취득일로 하도록 규정하고 있다. 그런데 갑 제5, 8, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고가 2011. 10. 10. 00군수와 사이에 국유재산 교환계약을 체결하면서 이 사건 교환 토지와 원고 소유의 00리 743-7 토지 및 00리 743-8 토지의 평가차액 4,047,500원을 지급하기로 약정하고, 같은 날 위 4,047,500원을 지급한 사실이 인정될 뿐만 아니라, 위 교환계약 체결일인 2011. 10. 10. 이후에야 이 사건 교환토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌음을 알 수 있으므로, 이 사건 교환토지의 취득일은 2011. 10. 10.로 봄이 타당하고, 교환계약은 법이 정한 절차에 의해 강제적으로 이루어지는 토지수용이나 환지와는 달리 당사자 사이의 자유로운 의사에 의해 체결되는 계약이므로 원고의 주장과 같이 그 취득시기를 결정함에 있어 수용이나 환지에 관한 법리를 준용하는 등으로 원고가 2007. 12. 27. 이 사건 교환토지 중 일부를 취득한 것으로 볼 수는 없다. 게다가 원고가 주장하는 위 2007. 12. 27.은 단지 00000장관이 대통령의 승인을 받아 00군수에게 향후의 교환업무를 위임한 날에 해당할 뿐, 위 일자에 원고가 이 사건 교환토지 중 일부에 대한 실질적 처분권한을 취득하였다고 할 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 나아가 원고는 재경부 예규(재일46014-2892, 1996. 12. 31.)를 들면서 이 사건 토지의 취득시기를 이 사건 교환토지와 이 사건 자경토지의 각 면적에 비례하여 안분계산해야 한다고 주장하나, 위 예규는 한 필지 토지를 지분별로 취득하였다가 그 토지의 일부를 양도하게 되어 양도하는 부분의 취득시기를 분명히 할 수 없는 경우를 전제로 하고 있는 것이고, 만일 양도한 자산의 범위 및 그 취득시기가 위치 및 면적 등에 비추어 분명한 경우까지 원고 주장과 같이 단지 합병되었다가 분할되었다는 이유만으로 그 취득시기를 안분계산하여야 한다고 본다면, 조세특례법상 양도소득세 감면의 요건을 충족시키기 위하여 인접 비자경 토지에 양도하고자 하는 토지를 의도적으로 합병하였다가 분필하여 양도하는 경우까지 양도소득세 감면의 혜택을 받게 되는 등 조세감면의 혜택이 부당하게 확대 적용되는 결과가 되므로, 원고가 들고 있는 위 예규가 양도한 자산의 범위 및 취득시기가 분명한 경우까지 적용된다고 해석할 수는 없다. 그런데, 갑 제9호증, 을 제3 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 토지는 그 대부분이 이 사건 교환토지의 일부였던 것으로 보이고, 실제 지적측량을 실시한 결과에 의하더라도 이 사건 토지 376㎡ 중 12㎡만이 이 사건 자경토지의 일부였음을 알 수 있으며, 앞서 본 바와 같이 피고는 지적측량 결과에 따라 원고가 이 사건 토지 중 364㎡(= 376㎡ - 12㎡)를 이 사건 교환토지의 취득시기인 2011. 10. 10. 취득하였음을 전제로 종전의 양도소득세 부과처분을 34,653,185원으로 감액경정하였는바, 피고의 이 사건 처분은 적법하다 할 것이고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ▣ 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. ▣ 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. ▣ 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역 등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(􈼚􈭛􈰚􈏅) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.