종교단체의 고유목적사업과 관련없는 임대용역은 부가가치세 면세대상이 아님

사 건 청주지방법원2015구합11375 부가가치세등부과처분취소 원 고 재단법인 ○○○○○○재단 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2015. 10. 8. 판 결 선 고

2015. 10. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여, 2014. 11. 3. 한 법인세 62,800,700원 및 2014. 11. 1. 한 부가가치세 27,597,160원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1948. 12. 13. ○○○○ 내 향교의 문묘와 재산을 보존․관리하고 교육 및 교화사업 영위, 강연회, 학술강습 등의 개설, 유교진흥과 문화의 발전 등을 목적으로 설립된 비영리법인이다.
• 나. 피고는 원고에 대하여, 원고 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 212-18 대 1,799.2㎡(이하 ‘이 사건 제1부동산’이라 한다)와 관련하여 발생한 2010년도 제1기부터 2013년도 제2기까지의 임대료 신고 누락금액 180,929,102원과 2011~2012사업연도에 ○○시에 편입된 원고 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 69-15 외 12필지(이하 ‘이 사건 제2부동산’이라 한다)에 대하여 발생한 고정자산 처분이익 61,870,654원을 익금 산입하여, 2014. 11. 1. 2010년도 제1기부터 2013년도 제2기까지의 부가가치세 합계 27,597,160원 및 2014. 11. 3. 2010사업연도부터 2013사업연도까지의 법인세 합계 67,407,470원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 2014. 12. 23. 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였고, 조세심판원장은 2015. 4. 15. 이 사건 제1부동산과 관련하여, 원고가 위 부동산을 고유목적사업을위하여 임대한 것으로 볼 수 없고, 위 부동산이 경내지에 해당한다고도 볼 수 없으며, 이 사건 제2부동산과 관련하여, 위 부동산 역시 경내지로 볼 수 없다고 판단하면서, 다만 2010사업연도 법인세 과세부분과 관련하여 수입금액 누락액 27,857,010원의 익금산입에 따른 고유목적사업준비금 손금한도액 증가액 13,928,505원을 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구를 기각하였다.
• 라. 피고는 이에 따라 2015. 4. 28. 원고에게 경정․고지한 2010사업연도 법인세 중 4,606,770원 부분을 취소하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 제1부동산과 관련하여 원고는 향교재산법에 따라 주무관청의 허가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체로서 그 고유의 사업목적을 위한 최소한의 비용 조달을 위하여 이 사건 제1부동산을 ○○시 공유재산 관리조례에서 정한 대부율에도 훨씬 못 미치는 실비 상당액에 임대하였는바, 이는 원고의 고유사업목적을 위한 실비로 공급하는 용역에 해당하므로, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제37조 제1호에 따라 부가가치세가 면세되어야 하고 구 법인세법 시행령(2010.2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제7호에 따라 법인세의 부과대상에도 해당하지 아니한다. 또한 이 사건 제1부동산은 지정문화재를 소유하고 있는 종교단체인 원고의 경내지에 해당한다는 점에서도 그 임대용역은 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 에 따라 부가가치세가 면세되어야 하고, 구 법인세법시행령 제2조 제7항 제1호 에 따라 법인세의 부과대상에도 해당하지 아니한다.

2. 이 사건 제2부동산과 관련하여 이 사건 제2부동산은 원고의 향교와 인접하여 있고, 조선시대에 조정으로부터 하사받은 토지로 오랜 기간 경작지로 이용되다가 이후 지목이 대지나 도로로 변경되었으며, 2011년에 ○○시에 편입되었는바, 이 사건 제2부동산은 지정문화재를 소유하고 있는 종교단체인 원고의 경내지에 해당한다. 따라서 이 사건 제2부동산에 대한 임대는 고유목적사업을 위한 것으로서 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 에 따라 부가가치세가 면세되어야 하고, 이 사건 제2부동산은 원고의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용된 경우에 해당하므로 그 처분에 따른 수입 역시 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 따라 법인세 부과대상에 해당하지 아니한다. 나아가 명동성당의 카톨릭 회관, 서울 성공회 성당의 성공회 회관 역시 각 성당의 부지와 같은 부지에 위치하고 있지 아니하나 그 임대용역에 대한 부가세가 면제되고 있는 점에 비추어 보더라도 이 사건 처분은 평등의 원칙에 위배되어 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 해석과 관련하여 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제12조 제1항 제16호는 ‘종교․자선․학술․구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다’고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 는 ‘동법 제12조 제1항 제6호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및용역’이라고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제140호로 개정되기 전의 것) 제11조의5 제1항은 ‘기획재정부령이 정하는 사업이란 비영리법인의 사업으로서 종교․자선․학술․구호․사회복지․교육․문화․예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다’고 규정하고 있다. 한편 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조). 그런데 사업자인 원고가 제공하는 용역의 대가로 임대료를 지급받은 이상 특별한 사정이 없는 한 임대료는 부가가치세 과세대상이라 할 것인바, ‘응시료가 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 에서 정한 면세대상에 해당한다’는 점은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다. 나아가 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).
• 나) 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 에서 정한 ‘경내지’와 관련하여 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 는 ‘문화재보호법의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재를 제외한다)를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체에 한한다)의 경내지 및 경내지 내의 건물과 공작물의 임대용역’에 대하여는 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있다. 한편 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률(2010. 5. 3. 법률 제10331호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제3호 소정의 경내지가 되기 위해서는 그 토지가 당해 전통사찰과 지리적․공간적으로 밀접한 관련성을 갖고 있어야 하는바, 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률 시행령(2012. 8. 13. 대통령령 제24037호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제4호에서 경내지의 하나로 규정하고 있는 경작지 등은 전통사찰의 경계 안의 토지 또는 그 주변의 토지로서 당해 사찰의 불교의 의식, 승려의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 필요한 경작지만을 의미한다고 해석하여야한다(대법원 2003. 9. 26. 선고 2003다22028 판결 참조). 위 규정 및 법리에 비추어 보면, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 에서 규정한 ‘종교단체의 경내지’는 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률에서 규정한 ‘전통사찰의 경내지’와 그 성격이 동일하다고 봄이 상당한바, 구 부가가치세법 시행령 소정의 ‘경내지’ 역시 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률에서 규정한 ‘경내지’와 마찬가지로 해당 종교단체의 경계 안의 토지 또는 그 주변의 토지로서 당해 종교단체의 의식, 종교종사자의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 필요한 토지를 의미한다고 할 것이다.

2. 이 사건 제1부동산과 관련하여 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고는 ○○○○ 내 향교의 문묘와 재산을 보존․관리하고 교육 및 교화사업을 경영하여 유교진흥과 문화의 발전을 도모함을 그 목적으로 하고, 도내 각 향교 재산의 보존관리, 석전대제행사의 계승발전, 육영사업의 경영, 유교교육 및 사회교화운동, 목적사업을 위한 도서의 간행 등을 영위하는 비영리법인인 점, 한편 비영리법인이 고유목적사업을 영위하면서 제공한 부수용역에 대하여 부가가치세를 면세하는 이유는 부수용역이 고유목적사업과 관련하여 제공되고 그 빈도나 액수가 수익사업으로 볼 수 없을정도의 수준이라면 고유목적사업의 일환으로 행해진 것으로 볼 수 있기 때문인 것인데, 부수용역이 고유목적사업과 ‘관련하여’ 제공되었다고 볼 수 없다면, 실비로 공급하였다 하더라도 부가가치세 면세대상에 해당한다고 볼 수 없는바, 원고는 2010년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 제1부동산 지상 건물을 AA종합상사, BBB, CC상사, DDD 등 원고의 고유목적사업과 아무런 관계가 없는 카센터, 자동차부품도소매업체, 인테리어업체 등에 임대하였고, 각 분기마다 합계 2,000만 원 이상의 임대료를 수령한 점 등을 종합하면, 이 사건 제1부동산이 원고의 고유목적사업과 관련하여 임대되었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 제1부동산의 임대용역은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법 시행령 제37조 제1호에서 규정하는 부가가치세 면세대상 내지 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제7호 에서 규정하는 법인세 면세대상에 해당하지 아니한다. 나아가 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 제1부동산이 원고의 소재지로부터 약 2km 이상 떨어져 있을 뿐만 아니라, 원고의 고유목적사업과 관계없는 일반 사업자들에게 임대되어 사용되고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 제1부동산이 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 에서 규정하는 ‘경내지’로서 부가가치세 면세대상에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 제2부동산과 관련하여 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 제2부동산은 원고의 소재지와 같은 부지 내에 있거나 인근에 위치하고 있기는 하나, 원고의 고유사업목적과 관계없이 인근 주민들의 집단거주지 내지 도로 등으로 사용되어 온 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 제2부동산이 원고의 경계 안의 토지 또는 그 주변의 토지로서 원고의 고유사업목적, 즉 유교의식, 유교종사자의 수행 내지 생활과 유교 피교육생의 교육을 위하여 필요한 토지로서 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 소정의 ‘경내지’로서 부가가치세 면세대상에 해당한다고 볼 수 없고, 이 사건 제2부동산이 고유목적사업에 3년 이상 사용되었다고 볼 수도 없어 구 법인세법 제3조 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 따라 법인세 면세대상에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.