계약(설계) 변경에 따라 추가(2차)공사를 하게 된 경우 1차공사의 공급시기는 1차공사용역의 제공이 완료된 때임

사 건 2011구합1950 부가가치세부과처분취소 원 고 XX 주식회사 피 고 충주세무서장 변 론 종 결

2012. 7. 12. 판 결 선 고

2012. 9. 20.

1. 피고가 2010. 6. 21. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 000원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2008. 6. 7. XX산업이라는 상호로 개인사업체를 운영하는 김AA과 사이에, 상주시 모서면 XX리 516-1 외 3필지에 공장건물 7동을 신축하기 위한 토목 및 건축공사(이하 ’이 사건 1차 공사’라 한다) 도급계약을 체결하면서 공사계약금액은 000원(부가가치세 포함), 착공일은 2008. 6. 7., 준공예정일은 2008. 10. 31., 기성 부분금은 윌 1회 지급받는 조건으로 약정한 다음 공사를 시작하여 2008. 10. 중순경 공장 건물 7동의 공사를 완료하였다.
• 나. 그런데 김AA은 위와 같이 공사가 완료된 공장건물 7동 이외에 추가로 공장건물 3동을 건축하는 것으로 설계를 변경하였고, 이에 따라 2009. 1. 5. 원고와 사이에 추가된 공사부분에 대하여 착공일 2009. 1. 20., 준공예정일 2009. 3. 19., 공사계약금액 000원으로 약정하여 추가공사(이하 ’이 사건 추가공사’라 한다)계약을 체결하였다.
• 다. 원고는 이 사건 1차 공사와 관련하여 2008. 7. 31.부터 2008. 10. 31.까지 김AA에게 공급가액 합계 000원의 매출세금계산서 3매(이하 ’이 사건 세금계산서’라 한다)를 발행하였고, 이를 2008년 제2기 과세기간에 발생한 매출에 포함하여 2008년 제2기분 부가가치세를 신고 납부하였다.
• 라. 김AA은 2009. 2.경 이 사건 1차 공사와 이 사건 추가공사가 마무리되자 2009. 3. 3. 신축된 공장 전체(주 건축물 3동, 부속건축물 7동)에 대한 사용승인을 받고, 상주세무서장에게 2009년 제1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 부가가치세 환급신청을 하였다.
• 마. 상주세무서장은 2009. 5. 15.부터 2009. 5. 20.까지 김AA(XX산업)의 부가가치세 환급신청에 따른 현지확인 조사를 시행하였고, 이 사건 공사 용역의 공급시기가 공장건물의 사용승인일인 2009. 3. 3.임을 전제로 이 사건 세금계산서의 공급가액 중 000원(2008. 7. 31.자 공급가액 000원, 2008. 8. 31.자 공급가액 000원, 2008. 10. 31.자 공급가액 000원 중 000원1)은 대금을 지급하지 아니하고 공급시기 이전에 매입세금계산서를 발급받은 경우에 해당한다고 보아 그 매입세액을 공제하지 아니하기로 하는 한편 피고에게도 위 과세자료를 통보하였다.
• 바. 이에 피고는 이 사건 세금계산서의 공급가액 중 000원을 2009년 제1기 과세기간에 발생한 매출로 보아 2010. 6. 16. 2008년 제2기분 부가가치세 000원을 환급하기로 하는 한편, 2010. 6. 21. 원고에게 2009년 제1기분 부가가치세 000원(가산세 000원 포함)을 경정 고지하였고, 2012. 5. 18. 국세기본법 제47조의4 제6항 을 적용하여 2009년 제1기분 부가가치세 000원 중 납부불성실가산세 000원을 직권으로 취소하였다(이하 취소되고 남은 이 사건 세금계산서 중 공급가 액 000원에 대한 부가가치세 및 가산세 000원의 부과처분을 ’이 사건 처 분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증 내지 갑 제6호증, 갑 제12호증, 갑 제16호증, 갑 제21호증, 을 제1호증 내지 을 제4호증, 을 제7호증, 을 제8호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 증인 김AA, 김BB의 각 증언, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 피고는 이 사건 1차 공사 용역의 공급시기를 공장건물의 사용승인일인 2009. 3. 3.로 보아 원고가 2009년 제1기분 매출 000원을 2008년 제2기분 매출로 신고함으로써 2009년 제1기분 매출을 누락하였다는 이유로 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건 1차 공사 용역은 2008년 10월경에 이미 역무의 제공이 완료되었으므로, 원고가 이 사건 세금계산서 중 000원을 2008년 제2기 매출로 신고한 것은 정당하다. 설령 이 사건 1차 공사 관련 역무의 제공이 완료된 때를 공장건물의 사용승인 일로 보더라도, 2008년에 대금지급이 이루어진 부분은 용역에 대한 대가를 받고 받은 대가에 대하여 세금계산서를 교부한 경우로서 부가가치세법 제9조 제3항 이 적용되어 각 세금계산서 발행일이 용역의 공급시기에 해당하므로, 위 000원은 2008년 제2기 매출에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정 사실

1. 이 사건 1차 공사 및 이 사건 추가공사와 관련하여 원고가 발행 • 교부한 세금계산서와 대금지급 내역은 아래와 같다. (아래 내역 생략)

2. 이 사건 각 공사도급계약서의 일부인 민간건설공사 표준도급계약 일반조건(건설 교통부 고시 2004-170호)에 의하면, 원고가 공사를 완성한 때에는 김AA에게 통지하여 준공검사를 하고 검사에 합격하지 못한 때에는 지체없이 이를 보수 또는 개조하여 다시 준공검사를 받아야 하며(제24조), 원고는 준공검사에 합격한 후 즉시 잉여폐자재, 폐기물, 가설물 등을 철거하는 등 공사현장을 정리하고 공사대금의 지급을 청구할 수 있고, 김AA은 특약이 없는 한 계약의 목적물을 인도받음과 동시에 원고에게 공사대금을 지급 하여야 한다(제25조).

3. 원고는 이 사건 1차 공사가 완료 무렵인 2008. 10. 10.까지 공사의 진행경과에 따라서 김AA으로부터 위 표에서 보는 바와 같이 5차례에 걸쳐 기성금으로 합계 금 000원을 지급받았다.

4. 원고와 김AA은 2008. 10. 17. 원고가 이 사건 1차 공사를 사실상 완료하였음을 확인하면서 공사계약금액 000원(부가가치세 포함) 중 000원에 대한 청구 및 지급은 설계변경에 따른 추가공사계약 때까지 유보하고, 원고는 2008. 10. 31. 나머지 미지급 공사대금 000원(부가가치세 포함)을 청구하고 피고는 2008. 12. 31.까지 이를 모두 현금으로 지급하며, 2009. 1.경 추가공사금액을 확정하여 추가공사를 재개하기로 합의하였다. 이에 따라 원고는 김AA에게 2008. 10. 31.자 000원(공급가액 000원, 세금 000원)의 세금계산서를 발행하여 교부하였고, 김AA은 원고에게 위 표에서 보는 바와 같이 2008. 10. 20.부터 2008. 12. 10.까지 사이에 6차례에 걸쳐 000원을 지급하였다.

5. 김AA은 상주세무서의 부가가치세 환급현지확인 조사과정에서 이 사건 건물의 준공일인 2009. 3. 3. 이전에 원고로부터 교부받은 2008. 10. 31. 자 000원의 세금계산서 중 2008. 10. 20. 지급한 000원을 제외한 나머지 000원 부분에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 매입세액이 부인되었다며, 원고에게 부인된 금액에 대하여 준공일인 2009. 3. 3.에 맞추어 발행일이 같은 날로 된 세금계산서를 다시 발행하여 주도록 요청하였고, 원고는 이를 받아들여 김AA에게 2009. 3. 3. 자 000원(공급 가액 000원, 세액 000원)의 세금계산서(갑 제14호증)를 발행하여 교부하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 갑 제7호증 내지 갑 제9호증, 갑 제13호증, 갑 제14호증, 갑 제18호증, 을 제5호증의 각 기재, 증인 김AA의 증언, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 ’법’ 이라 한다) 제9조 제2항은 역무가 제공되는 때 등을 용역의 공급시기로 삼으면서 제4항에서 공급시기에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고, 이에 따라 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ’법 시행령’이라 한다) 제22조는, 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때(제1호)를, 완성도기준지급 • 중간지급 • 장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(제2호)를, 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(제3호)를 각 그 용역의 공급시기로 규정하고 있는 바, 이에 의하면 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 된다 할 것이고, 여기에서 역무제공의 완료시 는 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무의 제공사실을 가장 확실하게 확인할 수 있는 시점, 즉 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역 무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 말한 다(대법원 2008. 8. 21. 선고 2008두5117 판결).

2. 앞에서 본 이 사건 공사도급계약에서 정한 제공범위와 계약조건에 의하면, 이 사건 공사는 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에 해당 하고, 원고는 이 사건 공사도급계약에 따라 이 사건 공사로 신축된 건물에 대한 사용승인을 받게 할 책임이 있었으므로, 이 사건 공사도급계약에서 예정한 역무의 제공이 완료되는 때는 원칙적으로 이 사건 공사로 신축된 건물에 대한 사용승인일이라고 할 것이다. 그러나 원고와 김AA은 2010. 10. 17. 설계변경에 따른 추가공사를 예정하면서 이 사건 1차 공사가 완료되었음을 확인하고 그에 따른 미지급 공사대금을 정산하는 한편 미지급 공사대금의 청구 및 지급시기에 관하여 별도로 약정한 사실은 앞에서 본 바와 같은바, 이는 원고가 당초 이 사건 l차 공사도급계약에서 예정한 시기에 이 사건 1차 공사도급계약에서 정한 공장건물 7동의 신축공사를 완료하였음에도 추가공사로 인하여 준공검사를 받을 수 없게 되자 당초의 계약을 변경하여 준공검사와 상관없이 이 사건 1차 공사에 따른 원고의 역무제공이 완료된 것으로 보고 그에 따른 대금을 지급하기로 당사자가 합의한 것이라 할 것이므로, 이 사건 1차 공사 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료된 2010. 10. 17.이라고 봄이 타당하다(이와 관련하여 피고는 원고가 위에서 본 바와 같이 김AA에게 2009. 3. 3. 자 수정세금계산서를 발행하여 김AA으로 하여금 2009년 제1기 귀속으로 매입세액을 공제받아 환급을 받도록 하였음에도 이를 부인하는 것은 신의칙에 반한다는 취지로 주장하나, 원고가 수정세금계산서를 발행하여 교부하였다고 하더라도 이 사건 1차 공사 용역의 공급시기를 달리 볼 것은 아니라 할 것이고, 앞에서 본 위 수정세금계산서의 발급경위 등에 비추어 보면 원고의 이 사건에서의 주장이 신의칙에 반한다고 보기도 어렵다).

3. 따라서 이 사건 1차 공사 용역의 공급시기가 사용승인일인 2009. 3. 3.임을 전제로 이 사건 세금계산서 공급가액 중 000원을 2009년 제1기 과세기간에 귀속되는 매출로 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.