매약 매출증빙이 없다는 이유로 추계 결정한 처분이 적법한지 여부

원고의 이사건 모두 기각한다. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005.7.1 원고에 대하여 한 2002년도 제2기분 부가가치세 금 3,483,720원, 2002년도 귀속분 종합소득세 금 39,227,030원 중 27,942,490원의 각 부과처분을 취소한다.

다음의 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함), 을 제3내지 7호증의 각 기재에 변혼 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 1986.6.13경 “00약국”이라는 상호로 사업자등록을 하고 00시 00구 00동 00-0에서 의약품 소매업을 영위하고 있는 개인사업자이다.
• 나. 원고는 2002년도 제1, 2기분의 각 부가가치세 신고를 하면서 그 과세표준을 94,260,000원과 110,500,000원으로 신고하였다.
• 다. 피고는 원고에 대하여 2002년 귀속분 제세통합조사를 실시한 결과, 원고가 신고한 위 각 부가가치세 과세표준이 판매일보 등의 장부 또는 기타 증빙서류에 의한 것이 아니라 과세분 약품매입가액에 임의로 15 내지 16%의 부가가치세율을 적용하여 산출한 것이라는 이유로 이를 부인하고, 과세분 약품원가 176,685,040원에 국세청장이 정한 의약품(양약) 및 의료용품 소매업의 2002년 매매총이익율 28.66%를 적용하여 추계한 227,322,972원을 부가가치세 과세표준으로 경정한 다음, 여기에서 원고가 위와 같이 이미 신고한 금액의 합계 204,760,000원을 공제한 매출신고누락금액 22,562,972원을 총수입금액에 산입하여, 이를 기초로 2005.7.1 원고에게 2002년도 제2기분 부가가치세 3,483,720원(납부세액 2,256,297원+가산세 1,227,424원)과 2002년 귀속분 종합소득세 39,227,030원의 각 부과처분을 하였다. (이하, “이 사건 각 처분” 이라 한다.)
• 라. 원고는 이에 이의신청절차를 거쳐 2005.10.14 국세심판원장에 심판청구를 하였고 2006.3.6 기각결정을 받았다.

• 가. 원고의 주장 원고는 조제분 매출(면세대상)에 대하여는 건강보험의료급여내역에 따라 집계하여 그 실지 수입금액을 신고하고 단순 매약 매출(과세대상)에 대하여도 원고 나름대로 집계하여 그 실지 매출액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였으며 복식부기방식으로 소득금액을 계산하여 종합소득세를 신고하였는바, 피고가 단순 매약 매출에 관한 장부가 없다는 이유만으로 극히 예외적인 과세방법인 추계방식으로 원고의 매출액을 산정하고 이를 기초로 부가가치세 및 종합소득세에 대한 경정결정을 한 것은 근거과세원칙이나 실질과세원칙에 반하여 위법하다. 또한 피고가 적용한 매매총이익율 28.66%는 원고의 단순 매약 매출에만 적용되는 비율인지 면세대상인 조제분 매출에도 함께 적용되는 비율인지 여부도 알 수 없는 불합리한 기준이다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 부가가치세법 제21조, 같은 법 시행령 제69조, 소득세법 제80조, 같은 법 시행령 제143조의 각 규정을 종합하면, 과세관청은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서 원칙적으로 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 하고, 다만 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때 등 부가가치세법 제21조 제2항 단서 각 호와 소득세법 제80조 제3항 단서, 같은 법 시행령 제143조 제1항 각호의 사유가 있는 때에는 추계할 수 있다고 규정되어 있다. 원고는 그 주장에 의하더라도 이 사건 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준을 나름대로 집계하여 신고하였다는 것일 뿐 그에 관한 아무런 증빙자료를 제출하지 못하고 있으며(원고가 국세심판절차에서 제출하였다는 예금통장은 위 증빙자료라 할 수 없다.) 위에서 든 각 증거들에 의하면 원고는 2005.5.18 과세관청에 무자료매출을 인정하는 취지 즉, 2002년도 과세매출 신고금액이 과세분 약품 등의 판매에 대한 장부를 별도로 비치 기장하지 못함에 따라 과세매입금액에 약 15~16%의 부가가치율을 적용하여 산정하여 신고한 것이라는 내용의 확인서를 제출한 사실도 인정할 수 있으므로 원고가 신고한 위 과세표준은 이를 계산함에 있어서 필요한 세금계산서 등의 증빙이 없는 때에 해당하는 것이어서 피고가 국세청장이 정한 의약품(양약) 등 소매업의 2002년도 매매총이익율에 해당하는 28.66%를 적용하여 과세표준을 추계경정하고 이를 근거로 이 사건 각 처분을 한 것은 부가가치세법 제21조 제2항 단서, 같은 법 시행령 제69조 제1항 제4호 라목, 소득세법 제80조 제3항 단서, 같은 법 시행령 제143조 제1항 제1호, 제144조 제1항 제4호 라목의 규정에 따른 것으로 정당하다 할 것이다. 조제분 매출부분은 과세대상이 아니고 약품원가에 따라 일정비율의 이익이 발생하는 것도 아니므로 위 매매총이익율의 적용과 관련이 없다 할 것이나 피고가 매출원가 1억 5천만 원에서 5억 미만에 해당하는 매매총이익율인 29.66%가 아닌 매출원가 5억이상에 해당하는 매매총이익율인 28.66%를 적용한 것이 원고에게 불리하지 아니하고, 과세분 약품원가 176,685,040원에 매매총이익율[=(매출액-매출원가)/매출액] 28.66%를 적용하여 추계수입금액[=매출원가×{1/(1-매매총이익율)}]을 산정하는 경우 247,666,162원이 되므로 이를 227,322,972원으로 계산한 것(이는 매매총이익율로 22.27%를 적용한 것과 같다)도 원고에게 불리하다고 할 수 없다. 따라서 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계법령 [국세기본법] 제14조 (실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이 고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자 로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제16조 (근거과세)

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다. [부가가치세법] 제21조 (결정 및 경정)

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때 [ 부가가치세법 시행령] 제69조 (추계결정 및 경정방법)

① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

4. 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법

• 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률 [소득세법] 제80조 (결정과 경정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. [ 소득세법 시행령] 제143조 (추계결정 및 경정)

① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 제144조 (추계결정ㆍ경정시의 수입금액의 계산)

① 사업자의 수입금액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 수입금액은 다음 각호의 1의 방법에 의하여 계산한 금액으로 한다.

4. 국세청장이 사업의 종류별ㆍ지역별로 정한 다음 각목의 1에 해당하는 기준에 의하여 계산하는 방법

• 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률. 끝.