부가가치세 및 종합소득세 추계결정의 적정 여부

원고의 이사건 모두 기각한다. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2005.7.1 원고에 대하여 한 2002년도 제2기분 부가가치세 금 3,483,720원, 2002년도 귀속분 종합소득세 금 39,227,030원 중 27,942,490원의 각 부과처분을 취소한다.

다음의 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함), 을 제3내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 1986.6.13경 “00약국”이라는 상호로 사업자등록을 하고 00시 00구 00동 00-0에서 의약품 소매업을 영위하고 있는 개인사업자이다.
• 나. 원고는 2002년도 제1, 2기분의 각 부가가치세 신고를 하면서 그 과세표준을 94,260,000원과 110,500,000원으로 신고하였다.
• 다. 피고는 원고에 대하여 2002년 귀속분 제세통합조사를 실시한 결과, 원고가 신고한 위 각 부가가치세 과세표준이 판매일보 등의 장부 또는 기타 증빙서류에 의한 것이 아니라 과세분 약품매입가액에 임의로 15 내지 16%의 부가가치세율을 적용하여 산출한 것이라는 이유로 이를 부인하고, 과세분 약품원가 176,685,040원에 국세청장이 정한 의약품(양약) 및 의료용품 소매업의 2002년 매매총이익율 28.66%를 적용하여 추계한 227,322,972원을 부가가치세 과세표준으로 경정한 다음, 여기에서 원고가 위와 같이 이미 신고한 금액의 합계 204,760,000원을 공제한 매출신고누락금액 22,562,972원을 총수입금액에 산입하여, 이를 기초로 2005.7.1 원고에게 2002년도 제2기분 부가가치세 3,483,720원(납부세액 2,256,297원+가산세 1,227,424원)과 2002년 귀속분 종합소득세 39,227,030원의 각 부과처분을 하였다. (이하, “이 사건 각 처분” 이라 한다.)
• 라. 원고는 이에 이의신청절차를 거쳐 2005.10.14 국세심판원장에 심판청구를 하였고 2006.3.6 기각결정을 받았다.

• 가. 원고의 주장 원고는 조제분 매출(면세대상)에 대하여는 건강보험의료급여내역에 따라 집계하여 그 실지 수입금액을 신고하고 단순 매약 매출(과세대상)에 대하여도 원고 나름대로 집계하여 그 실지 매출액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였으며 복식부기방식으로 소득금액을 계산하여 종합소득세를 신고하였는바, 피고가 단순 매약 매출에 관한 장부가 없다는 이유만으로 극히 예외적인 과세방법인 추계방식으로 원고의 매출액을 산정하고 이를 기초로 부가가치세 및 종합소득세에 대한 경정결정을 한 것은 근거과세원칙이나 실질과세원칙에 반하여 위법하다. 또한 피고가 적용한 매매총이익율 28.66%는 원고의 단순 매약 매출에만 적용되는 비율인지 면세대상인 조제분 매출에도 함께 적용되는 비율인지 여부도 알 수 없는 불합리한 기준이다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 부가가치세법 제21조, 같은 법 시행령 제69조, 소득세법 제80조, 같은 법 시행령 제143조의 각 규정을 종합하면, 과세관청은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정함에 있어서 원칙적으로 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 하고, 다만 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때 등 부가가치세법 제21조 제2항 단서 각 호와 소득세법 제80조 제3항 단서, 같은 법 시행령 제143조 제1항 각호의 사유가 있는 때에는 추계할 수 있다고 규정되어 있다. 원고는 그 주장에 의하더라도 이 사건 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준을 나름대로 집계하여 신고하였다는 것일 뿐 그에 관한 아무런 증빙자료를 제출하지 못하고 있으며(원고가 국세심판절차에서 제출하였다는 예금통장은 위 증빙자료라 할 수 없다.) 위에서 든 각 증거들에 의하면 원고는 2005.5.18 과세관청에 무자료매출을 인정하는 취지 즉, 2002년도 과세매출 신고금액이 과세분 약품 등의 판매에 대한 장부를 별도로 비치 기장하지 못함에 따라 과세매입금액에 약 15~16%의 부가가치율을 적용하여 산정하여 신고한 것이라는 내용의 확인서를 제출한 사실도 인정할 수 있으므로 원고가 신고한 위 과세표준은 이를 계산함에 있어서 필요한 세금계산서 등의 증빙이 없는 때에 해당하는 것이어서 피고가 국세청장이 정한 의약품(양약) 등 소매업의 2002년도 매매총이익율에 해당하는 28.66%를 적용하여 과세표준을 추계경정하고 이를 근거로 이 사건 각 처분을 한 것은 부가가치세법 제21조 제2항 단서, 같은 법 시행령 제69조 제1항 제4호 라목, 소득세법 제80조 제3항 단서, 같은 법 시행령 제143조 제1항 제1호, 제144조 제1항 제4호 라목의 규정에 따른 것으로 정당하다 할 것이다. 조제분 매출부분은 과세대상이 아니고 약품원가에 따라 일정비율의 이익이 발생하는 것도 아니므로 위 매매총이익율의 적용과 관련이 없다 할 것이나 피고가 매출원가 1억 5천만 원에서 5억 미만에 해당하는 매매총이익율인 29.66%가 아닌 매출원가 5억이상에 해당하는 매매총이익율인 28.66%를 적용한 것이 원고에게 불리하지 아니하고, 과세분 약품원가 176,685,040원에 매매총이익율[=(매출액-매출원가)/매출액] 28.66%를 적용하여 추계수입금액[=매출원가×{1/(1-매매총이익율)}]을 산정하는 경우 247,666,162원이 되므로 이를 227,322,972원으로 계산한 것(이는 매매총이익율로 22.27%를 적용한 것과 같다)도 원고에게 불리하다고 할 수 없다.따라서 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.