인건비 적정여부

사 건 2024구합10636 법인세 및 부가가치세 부과처분취소 원 고 J 주식회사 피 고 L 세무서장 제 1 심 판 결 변 론 종 결

2025. 5. 15. 판 결 선 고

2025. 7. 17.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에게 (1) 2022. 11. 16.1) 한 2018년 사업연도 귀속 법인세 32,343,520원, 2019년도 사업연도 귀속 법인세 46,885,190원, 2020년 사업연도 귀속 법인세 45,880,650원, 2021년 사업연도 귀속 법인세 71,232,770원 합계 196,342,130원 및 (2) 2022. 11. 11. 한 2020년 제1기 부가가치세 2,022,660원, 2020년 제2기 부가가치세 9,822,120원, 2021년 제1기 부가가치세 9,217,910원, 2021년 제2기 부가가치세 13,794,280원 합계 34,856,970원의 각 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

• 가. 원고는 골프장 사업 등을 영위하는 회사로, OO시 OO면 소재 ‘K클럽’(이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다)을 운영하고 있다. 원고의 최대주주인 S은 2008. 5. 30. 원고의 사내이사로 취임하였고, 캐나다국인 Y은 2018. 2. 23. 원고의 대표이사로 취임하였다. S(父)과 Y(女)은 부녀관계이다.
• 나. DD지방국세청장은 2022. 7. 20.부터 2022. 9. 23.까지 원고에 대하여 2017년 내지 2021년 사업연도 법인세 등에 관한 통합조사(이하 ‘이 사건 통합조사’라 한다)를 실시하였고, 피고에게 ‘① 대표이사 Y이 실제 원고의 업무를 수행한 사실 없이 급여를 지급받았으므로 Y에 대한 급여 및 4대 보험료 합계 291,875,584원(이하 ‘이 사건 인건비’라 한다)은 손금불산입 대상(아래 [표1] 기재 참조), ② 원고가 주식회사 TT(이하 ‘TT’라 한다)로부터 실질거래 없이 세금계산서 합계 118,650,000원(이하 ’이 사건 공사비‘라 한다)을 수취하였으므로 이 사건 공사비는 손금불산입 및 매입세액 불공제 대상(아래 [표2] 기재 참조)’이라는 내용의 과세자료를 통보하였다. [표2]는 생략합니다.
• 다. 피고는 위와 같이 통보된 과세자료에 따라 2022. 11. 11. 원고에게 아래 [표3] 기재와 같이 2018사업연도부터 2021사업연도까지 법인세 합계 196,342,130원, 2020년 제1기, 2021년 제1기 및 2021년 제2기 부가가치세 합계 25,034,850원을 각 부과처분하였다(이하 포괄하여 ‘이 사건 처분’이라 한다). [표3]는 생략합니다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 2. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 27. 원고의 심판청구를 기각하였다2). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제5, 6, 15, 16, 24, 27, 31호증, 을 제1, 2, 16, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 이 사건 인건비를 법인세의 손금불산입 대상으로 한 부분

1. 원고 주장의 요지 Y은 원고의 대표이사로서 원고의 사업장에서 실제 근무하였고, 원고는 임원 보수규정 한도 내에서 매년 이사회에서 정한 금액을 Y에게 지급하였다. 따라서 Y이 원고의 대표이사로서의 업무를 수행하지 않았다고 보고 이 사건 인건비의 손금불산입을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 관련 규정 및 관련 법리

• 가) 법인세법은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다’고 규정하고 있고(법인세법 제19조 제1항),‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다(법인세법 제19조 제2항). 또한 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고(법인세법 제26조 제1호), 법인세법 시행령은 ‘법인이 그 임원 등에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’라고 규정하고 있다(법인세법 시행령 제43조 제1항).
• 나) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두647 판결 등 참조).

3. 구체적 판단 앞서 든 증거들에 갑 제7 내지 14, 33 내지 36, 을 제3 내지 7, 18 내지 58호증의 각 기재를 더하여 인정되는 다음 사정들을 종합해보면, 이 사건 인건비는 근로의 대가로서 지급한 것이 아니라는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고가 제출한 증거만으로는 Y이 실제 근무를 하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고의 최대주주 현황, 원고의 관계사의 최대주주 현황 등에 의하면, 원고는 실질적으로 최대주주인 S에 의하여 운영되고 있고, S이 원고의 최종 의사결정에 영향을 미치고 있다. 원고는 S이 건강상 문제로 이 사건 골프장에 대한 경영이 어려워지자 Y에게 원고의 경영 등을 맡긴 것이라고 주장하는데, Y은 캐나다에서 장기거주하면서 캐나다국적을 취득한 자로 원고의 업무와 관련된 근로이력이나 사업이력이 전무하였음에도, 원고의 실운영자인 S의 결정에 의해 원고의 대표이사로 취임한 것으로 보인다.

② 원고는 Y이 대면 또는 SNS를 통해 업무보고를 받고, 대표이사의 권한으로 원고의 서류를 직접 결재하였다고 주장하나, 원고 부사장의 진술서, 업무인수인계 메모 등에 의하면, 원고 소속 실무담당 직원들이 기안문 등의 서류를 작성할 때 자신의 도장뿐만 아니라 Y의 결재도장까지 직접 날인한 것으로 보이고, 일일자금현황에 의하면 대표이사 란에 도장 인영이 다른 것도 존재한다. 원고의 사업장에는 Y이 상주할 수 있는 사무실이나 별도의 근무공간이 존재하지 않고, Y의 상근 사실을 인정할 수 있는 전산시스템에 의한 출퇴근 기록 등 객관적인 자료도 없다.

③ 원고의 코스 관리 등 가장 중요하고 이례적인 사항은 실경영자인 S 또는 부사장인 원호룡 등이 직접 점검하고 처리하였던 것으로 보이고, Y이 대표이사로서 구체적으로 어떠한 업무를 수행하였는지 알 수 있는 자료는 없다. Y이 은행에 방문하여 관계사인 주식회사 CH 등의 고액 지출 청구서를 작성하였다거나 잔디관리 노하우 등의 자질을 갖추기 위해 골프장 CEO 과정을 한 학기 이수하였다는 등의 사정들만으로는 Y이 원고의 조직구성, 의사결정에 있어 주요한 역할을 하였다고 인정하기 어렵다.

④ Y에 대한 노동조합 및 노동관계조정법위반 혐의 사실에 관하여 수사한 BB지방고용노동청 JJ지청의 수사결과 보고에는‘Y은 원고의 대표이사이기는 하나, 원고 사업장의 모든 업무는 부회장인 KKK에 의하여 행해지고, Y은 부회장과 총무이사에게 교섭위임을 하였으므로, 사업장의 교섭에 대한 실질적인 권한이 없는 것으로 판단되어 불기소(혐의없음) 의견’이라는 내용이 기재되어 있다. ⑤ 이 사건 통합조사 당시 Y은 OO시에 거주하면서 원고 외의 10개 관계사 사업장의 대표로 등재되어 급여 등을 지급받고 있었던 사실이 확인되었다. Y의 경력, 거주지 등 생활환경에 비추어 볼 때, Y이 원고를 포함한 위 다수의 사업장을 대표이사로서 실제로 운영하였다고 보기 어렵다.

• 나. 이 사건 공사비를 법인세의 손금불산입 및 부가가치세의 매입세액 불공제 대상으로 한 부분 원고는 제5회 변론기일에서 이 사건 공사비에 관한 주장은 모두 철회하였다. 따라서 이에 관하여는 판단하지 않는다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.