부동산을 수용당한 자가 도시재정비법에 따라 보상금을 반환하고 취득하는 권리는 보상금 반환시점이 취득시기임

사 건 2022구단12013 양도소득세경정거부처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 4. 26. 판 결 선 고

2023. 6. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 11. 10. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ○○ ○○○구 ○○동 xxx-x 대 56㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 2010. 12. 23. 매수하여 2011. 1. 20. 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. ○○광역시장은 2007. 5. 23. 도시재정비 촉진을 위한 특별법(이하 ‘도시재정비법’이라고 한다) 제5조 제1항에 따라 이 사건 부동산이 포함된 ○○ ○○○구 ○○동 136 일원(○○○○○ 부대 반환공여구역 및 주변지역)을 시민공원주변 재정비촉진지구로 지정하고서 이를 고시하였다(○○광역시 고시 제2007-198호).
• 다. 위 재정비촉진계획에 따른 계획기반시설 설치를 위하여 이 사건 부동산이 수용 되었고, ○○광역시는 원고에게 보상금 116,770,330원을 지급하고 2013. 7. 16. 이 사건 부동산에 관하여 2013. 6. 12.자 수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 라. 원고는 2013. 9. 27. 피고에게 이 사건 부동산의 수용과 관련하여 양도일 2013. 7. 16., 양도가액 116,770,330원, 취득가액 136,000,000원으로 계산하여 납부세액 0원으로 2013년 귀속 양도소득세 신고를 하였다.
• 마. 원고는 2020. 9. 29. 이 사건 부동산 관련 보상금 및 이자 합계 124,242,090원(이하 ‘이 사건 반환금’이라 한다)을 ○○광역시에 반환하여 도시재정비법 제11조 제4항 에 따라 토지등소유자로 간주되었다.
• 바. 원고는 2021. 3. 24. A, B(이하 ‘A 등’이라 한다)과 이 사건 부동산과 관련된 토지등소유자의 지위를 770,000,000원에 양도하기로 하는 계약을 체결하고 2021. 4. 16. 잔금을 지급받았다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).
• 사. 원고는 2021. 6. 14. 피고에게 이 사건 양도와 관련하여 양도일 2021. 4. 16., 취득일 2011. 6. 20.1), 양도가액 770,000,000원, 취득가액 146,129,900원, 장기보유특별공제 112,296,618원으로 계산하여 납부세액 178,410,860원으로 2021년 귀속 양도소득세 신고ㆍ납부하였다.
• 아. 이후 원고는 2021. 8. 6. 피고에게 이 사건 양도와 관련하여 그 취득일을 2011. 6. 20.에서 2020. 9. 29.로 변경하고, 취득가액을 146,129,900원에서 124,242,090원으로 감액하는 내용으로 수정신고하면서 2021년 귀속 양도소득세 141,255,100원을 추가 납부하였다.
• 자. 원고는 2021. 9. 13. 피고에게 수정신고하면서 추가 납부한 2021년 귀속 양도소득세 141,255,100원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나 피고는 2021. 11. 11. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 차. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 11. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 6. 29. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~5호증, 을 제1~4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 도시재정비법 제11조 제4항 은 ‘토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 이자를 더한 금액을 반환하는 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 본다’고 규정하고 있다. 이는 토지 또는 건축물 등에 관한 보상금을 반환한 자는 해당 토지 또는 건축물의 소유자로 본다는 의미로 새로운 자산의 취득의 아니라 기존 자산에 관한 권리의 회복을 정한 것으로 매매계약의 해제에 따른 원상회복과 동일한 법적 효과를 전제하고 있다. 이 사건 양도는 원고가 2011. 1. 20. 취득한 이 사건 부동산에 관한 권리를 A 등에게 이전하는 것을 내용으로 한다. 다만 원고는 보상금을 지급받고 ○○광역시에게 이 사건 부동산을 이전하였다가, 도시재정비법에 따라 이 사건 반환금을 반환하여 소유자의 지위를 회복하였음에도 이 사건 부동산에 관한 등기 명의가 여전히 ○○광역시에 남아있던 관계로 A 등에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료해주는 대신 이 사건 부동산에 관한 소유자의 권리를 양도하는 거래 형식을 취한 것일 뿐이다. 그런데 피고는 원고가 이 사건 반환금을 반환한 날에 이 사건 양도의 대상 자산을 취득한 것으로 보아 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 처분은 도시재정비법 제11조 제4항 의 토지등소유자 간주 시 자산의 취득 시점을 보상금의 반환 시점으로 해석함으로써 그 조항 문언의 해석에도 반하고, 기존 토지등의 보유기간을 전혀 고려하지 않은 채 장기보유특별공제를 인정하지 아니하고 오히려 고율의 양도소득세를 적용함으로써 재정비촉진구역 내 토지 또는 건축물을 소유하고 있던 토지등소유자에 비해 수용당한 토지등소유자들을 불리하게 처우하여 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 이 사건의 쟁점은 이 사건 양도의 대상 자산의 취득시기를 이 사건 부동산 취득일(2011. 1. 20.)로 볼지, 이 사건 반환금의 반환일(2020. 9. 29.)로 볼지이다. 1) 도시재정비법 제11조 제4항 은 ‘시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 재정비촉진계획에 따라 기반시설을 설치하게 되는 경우에 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 국토교통부령으로 정하는 이자를 더한 금액을 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 반환하는 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 보며, 이 경우 해당 재정비촉진구역 사업시행자가 기반시설의 설치에 필요한 부지를 제공한 것으로 본다. 또한 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 보상금액을 반환하지 아니한 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역에서 매각되는 토지 또는 건축물에 대하여 우선 매수를 청구할 수 있다’고 규정하고 있다.

2. 다음과 같은 사정을 종합하면, 도시재정비법 제11조 제4항 전문의 보상금 등 반환에 따른 토지등소유자 간주 규정은, 토지 또는 건축물에 관한 보상을 받은 자가 보상금 등을 반환하는 경우, 시ㆍ도지사 등이 재정비촉진계획에 따라 기반시설을 설치함에 있어 그 기반시설 설치에 필요한 토지 등을 수용한 날을 기준으로 소급하여 위와 같이 반환한 자를 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 볼 수는 없지만, 위와 같이 반환한 자에게 기반시설 설치를 위해 토지 또는 건축물을 제공한 것에 대한 대가로서 보상금 등을 반환한 날에 새로이 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 간주하여 부동산을 취득할 수 있는 권리를 부여한 것으로 보는 것이 타당하다.

○ 도시재정비법은 도시의 낙후된 지역에 대한 주거환경개선과 기반시설의 확충 및 도시기능의 회복을 위한 사업을 광역적으로 계획하고 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 필요한 사항을 정함으로써 도시의 균형발전을 도모하고 국민의 삶의 질향상에 기여함을 목적으로 한다(도시재정비법 제1조). 도시재정비법 제11조 제4항 규정의 취지는 광역적 기반시설 설치의 중요성을 감안하여 기반시설 설치에 따라 토지 또는 건축물에 관한 보상을 받은 자에게 기반시설 설치를 위해 토지 또는 건축물을 제공한 것에 대한 대가로서, 재정비촉진구역 등에서 매각되는 토지 도는 건축물에 대하여 우선매수권을 부여하고, 보상금 등을 반환한 경우에는 토지등소유자의 자격을 부여하여 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’를 부여함으로써 기반시설 설치에 대한 저항을 줄이고 협의에 적극 응하도록 유도하여 기반시설 설치 등 사업의 원활한 진행을 도모하려는 것이다. 보상을 받고 기반시설 설치를 위해 토지 또는 건축물을 제공한 자에게 선택권을 부여하고 있는 것이다.

○ 을 제2호증의 기재에 의하면, 이 사건 양도와 관련한 계약서에, 토지등소유자의 지위 양도 계약이라고 기재되어 있고, 자격대상 권리내역에 ‘이 사건 각 부동산은 현재 폐쇄등기상태로 없는 지번이며 등기이전 자체가 되지 않는다’는 기재가 있으며, 제3조에 ‘해당 자격대상권리는 양도인이 등기상의 소유자가 아니고 양도인이 관할청에 대금을 지불하면 토지 등 소유자의 지위를 갖추게 됨’이라는 기재가 있다. 이 사건 양도는 원고가 A 등에게 이 사건 반환금을 반환함으로써 얻게 되는 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’를 양도하는 것이다.

○ 원고는 ○○광역시의 이 사건 부동산의 수용과 관련하여 2013년 귀속 양도소득세 신고를 하였다. 취득가액이 양도가액보다 많은 것으로 계산하여 원고가 양도소득세를 납부하지는 않았다. 양도가액이 취득가액보다 컸다면 원고는 이 사건 부동산 수용에 따른 양도소득세를 납부했을 것이다. 그런데 이 사건 반환금의 반환으로 매매계약 해제에 따른 원상회복처럼 이 사건 부동산에 관한 소유권이 회복된다고 보면 이 사건 부동산 수용에 따른 양도소득세를 반환받을 수 있다고 보아야 하는데 그렇게 보기는 어렵다. 양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것으로서, 매매계약이 해제되었다면 매매계약의 효력은 상실되어 자산의 양도가 이루어지지 아니한 것이 되므로 양도소득세의 과세요건인 자산의 양도가 있다고 할 수 없으나, 유효한 매매계약을 토대로 자산의 양도가 이루어진 후 환매약정에 따른 환매가 이루어지더라도 이는 원칙적으로 새로운 매매에 해당하므로 양도소득세의 과세요건을 이미 충족한 당초 매매계약에 따른 자산의 양도에 영향을 미칠 수는 없는 것처럼(대법원 2015. 8. 27. 선고 2013두12652 판결 등 참조), 이 사건 부동산의 수용과 이 사건 반환금의 반환에 따른 권리의 취득은 별개로 보아야 한다.

○ 장기보유특별공제에서 보유기간을 통산하려면 그에 대한 법률적 근거가 있어야 한다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결 등 참조). 해제로 인한 소급적 지위의 회복은 예외적인 것이다. 도시재정비법 제11조 제4항 에 보상금을 받은 자가 보상금 등을 반환하는 경우 언제부터 토지등소유자로 볼지에 대한 규정이 없고, 도시재정비법의 다른 조항에도 이를 추론할 만한 규정은 없으며, 도시재정비법 제11조 제4항 이 보상금 등의 반환을 통하여 토지 수용에 대해 해제의 효과까지 의도하였다고 볼만한 자료는 없는바, 도시재정비법 제11조 제4항 을 장기보유특별공제에서의 보유기간 통산의 근거로 삼기는 어렵다.

○ 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 보상금 등을 반환한 후 상당한 기간이 지나 보상금 등 반환함으로써 보상금 등의 반환으로 취득한 권리를 양도한다면 그 양도에 관하여 장기보유특별공제를 받을 수 있다. 원고는 2020. 9. 29. 이 사건 반환금을 반환한 후 6개월 채 되기 전에 이 사건 양도를 하여 보유기간 1년 미만에 해당하여 이 사건 양도에 관하여 고율의 양도소득세율이 적용된 것이다.

3. 따라서 원고의 토지등소유자 지위의 취득시기는 이 사건 반환금의 반환일이므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다(이와 같이 해석하는 것이 도시재정비법 제14조 제4항 규정 문언의 해 석에 반하거나 조세평등원칙 등에 위반되는 것으로 볼 수 없다).

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.