실시계획승인 등만으로는 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이나 그 원인 되는 권리 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었다고 볼 수 없고, 원칙적으로 개발사업 준공검사를 마친 시점에 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이 확정되었다고 봄이 타당
실시계획승인 등만으로는 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이나 그 원인 되는 권리 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었다고 볼 수 없고, 원칙적으로 개발사업 준공검사를 마친 시점에 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이 확정되었다고 봄이 타당
사 건 창원지방법원2018구합52318 법인세경정거부처분등취소 원 고 한국000000 피 고 00세무서장 변 론 종 결
2021. 1. 18. 판 결 선 고
2021. 2. 4.
1. 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한,
2. 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한 2015년 제1기분 부가가치세 1,345,396,540원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
3. 피고가 별지1 기재와 같이 원고에 대하여 2019. 8. 13. 한 2015 사업연도 법인세 495,042,594,941원의 경정거부처분을 취소한다.
4. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
5. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다. 청 구 취 지
1. 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한,
1. 원고는 2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 따라 정부가 자본금 전액을 출자하여 설립한 준시장형 공기업이다.
2. 원고는 공공기관 운영에 관한 법률 제39조 제3항, 공기업ㆍ준정부기관 회계사무규칙 제2조 제5항, 구 주식회사의 외부감사에 관한 법률(2017. 10. 31. 법률 제15022호 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제1호에 따라 국제회계기준위원회의 국제회계기준을 채택하여 정한 한국채택국제회계기준(이하 ‘K-IFRS’)을 적용하여 회계처리를 하고 있다.
1. 원고는 2010∼2012 사업연도는 결손금이 발생한 것으로, 2013, 2014 사업연도는 사업연도 소득금액이 이월결손금으로 모두 공제된 것으로 법인세 과세표준을 신고하여 법인세를 납부하지 않았다. 당시 원고가 신고한 각 사업연도 (이월)결손금 내역은 아래 표1 기재와 같다(을 29). 2)
2. 서울지방국세청장은 2015. 6. 18.부터 2015. 12. 23.까지 원고의 2010∼2014 사업연도 법인세 등에 대한 세무조사를 실시한 후, 2015. 12. 29. 피고에게 ‘원고가 2010∼2014 사업연도 각 법인세 과세표준 계산시 소득금액 총 5,256,034,934,621원을 누락하였고[2010 사업연도 1,454,406,410,295원, 2011 사업연도 904,627,618,467원, 2012사업연도 1,112,827,639,803원, 2013 사업연도 631,133,781,021원, 2014 사업연도1,153,039,485,035원], 2015년 제1기분 부가가치세 과세기간에 재화 공급시기가 도래하지 않은 매입세금계산서(공급가액 9,912,300,500원)를 발급받아 이에 관한 매입세액을 과다 공제받았다.’는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.
3. 피고는 2016. 2. 1. 세무조사 결과에 따라 원고에게 아래와 같이 과세처분을 하였다.
4. 이 사건 결손금 감액처분 사유 중 이 사건 쟁점과 관련된 것들의 주요 내용은 다음과 같고, 위 소득금액 합계 약 5조 2,560억 원 중 각 쟁점과 관련된 금액은 아래 표2 기재와 같다.
① 원고는 준공 전 인도 시점에 토지 공급금액을 매출로 인식하면서 장래 준공 시까지 발생할 예정원가를 매출원가에 포함시켜 인식하였다. 이와 관련하여 원고는 그 이후 사업연도에 예정원가가 증가한 경우 그 증가액을 해당 사업연도의 비용으로 인식하였으나, 이는 손금불산입하여야 한다(쟁점1).
② 원고는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’) 제65조 등에 따라 기존 공공시설이 원고에게 무상귀속되었음에도 별다른 회계처리를 하지 않았으나, 이는 자산수증익에 해당하므로 개발사업 실시계획승인 연도 익금에 산입하여야 한다(쟁점2).
③ 원고는 재고자산인 판매용 토지 조성을 위해 지출할 예정인 추정 건설자금이자를 자본화하여 토지 인도 시점에 매출원가로 인식하였으나, 위 이자는 실제 지급 시점에 기간비용으로 인식하여야 하므로 손금불산입하여야 한다(쟁점3).
④ 원고가 개발사업 내용이나 조건 등과 무관하게 지방자치단체에 기부채납한 재산은 법정기부금으로 보아 한도초과액은 손금불산입하여야 한다(쟁점4).
⑤ 고정자산 건설자금에 충당한 특정차입금 이자 중 원고가 임의로 자본화를 중단하고 기간비용으로 인식한 부분은 손금불산입하여야 한다(쟁점5). 5) 6)
1. 피고가 이 사건 결손금 감액처분 당시 증액경정한 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액 합계 약 5조 2,560억 원은 여러 세무조정사항들이 포함된 금액이다. 원고는 2016. 4. 27. 감사원에 그 중 일부에 관하여 불복하는 취지로(불복하는 소득금액 합계 3,706,087,124,170원, 표2 기재 쟁점1∼5 관련 소득금액 포함) 이 사건 결손금 감액처분과 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소를 구하는 심사청구를 제기하였다.
2. 감사원은 2018. 5. 10. ‘처분청은 매출에 대응하여 이미 매출원가로 계상한 예정원가를 이후 사업연도에 다시 추정(발생한 지출액은 제외)하면서 청구인이 결산에 매출원가의 감소로 반영한 예정원가 감소액을 익금에 산입하지 않는 것으로 하여 2011∼2014 사업연도 각 소득금액을 재조사하고 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.’라고 결정하였다 7)
3. 이에 따라 피고는 2018. 7. 25. 원고에게 이 사건 결손금 감액처분 중 쟁점1 관련 익금산입액을 표2 기재와 같이 1,401,732,080,895원에서 999,106,512,238원 8) 으로 줄이고, 그에 따라 과세표준을 새로 산정하여 이 사건 법인세 부과처분을 97,547,120,307원(가산세 포함)만큼 감액하는 경정결정을 하였다.
4. 한편, 피고는 이 사건 쟁점과 무관한 사유로 ① 2016. 11. 14. 원고의 2014 사업연도 법인세 339,467,550원을 직권으로 감액경정하여 환급하였고(갑 3), ② 2019. 2.경 원고의 2014 사업연도 법인세 2,400,395,680원을 환급하였다(갑 50) 9). 결과적으로 이 사건 법인세 부과처분은 4,736,777,163원(= 105,023,850,700원 – 97,547,210,307원 – 339,467,550원 – 2,400,395,680원)으로 감액되었다(을25, 을28-11~13).
1. 원고는 2016. 3. 29. 피고에게 과세표준을 3,161,926,032,064원으로 하여 2015사업연도 법인세 691,553,093,616원을 신고․납부하였다(을 29-7). 이후 2019. 2. 14.까지 세 차례에 걸쳐 경정되고 남은 과세표준은 2,871,251,760,698원, 법인세액은 535,010,604,542원이다(을 28-14, 17, 18).
2. 원고는 2016. 3. 29. 2015 사업연도 법인세를 신고․납부하면서, 위 세무조사 당시 지적당한 부분을 반영하여 쟁점1∼5에 관하여 피고가 이 사건 결손금 감액처분당시에 한 것과 동일한 방식으로 세무조정을 하였다. 현재까지 남아 있는 각 쟁점별 세무조정(손금불산입 또는 익금산입) 금액은 아래 표3 기재와 같다.
3. 원고는 2019. 6. 13. 피고에게 위 2)항과 같은 세무조정이 부당하다는 이유로 별지1 기재와 같이 피고에게 신고․납부한 2015 사업연도 법인세 전액 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’).
4. 피고는 2019. 8. 13. 이 사건 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’).
1. 2010 사업연도 결손금 감액 처분 중 화성ㆍ동탄지구 재고자산 평가손실 관련 손금불산입액 369,501,553,247원(ⓐ) 부분을 직권취소하고, 그에 대응하여 익금불산입했던 2013 사업연도 118,786,813,247원(ⓑ) 및 2014 사업연도 20,919,235,451원(ⓒ)을 익금산입하여 원고의 2010∼2015 사업연도 법인세 과세표준을 경정하였다. 이 사건 결손금 감액처분 중 감사원의 재조사결정 및 이 법원의 조정권고 등에 따라 피고가 직권으로 경정하고 남은 부분은 아래 표4 중 합계란 기재와 같다. 11) 12) 13)
2. 이에 따라 2014 사업연도의 이월결손금이 증가하여 과세표준이 0원이 됨에 따라 이 사건 법인세 부과처분을 전부 취소하였다.
3. 이 사건 경정거부처분을 일부 취소하여, 원고의 2015 사업연도 과세표준을 197,097,878,105원만큼, 납부할 세액을 39,968,009,601원만큼 감액경정하였다. 그 결과 이 사건 변론종결일 당시까지 잔존하여 원고가 여전히 감액경정을 구하고 있는 금액은 별지1 기재와 같이 각 2,674,153,882,593원(과세표준) 및 495,042,594,941원(법인세액)이다 14).
4. 이 사건 법인세 부과처분이 위 2)항 기재와 같이 전부 취소됨에 따라 조세특례제한법에 따른 원고의 2014 사업연도 법인세 공제액 중 3,049,762,644원이 추가로 이월되어 2015 사업연도 법인세에서 공제되었다. 이에 따라 피고는 2020. 12. 16. 원고에게 위 마.항 기재와 같이 부과한 농어촌특별세 469,436,151원을 609,952,528원 15) 만큼 증액경정하여 고지하였다(부과금액 합계 1,079,388,679원, 이하 ‘이 사건 농어촌특별세부과처분’). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1∼4, 14, 15, 30, 31, 50, 63, 64(가지번호 포함, 이하 같다), 을 1, 3, 5∼7, 11, 14, 21∼25, 27∼29, 변론 전체 취지
별지5 기재와 같다.
3. 본안전 항변에 관한 판단: 배척
4. 이 사건 결손금 감액처분, 경정거부처분, 농어촌특별세 부과처분 취소 청구에 관한 판단: 각 일부 인용, 전부 인용, 전부 기각
1. 인정사실
2. 원고 주장 요지
3. 주위적 주장에 관한 판단 (인용)
(1) 구 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’라고 정하고 있다. 구 법인세법 제40조 제2항 의 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 는 ‘상품 등 외의 자산 양도로 인한 손금’의 귀속사업연도를 ‘그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날이 속한 사업연도로 한다.’는 취지로 정하고 있다. 이처럼 법인세법은 손익이 권리의무 확정시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하여 손익 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두51511 판결 참조). 권리확정주의란 소득 원인이 되는 권리 확정시기와 소득 실현시기 사이에 시간적 간격이 있는 경우 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도 소득을 산정하는 방식이다. 이는 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있다. 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위해서는, 즉 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어야. 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 소득이 발생하거나 익금이 확정되었다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙․확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상․사실상 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결, 대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조).
(2) 기업회계에서 수익비용대응 원칙은 기간손익을 정확하게 파악하기 위해 수익과 그 수익 발생에 들어간 비용을 동일한 회계연도에 인식하여야 한다는 원칙이 다. K-IFRS 1008 문단 19 제1, 2문은 ‘동일한 거래나 사건에 관련된 수익과 비용은 동시에 인식한다. 이러한 과정을 보통 수익과 비용의 대응이라고 한다.’라고 규정한다. 이러한 수익비용대응 원칙은 법인세법상 손금 귀속시기에 관해서도 적용될 수 있다(대법원 2003. 7. 11. 선고 2001두4511 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 권리확정주의와 달리 채무확정주의의 경우 이러한 수익비용대응 원칙으로 인하여 손익귀속시기를 결정할 때 제한적인 의미만을 가지게 된다. 수익비용대응 원칙에 따르면, 익금에 직접 대응하는 손금은 그 자체가 성숙․확정된 때가 아니라, 그에 대응하는 익금이 확정된 사업연도에 귀속되어야 하기 때문이다. 다만 익금이 확정된 사업연도에 손금 자체를 신뢰성 있게 측정하거나 합리적으로 산정할 수 없다면 이를 해당사업연도 손금에 산입할 수 없다는 점에서 채무확정주의도 제한적이나마 의미를 가지게 된다.
(3) 구 법인세법 제40조 와 같은 법 시행령은 권리의무확정주의를 선언하고, 거래유형 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있다. 그러나 이러한 거래유형 등에 따른 세법상 손익귀속에 관한 규정은 현대사회의 다종다양한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익 귀속을 정한 규정이라고 할 수 없다. 그러므로 위 규정들만으로 손익 귀속을 정하기 어려운 경우에는 법인세법상 권리의무확정주의에 반하지 않는 한, 구 법인세법 제43조 에서 정하였듯이 일반적으로 공정․타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익 귀속을 정할 수도 있다고 해석함이 타당하다. 이러한 해석이 국세기본법 제20조 의 취지에도 부합한다. 따라서 기업회계기준상 손익 귀속에 관한 규정이 세법 개별 규정에 명시되어 있지 않다는 이유만으로 곧바로 권리의무확정주의에 반한다고 단정할 수는 없다. 특정 기업회계기준의 도입 경위와 성격, 관련된 과세실무 관행과 그 합리성, 수익비용대응 등 일반적인 회계원칙과 관계, 과세소득의 자의적 조작 가능성, 연관된 세법 규정 내용과 체계 등을 종합적으로 고려하여, 구 법인세법 제43조 에 따라 내국법인의 각 사업연도 소득금액계산에 적용될 수 있는 ‘기업회계 기준이나 관행’에 해당하는지를 판단하여야 한다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2014두44847 판결 등 참조).
(1) 이 사건 예정원가와 마찬가지로 이 사건 예정원가 변동분 역시 판매한 제품에 대한 원료 매입가액과 그 부대비용에 해당하는 것으로, 원고가 토지 인도 시점이 속한 사업연도에 이미 익금으로 인식한 수익(토지 매출)에 직접 대응하는 비용이다. 따라서 앞서 본 수익비용대응 원칙에 따르면 이 사건 예정원가 변동분은 익금이 확정된 사업연도, 즉 토지 인도 시점이 속한 사업연도 손금에 산입하여야 한다. 다만 이 사건 예정원가 변동분은 토지 인도 시점에는 지출이 예정되어 있지 않았거나 지출금액을 신뢰성 있게 측정할 수 없었다는 점에서 이 사건 예정원가와는 차이가 있다. 그런데 이와 같이 익금에 직접 대응하는 손금으로서 익금이 확정된 사업연도의 손금에 산입하지 못하였으나, 그 이후 사업연도에 지출이 확정되고 지출금액을 신뢰성 있게 측정할 수 있게 된 또는 실제 지출이 이루어진 17) 손금(예정원가 변동분)의 귀속시기에 관해서는 법인세법령이 정하고 있지 않다. 따라서 그에 관하여 원고가 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하였다면, 법인세법상 권리의무확정주의에 반하지 않는 한 그 기업회계기준에 따라 이 사건 예정원가의 손금 귀속시기를 정할 수 있다고 봄이 옳다(구 법인세법 제43조, 국세기본법 제20조).
(2) 원고는 시행세칙 제76조에 따라 2010∼2014 사업연도에 이 사건 예정원가 변동분을 각 변동 사유가 발생한 해당 사업연도 손금으로 인식하였다 18). 다음과 같은 이유로 시행세칙 제76조는 예정원가 변동분의 손익 귀속시기에 관한 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준에 해당한다고 봄이 타당하다. ❶ 한국토지주택공사법 제27조, 공공기관 운영에 관한 법률 제39조 제1항, 제3항에 따르면 원고는 기획재정부령으로 정한 회계처리원칙을 따라야 한다. 그 위임에 따라 제정된 공기업․준정부기관 회계사무규칙(기획재정부령) 제2조 제5항, 구 주식 회사의 외부감사에 관한 법률 제13조 제1항 제1호에 따르면 원고는 국제회계기준위원 회의 국제회계기준을 채택하여 정한 회계처리기준을 따라야 한다. 공기업․준정부기관회계사무규칙 제19조 및 그 위임에 따라 제정된 공기업ㆍ준정부기관 회계기준(기획재정부고시) 제10조에 따르면, 공기업의 장은 위 시행규칙 및 고시 시행에 필요한 사항을 세부기준으로 정하여 시행하여야 한다. 시행세칙은 위와 같은 법령의 위임에 따라 제정된 것이다. ❷ 시행세칙은 구 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조 제1항 제1호에 따라 원고가 채택한 K-IFRS의 규정 내용에도 부합한다. 즉 K-IFRS 제1008호(회계정책,회계추정의 변경 및 오류)는 회계추정 변경(새로운 정보의 획득, 새로운 상황의 전개등에 따라 지금까지 사용해오던 회계적 추정치를 바꾸는 것)에 관하여, 그 효과를 전진법(회계추정 변경 효과를 당기 및 그 후의 회계기간에 인식하고, 그 이전에 보고된 재무제표는 수정하지 않는 방법)에 따라 인식하도록 정하고 있다(문단 5, 36, 37 참조).시행세칙 제76조 제7항 역시 ‘전기결산 후 예정원가의 변경으로 인한 영향은 당기 이후의 기간에 미치는 것으로 한다.’고 규정하여 예정원가 변동분을 전진적으로 인식하도록 함으로써, K-IFRS의 회계처리기준을 따르고 있다. ❸ 일반적으로 전진법의 장점으로는 ㉮ 공표된 재무제표를 수정하지 않아 재무제표의 신뢰성이 유지되고, ㉯ 회계변경의 누적효과를 계산하지 않으므로 당기순이익은 당기업적주의에 충실한 이익으로 보고하되, ㉰ 회계변경의 영향이 크게 중요하지 않을 수 있어 의사결정자의 의사결정에 별다른 영향을 미치지 않는 점 등이 있다.반면 이 사건 예정원가를 토지 인도 시점에 소급하여 인식할 경우(소급법), 기간 사이의 비교가능성이 높아지고 회계변경이 당기 손익에 미친 효과를 쉽게 파악할 수 있게 되는 장점이 있지만, 토지 인도 후에도 준공까지 상당한 기간이 소요되는 토지개발사업 특성상 매년 수년 치 전기 재무제표를 재작성하여야 하므로 큰 노력과 비용이 들고, 재무제표의 신뢰성을 해치는 단점이 있다. 이러한 전진법과 소급법의 장․단점과 앞서 본 회계추정 변경에 관한 K-IFRS의 규정 내용 등에 더하여, 예정원가 자체가 변동가능성을 내포한 개념인 점, 특히 규모가 크고 장기간이 소요되는 택지개발사업의 경우 예정원가가 변동될 개연성이 매우 큰 점, 원고의 사업은 수십 개의 개발사업이 동시에 진행되는 점, 이 사건 예정원가의 경우 토지 인도 시점에 이미 그에 대응하는 수익을 모두 인식한 상태인 점 등을 종합하여 보면, 예정원가 변동과 관련하여 소급법 대신 전진법을 채택한 시행세칙 제76조 제7항은 그 규정 내용 자체의 합리성도 인정할 수 있다.
(3) 위와 같은 회계기준이 권리의무확정주의 또는 채무확정주의에 반한다고 보기 어렵다. 이 사건 예정원가나 이 사건 예정원가 변동분은 모두 원고가 일정한 기준에 따라 장래 지출이 예정된 토지 매입 및 공사비와 그 부대비용을 합리적으로 추정한 것으로서, 그 지출 가능성과 측정 가능성을 포함한 합리적 산정 가능성 측면에서 둘 사이에 아무런 차이가 없기 때문이다. 이 사건 예정원가는 채무확정주의에 따라 확정된 손금으로 보면서, 그 변동분만 확정되지 않은 손금으로 보는 것은 모순이다. 즉 이 사건 예정원가 변동분 역시 확정된 손금이다. 또한 권리의무확정주의는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하는 데 그 취지가 있다. 그런데 이 사건 예정원가 변동분에 대응하는 토지 매출을 이미 익금으로 인식한 이상, 예정원가 변동분을 변동이 발생한 사업연도 손금에 산입하더라도 손금 귀속시기를 납세자에게 유리하게 조작하는 등으로 납세자의 자의를 허용하는 것이라고 보기도 어렵다.
(4) 이에 대하여 피고는 ‘예정원가가 최종적으로 확정되는 각 사업지구 개발사업 준공 시점에 예정원가 변동에 따른 손익을 정산하여 귀속시켜야 한다.’라는 취지로 주장한다. 그러나 ❶ 토지 인도 시점에 이미 인식한 수익에 대응하는 비용인 이 사건 예정원가 변동분을 준공 시점 손금에 산입하는 것은 오히려 권리의무확정주의와 수익비용대응 원칙에 반하는 점, ❷ 피고 주장에 따를 경우 이 사건 예정원가 중 준공 전에 실제 지출된 비용조차 해당 사업연도 손금에 산입할 수 없게 되는데, 그와 같은 세무조정을 허용하는 법적 근거를 찾을 수 없는 점, ❸ 오랜 기간이 걸리는 택지개발사업의 특성 등을 고려할 때, 피고 주장에 따를 경우 익금 확정 시점과 그에 대응하는 손금 산입 시점이 너무 동떨어지게 됨으로서 기간 손익을 왜곡할 뿐만 아니라, 납세자에게 과도한 법인세 부담을 줄 우려가 있는 점, ❹ 이미 토지 매출을 모두 수익으로 인식한 상황에서, 위와 같은 문제점에도 불구하고 기업회계기준과 달리 예정원가 변동분의 손금산입을 준공 시점까지 금지할 조세정책적 필요성도 커 보이지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 피고 주장은 받아들이기 어렵다.
(5) 피고는 이 사건 예정원가 변동분의 손익 귀속시기에 관하여 시행세칙 제76조 제7항이 아닌 제79조가 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 이유로 피고의 위 주장도 받아들이지 않는다. ❶ 시행세칙 중 쟁점1과 관련된 주요 규정은 아래와 같다. 제76조(매출원가의 반영)
④ 미완성토지의 필지별 매출원가는 예정원가를 총유상가처분면적으로 나눈 단위면적(㎡)당 원가(소수점 1자리에서 반올림)를 매각면적에 곱한 금액으로 한다.
⑦ 전기결산 후 예정원가의 변경, 유상가처분면적의 변경 등으로 인한 영향은 당기 이후의 기간에 미치는 것으로 한다. 제77조(예정원가의 산정)
① 예정원가는 사업 착수 시부터 공사 완료 시까지 다음 각 호의 금액을 추정하여 산정한 합계액으로 한다.
1. 용지비 2. 조성공사비 3. 건물공사비 4. 건설자금이자 5. 간접비 제79조(분양토지의 면적정산 등에 따른 회계처리) 필지별 원가가 확정된 경우 면적정산 또는 단가정산 등에 따른 종전 처리결과의 수정은 준공연도 또는 정산처리연도의 손익으로 처리한다. 제119조(제품제조원가 확정시기)
① 토지 제조원가 확정시기는 부지조성공사가 준공처리되고 확정측량이 완료된 때로 한다. ❷ 시행세칙 제76조의 표제와 제7항의 문언, 위 조항이 시행세칙 제7장 ‘수익과 비용’ 부분에 규정되어 있는 점 등을 종합하면, 시행세칙 제76조 제7항이 예정원가 변경에 따른 수익과 비용 인식시기에 관한 규정이라는 것은 분명해 보인다. ❸ 반면 시행세칙 제79조는 그 문언 및 제119조와의 관계상 단위당 예정원가 확정 후 면적정산, 단가정산 등 사유로 해당 필지의 매출원가가 변경된 경우에 적용되는 것이고, 예정원가가 확정되기 전에 단지 예정원가가 변동된 경우에 적용되는 규정이라고 보기는 어렵다.
(6) 피고는 ‘원고가 예정원가 변동분을 사후적으로 인식한 것은 법인세법이 손금으로 인정하지 않는 미확정 비용인 충당금 처리방법에 불과하고, 원고 주장은 회계상 충당금을 손금으로 인정해 달라는 것이어서 부당하다.’고 주장한다. 그러나 앞서 본 것처럼 이 사건 예정원가 변동분은 변동이 발생한 해당 사업연도에 이미 확정된 손금이므로, 피고가 이 부분 주장과 관련하여 인용하고 있는 법인세법상 대손충당금 등과 같이 확정되지 않은 비용과는 다르다. 후자의 경우 법인세법상 손금으로 인정할지 여부가 문제되나, 전자의 경우 확정된 손금으로서 그 귀속시기만 문제될 뿐이다. 피고의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다.
(7) 피고가 이 사건 결손금 감액처분을 하면서 예정원가 감액분을 해당 사업연도 수익으로 인식한 원고의 회계처리에 대해서는 아무런 세무조정을 하지 않았던 것역시 원고 주장에 부합하는 사정이다.
4. 소결론 쟁점1에 관한 원고의 주위적 주장은 이유 있다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분과 경정거부처분 중 쟁점1에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
1. 인정사실
2. 원고 주장 요지
(1) 예비적 주장1: 설령 원고가 국가 등으로부터 기존 공공시설 소유권을 이전받는 것이 무상거래라고 하더라도, 원고로서는 신설 공공시설을 국가 등에 무상으로 귀속시킨 것에 대한 보상 차원에서 기존 공공시설 소유권을 이전받은 것인 점 등을 고려하면, 신설 공공시설과 기존 공공시설 가액의 차액을 택지 조성원가로 자본화하는 것이 타당하고, 그와 별도로 기존 공공시설 가액을 자산수증익으로 보아 익금에 산입 하여서는 안 된다.
(2) 예비적 주장2: 기존 공공시설 귀속에 따른 자산수증익 귀속시기는 실시계획승인 등 시점이 아닌 준공 후 토지 등 세목 통지 시점으로 보아야 한다.
3. 주위적 주장 및 예비적 주장1에 관한 판단 (배척)
4. 예비적 주장2에 관한 판단 (인용)
(1) 익금의 귀속사업연도는 그 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다(구 법인세법 제40조 제1항). 앞서 본 것처럼 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조).
(2) 법인 수익으로 되는 무상으로 받은 자산의 익금 확정시기는 그 수증재산을 받을 권리가 확정된 때가 속하는 사업연도이다. 수증재산에 관한 소유권이전등기를 마치지 않았더라도 이를 사실상 증여받은 때에는 증여재산 가액이 그 사업연도 익금으로 확정된 것으로 볼 수 있다(대법원 1985. 2. 26. 선고 84누133 판결 참조). (3) 도시개발법 등에 따라 무상귀속 대상이 되는 기존 공공시설인지는 실시계획승인 등 시점을 기준으로 판단하므로, 사업지구 내 어느 토지가 무상귀속 대상이 되는 기존 공공시설에 해당하기 위해서는 실시계획승인 등 이전에 이미 적법하게 행정재산으로 된 경우라야 한다(대법원 2016. 5. 12. 선고 2015다255524 판결 등 참조).
5. 소결론 쟁점2에 관한 원고의 예비적 주장2는 이유 있다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분 중 쟁점2와 관련된 부분은 취소되어야 한다(다만 쟁점2와 관련하여 별지3 기재 개발사업 중 2010∼2014 사업연도에 준공된 사업이 있고, 원고의 예비적 주장 2를 인용하더라도 그와 같이 준공된 사업과 관련하여 원고에게 귀속된 기존 공공시설 가액은 준공 연도의 자산수증익으로 익금에 산입되어야 할 것으로 보이기는 한다. 그러나 그 와 같은 과세요건사실에 관한 주장․증명책임은 피고에게 있는데, 피고는 이 사건 변론종결일까지 그에 관해 구체적인 주장․증명을 하지 않았다).
1. 인정사실
2. 원고 주장의 요지 추정 건설자금 이자는 토지 매출에 대응하는 매출원가로 직접비용이다. 이자의 손금 귀속시기를 정한 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호 는 간접비용에 해당하는 이자에 관한 규정으로, 직접비용에 해당하는 이자에는 적용되지 않는다. 따라서 추정 건설자금 이자는 수익비용대응 원칙에 따라 토지 인도 시점에 취득원가로 손금산입되어야 한다.
3. 판단
(1) 구 법인세법 제40조, 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호 에 따르면 법인이 지급하는 이자는 원칙적으로 소득세법 시행령 제45조 에 따른 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다. 다만, 구 법인세법 제28조 제1항 제3호 는 ‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.’라는 취지로 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제52조 제1항 은 ‘법 제28조 제1항 제3호에서 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자란 그 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설(이하 ’건설 등‘)에 소요되는 차입금(특정차입금)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.’라고 규정하고, 제2항은 ‘특정차입금에 대한 지급이자 등은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다.’고 규정하고 있다. 이처럼 사업용 고정자산 건설 등에 소요된 차입금 이자 등은 당해 사업용 고정자산의 취득원가를 구성하고, 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다.
4. 소결론 쟁점3에 관한 원고 주장은 받아들이지 않는다.
1. 인정사실
(1) 원고는 2010~2014년 사이 화성 동탄1지구 택지개발사업 등을 시행하면서 관할 지방자치단체에 별지4 표㉮ 기재와 같이 도로, 도서관 등 기반시설 설치 명목으로 현금(137,198,761,061원)과 현물(49,231,467,270원), 합계 186,430,228,331원 상당을 기부채납하고, 이를 토지 매출원가로 계상하여 해당 사업연도 손금에 산입하였다(각 사업연도별 기부채납액 합계액은 표2 기재와 같다).
(2) 같은 경위로 원고는 2015 사업연도에 별지4 표㉯ 기재와 같이 지방자치단체에 합계 2,926,027,000원 상당 기반시설 등을 기부채납하고 이를 토지 매출원가로 계상하였으나, 법인세 신고시에는 이를 기부금으로 신고하였다(이하 전항의 기부채납과 합쳐서 ‘이 사건 각 기부채납’ 22).
(3) 한편 감사원은 원고에 대한 감사를 실시한 후 2010. 8. 2.경 원고에게 ‘지방자치단체에서 법적 근거 없이 요구하는 기반시설 설치와 시설물 유지관리비 등을 택지 조성원가에 산입하지 않도록 하고, 이미 지방자치단체와 협약을 체결한 사항도 재검토하여 사업비 부담이 없도록 조치하는 등 재무건전성 확보 방안을 마련할 것’을 통보한 바 있다.
2. 원고 주장 요지
22. 다만 최초 2015 사업연도 법인세 신고시 원고의 법정기부금 한도액이 2015년 기부채납액(2,926,027,000원 상)을 초과하였으므로, 위 금액은 전액 손금에 산입되었다. 이 사건 각 기부채납액은 특정 개발사업의 원활한 수행을 위하여 지방자치단체장과 협약을 체결하고 지출한 비용이고(사업관련성), 원고와 같은 택지개발사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황이었다면 지방자치단체의 기부채납 요구를 거절하기 어려웠을 것이며(통상성), 이 사건 각 기부채납으로 사업 대상 토지의 이용 편의가 증대되었으므로(수익관련성), 이 사건 각 기부채납액은 구 법인세법 제19조 제2항 이 정한 손금 요건을 충족한다. 따라서 이 사건 각 기부채납액은 구 법인세법 제19조 제1항 에 따라 각 사업연도 손금에 산입되어야 한다.
3. 주위적 주장에 관한 판단 (배척)
(1) 구 법인세법 제19조 에 따르면 손금은 자본 또는 출자 환급, 잉여금 처분 및 동법에서 규정한 것을 제외하고 해당 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고(제1항), 손비는 법령에 달리 정하고 있는 것을 제외하고0는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다(제2항). 구 법인세법 시행령 제19조 제1호 는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용을 손비로 정하고 있다. (2) 택지개발촉진법 제18조의2 제1항 은 ‘택지를 공급하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 택지조성원가를 공시하여야 한다. 이 경우 택지조성원가는 용지비, 조성비, 직접인건비, 이주대책비, 판매비, 일반관리비, 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용으로 구성된다.’라는 취지로 규정하고 있다. 그 위임에 따라 택지개발촉진법 시행규칙 제11조 제1항 은 위 ‘그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용’을 용지부담금, 기반시설 설치비, 자본비용, 택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용으로 규정하고 있다. 같은 조 제2항 [별표]는 택지조성원가에 포함되는 기반시설 설치비에 관하여 ‘도로, 상수처리 관련 시설, 하수처리 관련 시설, 에너지ㆍ통신시설, 그 밖의 기반시설 등 택지개발지구 외의 기반시설 설치에 소요된 비용(다른 법령이나 인가ㆍ허가조건에 따라 국가 또는 지자체에 납부하는 부담금 및 공공시설설치비 등을 포함한다)’으로 규정하고 있다. 위 각 규정 적용에 필요한 세부사항 등을 정한 국토교통부 고시인 ‘공공택지 조성원가 산정기준 및 적용방법’ 역시 택지 조성원가 산정방법과 관련하여 기반시설 설치비에 포함되는 각종 부담금은 타 법령이나 인․허가조건에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 납부하는 것으로 한정하고 있다[5. 차. 1)].
(3) 한편 택지개발촉진법 시행령 제13조의2 제7항 에 따른 택지 공급방법과 공급가격의 기준 등에 관한 사항을 규정하기 위해 제정된 택지개발업무지침(국토교통부훈령) 제37조(지역개발투자)는 ‘택지개발사업 시행자는 당해 택지개발사업으로 발생하는 개발이익의 일부를 도서관, 문화회관 등 해당지역의 문화․복지시설 설치에 지원할 수 있다.’라고 규정하고 있다.
4. 예비적 주장에 관한 판단 (배척)
1. 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 수익관련성을 인정하기 어렵다. ❶ 앞서 본 것처럼 이 사건 각 기부채납은 원고가 별지4 기재 각 개발사업과 관련하여 수익을 창출하기 위해 적극적으로 계획하여 시행한 것이 아니라, 지방자치단체와 관계를 원만하게 하거나 개발이익 일부를 해당 지역에 환원하는 차원에서 이루어진 것으로 보인다. ❷ 이 사건 각 기부채납이 별지4 기재 각 개발사업을 비롯하여 원고의 사업수행이나 수익 창출에 기여한 사실을 인정할 증거도 부족하다. 특히 이 사건 각 기부채납액이 합계 약 1,893억 원에 달하고, 더구나 위 금액은 원고가 별지4 기재 각 개발사업과 관련하여 지방자치단체에 기부채납한 금액의 일부에 불과함에도, 그에 따라 어떤 이익 또는 수익이 발생하였는지가 분명하지 않다. 오히려 원고 주장에 따르더라도 이 사건 각 기부채납을 비롯한 과도한 기부채납은 원고의 경영악화와 부실을 야기하여, 원고가 2011년경 시행한 강도 높은 구조조정의 한 원인이 된 것으로 보일 뿐이다(참고자료 135, 139 등 참조). ❸ 별지4 기재 각 기반시설, 특히 간선도로, 동사무소, 산업단지 기반시설등은 원고가 비용을 부담하지 않더라도, 지방자치단체나 다른 사업 시행자가 그 비용으로 설치해야 하는 것들이다.
2. 다음 사정들을 고려하면, 원고와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 같은 상황에서 원고와 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 각 기부채납액은 통상성도 인정하기 어렵다. ❶ 이 사건 각 기부채납은 관련 법령, 개발계획이나 실시계획, 또는 각종 인․허가 조건에 따라 이루어진 것이 아니라, 원고가 지방자치단체와 자의로 체결한 협약 등에 따라 이루어진 것이다. ❷ 이 사건 각 기부채납은 앞서 본 것처럼 수익관련성을 인정하기 어렵다. 그에 반해 기부채납 규모와 액수는, 동종 사업자가 같은 상황에서 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 추단하기에는 너무 크다. ❸ 경영책임 등에서 상대적으로 자유로운 공기업의 특성이나 원고 설립 전한국토지공사 등의 방만한 기업 운영 역시 수익관련성도 없고 설치의무도 없는 기부채납을 하게 된 원인 중 하나가 된 것으로 보이는 점에 비추어 보더라도, 제출된 증거만으로는 동종 사업자가 같은 상황에서 원고와 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 인정하기에 부족하다. ❹ 실제로 다른 택지개발사업 등 시행자들이 이 사건 각 기부채납과 같은 규모로 도로, 철도 역사, 고등학교, 동사무소, 자연장지, 인근 산업단지 기반시설, 도서관, 배드민턴장을 설치하거나 그 설치비용을 분담하는 내용의 기부채납을 하고 있다고 볼 별다른 증거도 없다.
3. 덧붙여 조세정책적 관점에서 보더라도 이 사건 각 기부채납을 손금으로 인정하는 것은 타당하지 않아 보인다. 이를 손금으로 인정할 경우 개발사업과는 관련성도 없는 지방자치단체의 공공기설 기부채납 요구와 그에 따른 원고의 기부채납을 조장하여 부당결부금지 원칙 등을 잠탈할 우려가 있고, 그 결과 원고가 부담하게 된 기부채납 비용은 탈법적으로 택지 등 조성원가에 산입되어 최종적으로 그 수요자인 국민들에게 전가될 우려가 크며, 그렇지 않더라도 공기업인 원고의 부실을 초래하여 국가 재정에 부담을 주게 되기 때문이다.
1. 인정 사실
2. 원고 주장의 요지 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 는 고정자산 건설 등에 소요되는 차입금 이자를 자본화할 것과 그 종료 시점만 규정할 뿐이다. 법인세법령은 자본화 중단에 관해서는 별다른 규정을 두고 있지 않다. 따라서 고정자산 건설 등이 중단될 경우 건설자금 이자 자본화를 중단할지는 구 법인세법 제40조, 제43조에 따라 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준에 따라야 한다. 그런데 원고에게 적용되는 K-IFRS 제1023호 문단 20, 21과 원고의 차입원가 자본화 회계처리지침은 고정자산에 대한 적극적인 개발활동을 중단한 기간에는 건설자금 이자 자본화를 중단하도록 규정하고 있으므로, 건설 등 중단 기간에는 이 사건 건설자금 이자 자본화를 중단하여야 한다. 또한 이 사건 건설자금 이자를 업무무관비용으로 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 건설자금 이자는 그 지급 시점이 속하는 사업연도 손금에 산입하여야 한다.
3. 판단
(1) 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제2항 은 차입금이 사업용 고정자산 건설 등에 소요된 것이 분명한 이상 그에 대한 지급이자(건설자금 이자) 등은 ‘준공된 날까지’ 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산하고 당해 사업연도 손금에 산입하여서는 안 된다고 명확하게 규정하고 있다. 이처럼 법인세법령은 그 종기를 ‘준공된 날까지’로 명시하여 건설자금 이자를 자본화하도록 규정하고 있을 뿐, 준공 전 자본화 중단이나 중단에 따른 손금 귀속시기에 관하여 달리 규정하고 있지 않다. 따라서 건설자금 이자 자본화 중단은 허용되지 않는다고 해석하는 것이 위와 같은 법령 규정 문언이나 체계 등에 부합한다. 위 법령 규정을 이와 같이 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다.
(2) 위 법인세법령 규정은 ‘차입금’ 용도에 따라 그에 대한 지급이자를 자본화할지 여부를 규정하고 있을 뿐, 차입금에 대한 ‘지급이자’가 고정자산 건설 등을 위해 지출된 것인지 아니면 미완성 자산 보유를 위해 지출된 것인지에 따라 자본화 여부에 관하여 달리 규정하고 있지도 않다.
(3) 과세관청도 건설자금 이자에 관해서는 자본화 중단을 허용하지 않는 것으로 일관되게 해석해온 것으로 보인다(을 11-3, 을 20, ｢법인 1264.21-2394, 1984. 7. 21.｣ 등).
(4) 법인세법령이 건설자금 이자를 자본화하도록 규정하고 손금에 산입하지 아니하도록 규정하는 것은, 건설을 위하여 조달한 차입금 이자를 건설원가에 산입하지 아니하고 기간비용에 계산하게 된다면, 그 비용에 대응하는 수익이 없음에도 비용계산을 허용하는 셈이 되어 수익비용대응 원칙에 위배된다는 점에 그 이론적 근거를 두고 있다(대법원 1995. 8. 11. 선고 95누3121 판결 등 참조). 그런데 건설 중단 기간에 발생한 건설자금 이자 역시 당해 사업연도에 대응하는 수익은 존재하지 않으므로, 이 사건 건설자금 이자를 당해 사업연도 손금에 산입할 경우 수익 실현 전 비용만 인정하는 결과가 되어 수익비용대응 원칙에 반한다. 또한 아직 고정자산 건설에 따른 수익이 실현되지 않은 상태에서 건설 중단이 발생할 때마다 거액의 건설자금 이자를 당해 사업연도 손금에 산입할 수 있도록 한다면, 조세 행정의 법적 안정성을 해치고 납세의무자의 자의에 의한 과세 왜곡이 발생할 우려가 있다. 따라서 기업의 경영성과와 재무상태 등에 관한 유용하고 정확한 경제적 정보 전달을 그 목적으로 기업회계에서는 별론으로 하고, 현행 법인세법령상으로는 건설 등 중단에 따른 건설자금 이자 자본화 중단을 인정하기 어렵다.
(5) 원고가 주장하는 자본화 중단 관련 기업회계기준이 위와 같은 법인세법령 규정에 우선할 수는 없다.
(6) 한편 원고는 이 사건 건설자금 이자 자본화 중단과 관련된 건설공사 중단 등의 원인으로 사업시행 유형 변경, 공급 유형 변경, 주택계획 변경승인, 동일수급권 내 순차 착공, 재무구조 악화로 사업추진일정 조정, 사업성 개선 후 사업추진, 수요유인 단계별 시행 사업계획 조정, 적정수요 내 단계별 시행, 공익적 측면에서 착공시기 조정 등을 주장하고 있다 24). 그런데 ① 그와 같은 사유 중 주택계획 변경승인, 사업시행 유형 변경 등은 사업용 고정자산(임대주택) 건설 공사 과정에 통상적으로 수반되거나 보다 원활한 사업 시행 등을 위해 필요한 것이기도 하므로, 그에 따른 공사 중단은 K-IFRS 제1023호 문단 21에 정한 ‘일시적인 지연이 필수적인 경우’에 해당한다고 볼 여지가 있는 점, ② 주택계획 변경승인이나 사업시행 유형 변경 등을 문단 21에 정한 ‘상당한 관리활동’으로 볼 여지도 있는 점, ③ 원고 주장에 따르더라도 원고가 건설자금 이자 자본화를 중단한 개발사업 중 상당수는 건설 및 자본화 중단 기간이 1년 내외로 길지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 건설자금 이자가 기업회계기준에 정한 자본화 중단 요건을 충족하였다고 단정하기도 어렵다.
4. 소결론 쟁점5에 관한 원고 주장도 받아들이지 않는다.
5. 이 사건 부가가치세 부과처분 취소 청구 부분에 관한 판단: 전부 인용
1. 원고는 2008. 1. 11. 주식회사 알파돔시티(이하 ’알파돔시티‘) 27) 에 성남판교 택지개발사업지구 C2-2 및 6-4 등 9개 블록(137,500㎡) 토지를 2,360,100,200,000원에 매도하였다(이하 ’제1매매‘ 28)).
2. 알파돔시티는 2012. 2. 29. 원고에게 제1매매 대상 토지 중 6-4블록(7,335㎡)과 그 지상 신축 예정 건물(이하 통틀어 ’이 사건 부동산‘)을 총 3,985억 원(토지 272,900,723,000원, 건물 125,599,277,000원, 부가가치세 별도)에 매도하였는데, 매매계약 주요 내용은 아래와 같다(이하 ’제2매매‘).
(1) 계약금은 업무시설 및 상업시설 착공일인 2012. 6. 30.까지 총 매매대금의 10%를 지급 한다.
(2) 매매대금은 매도인과 매수인 간 제1매매 계약에 따라 본 계약 체결일에 그 이행기가 도래한 매수인의 매도인에 대한 토지 매매대금 채권과 제2조 제1항에 기재 매매대금 지급채무를 대등액에서 상계하는 방식으로 할 수 있다. 이 경우 선납할인은 연 6.5%를 적용하여 위 금액에서 할인한다. 제3조 (3) 착공시기 및 거래종결일의 변경으로 인하여 각 매매대금의 지급시기가 변경될 경우 이에 따른 할인금액의 차이는 본건 사업부지 매매계약 잔금 지급 때 정산한다.
3. 원고는 2012. 2. 29. 알파돔시티의 원고에 대한 제2매매대금 채권 전액[매수대금 3,985억 원에 선납할인율(6.5%)을 적용하여 산정한 약 3,416억 원]과 원고의 알파돔시티에 대한 제1매매대금과 연체료 등 채권 일부를 대등액 범위에서 상계하였다.
4. 알파돔시티는 2015. 5. 28. 이 사건 부동산 건설공사를 착공하였다. 원고는 같은 날 알파돔시티로부터 제1매매 계약금 중 토지를 제외한 건물 부분에 관한 9,912,300,500원 29) 에 대한 세금계산서를 교부받았고, 이후 그 매입세액 991,230,050원을 공제받는 것으로 2015년 1기 부가가치세를 신고․납부하였다(이하 ’이 사건 세금계산서‘).
5. 피고는 ’이 사건 세금계산서는 재화 공급시기에 발급된 것이 아니고, 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항에 따라 대가 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 발급된 것도 아니므로, 위 세금계산서를 근거로 매입세액을 공제받은 것은 부당하다‘고 판단하여, 2016. 2. 1. 그 매입세액 공제를 인정하지 아니하고 원고에게 2015년 1기 부가가치세 1,345,396,540원(가산세 354,166,496원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이 사건 부가가치세 부과처분). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 14, 15, 21∼29, 63, 을 12, 변론 전체 취지
1. 주위적 주장 구 부가가치세법 제17조 제1항 의 개정 연혁, 문언 및 체계를 고려하면, 위 규정 의 ’이와 동시에‘라는 문구는 ’어떤 사실을 겸함(and)’ 또는 ’이와 함께(together)’를 의미하므로, 위 규정은 공급시기 도래 전 대가를 지급한 후 세금계산서를 발급한 이상 세금계산서 발급 시점을 공급 시점으로 의제하겠다는 규정이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 구 부가가치세법 제17조 제1항 에 따라 공급시기에 발급된 적법한 세금계산서이므로 그 매입세액은 공제되어야 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.
2. 예비적 주장 설령 부가가치세 부과처분이 적법하더라도, 원고가 부가가치세 납세의무가 있다는 것을 알지 못한 데 정당한 사유 있으므로 그에 대한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.
1. 조세법률주의 원칙상 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 하지만 법규 상호 간 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).
2. 아래와 같은 구 부가가치세법 제17조 제1항 의 입법 연혁에 비추어 볼 때, 대가를 이미 지급받은 경우 같은 법 제15조, 제16조에 정한 공급시기를 지나지 않는 이상 그 받은 대가에 관한 세금계산서 발급 시기에는 특별한 제한이 없다고 해석하는 것이 타당하다.
3. 구 부가가치세법 제17조 를 체계적으로 해석하더라도 그와 같이 해석함이 타당하다. 즉 구 부가가치세법 제17조 제2항 은 대가를 지급받지 않고 세금계산서를 발급한 경우에도 그 발급일부터 7일 이내에만 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 등 공급시기로 본다. 그런데 앞서 본 구 부가가치세법 제17조 의 입법 및 개정 취지(대가 수수 없는 세금계산서 발급을 이용한 부당 매입세액 공제 방지)에 비추어 볼 때, 대가를 전혀 수수하지 않고 세금계산서를 발급한 경우에도 7일 이내에만 대가를 수수하면 공급시기 의제가 허용되는데(제2항), 대가를 이미 수수한 경우에는 그와 동시에 세금계산서를 발급한 경우에만 공급시기 의제가 허용된다고 해석하는 것은(제1항) 법률의 논리적․체계적 해석 원칙에 반한다.
4. 구 부가가치세법 제17조 제1항 문언 역시 위와 같은 해석에 반하지 않는다. 사전적으로 ‘동시(同時)에’는 ‘같은 때나 시기에’라는 뜻 외에 ‘어떤 사실을 겸함’을 뜻을 가진다. 따라서 위 규정 중 ‘대가를 받고 이와 동시에 세금계산서를 발급하면’ 부분은‘대가 지급과 세금계산서 발급이 모두 이루어지면’으로 해석할 수 있다.
5. 구 부가가치세법 제17조 제1항 에 관한 기획재정부와 과세관청의 유권해석, 국세청 심사결정례 역시 대가를 공급시기 전 미리 지급한 경우로서 그 대가 지급 시기와 대가에 대한 세금계산서 교부 시기의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 교부시기를 공급시기로 보아 매입세액을 공제할 수 있다고 해석해왔다(2007. 9. 3. 기획재정부 부가가치세과-634, 2011. 2. 10. 부가가치세과-132, 2015. 3. 24. 심사 부가 2014-187 등 참조).
6. 위와 같은 해석이 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성과 예측가능성을 해치거나 또는 부가가치세법이나 부가가치세 제도의 취지에 반한다고 볼 수도 없다. 즉 부가가치세 제17조 제1항은 재화 등 공급시기 전에 대가를 지급한 납세자로 하여금 조기에 매입세액을 공제받을 수 있도록 함으로써 그 경제적 부담을 덜어주는 기능을 한다. 징세권자 입장에서도 재화 등 공급시기 전에 부가가치세(매출세액)를 징세할 수 있으므로 이를 금지할 특별한 이유가 없다. 이와 같은 사정은, 재화 등 공급시기 전에 세금계산서가 발급된 이상, 대가 지급과 동시에 세금계산서가 발급된 경우나 대가를 지급하고 상당한 기간이 지난 후에 세금계산서가 발급된 경우나 차이가 없다. 다만 후자의 경우 납세자 입장에서 조기 환급 이익을 일부 포기하는 결과가 되지만, 이는 납세자의 선택에 따른 것이므로 금지할 이유가 없다. 부가가치세법이 대가 전부 또는 일부를 지급받은 경우 반드시 재화 등 공급시기 전 세금계산서 발급을 강제하고 있는 것도 아니다. 나아가 이 사건의 경우 이미 대가 지급이 이루어진 후 공급시기 전에 세금계산서가 발급되었을 뿐만 아니라, 알파돔시티가 이 사건 세금계산서를 발급한 과세연도에 그 매출세액을 신고․납부하지 않았다고 볼 별다른 주장․증명이 없다는 점에서도, 이 사건 세금계산서가 전단계 세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치는 것이라고 볼 수 없다.
이 사건 결손금 감액처분은 일부 취소되어야 하므로 그 취소를 구하는 원고 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각한다. 이 사건 경정거부처분과 이 사건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 하므로, 그 취소를 구하는 원고 청구는 이유 있어 인용한다. 이 사건 농어촌특별세 부과처분 취소청구 부분은 이유 없으므로 기각한다. 1)
1. 청구취지 중 2012∼2014 사업연도 소득금액 증액처분을 다투는 부분은 실질적으로 그 후속 사업연도의 이월결손금 감액 처분 취소를 구하는 취지이다. 2) 수정신고 등으로 변동된 결손금 내역을 반영한 금액이다. 3) 1,011,314,950,825원 + 101,512,688,978원 = 1,112,827,639,803원(전항에서 본 원고의 2012 사업연도 소득금액 누락액) 4) 2010∼2013 사업연도의 경우 이 사건 결손금 감액처분에도 불구하고 결손금이 발생하였거나 이월결손금을 공제하면 과세표준이 0에 미달하여 법인세 부과처분을 하지 않았다. 5) 쟁점1 관련 금액 중 ㉮행 기재 금액은 이 사건 결손금 감액처분 당시 피고가 인정한 소득금액이고, ㉯행 기재 금액은 피고가 아래 감사원 재조사 결정에 따라 감액경정한 소득금액이다. 6) 쟁점 2와 관련하여, 피고는 원고에게 귀속된 기존 공공시설 가액을 자산수증익으로 보아 관련 개발사업의 실시계획승인일에 익금산입(유보)하는 한편, 그와 같이 유보한 금액 중 이후 사업연도 토지 매출에 대응하는 부분은 매출 인식 비율만큼 추인하여 각 사업연도 손금에 산입하는 세무조정을 하였다. 2014 사업연도의 경우 후자의 손금산입액이 전자의 익금산입액보다 커서 이 부분 금액이 음수(-)가 되었다(아래에서 보는 2015 사업연도의 경우도 마찬가지이다). 7) 피고는 이 사건 결손금 감액처분을 하면서 쟁점1과 관련하여, ① 원고가 예정원가 증가액 1,401,732,080,895원을 비용으로 인식한 것은 손금불산입하면서, ② 원고가 예정원가 감소액 402,625,568,656원을 수익으로 인식한 것에 관해서는 세무조정을 하지 않았다. 감사원은 위 ①과 같은 세무조정을 다투는 원고의 주위적 주장을 배척하면서, ‘주위적 주장이 배척될 경우 위 ②부분은 익금불산입 해야 한다’는 원고의 예비적 주장을 받아들여 위와 같이 결정하였다. 8) 999,106,512,238원 ≒ 1,401,732,080,895원 - 예정원가 감소액 402,625,568,656원 9) 후자의 환급금 중 일부는 다음 항에서 보는 것처럼 농어촌특별세 469,436,151원에 충당하였다. 10) 위 감면세액 2,347,180,755원을 과세표준으로 하고, 세율은 20%이다. 11)
① 맨 위 ‘최초처분’란 기재 금액은 피고가 이 사건 결손금 감액처분 당시 증액한 원고의 각 사업연도 소득금액이다. ② 맨아래 ‘합계’란 기재 금액은 위 ①항의 금액 중 피고의 과세표준 경정(각 사업연도 소득금액 증감) 결정에 따라 증감되고 남은 금액이다. ③ 나머지 란은 위 ①항의 금액에 관한 경정결정 일시 또는 사유에 따라 증감변동한 액수를 기재한 것이다. 12)
2. 1,112,827,639,803원 = 1,011,314,950,825원(원고가 신고한 결손금을 전액 감액한 처분) + 101,512,688,978원(2012 사업연도소득금액을 증액하여 후속 사업연도 이월결손금을 감액한 부분, ㉮) 13) 1,104,007,814,315원 = 1,011,314,950,825원(원고가 신고한 결손금을 전액 감액한 처분) + 92,692,863,490원(앞의 각주 ㉮의금액을 감사원 재조사 결정에 따라 8,819,825,488원만큼 감액한 금액) 14) 남은 과세표준 2,674,153,882,593원 = 2,871,251,760,698[라. 1)항의 금액] - 197,097,878,105원 남은 법인세액 495,042,594,941원 = 535,010,604,542원[라. 1)항의 금액] - 39,968,009,601원 15) 609,952,528원 = 위 감면세액 3,049,762,644원 × 세율 20% 16) 2006 사업연도 당시에는 대한주택공사. 2009. 5. 22. 법률 제9706호로 한국토지주택공사법이 제정되어 2009. 10. 1.부터 시행되고, 그 부칙 제2조에 따라 대한주택공사법과 한국토지공사법이 폐지되었다. 그에 따라 2009. 10. 1. 원고가 설립되고, 대한주택공사와 한국토지공사는 해산하였으며, 위 법률 부칙 제8조에 따라 원고는 대한주택공사와 한국토지공사의 재산과 채권ㆍ채무, 그 밖의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 대한주택공사도 ‘원고’로 지칭한다. 17) 이 사건 예정원가 변동분 중 상당 부분은 준공 연도 이전 사업연도에 실제 지출이 이루어질 것으로 보인다 18) 2015 사업연도의 경우 이 사건 결손금 감액처분 취지에 따라 일단 이를 손금불산입하는 것으로 세무조정하여 법인세를 신고․납부한 다음, 이를 손금에 산입해달라는 취지로 이 사건 경정청구를 하였다. 19) 갑51-1 중 전자기록 면수로 15면 등 참조. 20) 갑92 중 전자기록 면수로 89면, 원고 2020. 9. 18.자 준비서면 9-1 31면 등 참조. 21) 원고가 이 사건 변론종결 후 제출한 참고자료 148에 따르면 50,304㎡ 22) 다만 최초 2015 사업연도 법인세 신고시 원고의 법정기부금 한도액이 2015년 기부채납액(2,926,027,000원 상)을 초과하였으므로, 위 금액은 전액 손금에 산입되었다. 23) 다만 목포용해2지구와 관련하여 원고가 2010년 기부채납한 도로(3-150호) 개설 관련 11,502,000원의 경우 당초 택지개발계획 또는 실시계획 승인 조건에 따라 지출한 것으로 보이기는 한다. 그러나 감사원이 앞서 본 원고에 대한 감사 후 ‘목포 용해2지구와 관련하여 따부재길(소로3-150호선)은 법적 근거 없는 기반시설로서 토지 조성원가에 산입하여서는 안 된다.’는 감사의견을 밝힌 점, 이에 따라 원고가 2010. 9. 16.과 2011. 11. 14.경 목포시장에게 위와 같은 감사결과를 근거로 도로 개설사업 추진이 불가능함을 통보한 점, 목포시가 2011. 11. 29.경 원고 의견을 받아들여 따부재길 개설을 위한 2010. 1. 7.자 도시계획시설사업 실시계획 인가처분을 취소하고 사업을 백지화하겠다는 취지로 원고에게 회신한 점 등을 종합하여 보면, 위 기부채납비용 11,502,000원은 부당결부금지 원칙에 반하여 무효인 승인 조건(그와 같은 부관은 무효가 아니더라도 목포시장의 위와 같은 조치에 따라 취소된 것으로 볼 수 있다)에 기해 지출한 것으로 봄이 타당하다. 그렇다면 위 기부채납액 역시 적법․유효한 실시계획 등 승인 조건에 따라 지출한 것으로는 볼 수 없다. 24)
2020. 5. 29.자 원고 준비서면 28면 이하 참조 25) 472,461,496,747원 = 565,154,360,237원(표6 중 2012 사업연도의 합계액) – 92,692,863,490원(아래 ④항과 같이 피고가 증액한 원고의 2012 사업연도 소득금액, 각주 12, 13 참조) 26) 쟁점2에 관한 원고 주장이 인용될 경우, 원고가 이 부분 인용 금액에서 공제되어야 함을 자인하는 쟁점2 관련 금액이다. 27)
27. 알파돔시티는 판교 신도시 택지개발사업지구 내에서 사업복합단지 사업을 수행하도록 하기 위하여 원고, 지방행정공제회, 롯데건설, 두산건설, GS건설, SK건설 등이 컨소시엄을 구성하여 2007. 10. 31. 설립한 회사이다. 28) 원고는 2009. 1. 9. 알파돔시티와 회차별 할부금 납부약정일을 일부 변경하는 매매변경계약을 체결하였고, 2012. 2. 29. 알파돔시티와 다시 필지별 매매대금 및 회차별 할부금 납부일정을 일부 변경하는 매매변경계약을 체결하였는바, 기존 매매계약 및 위 각 매매변경계약을 통틀어 제1매매라고 한다. 29) 실제 공사 착공 개시일이 2015. 5. 28.로 지연됨에 따라, 제2매매계약 제3조 제3항에 따라 재산정한 매매대금은 약 2,262억원이고, 그중 계약금은 31,447,654,795원이다. 계약금 중 토지를 제외한 건물 부분이 차지하는 금액이 세금계산서 발급 급액인 9,912,300,500원(≒31,447,654,795원 × 31.52%). 31.52%는 제2매매대금 약 3,985억 원 중 건물에 관한 매매대금 약 1,256억 원이 차지하는 비율이다(31.52% ≒ 125,599,277,000원 ÷ 398,500,000,000원, 을 12-2 참조).
판결 내용은 붙임과 같습니다.