이 사건 토지는 “부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 토지”에 해당하지 않는다

사 건 2019구단11737 법인세경정거부처분취소 원고, 항소인 주식회사 AA종합건설 피고, (피)항소인 JJ세무서장 제1심 판 결 변 론 종 결

2019. 12. 18. 판 결 선 고

2020. 2. 5.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2018. 4. 24. 원고에게 한 2016사업연도 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 4. 21. 건설업 및 부동산매매‧임대업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2005. 1. 5.부터 같은 해 11. 22.까지 QQ시 WW읍 E리 709-1번지 등 9필지(면적 합계: 8,687㎡, 지목: 답, 용도지역: 유통상업지역)를 취득하였다.
• 나. 그런데 위 토지 중 일부인 728㎡가 FFF-GG 간 복선전철 건설사업(2005. 8. 1.자 건설교통부 고시 제2005-227호)으로 인하여 2005. 11. 3.과 2005. 11. 4. 수용되었다.
• 다. 원고는 2016. 3. 16. 잔여 토지 8필지(면적 7,959㎡) 중 아래의 4필지(면적 4,976㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 3,000,000,000원에 양도하고, 2016년 사업연도 법인세 신고시 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로, 토지 등 양도소득에 대한 법인세 145,906,180원을 신고․납부하였다.
• 라. 원고는 2018. 3. 2. 이 사건 토지가 법인세법 제55조 및 동 시행령 제92조의11에서 규정하는 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지”에 해당되어 당초 납부한 법인세는 과오납된 것이라며 그 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 4. 24. 원고에게 “이 사건 토지는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 예외규정에 해당되지 않는다.”라는 이유로, 원고의 경정청구에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 감사원에 심사청구를 청구하였으나, 2019. 5. 7. 원고의 청구를 기각하는 재결이 내려졌다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지는 도시계획시설 중 유통업무설비로 지정되었으며, 이 사건 토지 연접 토지가 철도부지로 수용되어 잔여토지로는 당초 사업계획대로 유통업무설비를 건축할 수 없었던 점, 철도가 이 사건 토지의 기존 진입로를 가로지르면서 당초 진입로가 폐쇄되었고, 새로 만들어진 진입로로는 고저차가 약 1.5m에 이르는 곳에 위치하고 있어 대규모점포의 진입로로 활용할 수 없었던 점 등을 고려할 때, 복선전철 건설사업이라는 부득이한 사유로 인하여 원고의 이 사건 토지를 사업용으로 사용할 수 없었음을 인정할 수 있음에도, 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 판단 (1) 법인세법 제55조의2 제3항 은 ‘토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금 지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고 있고, 동 시행령 제92조의11 제1항 제3호는 ‘법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 “공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”는 기획재정부령이 정하는 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다’고 규정하고 있다. 그리고 동 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호는 ’당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지‘의 경우 당해 사유가 발생한 기간을 법 제55조의2 제2항 각 호에 해당하지 아니하는 기간으로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.’고 규정하고 있다.

(2) 이 사건에서 보건대, 위 인정사실, 갑 제7 내지 24호증, 을 제3, 4호증의 각 기재 및 영상, 증인 조선례의 일부증언, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 2005년에 구입한 이 사건 토지를 사업용도로 직접 사용하지 않고 있다가 무려 11년이 경과한 2016년에 양도하였던바, 원고가 이 사건 토지를 사업 용도로 사용할 목적이었다면 다른 대안을 강구하거나 매각하였을 것으로 보이고, 장기간 방치하지 않았을 것으로 보이는 점, ② 더구나 원고는 2004년도에 자본금 8억 원에 설립한 다음 얼마되지 않아 이 사건 토지를 구입하였고, 토지매입이 완료되지 않은 상태에서 복선전철 건설사업이 고시되었으며 그 후로 11년이 경과하여 매입금액의 2배가량의 금액으로 매도한 점, 결국 이 사건 토지는 생산적인 용도에 사용되지 않다가 재산증식의 수단이 되는 경우를 방지하고자 하는 비사업용 토지에 대한 규제제도의 취지에 반하는 결과를 초래하였던 점, ③ 원고는 2005년도에 일부 토지가 수용된 후 2010. 8.경에 이르서야 이 사건 토지에 공구상가를 건설하겠다는 기본계획안을 마련하였고, 그 이후에는 이 사건 토지는 유통상업 지역에 속하여 대규모 점포만 건축이 가능하고 근린생활시설 등은 건축이 불가능함에도, 단지 실현불가능한 복합건물 건축계획을 수립하는 등 계획만을 하였을 뿐인바, 원고가 복선전철 건설사업으로 인한 장애를 극복하기 위한 진지하고 가시적인 노력을 하였다고 보기 어려운 점, ④ 원고는 한국철도시설공단에 진입로 개설을 요구한 적이 있으나, 이는 722-1, 722번지에 국한된 것으로서 대로에서 전체 토지를 가로질러 통행하는 방법으로 이 사건 토지를 비롯한 전체 토지에 대규모 점포시설을 시공할 수 있었다고 보여, 실현불가능한 장애가 있었던 것은 아니라고 보이는 점, 따라서 원고의 도로개설 요구는 건축허가나 시공의 제한을 해소하기 위함이 아니라, 각 토지의 형상을 그대로 유지하면서 가치하락 방지를 위한 것일 수도 있다고 보이는 점, ⑤ 원고는 관공서에 건축허가, 도로개설허가, 지목변경허가 등의 행정적 절차를 거쳤다는 자료를 제출하지 못하고 있고, 단지 담당 공무원들이 구두로 불가하다는 의견을 제시하였다는 것에 불과한 점, ⑥ 원고는 다른 대형마트의 사례를 들면서 이 사건 토지의 경우 법령상 진출입로를 만들 수 없었다고 주장하나, 원고가 이 사건 토지 지상에 건축을 함에 있어 행정적 절차를 진행하였음을 인정할 자료가 없는 이 사건에서 사실상 불편하다는 점을 초월하여 법률적 내지 현실적으로 불가능한 정도에 이르렀는지를 확인할 수 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당하고 법령에서 정한 부득이한 사유로 인하여 사업용으로 사용할 수 없었다고 보기 어렵다.

(3) 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주 장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.