토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상 건설임대주택에 해당함

사 건 2018구합52127 법인세경정거부처분취소 원 고 AAAAA 주식회사 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2019. 4. 10. 판 결 선 고

2019. 5. 30.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 구 임대주택법(2015. 8. 28. 법률 제13499호 민간임대주택에 관한 특별법으로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 등록한 임대사업자인 DD종합건설 주식회사(‘DD종합건설’)는 국민주택기금을 지원받아 2000. 10. 30. KK시 ㅇㅇ면 DD리 687에 DD그린아파트 495세대(‘이 사건 주택’)를 신축하여 임대하였다. DD종합건설은 2014. 7. 31. KK시로부터 이 사건 주택에 관하여 분양전환 승인을 받았다.
• 나. 원고는 2014. 10. 22. DD종합건설로부터 이 사건 주택을 매입하여, 2014년부터 2016년까지 구 임대주택법에 따라 위 분양전환 승인받은 내용대로 분양을 완료하였으나, 피고에게 법인세법 제55조의2 (토지 등 양도소득에 대한 과세특례)1)에 따른 법인세를 신고․납부하지 않았다.
• 다. 이 사건 주택의 분양이 법인세법 제55조의2 적용 대상이라는 감사원 감사지적에 따라, 원고는 2017. 3. 17. 피고에게 아래 표와 같이 이 사건 주택 양도소득에 대하여 2014, 2015 사업연도 법인세 수정신고, 2016 사업연도 법인세 신고 및 납부를 하였다.

1. 2014 사업연도 소득에 대하여는 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제55조의2가 적용된다(위 법률 개정에도 불구하고 이 사건에 적용되는 법인세법 규정의 해석․적용에는 별다른 차이가 없다). 이하 같다.

• 라. 원고는 2017. 9. 5. 피고에게 이 사건 주택의 양도소득에 관해서는 법인세법 제55조의2 가 적용되지 않는다는 이유로 위와 같이 신고․납부한 법인세 등에 관한 과세표준 및 세액의 경정과 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 10. 16. 원고의 경정청구를 거부하였다(‘이 사건 처분’).
• 마. 원고는 2018. 1. 11. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2018. 5. 3. 심판청구가 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4, 6, 7, 9, 을 1, 2(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

별지 2 기재와 같다.

• 가. 당사자들 주장

1. 원고 주장

• 가) 피고는 법인세법 제55조의2 제1항 제2호 를 적용하여 이 사건 처분을 하였다. 위 규정에 따르면, 내국법인이 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 그런데 구 법인세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’)2) 제92조의2 제2항은 “법 제55조의2 제1항 제2호에서 ‘대통령령으로 정하는 주택’이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.”라고 하면서, 제1호의2에서 ‘해당 법인이 임대하는 구 임대 주택법 제2조 제2호 에 따른 건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택’을 규정하고 있다. 이 사건 주택은 ‘구 임대 주택법 제2조 제2호 에 정한 건설임대주택’에 해당하고, 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2 각 목에 정한 요건도 모두 갖추었다[제1호의2 (나)목은 “5년 이상 임대하는 것일 것”을 요건으로 정하고 있다. 그런데원고는 구 임대 주택법 제16조 제2항 등에 따라 이 사건 주택에 관한 DD종합건설의 임대사업자 지위를 포괄승계하였으므로, 위 조항을 적용할 때 원고와 DD종합건설의 임대기간을 합산하여야 하고, 이를 합산하면 임대기간이 5년 이상이므로 위 요건도 충족한다]. 따라서 이 사건 주택은 법인세법 제55조의2 제1항 제2호 에 정한 ‘대통령령으로 정하는 주택’에 해당하지 않고, 이 사건 주택 분양에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 위 법인세법 규정이 적용되지 않는다. 나) 법인세법 제55조의2 제4항 제3호 는 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 2) 2015, 2016 사업연도 소득에 대해서는 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)이 적용된다 (이 사건 주택에 관해서는 위 시행령 규정 중 ‘공공주택 특별법’ 제2조 제1호의2에 정한 공공건설임대주택에 관한 규정이 준용 또는 유추 적용된다고 보아야 한다. 이 점을 제외하고는 2015. 12. 28. 위 시행령 개정에도 불구하고 이 사건에 적용되는시행령 규정의 해석․적용에는 별다른 차이가 없다). 이하 같다. 토지 등 양도소득에 대해서는 제1항을 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 이에 따라 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 ‘주택을 신축하여 판매(임대주택법에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득’을 법인세법 제55조의2 제1항 의 적용 대상에서 제외하고 있다. 그런데 원고가 이 사건 주택을 분양한 것은 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 중 괄호 안에 정한 “임대주택법에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양”한 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 주택 분양으로 인한 원고의 양도소득에 대해서는 법인세법 제55조의2 제1항 이 적용되지 않는다.

2. 피고 주장

• 가) 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2 (나)목의 임대기간은 해당법인의 임대기간만으로 판단하여야 하고 전 임대사업자의 임대기간까지 합산할 수 없다. 원고가 이 사건 주택을 임대한 기간은 5년에 미만이므로 위 시행령 규정이 적용되지 않는다.
• 나) 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는, 건설임대주택을 포함한 주택을 신축한 법인이 해당 주택을 매각(임대주택법에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 경우에 적용된다. 그런데 원고는 이 사건 주택을 신축하지 않았으므로, 원고가 이 사건 주택을 분양한 것은 위 규정에 해당하지 않는다.
• 나. 판단

1. 이 사건 주택의 법적 성질 앞서 본 것처럼 임대사업자인 DD종합건설이 국민주택기금을 지원받아 이 사건 주택을 건설하여 임대하였으므로, 이 사건 주택은 구 임대 주택법 제2조 제2호 의2 (나)목에 정한 공공건설임대주택에 해당한다. 그리고 임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택이 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되는 것은 아니므로(대법원 2006. 8. 25. 선고 2006다14103 판결 참조), 원고가 DD종합건설로부터 이 사건 주택을 매입하였다고 하더라도 이 사건 주택은 여전히 건설임대주택에 해당한다(한편 구 임대주택법은 2015. 8. 28. 법률 제13499호 민간임대주택에 관한 특별법으로 전부 개정되었으나, 같은 법 부칙 제6조 제2항에 따르면 위 법 시행일인 2015. 12. 29. 이후에도 이 사건 주택은 구 임대 주택법 제2조 제2호 의2에 정한 공공건설임대주택으로 보아 종전 규정을 적용하여야 한다).

2. 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2에 해당한다는 주장에 관하여(원고가 전 임대사업자의 임대기간을 승계하는지)

• 가) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서,납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).
• 나) 이러한 법리에 비추어 볼 때, 아래와 같은 사정을 고려하면 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2 (나)목의 임대기간을 산정함에 있어 전 임대사업자의 임대기간을 합산하여야 한다는 원고 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2는 “해당 법인이 임대하는 임대 주택법 제2조 제2호 에 따른 건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택”이라고 규정하고 있으므로, 법문을 문리적으로 해석할 때 같은 호 (나)목 “5년 이상 임대하는 것일 것” 역시 ‘해당 법인’이 5년 이상 임대한 경우를 뜻한다고 해석하는 것이 자연스럽다.

② 구 임대 주택법 제16조 제2항 은, 건설임대주택이 매각되어 임대사업자가 변경되더라도 매수인이 매도인의 임대사업자 지위를 그대로 승계하도록 하여, 임차인으로 하여금 임대차계약 및 구 임대주택법에 정한 권리․의무를 그대로 보유하도록 함으로써 국민주거생활의 안정을 도모하기 위한 규정일 뿐이다. 위 규정이 법인세 과세 요건을 정하고 있는 법인세법 제55조의2, 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2에 그대로 적용될 수는 없다. 위 규정에 의하여 매수인이 법인 합병 또는 상속의 경우와 같이 매도인의 모든 권리․의무를 포괄승계하는 것도 아니다. 따라서 구 임대 주택 법 제16조 제2항 에 따라 매수인이 매도인의 임대사업자 지위를 승계한다고 하여 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2 (나)목의 임대기간을 산정할 때 당연히 임대사업자인 매수인과 매도인의 임대기간을 합산하여야 하는 것은 아니다.

③ 원고 주장에 따르면, 일단 5년 이상 임대한 건설임대주택의 경우 다른 임대사업자에게 전전 양도되어 각 단계마다 양도차익이 발생하더라도 법인세법 제55조의2 에 따른 과세를 할 수 없게 되는데, 이는 부동산 투기를 억제하고자 하는 위 법 규정의 취지에 반하고 장기 임대차를 통해 국민 주거생활의 안정을 도모하려는 위 시행령 규정의 취지에도 반한다(이와 관련하여 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2는 공공건설임대주택 뿐만 아니라 민간건설임대주택에도 적용되고, 임대기산 합산 여부와 관련하여 위 조항을 해석함에 있어 양자를 달리 취급할 문언상 근거도 없는 점도 고려하여야 한다).

• 다) 그렇다면 원고가 DD종합건설로부터 이 사건 주택을 매입한 후 이를 임대한 기간이 5년 미만인 사실에 관해서는 당사자들 사이에 다툼이 없는 이상, 이 사건 주택이 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2에 정한 주택에 해당하여 법인세법 제55조의2 제1항 제2호 에 정한 ‘대통령령으로 정하는 주택’에 해당하지 않는다는 원고 주장은 이유 없다.

3. 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 의 비과세 요건을 충족한다는 주장에 관하여(원고가 주택을 신축하지 않은 경우에도 위 규정이 적용되는지)

• 가) 앞서 본 대법원 2005다19163 판결의 법리에 더하여 아래와 같은 사정을 고려하면, 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 주택을 판매(구 임대주택법에따른 건설임대주택을 같은 법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 해당 주택을 신축한 경우에만 적용된다고 해석하는 것이 타당하다.

① 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 ‘주택을 신축하여 판매하는 법인이 그 주택 및 일정 면적 이내인 부수 토지를 양도함으로써 발생하는 소득’에 대하여 법인세법 제55조의2 (토지 등 양도소득에 대한 과세특례)에 따른 법인세 과세를면제함으로써 주택 건설을 촉진하기 위한 규정으로 보인다. 따라서 건설임대주택이라고 하더라도 이를 신축하지 않은 법인이 분양 또는 매각하는 경우에까지 위 시행령 규정을 적용하는 것은 위와 같은 입법취지에 맞지 않는다.

② 원고는 ‘건설임대주택의 경우 임대사업자가 임의로 분양시기나 분양(전환)가격을 정할 수 없고, 무주택자 등 일정한 임차인에게 우선 분양전환하여야 하는 점등에 비추어 볼 때 투기 가능성이 거의 없다. 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 이러한 사정과 건설임대주택의 공익성 등을 고려하여 건설임대주택을 구 임대주택법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 양도하는 법인에 대해서는 해당 주택을 신축하였는지를 묻지 않고 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 조항을 적용하지 않도록 한 것이다.’라는 취지로 주장한다. 그러나 위와 같은 분양전환가격 제한 등이 적용되는 공공건설임대주택이라고 하여 분양전환이나 임대사업자 사이의 주택 매매 과정에서 부동산 투기 우려가 없다고 단정할 수 없다. 또한 위 시행령 규정은 공공건설임대주택 외에 민간건설임대주택에도 적용되는데, 민간건설임대주택의 경우 분양전환가격이나 분양 상대방 등에 관 하여 특별한 제한을 받지도 않는다(위 시행령 규정의 문언 등에 비추어 볼 때, 위 규정을 해석함에 있어 공공건설임대주택과 민간건설임대주택을 달리 취급하여 앞의 경우에만 ‘신축’ 요건이 배제된다고 해석할 근거도 찾을 수 없다).

③ 그 문언에 비추어 보더라도, 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 중 괄호 안 부분은 위 조항 중 ‘신축하여 판매’를 수식하는 것이 아니라 ‘판매’를 수식하는 것이라고 보는 것이 자연스럽다. 원고는 ‘판매’에는 당연히 ‘건설임대주택을 같은 법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우’가 포함되므로, 위와 같이 해석할 경우 괄호 안 부분은 무의미한 규정이 된다고 주장한다. 그러나 아래에서 보는 것처럼 대법원 1995. 6. 30. 선고 94누13091 판결이 위 시행령 규정과 같은 취지를 규정한 구 법인세법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제124조의3 제5항에 관하여 ‘위 법인세법 시행령은 원칙적으로 주택을 판매용으로 신축하여 양도하는 경우를 예정하고 있다고 해석될 뿐 아니라, 임대주택건설촉진법상의 임대주택과 일반 주택은 그 신축․분양에 있어 법적 취급이 다르므로, 설사 과세관청으로부터 분양제한기간 내에 분양허가를 받았다고 하더라도 이러한 분양을 법인세법상 주택 신축․판매와 마찬가지로 보아 법인세법상 특별부가세 감면규정을 적용할 수 없다’는 취지로 판시한 점 등에 비추어 보면, 주택 ‘판매’에 당연히 ‘건설임대주택을 같은 법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우’가 포함된다고 할 수 없다.

④ 구 임대 주택법 제2조 제6호 에 의하면 ‘분양전환’이란 임대주택을 임대사업자가 아닌 자에게 매각하는 것을 뜻한다. 따라서 원고 주장과 같이 주택 신축 여부를 묻지 않고 ‘구 임대주택법에 따른 건설임대주택을 같은 법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각’하기만 하면 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정이 적용되지 않는다고 해석하면, 건설임대주택을 구 임대주택법에 따라 매각하는 모든 경우가 위 특례 규정에 따른 법인세 과세 대상에서 제외된다. 그런데 이렇게 해석할 경우 구 임대주택법에 따른 건설임대주택 중 임대기간, 대지면적, 기준시가 등과 관련하여 일정한 요건을 갖춘 것에 한하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되는 주택에서 제외하고 있는 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 의2 규정이 사실상 무의미해지는 결과가 된다.

⑤ 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것)은 법인의 부동산 양도로 발생한 양도차익에 대하여 사업소득에 대한 법인세에 추가하여 특별부가세를 과세하였다. 이와 관련하여 구 법인세법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제124조의3 제5항은 ‘주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정한 면적 이내의 토지’는 특별부가세 과세 대상이 되는 토지 및 건물에서 제외하였는데, 위 법인세법 시행령 규정은 원칙적으로 주택을 ‘판매용’으로 신축하여 양도하는 경우를 예정한 것이었다(대법원 1995. 6.30. 선고 94누13091 판결 참조). 이후 1993. 12. 31. 위 시행령 규정이 개정되어 ‘주택을 신축하여 판매하는 경우’에 관하여 ‘임대주택건설촉진법에 의하여 건설한 임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우를 포함한다’는 규정이 삽입되었다. 이후 위 조항은, 임대주택건설촉진법이 임대주택법으로 전문 개정됨에 따라‘임대주택법에 의한 건설임대주택을 동법에 따라 분양한 경우’로 개정되었고, 헌법재판소 2000. 1. 27. 선고 96헌바95, 97헌바1․6․4(병합) 사건에서 특별부가세에 관한 법인세법 조항이 포괄적 위임입법을 금지하는 헌법 제75조 등에 위반된다고 결정됨에 따라 구 법인세법(2000. 2. 3. 법률 제6259호로 개정되어 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제100조 제1항 제5호에 같은 내용이 특별부가세 비과세 대상으로 규정되었다. 2001. 12. 31. 법률 제6558호 법인세법 개정법률은 특별부가세 제도를 폐지하고 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 조항(제55조의2)을 도입하였고, 이에 따라 2001. 12. 31. 대통령령 제17457호 법인세법 시행령 개정령은 ‘주택을 신축하여 판매(임대주택법에 의한 건설임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정한 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득’을 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 조항 적용 대상에서 제외하는 규정을 두었으며(제92조의2 제3항 제4호), 이후 위 시행령 규정이 앞서 본 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 와 같이 개정되었다. 이러한 입법 연혁에 비추어 보더라도, 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 중 괄호 안 부분은 주택 ‘판매’의 범위를 명확하게 하기 위한 규정으로 봄이 타당하다. 이를 구 법인세법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제124조의3 제5항의 규정 취지와는 동떨어진 이유(건설임대주택의 공익성이나 상대적으로 낮은 투기 가능성)로 주택을 신축하지 않은 법인에 대해서까지 비과세 규정의 적용범위를 확장하는 규정이라고 보기는 어렵다.

• 나) 그렇다면 앞서 본 것처럼 원고가 이 사건 주택을 신축한 법인이 아닌 이상, 원고가 이 사건 주택을 분양한 것은 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 에 정한 비과세 요건을 충족한다는 원고 주장도 이유 없다.

4. 소결 원고가 이 사건 주택을 양도함으로써 발생한 소득은 법인세법 제55조의2 제1항 제2호 에 정한 법인세 과세 대상에 해당하고, 그 비과세 요건을 정한 같은 조 제4항 제3호, 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 에 정한 소득에 해당하지 않으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.