토지 소유기간의 계산을 일수로 하도록 규정한 구 소득세법 시행령 제168조의 6 단서는 적법·유효함

사 건 2018구합51773 양도소득세부과처분취소 원 고 임AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2018. 11. 28. 판 결 선 고

2019. 01. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2017. 10. 10. 원고에 대하여 한 589,702,726원의 양도소득세 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1991. 5. 20. ○○시 ○○구 ○○동 00번지 대 2962.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 중 1/3 지분을 취득하였다(한편, 김AA 및 임BB이 같은 날 각 이 사건 토지 중 1/3 지분을 취득하였고, 임BB의 사망으로 이AA이 2006. 1. 4. 이 사건토지 중 1/3 지분을 이전받았다).
• 나. 이후 원고 등이 이 사건 토지를 가설건축물(견본주택) 부지로 임대하여, 이 사건토지에는 2010. 8. 31.부터 2011. 7. 31.까지, 2011. 8. 2.부터 2013. 8. 19.까지, 2015.1. 21.부터 2015. 11. 24.까지 견본주택이 설치되어 있었다.
• 다. 원고는 2016. 4. 12. 주식회사 ○○홀딩스(이하 ‘○○홀딩스’라고 한다)에게 이 사건 토지 중 1/3 지분을 3,285,000,000원에 매도하고, 2016. 9. 13. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다(김AA, 이AA 역시 그 무렵 ○○홀딩스에게 각 이 사건 토지 중 1/3 지분을 매도하고, 2016. 9. 13. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다).
• 라. 한편 양도하는 토지가 구 소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제104조의3에 따른 ‘비사업용 토지’에 해당할 경우, 구 소득세법 제95조 제4항 에 따라 양도소득금액 산정 시 장기보유특별공제가 제한되고, 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 에 따라 가중된 세율이 적용된다.
• 마. 또한 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목, 구 소득세법 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라고 한다) 제168조의6 제1호 가목에 따르면, 토지의 소유기간이 5년 이상이고 양도일 직전 5년 중 3년 이상 지방세법 제106조 제1항 제2호 에 따른 ‘재산세 별도합산과세대상 토지’에 해당한 경우에는 비사업용 토지에 해당하지 않는 것(사업용 토지)으로 규정하고 있다.
• 바. 원고는 이 사건 토지 2962.1㎡ 중 2294.45㎡는 위 규정에 따라 3년 이상 재산세 별도합산과세대상 토지에 해당한 것으로 보고 이를 ‘사업용 토지’로, 나머지 667.65㎡ 는 이를 ‘비사업용 토지’로 보고, 이를 토대로 이 사건 토지 중 1/3 지분의 양도에 따른 양도소득세를 877,059,152원으로 계산하여 신고․납부하였다.
• 사. 그러나 피고는 다음과 같은 이유로 이 사건 토지 전체가 비사업용 토지에 해당한다고 보고, 2017. 10. 10. 원고에게 이 사건 토지 중 1/3 지분에 관한 양도소득세 589,702,726원을 추가로 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

1. 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 가목에 따르면, 토지의 소유기간이 5년 이상이고 양도일 직전 5년 중 3년 이상 지방세법 제106조 제1항 제2호 에 따른 재산세 별도합산과세대상 토지에 해당 한 경우에는 사업용 토지에 해당함을 규정하고 있고, 원고는 위 규정을 적용하여 이 사건 토지 중 2294.45㎡를 사업용 토지로 보았다.

2. 이 사건 토지에 견본주택이 설치되어 있었던 기간은 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목, 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호 에 따라 이 사건 토지가 재산세 별도합산과세대상 토지에 해당한다.

3. 그런데 원고가 ○○홀딩스에 이 사건 토지를 양도한 2016. 9. 13.부터 역산하여 5년이 되는 2011. 9. 13.부터 계산할 때, 이 사건 토지에 견본주택이 설치되어 있었던 기간은 1014일(2011. 9. 13.부터 2013. 8. 19.까지, 2015. 1. 21.부터 2015. 11. 24.까지, 2년 284일)뿐이므로, 이 사건 토지는 위 3년의 요건을 충족하지 못한다.

4. 또한 이 사건 토지를 사업용 토지로 볼 다른 사정도 존재하지 않으므로, 결국 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당한다.

• 아. 원고는 2017. 12. 26. 이 사건 처분에 대한 조세심판을 청구하였으나, 2018. 3. 29. 기각결정을 받았다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

구 소득세법 시행령 제168조의6 단서에 따르면, 토지 소유기간의 계산을 ‘일수’로 하도록 규정하고 있고, 피고는 위 규정에 따라 이 사건 토지가 재산세 별도합산과세대상 토지에 해당한 기간을 1014일로 산정하였다. 그러나 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따르면, ‘지방세법에 따른 재산세 별도합산과세대상 토지’의 경우 비사업용 토지에서 제외한다고 규정하고 있고, 지방세법상 재산세 별도합산과세대상 토지를 1년 단위로 산정하도록 규정하고 있으므로, 구 소득세법 시행령 제168조의6 에 따른 기간 산정도 1년 단위로 하여야 한다. 따라서 구 소득세법 시행령 제168조의6 단서에서 기간의 계산을 일수로 하도록 규정한 것은 상위법에 반하는 것으로서 무효이다. 그렇다면, 이 사건 토지는 지방세법상 2012, 2013, 2015 연도에 재산세 별도합산과세대상 토지로 결정되었으므로, 구 소득세법 시행령 제168조의6 을 적용함에 있어서도 3년 이상 별도합산과세대상 토지에 해당한 것으로 보아야 한다.

살피건대, 다음과 같은 사실 내지 사정들을 고려하여 보면, 토지 소유기간의 계산을 일수로 하도록 규정한 구 소득세법 시행령 제168조의6 단서는 적법․유효하고, 따라서 위 규정에 근거한 이 사건 처분 역시 적법하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

1. 구 소득세법 제104조의3 제1항 에 따르면, ‘대통령령으로 정하는 기간 동안’ 다 음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 비사업용 토지로 본다고 규정하여, 그 기간 산정의 세부적인 내용에 관하여는 대통령령에 위임하고 있다.

2. 위 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제168조의6 은 구체적인 기간 산정의 기준 을 정하면서, 그 단서에서 ‘이 경우 기간의 계산은 일수로 한다’고 명시적으로 규정하였다.

3. 원고는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에서 ‘지방세법에 따른 재산 세 별도합산과세대상이 되는 토지’를 사업용 토지로 보도록 규정하고 있고, 지방세법상 재산세 별도합산과세대상 토지는 1년 단위로 산정하므로, 위 규정의 적용에 있어서도 1년 단위로 기간을 산정하여야 함을 주장한다. 그러나 지방세법상 재산세는 과세기준일인 매년 6. 1.(지방세법 제114조)을 기준으 로 연 1회 부과되므로, 재산세 별도합산과세대상 토지를 과세기준일을 기준으로 1년 단위로 결정(지방세법 제106조 제1항 제2호)하는 것일 뿐이지, 구 소득세법에 따른 비사업용 토지 해당 여부를 판정함에 있어서도 반드시 1년 단위로 재산세 별도합산과세 대상 토지 해당 기간을 산정하여야 하는 것은 아니고, 구 소득세법은 독자적인 기준에 따라 그 기간 산정 방식을 정할 수 있다. 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에서 ‘지방세법에 따른 재산세 별도합산 과세대상이 되는 토지’를 사업용 토지로 보도록 규정한 것은, 지방세법에 정한 재산세 별도합산과세대상 토지의 요건(건축물의 부속토지, 차고용 토지 등)에 따라 사업용 토지 해당 여부를 판단한다는 취지로 보아야 한다.

4. 한편 원고는, 이 사건 토지의 공유자였던 이AA의 경우 양도소득세 산정에 있어 이 사건 토지를 사업용 토지로 인정받았는데, 이AA보다 소유기간이 길었던 원고에 대하여 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보는 것은 부당하다는 취지로도 주장한다. 그러나 이AA은 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 다목에 따라 이 사건 토지의 소유기간 중 100분의 60 이상을 재산 세 별도합산과세대상 토지로 사용하였음을 이유로, 양도소득세 산정에 있어 이 사건 토지를 사업용 토지로 인정받은 것일 뿐이고(갑 제10호증의 1, 2), 원고의 주장과 같이 사업용 토지 인정 여부와 관련하여 토지 소유기간이 더 긴 소유자를 우대할 별다른 이유가 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.