자경농지에 대한 양도소득세 감면에 있어서 8년 이상 자경요건 판단에 확대하여 적용할 수 없음

사 건 2017구합50810 양도소득세등부과처분취소 원 고 이○○ 피 고 △△세무서장 변 론 종 결 2017.07.18. 판 결 선 고 2017.08.22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 6. 13. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 198,296,000원의 부과 처분을 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 2006. 9. 25. 매매를 원인으로

○○ 시

○○ 면

○○ 리 산 △△

• △ 외 3필지 합계 74,223㎡(이하 ‘종전 농지’라 한다)를 3,481,552,000원에 취득하여 2012. 3. 20. 4,320,000,000원에 양도하였다.

• 나. 원고는 2012. 5. 31. 피고에게 종전 농지에 대하여 구 조세특례제한법(2015. 12.

15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 소정의 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 하였고, 2013. 3. 11. ☆☆시 ☆☆면 ☆☆리 □□-□ 외 21필지 합계 35,112㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)를 689,397,000원에 취득하였다.

• 다. 이 사건 농지는 2015. 8. 3. ☆☆시에 1,397,857,000원에 협의매수되었고, 원고는

2015. 10. 31. 피고에게 이 사건 농지에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 소정의 자 경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.

• 라. 피고는 원고가 이 사건 농지를 보유한 기간은 7년 10개월 19일[구 조세특례제한 법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제6항에 따라 종전 농지 보유기간인 5년 5개월 25일 및 이 사건 농지 보유기간인 2년 4개월 24일 합산함]에 해당하므로 구 조세특례제한법 제69조 소정의 8년 이상 자경기 간 요건을 충족하지 못하였다고 보아 감면세액을 부인하고, 2016. 6. 13. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 198,296,000원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 6. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2016.

12. 27. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 구 조세특례제한법 제69조 소정의 8년 자경기간 산정에 구 조세특례제한법 시행 령 제67조 제4항이 적용되는지 여부

1. 원고의 주장 새로운 대토농지를 취득한 후 3년 이내에 협의매수·수용되는 경우 3년 이상 경작한 것으로 간주하는 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항 은 구 조세특례제한법 제69조 소정의 8년 자경기간 산정에도 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 농지의 경작 기간은 3년에 해당하여 종전 농지의 경작기간을 합산할 경우 8년 자경기간이 충족된다.

2. 판단 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제3항 은 구 조세특례제한법 제70조 제1항 의 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 구체화하여 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4항은 “제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3 년 이내에 토지보상법에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우 에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.”고 규정하고 있다. 위 규정에 비추어보면, 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항 은 종전 농지의 대토 농지에 대한 양도소득세 감면요건에 관한 것으로서, 3년 이상 종전 농지를 경작한 사람이 대토농지를 취득한 후 3년 이내에 공익목적사업으로 협의매수·수용되는 경우 3 년 이상 경작한 것으로 보아 종전 농지의 양도소득세가 감면된다는 의미이고, 위 규정 을 구 조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 준용한다는 규정이 없는 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 있어서 8년 자경요건 판단에 확대하여 적용 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 다. 대금을 청산한 날과 소유권이전등기접수일이 다른 경우 대금을 청산한 날을 양 도일로 볼 수 있는지 여부

1. 원고의 주장 원고는 ☆☆시의 공익사업에 협조하기 위하여 잔금 수령 전에 소유권이전등기를 해준 것이므로, 이 사건 농지의 양도일은 소유권이전등기접수일인 2015. 8. 3.이 아닌 잔금 청산일인 2016. 2. 11.로 보아야 한다. 따라서 이 사건 농지의 경작기간은 2년 9개월에 해당하여 종전 농지의 경작기간을 합산할 경우 8년 자경기간이 충족된다.

2. 판단 소득세법 제98조 는 “자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.”고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 소득세법 시행령 제162조 제1항은 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 각 호의 경우를 말한다.”고 하면서 제2호 1) 에서 ‘대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등 에 기재된 등기접수일’로 규정하고 있다. 위 규정에 비추어 보면, 이 사건 농지의 양도일은 잔금청산일인 2016. 2. 11.이 아닌 소유권이전등기일인 2015. 8. 3.에 해당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

• 라. 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 의 위헌 여부

1. 원고의 주장 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 는 소득세법 제98조 의 위임입법의 한계를 벗어 났고, 협의에 응하지 않아 토지가 수용된 사람이 협의매수된 사람보다 기간계산의 이익을 취하게 되므로 평등의 원칙에 위반되어 무효이다.

2. 판단 살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 소득세법 제98조 는 그 문언상으로도 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 대금을 청산한 날이 양도차익의 기준일이 되지 않을 수도 있음을 예정하고 있는 점, ② 소득세법 제98조 및 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 의 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소 득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여 러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정에 해당하는 점(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 참조) 등에 비추어 보 면, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 가 위임입법의 한계를 벗어났다고 보기 어렵 고, 나아가 위 규정이 토지가 수용된 사람과 협의매수 된 사람 사이에 양도시기를 자의적으로 차별한다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한