자경 및 재촌 사실에 관하여서는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자인 원고에게 입증책임이 있다고 보아야 한다

사 건 2015구합23753 양도소득세부과처분 취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2016. 5. 3. 판 결 선 고

2016. 7.12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에게 한 2011년 과세연도 양도소득세 000,000,290원의 과세처분 중 00,544,919원(본세 00,143,660원, 가산세 00,401,259원)의 과세처분을 취소한다.

• 가. 원고는 GG시 진례면 CC리 0000 답 0,000㎡(이하 ‘이 사건 농지라 한다)를 2005. 12. 21. 0억 0,000만 원에 매수하였다가 2011. 7. 7. 00억 7,100만 원에 양도하였다.
• 나. 원고는 이 사건 농지의 양도소득세 예정신고 시 산출세액 0억 5,100만 원 가운데 1억 원에 대하여 조세특례제한법상 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였고, 2012. 3. 29. DD시 초동면 명성리 000 답 0,000.9㎡(이하 ‘이 사건 대토농지’라 한다)를 취득하였다.
• 다. 피고는 2012. 10.경 양도소득세 감면 사후관리 및 취득금액 확인을 위하여 현장확인을 실시한 결과, 원고가 양도소득세 신고 당시 제출한 취득 관련 매매계약서가 임의 작성된 것을 확인하고, 신고한 취득가액 0억 9,000만 원을 환산취득가액 0억9,500만 원으로 경정하여 2012. 12. 7. 원고에게 양도소득세 0,600만 원을 고지하였고, 원고는 이를 자진 납부하였다.
• 라. 피고는 2015. 1.경 이 사건 농지 및 대토농지에 대한 2차 현장 확인을 실시하였는데, 그 과정에서 원고의 재촌 자경 여부가 불분명하다고 판단하였다. 이에 피고는2015. 3.경 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 그 결과 원고가 이 사건농지 및 대토농지를 자경하지 않고 농지 소재지 인근에 거주하는 EEE으로 하여금 대신 경작하게 하였으며, 이 사건 대토농지 소재지에 거주하지도 않은 것으로 확인하였다.
• 마. 이에 따라 피고는 2015. 5. 6. 원고에게 장기보유특별공제 및 농지대토에 따른 양도소득세 감면 적용을 배제하여 2011년 과세연도 양도소득세 000,025,290원을 경정․고지하였다.
• 바. 원고는 농지대토에 대한 양도소득세 감면 부인 부분과 이 사건 농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인한 부분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) 모두에 대해 이의신청을 거쳐 2015. 7. 10. 국세청에 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2015.9. 23. 원고의 청구를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제2호증의 각 기재(가지번호 있는것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 이 사건 농지 소재지에 거주하면서 당해 토지를 자경하였는바, 이 사건 농지는 사업용토지에 해당하므로 양도소득세 계산 시 장기보유특별공제를 적용해야 한다. 따라서 장기보유특별공제 양도소득세 감면 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다. 2)

2. 피고는 2012. 10.경 현장확인 및 그에 기한 양도소득세 경정, 고지처분을 하였는데, 장기보유특별공제 양도소득세 감면 적용에 대해 별다른 조치를 취하지 않았다. 그리고 원고는 위 고지처분에 따라 양도소득세를 납부하였다. 그럼에도 피고가 이 사건 처분을 하는 것은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고가 이 사건 농지를 직접 경작하였는지 여부

• 가) 구 소득세법(2011. 7. 25. 법률 제10900호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제104조의3 제1항 제1호는 소유자가 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 재촌하지 아니하거나 자경하지 아니하는 농지를 비사업용 토지로 정의하면서 이에 대해서는 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22950호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6, 8에 의하면, 비사업용 토지에서 제외되는 농지는 소유자가 농지소재지와 동일한 시․군․구의 지역, 혹은 그와 연접한 시․군․구 안의 지역, 혹은 해당 농지로부터 직선거리 20km 이내의 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(재촌)하는 자가 자경을 하는 농지를 말하며, 자경 또는 재촌하지 못한 기간이 일정 기간(토지 소유기간이 5년 이상인 경우에는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간)을 초과하면 비사업용 토지에 해당하게 된다. 그리고 구 농지법(2012. 1. 17. 법률제11171호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제5호는 "자경이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.“고 규정하고 있으므로, 타인을 고용하여 경작하는 경우는 자경에서 배제한 것으로 보아야 한다(대법원 2010. 9. 30. 2010두8423 판결 등 참조). 그리고 위와 같은 자경 및 재촌 사실에 관하여서는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자인 원고에게 입증책임이 있다고 보아야 한다.
• 나) 살피건대, 앞서 인정한 사실과 갑 제2, 10호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고는 구 농지법 제2조 제5호 가 정하는 자경요건을 갖추지 못하였다고 판단된다. 따라서 이사건 농지를 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

① 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 특별한 사정이 없는 한 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

② 그런데 원고는 2015. 3. 16. GG세무서에서 이루어진 양도소득세 실지조사 과정에서 이 사건 농지에서 이루어지는 농사와 관련한 묘판, 흙의 구입경위, 사용하는 농약 등에 대한 질문에 제대로 대답을 하지 못했고, 특히 이 사건 농지에 대한 논갈이, 물대기, 농약살포, 벼수확 관련 작업은 농기계 소유주인 EEE이 한 것이냐는 질문에 “이 사건 농지의 경우 농기계 소유주인 EEE이 모든 농작업을 하였고, 자신은 일손이 필요할 때 가서 도와준 것에 불과하다.”고 진술하였다.

③ 원고와 EEE 사이에 작성된 농기계 임대차계약서에서도 논갈이, 싹갈이, 모내기, 수확 등 주요 농작업의 대부분을 EEE이 수행하도록 정하고 있다.

④ 이 사건 농지는 그 면적이 0,165㎡로 상당히 넓은바, 고령의 여성인 원고가 직접 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하였다고 보기 어렵다.

⑤ 원고가 이 사건 농지를 직접 경작하였다는 근거로 제시한 갑 제7호증은 토지 양도 이후 4년 정도 경과한 이후 작성된 문서이고 사실관계에 대한 진술이 없어 선뜻 믿기 어렵다. 또한 갑 제8, 9, 10호증은 벼 육모 출고나 농약 매입, 유기질비료를 지원받는 것 등을 원고의 명의로 하였다는 점은 인정되나, 나아가 원고가 직접 이 사건 농지에 농사를 지었음을 인정할 증거가 되기는 부족하다. 그 밖에 원고가 제출한 증거만으로는 자경사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

2. 신뢰보호의 원칙 위반 여부

• 가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다(대법원 1999. 3. 9. 선고 98두19070 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 피고가 2012. 10.경 양도소득세 감면 사후관리 및 취득금액 확인을 위하여 현장확인을 실시한 결과, 원고가 양도소득세 신고 당시 제출한 취득 관련 매매계약서가 임의 작성된 것을 확인하고, 신고한 취득가액 0억 9,000만 원을 환산취득가액 0억 9,500만 원으로 경정하여 2012. 12. 7. 원고에게 양도소득세 0,600만 원을 고지하였을 뿐, 장기보유특별공제 양도소득세 감면규정의 적용에 대해서는 별다른 조치를 취하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다.
• 다) 그러나 과세관청이 행하는 현장확인이란 세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등의 업무를 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말하는바[구 조사사무처리규정 제3조 제2호(국세청훈령 제1877호)], 한 차례의 현장확인만을 통해 대상자의 모든 비위사실을 확인하는 것은 현실적으로 불가능하다는 점에 비추어 보면, 비록 피고가 1차 현장확인에 따른 취득세 경정·고지 당시에는 장기보유특별공제 양도소득세 감면규정 적용에 대한 조치를 하지 않았다고 하더라도, 이것이 장래에도 위와 같은 세금감면 혜택이 유효할 것이라는 공적인 견해표명을 한 것으로 보기는 어렵다.
• 라) 또한 원고는 이 사건 농지를 직접 경작하지 아니하였음에도 직접 경작한 것으로 과세신고를 하였다가, 피고의 세무조사 결과 직접 경작하지 아니한 사실이 밝혀짐에 따라 장기보유특별공제 양도소득세 감면규정의 적용이 배제되기에 이르렀는바, 이러한 처분 경위를 살펴보면 원고가 장기보유특별공제 양도소득세 감면혜택을 받을 것이라는 기대는 보호가치가 있다고 보기도 어려우므로, 원고가 장기보유특별공제 양도소득세 감면규정을 적용하여 내린 종전의 처분이 정당하다고 신뢰한 데에는 귀책사유가 존재한다고 봄이 상당하다.
• 마) 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.