법인으로 보는 단체로 승인을 받지 아니하여 양도소득세 부과는 적법

사 건 2011구합1892 양도소득세등부과처분취소 원 고 XX교회 피 고 진주세무서장 변 론 종 결

2011. 10. 20. 판 결 선 고

2011. 11. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 12. 5. 원고에게 한 2007년 귀속 양도소득세 26,536,963원 및 농어촌특별세 492,845원과 2008년 귀속 양도소득세 73,598,107원 및 농어촌특별세 1,366,296원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 담임목사였던 정AA은, ① 2001. 3. 21. 진주시 XX동 000-0 전 1,314㎡ (이하 ’이 사건 1토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 2008. 1. 25 진주시에게 2008. 1. 18. 공공용지 협의취득을 원인으로 하여 이 사건 1토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주였고, ② 2001. 3. 21. 진주시 XX동 000-0 전 407㎡(이하 ’이 사건 2토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007. 5. 1. 진주시에게 2007. 4. 23. 공공용지 협의취득을 원인으로 하여 이 사건 2토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었으며, ③ 2005. 3. 29. 진주시 XX동 000-0 전 58㎡(이하 ’이 사건 3토지’라 하고, 이 사건 1, 2, 3토지를 합하여 ’이 사 건 각 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007. 5. 1. 진주시에 2007. 4. 23. 공공용지의 협의취득을 원인으로 이 사건 3토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다
• 나. 피고는 2010. 7. 28. 정AA을 납세의무자로 하여 이 사건 1토지의 양도로 인한 2008년 귀속 양도소득세 73,598,107원 및 농어촌특별세 1,366,296원을 부과하였으나, 정AA이 ’이 사건 l토지의 소유자는 원고이며, 원고는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 소정의 ’법인으로 보는 단체에 해당 한다’는 이유로 위 부과처분에 대하여 이의를 제기하자, 직권으로 위 부과처분을 취소하고, 2010. 12. 5. 이 사건 1토지 양도인를 원고로 보되, 원고가 소득세법 제2조 제3항 의 ’거주자로 보는 단체에 해당한다는 이유로 원고를 납세의무자로 하여 이 사건 1토지의 양도로 인한 2008년 귀속 양도소득세 73,598,107원 및 농어촌특별세 1,366,296원을 부과하는 한펀, 이 사건 2, 3토지의 양도로 인한 2007년 귀속 양도소득세 26,044,118원 및 농어촌특별세 492,845원을 부과하였다(이하 피고가 2010. 12. 5. 원고에게 이 사건 각 토지의 양도에 관한 양도소득세 및 농어촌특별세를 부과한 처분을 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2010. 12. 29. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2011. 5. 12. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 4호증, 을 1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 구 국세기본법 제13조 제l항 제2호의 ’공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’이고, 구 국세기본법 제13조 제2항 각 호에서 정한 요건을 갖추었으며, 2009. 7. 16. 피고로부터 ’법인으로 보는 단체’로 승인받기도 하였으므로 ’법인으로 보는 단체’에 해당하여 양도소득세 납세의무가 없는데도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 구 국세기본법 제13조 제1항 제2호 에서 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다고 규정하고 있는바, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지고, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용·수익할 수 있다고 할 것이므로(대법원 1999. 7. 7. 97누17261 판결 참조), 원고를 법인격 없는 사단으로 볼 수는 있어도 법인격 없는 재단으로 볼 수는 없다 할 것이어서, 원고는 위 제2호에서 정한 ’공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단’에 해당하지 않으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로 구 국세기본법 제13조 제2항 에서 ’제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 일정한 요건을 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다’고 규정하고 있으나, 갑 5, 6호증, 을 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1999. 1. 6 피고에게 거주자로서 사업자등록(613-89-00000)을 마쳤다가, 2009. 12. 29. 개업일과 폐업일을 각 1999. 1. 3.로 하여 폐업신고를 하였고, 2009. 7. 16. 개업일을 1999. 1. 1.로 하여 피고로부터 구 국세기본법 제13조 제2항 의 ’법인으로 보는 단체’의 승인을 받아 고유의 사업자등록번호(613- 82-0000)를 교부받은 사실이 인정될 뿐, 이 사건 각 토지의 양도 당시 구 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 원고의 대표자나 관리자가 피고에게 신청하여 ’법인으로 보는 단체’로 승인을 얻은 바 없었으므로, 원고가 구 국세기본법 제13조 제2항 의 각 호에서 정한 일정한 요건을 갖추었는지 여부와 관계없이 원고는 구 국세기본법 제13조 제2항 에 정한 ’법인으로 보 는 단체에 해당하지 아니한다 할 것이다(원고는, 원고가 1999. 1. 6 최초 사업자등록 당시 피고에게 원고를 ’법인으로 보는 단체’로 등록해줄 것을 신청하였는데, 담당공무원의 과실로 ’거주자로 보는 단체’로 등록된 것이라고 주장하나, 증인 정AA의 일부 증언만으로는 이를 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다).

(3) 따라서 원고를 소득세법상의 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.