신고시 제출한 매매계약서상 양도가액을 부인한 처분은 적법함

사 건 2011구합1090 양도소득세부과처분취소 원 고 박AA 피 고 김해세무서장 변 론 종 결

2011. 11. 17. 판 결 선 고

2012. 1. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 3. 10. 원고에 대하여 한 양도소득세 299，442，550원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 3. 24. 별지 부동산 목록 1. 내지 6. 기재 각 토지(이하 ’이 사건 각 토지’라 한다)를 취득하여, 2004년경 건설폐기물 중간처리 및 재활용골재생산업 등을 영위하는 EE환경산업(이하 ’EE환경’이라 한다)에게 이 사건 각 토지를 보증금 3억 원에 임대하였다.
• 나. EE환경은 2006. 12. 1. 주식회사 BB기계(이하 ’BB기계’라 한다)와 EE환경의 사업 및 자산을 BB기계에게 포괄적으로 양도함과 아울러 이 사건 각 토지도 양도하는 계약(이하 ’이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 한편, EE환경은 2006. 12. 20. 원고와 별지 부동산 목록 1., 2. 기재 각 토지(이하 ’이 사건 쟁점토지’라 한다)를 원고로부터 매수하는 매매계약서를 작성하고, 같은 달 22. 이 사건 쟁점토지를 취득하였다.
• 다. 원고는 2007. 2. 28. 피고에게 이 사건 쟁점토지에 대하여 양도가액 1，390，000，000원, 취득가액 945，000，000원, 필요경비 155，529，000원, 양도차익 289，471，000원(= 1，390，000，000원 - 945，000，000원 - 155，529，000원)으로 산정 하여 양도소득세 예정신고를 하고 이에 따른 양도소득세 73，069，740원을 납부하였다.
• 라. 피고는 2010. 3. 10. 원고에게 ’이 사건 쟁점토지의 양도가액이 2，013，006，307원, 취득가액이 903，038，723원, 필요경비가 155，529，000원, 양도차익이 954，438，584원(= 2;013，006，307원 - 903，038，723원 - 155，529，000원)으로 조사되었다’는 이 유로, 2006년 귀속 양도소득세 299，442，550원을 경정·고지(이하 ’이 사건 처분’이라 한다) 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 5, 7호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의취지

• 가. 원고의 주장 원고는, ① 2006. 12.경 EE환경에게 이 사건 쟁점토지를 13억 9，000만 원에, 별지 부동산 목록 3. 내지 6. 기재 각 토지를 1억 1，000만 원에 각 양도하고, EE환경으 로부터 15억 원을 지급받았으므로, 이 사건 쟁점토지의 양도가액은 13억 9，000만 원 이고，② 설사, 이 사건 계약을 기준으로 이 사건 쟁점토지의 양도가액을 정하더라도, EE환경이 BB기계로부터 실제로 지급받은 35억 5，000만 원 중 5억 원은 EE환경 양도에 대한 권리금이고, 15억 원은 EE환경 주식대금이며, 15억 원은 이 사건 각 토지대금이고, 5，000만 원은 별지 부동산 목록 7. 기재 토지대금이므로, 이 경우에도 이 사건 쟁점토지의 양도가액은 13억 9，000만 원이다. 그럼에도, 피고가 이 사건 쟁점토지의 양도가액을 2，013，006，000원으로 산정하여 양도소득세를 경정·고지한 이 사건 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. EE환경의 설립 및 주주변경

• 가) EE환경은 2004. 2. 12. 이 사건 쟁점토지 등의 지상에 건설폐기물중간처리 및 제조재활용품 골재생산 등을 목적으로 자본금 15억 원(150，000주, 액면가 1만원), 박KK을 대표자로 설립되었고, 대표자가 2004. 8. 13. 김GG로, 2007. 1. 1. 박FF로 각 변경되었다.
• 나) 이 사건 계약 전·후 EE환경의 주주변동내역은 아래와 같은데, 김GG은 원고의 배우자(남편)이고, 김HH과 김JJ는 원고의 아들이다.

2. EE환경과 BB기계 간의 포괄적 양도·양수가) 이 사건 계약의 주요내용은 아래와 같다.

• 나) BB기계에 대한 EE환경의 대표이사 김HH, 주주 겸 이사 김GG, 김JJ의 2006. 12. 29.자 ’주식회사 EE환경산업 사업 및 사업장부지 대금완납확인서’에는 아래와 같이 기재되어 있다.
• 다) 국세통합시스템 자료에 의하면, EE환경은 사업양도·양수일(2007.1. 1.) 현재 이 사건 계약에서 약정한 자산 중 인계대상 매출채권과 유동자산은 없고, EE환경의 2005년 사업연도 대차대조표 기준 고정자산은 김해시 OO리 000-0 및 같은 리 000-0 토지 2필지 105，105，600원, EE환경과 BB기계가 별도계약 하기로 한 장비 및 차량을 제외한 나머지 기계장치 등 기타자산 1，425，766，040원, 부채 950，000，000원으로 순자산가액은 580，871，640원(= 105，105，600원 + 1，425，766，040원 - 950，000，000원)이다.
• 라) EE환경의 2005년 법인세과세표준 및 세액신고서에 첨부된 표준대차대조표 상 EE환경 주식 1주당 가액은 10，000원, 총 주식가액 15억 원(= 10，000원 x 150，000 주) 정도이고, 2006년 귀속 EE환경의 ’법인세과세표준 및 세액신고서’의 표준대차대 조표상 유형자산 중 토지의 장부 계상액은 1，524，105，000원이며, EE환경은 2006. 12. 19. EE환경의 자본금을 15억 원에서 30억 원으로 증자하였다.
• 마) 원고 등 EE환경의 종전 주주들은 피고에게 BB기계 등에게 주식 전부를 액면가에 양도하여 양도차익이 없는 것으로 양도소득세 확정신고를 하였다.
• 바) EE환경은 2006. 12.경 12월 급여로 50，544，890원, 퇴직금 및 위로금으로 236，194，218원, 대표이사 가수금 변제에 63，805，782원, 미지급 경비 등으로 302，135，243원 합계 652，680，133원(50，544，890원 + 236，194，218원 + 63，805，782원 + 302，135，243원)을 지출하였다.

3. 이 사건 각 토지의 양도 및 취득

• 가) 이 사건 쟁점토지의 취득가액은 903，038，723원이고, 필요경비는 155，529，000 원이다.
• 나) 이 사건 쟁점토지 중 별지 부동산 목록 1. 기재 토지의 매매계약서에는 ”매매대금: 10억 5，000만 원, 계약금: 1억 5，000만 원(영수함), 잔금: 9억 원, 2006. 12. 25. 지급함”으로, 별지 부동산 목록 2. 기재 토지의 매매계약서에는 ”매매대금: 3억 4，000만 원(영수함)"으로 각 기재되어 있다.
• 다) 이 사건 쟁점토지의 평균감정가액(감정평가법인: ○○○감정평가법인, △△감정평가법인), 별지 목록 기재 각 토지에 대한 원고 및 피고 주장 매매금액 및 2006 년과 2007년의 기준시가는 아래와 같다.
• 라) 원고는 BB기계로부터, 2006. 12. 4. 3억원, 2006. 12. 15. 2억 원 합계 5억원을 지급받았고, EE환경으로부터, 2006. 12. 20. 1억 8，200만 원, 같은 달 22. 10억 800만원 합계 11억 9，000만 원을 지급받았으며, 보증금반환채무 3억 원과 이 사건 각 토지 대금 중 일부를 상계하였고, 같은 날 EE환경의 대표이사 김HH에게 3억 원을 송금하였다.
• 마) 한편, 이 사건 각 토지 중 별지 부동산 목록 3. 내지 6. 기재 각 토지에 관한 부동산등기부등본 또는 매매계약서에는, 원고가 2006. 12. 29. EE환경에게 별지 부동산 목록 3, 6 기재 각 토지를 2，900만 원에, 2007. 6. 27. 별지 부동산 목록 5. 기재 토지를 400만 원에에 각 양도하고, 같은 날 박FF에게 별지 부동산 목록 4. 기재 토지를 500만 원에 양도한 것으로 기재되어 있다.

4. 별지 부동산 목록 7. 기재 토지의 양도 및 취득

• 가) 김HH 소유였던 별지 부동산 목록 7. 기재 토지의 등기부등본에는 ”등기목적: 소유권이전, 접수: 2006. 12. 29. 제116438호, 등기원인: 2006. 12. 28. 매매, 권리자 및 기타사항: 소유자 박FF, 거래가액 금29，000，000원”으로 기재되어 있고, 원고가 매매계약일이 2006. 12. 28.임에도 착오로 2006. 11. 28.로 잘못 기재되었다고 주장하는 부동산매매계약서에는 ”매매대금: 5，000만 원(영수함)"으로, 검통관이 2007. 2.경 실지 거래가액에 의한 양도소득세를 신고하면서 제출한 부동산매매계약서에는 ”매매대금: 29，000，000원, 2006. 8. 28."로 각 기재되어 있다.
• 나) EE환경은 2006. 12. 29. 김HH에게 2，900만 원을 송금하였다.

5. BB기계 대표이사 박FF의 문답서, 확인서 및 증언

• 가) 이 사건 쟁점토지에 대한 2009. 11. 27.자 박FF 문답서의 주요내용은 아래와 같다.
• 나) 박FF의 2009. 12. 7.자 부동산 실거래가액 확인서에는 ”사업장 부지 매매 금액은 15억 원임을 확인한다”고 기재되어 있고, 2010. 4. 30.자 확인서에는 ”계약금 5억원은 EE환경의 사업을 포괄적으로 인수하기 위한 영업권(권리금)임을 확인한다”고 기재되어 있다.
• 다) 박FF는 2011. 8. 25. 법정에서 아래와 같이 증언하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4, 6 내지 15호증, 을 1 내지 12호증의 각 기 재, 증인 박FF의 일부 증언, 변론 전체의 취지 라.판단

1. 가. (1) 주장에 관한 판단 국세기본법 제14조 제2항 은 ”세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다”고 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고의 남편인 김GG이 이 사건 계약 당시(2006.12.1.) II기계와 EE환경의 사업과 자산 뿐만 아니라 원고 소유의 이 사건 각 토지를 양도하 는 계약을 체결하였고, BB기계 대표이사인 박FF가 김GG이 지정하는 사람에게 지정한 액수를 송금한 점，② 원고와 원고의 가족들이 2006. 10. 16. 기준으로 EE환경의 주식 150，000주 중 145，000주(96.7%)를, 위 계약 당시 기준으로 주식 150，000주 중 74，500주(49.7%)를 각 보유하고 있었던 점，③ 이 사건 쟁점토지에 대한 평균감정가액 (2006.12.18.기준)이 1，374，647，000원이고, 이 사건 쟁점토지의 매매계약서상 양도가액이 13억 9，000만 원이기는 하나, 위 13억 9，000만 원은 2006년 기준시가 대비 68.5%(= 1，390，000，000원 ÷ 2，029，676，000원), 2007년 기준시가대비.. 58.1%(= 1，390，000，000원 ÷ 2，391，783，000원)에 불과한 점，④ EE환경의 주식 전부가 BB기계에게 양도된 2006. 12. 18. 이후인 2006. 12. 20.에 이르러 원고가 EE환경에게 이 사건 쟁점토지를 양도한 점，⑤ 원고는 BB기계로부터 5억 원, EE환경으로부터 11 억 9，000만 원, 보증금반환채무와 상계한 3억 원 합계 19억 9，000만 원(주식 대금 2억 원 포함)을 지급받아 이 사건 각 부동산의 매매대금으로 17억 9，000만 원(=19억 9，000 만 원 - 2억 원)을 수령하였다가 2006. 12. 26.에서야 EE환경 대표이사에게 3억 원을 송금한 점 ，⑥ 원고는 2006. 12. 20., 같은 달 29. 및 2007. 6. 27. EE환경 또는 박DD에게 이 사건 각 토지를 순차적으로 양도하였고, 각 매매계약서도 위 각 양도일 무렵 작성된 것으로 보이며, 각 매매계약서상 매매가액의 합계가 14억 2，800만 원(= 13 억 9，000만 원 + 2，900만원 + 400만 원 + 500만 원)으로서 원고가 주장하는 15억 원에 미달되는 등 이 사건 쟁점토지에 관한 2006. 12. 20.자 매매계약서를 실제 매매계약서로 보기 어려운 점 등을 종합해보면, 원고의 남편인 김GG이 2006. 12. 1. 원고를 대신하여 BB기계에게 원고 소유의 이 사건 각 토지를 매도하고 편의상 EE환경 명의로 소유권이전등기를 마쳤으며, 원고 또는 EE환경이 BB기계로부터 그 매매대금을 지급받았다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 가.(2) 주장에 관한 판단 먼저, 원고가 주장하는 권리금 5억 원에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 통상 주식 전부를 인수하는 방식으로 사업을 포괄양도·양수하는 경우에는 유형자산과 영업권, 허가권 등의 무형자산을 합산하여 그 주식대금을 산정하게 되는데, 2005년도 표준대차대조표에 의한 EE환경의 총 주식가액은 15억 원 정도이고, BB기계도 그 주식 전부를 15억 원에 인수하였으며, 원고 등 EE환경의 종전 주주들이 주식양도로 인한 양도차익이 없다고 양도소득세 확정신고를 한 점，② 포괄양도·양수의 대상이 된 EE환경의 순자산가액이 2005년 대차대조표상 580，871，640원에 불과하고, EE환경이 위 양도·양수 당시 사실상 적자 회사로서, 총 주식가액 15억 원은 위 순자산가액과 권리금, 영업권 등 무형자산을 합산한 금액으로 보이는 점，③ 박FF가 포괄양도·양수대금 45억 원 중 주식대금 15억원을 제외한 나머지는 부동산 매매대금이라고 진술하기도 한 점 등을 종합해 보면, 원고가 권리금으로 주장하는 5억 원은 권리금이 아니라 이 사건 각 토지의 매매 대금 중 일부로 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다. 다음으로, 원고가 주장하는 별지 부동산 목록 7. 기재 토지대금 5，000만 원에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 포괄양도·양수 대상을 기재한 이 사건 계약서의 별도표시 1 주요자산총액에 위 토지가 포함되어 있지 아니한 점，② 위 토지에 관한 부동산등기부 등본에 위 토지의 거래가액이 2，900만 원으로 기재되어 있고, 실제로 김HH이 EE환경으로부터 토지대금으로 2，900만 원을 지급받았으며, 양도소득세도 2，900만 원을 신고·납부하였던 점 등을 종합해 보면, 원고가 위 35억 5，000만 원에 포함되어 있다고 주장하는 별지 목록 7. 기재 토지 양도대금 5，000만 원은 위 35억 5，000만 원에 포함되어 있는 것으로 볼 수 없고, 이 사건 각 토지의 매매대금 중 일부로 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 소결 따라서, 이 사건 쟁점토지의 양도가액은 이 사건 각 토지의 양도가액 20억 5，000만 원을 2006년도 기준시가에 따라 안분한 2，029，676，000원이므로(구 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 참조), 이와 같은 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각한다.