방산물자로 지정되지 아니한 군함용 엔진의 영세율적용 여부

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지

1. 원고 주식회사 ○○○○○의 청구 부분 피고가 2008. 1. 2. 원고 주식회사 ○○○○○에 대하여 2002년도 2기분 부가가치세 79,919,930원의 부과처분, 2008. 2. 1. 원고 주식회사 ○○○○○에 대하여 한 2003년도 1기분 부가가치세 105,143,190원, 2003년도 2기분 부가가치세 1,783,730원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고 ○○○○○엔진 주식회사의 청구 부분 피고가 2008. 2. 1. 원고 ○○○○○엔진 주식회사에 대하여 한 2004년도 1기분 부가가치세 59,937,130원, 2004년도 2기분 부가가치세 161,715,050원, 2005년도 1기분 부가가치세 56,408,780원의 각 부과처분을 취소한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1, 2호증의 각 1, 2, 3, 을1호증, 을2호 증의 1, 2, 3, 을3호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하여 인정된다,

• 가. 원고 주식회사 ○○○○○(전 ○○중공업 주식회사, 이하‘원고 회사’라 한다)는 각종 군용 함정에 탑재되는 ○○○엔진을 기술도입하여 국내 생산한 후 이를 국방부에 납품하고, 위 엔진에 대한 정비를 하는 회사이고, 원고 ○○○○○엔진 주식회사(이하‘원고 분할회사’라 한다)는 2004. 4. 1. 위 원고 회사에서 분할·설립된 회사로서 원고 회사로부터 위 ○○○엔진 납품 빛 정비 등에 관한 모든 권리의무를 포괄 승계하였다.
• 나. 원고들은 2002.경부터 2004.경까지 사이에 국방부 조달본부(방위사업청의 전신, 이하 ‘방위사업청’이라고 한다) 계약담당공무원과 ○○○엔진에 관한 정비계약을 수의계약형식으로 체결한 후 그에 따른 정비용역을 제공하였는데, 그 내역은 다음과 같다(이하 위 계약을 ‘이 사건 정비계약’, 위 계약 체결에 따라 정비대상이 된 ○○○엔진을‘이 사건 ○○○엔진’이라 한다).
• 다. 원고들은 위 각 계약에 따른 정비용역을 공급한 후 위 ○○○엔진이 방산물자임을 전제로 조세특례제한법 제105조 제l항 제l호에 의한 영세율을 적용하여 당해 과세기간의 부가가치세를 각 신고하였다.
• 라. 그런데 이후 2005. 10.경 감사원의 방위사업청에 대한 감사 결과, 이 사건 ○○○엔진이 방산물자로 지정되지 않았음에도 방산물자로 지정되었음을 전제로 수의계약의 형식으로 이 사건 정비계약이 체결된 사실이 밝혀졌다. 이에 방위사업청은 2007. 1. 5. 원고들로부터 이 사건 ○○○엔진이 방산물자임을 전제로 이 사건 정비계약이 체결됨으로써 발생한 원가차액을 환수 조치하였고, 피고는 워 영세율 적용을 배제하여 아래와 같은 부가가치세 부과처분(이하‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 이 사건 ○○○엔진은 방산장비인 함정에 탑재되는 엔진으로서, 방산물자로 지정 된 다른 ○○○엔진과 달리 볼 이유가 없으므로 성질상 당연히 방산물자로 지정되어야 함에도, ○○○엔진에 관한 방산물자 지정제도가 변경되는 과정에서 담당공무원들의 중대한 과실로 인하여 방산물자로 지정되지 않았다.

(2) 원고의 신청도 없이, 함정별로 세분화하여 방산물자를 지정하는 것으로 변경된 방산물자 지정제도는 동일한 ○○○엔진이 어떤 함정에 탑재되어 있는지 여부에 따라 방산물자로의 취급 여부를 결정하게 되어 방산물자와 비방산물자의 구분을 모호하게 하는 등의 문제가 있다.

(3) 따라서, 이 사건 ○○○엔진이 위 지정제도에 의하여 형식상 방산물자로 지정되지 않았다 하더라도 이 사건 ○○○엔진이 방산물자임을 전제로 조세특례제한법 제105조 제1항 제1호 에 의한 영세율을 적용하여야 한다.

• 나. 관계 법령 조세특례제한법 제105조 (부가가치세 영세율의 적용)
• 다. 인정사실 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑3, 4, 5호증의 각 1, 2, 갑7호증의 l 내지 4의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

(1) 당초의 방산물자 지정 국방부장관은 1986. 6. 18. 당시 시행중이던 방위산업에 관한 특별조치법 시행령 (1988. 5. 12. 대통령령 제12450호로 개정되기 전의 것) 제4조에 의하여, 지정방산물자인 함정의 구성품으로 쓰이는 ○○○엔진을 함정의 종류나 품목에 관계없이 방산물자로 지정하였고, 이를 원고 회사에 통보하였다.

(2) 방산물자 지정제도의 변경 (가) 이후 국방부장관은 1995. 1. 19. 방위산업에 관한 특별조치법(이하‘방위산업 법’이라고만 한다) 제22조 빛 동법시행령 제41조의2에 의하여 위 (1)항의 방산물자 지정을 취소함과 동시에 ○○○엔진에 대하여 함정 및 품목별로 구분하여 방산물자로 지정하였고, 그 내역은 아래와 같다. 한편, 이 사건 ○○○엔진은 아래의 방산물자 세분화 지정에서 제외되었다. (나) 하지만, 위 세분화 지정에서 제외된 5개 함정(잠수함 모함, 잠수함 구조함, 고 속정 바지, 상륙함, 기뢰 부설함)의 ○○○엔진(품목 6V396)은, ○○기계 주식회사에서 생산하는 군용발전기 ○○○ 0400 K-M(400KW)에 포함되어 하나의 방산물자로 지정·판리되었다.

(3) 방산물자 지정의 취소 및 감사원의 감사 (가) 국방부장관은 위 ○○기계 주식회사가 부도나자 2000. 6. 12. 방위산업법 제22조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제41조에 의하여 위 군용발전기 ○○○ 0400 K-M(400KW)에 대한 방산물자 지정을 취소하였고, 이에 따라 위 군용발전기에 포함되어 방산물자로 지정·관리되어 오던 위 5개 함정의 ○○○엔진도 더 이상 방산물자가 아니게 되었다. (나) 하지만 원고들은 이 사건 ○○○엔진이 방산물자임을 전제로 방위산업청에 이를 계속하여 납품하였고, 이후 위 1. 라.항에서 본 바와 같이 감사원의 감사결과 이 사 건 ○○○엔진이 위와 같은 방산물자 지정 취소 및 미지정으로 더 이상 방산물자가 ○○에도, 수의계약의 형식으로 방위산업청에 계속 납품되어 온 사실이 밝혀졌다.

(4) 방산물자로의 재지정 이후 국방부장관은 2005. 11. 17. 다시 ○○○엔진에 대하여 함정 및 품목별로 세분화하여 방산물자를 지정하였는데, 이 사건 ○○○엔진도 위 세분화 지정에 포함되어 방산물자로 지정되었다.

• 라. 판단 (1)(가) 방위산업법 제2조 제2호에 의하면, 방산물자는 군용으로 제공되는 물자로서 방위산업법 제4조의2의 규정에 의하여 방산물자로 지정된 것을 말하고, 방산물자의 지정과 관련하여서는 방위산업법 제4조의2 제1항 및 동법 시행령 제4조는 국방부장관이 산업자원부장관과 협의하여 무기체계로 채택된 물자 중에서 방산불자를 지정하고, 무 기체계로 채택된 물자가 아닌 군용물자라도 대통령령으로 정하는 물자에 대하여는 이 를 방산물자로 지정할 수 있으며, 방산물자의 지정을 받고자 하는 자는 방산물자지정 신청서를 국방부장관에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 방산물자지정의 취소와 관련하여서는 방위산업법 제22조 및 동법 시행령 제41조의2는 ‘국방부장판이 산업자원부장관과 협의하여 2개 이상의 업체에서 조달이 용이하고 품질을 보증할 수 있다고 인정된 때, 연구개발 또는 기술도입생산사업의 계획변경·취소 등으로 방산물자 지정의 취소가 필요하거나 방산물자 지정을 계속 유지할 필요가 없는 때 등’의 사유가 있을 때 방산물자지정을 취소할 수 있고, 국방부장관은 매2년마다 전 방산물자에 대하여 지정의 취소여부를 검토하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 위 관계 규정의 내용과 위 인정사실을 대비, 종합하여 살피건대, ① 위 관계규정의 내용에 의하면, 국방부장관이 무기체계로 채택된 물자나 대통령령으로 정하는 물자 중에서 방산물자지정절차를 통해서 방산물자로 지정해야만 비로소 방산물자로 되는 것이지, 성질상 당연한 방산물자에 해당하여 국방부장관이 이를 확인하는 의미에서 방산물자로 지정하는 절차를 거치는 것으로 볼 수는 없는 점, ② 위 규정들 및 조세특례제한법 제105조 제1항 제1호 의 취지는 국방부장관이 안정적인 조달원의 확보 및 품질 보증 등을 고려하여 방산물자로 지정한 물자의 공급 및 용역제공에 대하여 부가가치세 부담을 완화함으로써 방위산업의 진흥발전과 방산물자의 조달에 기여하려는 것이지, 모든 군용으로 제공되는 물자에 대하여 영세율을 적용하려는 취지는 아닌 것으로 보이는 점, ③ 비록 함정의 구성품으로 쓰이는 ○○○엔진이 일괄적으로 방산물자로 지정되어 오다가 함정 및 품종별로 나뉘어 방산물자를 지정되면서 결과적으로 이 사건 ○○○엔진이 방산물자 지정에서 누락되게 되었다 하더라도, 이와 같은 사정이나 이에 관한 원고들 제출의 증거만으로 담당공무원의 중대한 과실로 인하여 그렇게 되었다고 인정하기 어려운 점, ④ 방위산업법 제4조 제4항에 의하면 방산물자의 지정을 받고자 하는 자가 국방부장관에게 방산물자지정 신청을 할 수 있도록 되어 있지만, 위 규정만 을 근거로 국방부장관이 지정신청이 있어야만 방산물자지정제도를 변경할 수 있다고 볼 수 없고, 아래 ⑤항에서 보는 바와 같이 방산물자지정 및 취소는 국방부장관의 재량사항으로, 국방부장관이 원고의 신청 없이 방산물자지정제도를 변경하였다고 하여 거기에 어떤 잘못이 있다고 할 수 없는 점, ⑤ 오히려 국방부장관이 무기체계로 채택 된 물자나 대통령령으로 정하는 물자 중에서 방위산업법 등의 목적을 고려하여 방산물자를 지정할 수 있으며, 일정한 사유가 있는 때에 방산물자지정을 취소할 있다고 규정 하고 있는 위 관계 규정의 형식 및 내용에 비추어, 방산물자로의 지정여부는 국방부장관의 재량사항에 해당하고, 국방부장관이 위와 같이 방산물자 지정제도를 변경함으로 써 안정적인 조달원 확보 및 엄격한 품질보증 등 방위산업법의 목적을 고려하여 ○○○엔진을 더 구체적인 기준으로 세분화하여 방산물자 지정여부를 결정한 것으로, 여 기에 어떤 재량 일탈·남용이 있다고 볼 만한 사정을 찾기 어려운 점 등을 종합해보 면, 국방부장관이 이 사건 ○○○엔진을 방산물자로 지정하지 않은 이상, 다른 품목의 ○○○엔진은 방산물자로 지정되었다거나 원고들이 이 사건 ○○○엔진이 방산물자인 줄 알고 이 사건 정비계약을 체결하였다는 사정만으로 이 사건 ○○○엔진이 방산물자로 취급되어야 한다고 볼 수 없다.

(3) 따라서, 이 사건 ○○○엔진이 방산물자로 지정되지 않았음을 이유로 조세특례제한법 제105조 제1항 제1호 외 영세율 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 한 이 사건 부과처분은 적법하다.

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.