농지대토에 대한 양도소득세 비과세는, 종전 농지 양도이로부터 적어도 1년이내에 새로운 농지소재지에서 거주와 자경을 시작하여야 함

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 12. 1. 원고에 대하여 한 2005년도 귀속 양도소득세 54,552,620원의 부과처분을 취소한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑3호증의 1 내지 7, 9 내지 12, 을1 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

• 가. 원고는 1987. 10. 20. ○○시 ○○동 ○○○-○ 과수원 15,978㎡, 같은 동 ○○○○ 과수원 7,679㎡(이하 이를 통틀어 '이 사건 기존 토지'라 한다)를 취득하여 각 소유권이전등기를 마치고, 이 사건 기존 토지 위에서 과수원을 운영해 오다가, 2005. 9. 21. 김○○에게 이 사건 기존 토지를 매도하고 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
• 나. 원고는 2005. 1. 25.부터 2006. 4. 6.까지 경상남도 ○○군 ○○면 ○리 ○○ 외 ○필지 토지를 취득하여 소유권이전등기를 마친 뒤, 이 사건 기존 토지 양도를 농지의 대토에 해당한다고 보아 2005년 과세연도 양도소득세 비과세신고를 하였는데 토지 취득 내역은 아래 표와 같다.
• 다. 피고는 2007. 12. 31. 원고에게 2007. 8.경 실시된 조사결과 위 나.항 기재 9필지의 토지 중 순번 8, 9, 10번 토지(이하 '이 사건 1, 2, 3 토지'라 하고 이를 통틀어 '이 사건 각 토지'라 한다)의 경우 원고가 이 사건 기존 토지를 매도한 2005. 9. 21.부터 1년이 지나도록 직접 경작하지 않아 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 삭제되기 전의 것, 이하 '법 시행령'이라 한다) 제153조 제2항에 정한 비과세요건에 해당하지 않는다는 이유로, 이 사건 각 토지에 대응하는 ○○시 ○○동 ○○○-○ 과수원 15,978㎡에 대한 농지대토를 부인하여, 2005년도 귀속 양도소득세 54,552,620원의 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).
• 라. 원고는 2008. 1. 8. 피고에게 이의신청을 하였으나, 부산지방국세청장은 2008. 1. 29. 원고의 이의신청을 기각하였고, 원고는 이에 불복하여 2008. 2. 4. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나 2008. 7. 16. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 사정을 내세워 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다. ⑴ 원고가 이 사건 각 토지를 성○자로부터 매수하여 소유권 이전등기를 마칠 무렵인 2006. 4. 6.경 이 사건 1, 2 토지 위에서 이○석이 비닐하우스를 설치하여 수박농사를 하고 있었고, 이 사건 3 토지 위에서 박○순이 이미 벼를 재배하기 위해 못자리를 만들어 놓은 상황이어서 원고가 이 사건 각 토지의 소유권을 취득하였다고 하더라도 곧바로 경작을 시작할 수 없었고, 원고로서는 1년 농사의 수확이 끝난 2006. 10.경 이○석과 박○순으로부터 이 사건 각 토지를 인도받아 그 무렵부터 이 사건 1, 2 토지 위에서는 양배추 등을 생산해 오고 있고, 이 사건 3 토지 위에서는 벼농사를 하고 있다. 따라서, 원고가 이 사건 기존 토지의 양도일인 2005. 9. 21.부터 1년 이내에 경작을 시작하지 못하게 된 것에는 정당한 사유가 있는 점, 2006. 10.경부터는 이 사건 각 토지에서 원고가 직접 경작을 하고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 처분은 부당하다. ⑵ 이 사건 처분으로 달성하려는 공익목적에 비하여 이 사건 처분으로 원고가 입게 될 불이익의 정도가 훨씬 크므로, 이 사건 처분은 재량권을 일탈ㆍ남용한 것이다.
• 나. 관계법령 소득세법 제89조 (비과세양도소득) 소득세법 시행령 제153조 (농지의 비과세)
• 다. 판단 ⑴ 위 가.⑴항 주장 부분 ㈎ 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 삭제되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제89조 제4호, 법 시행령 제153조 제2항의 규정을 종합하면, 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일로부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지 가액의 1/2 이상인 경우에는 종전 농지의 양도소득은 비과세 양도소득에 해당한다. ㈏ 한편, 위와 같이 농지의 대토에 대하여 양도소득세를 비과세하는 규정의 취지는 농지의 자유로운 대체의 허용ㆍ보장을 통한 농민의 보호 내지 농업의 발전ㆍ장려에 있는 것이어서, 농지를 취득하였다가 매각한 것이 자경농가로서 소유하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 대토하기 위한 경우로 제한하여야 하는 것이므로, 새로운 농지소재지에서의 3년 이상 거주와 자경은 특별한 사정이 없는 한 그 기간을 같이 하여야 하는 것으로서 적어도 종전 농지의 양도일로부터 1년 이내에 시작하여야 한다고 봄이 상당하고(대법원 2003. 9. 5. 선고 2002두5924 판결 참조), 양도토지의 자경사실은 이를 주장하는 양도자에게 입증책임이 있다(대법원 1990. 5. 22. 선고 90누639 판결 참조). ㈐ 그런데, 을3호증, 을4호증, 을5호증의 각 기재, 증인 배○한의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 아들인 배○한은 2007. 8.경 연로한 원고를 대신하여 피고 소속 공무원들에게 이 사건 1, 2 토지는 이○석이, 이 사건 3토지는 박○순이 경작하고 있다는 내용의 사실확인서를 작성해준 사실, ○○군 ○○면사무소의 이 사건 각 토지에 대한 농지정보조회상 쌀소득보전신청인이 2006년 및 2007년에는 이○석과 박○순이 신청한 것으로 기재되어 있는 사실이 인정되는바, 이러한 사실을 종합해 보면, 원고는 이 사건 기존 토지를 자경하지 않았다고 봄이 상당하고, 이에 반하는 갑6호증, 갑9호증의 1의 각 기재, 증인 배○한, 이○석의 각 일부 증언은 믿지 아니하며, 갑7호증의 1, 2, 갑8호증의 1 내지 4의 기재만으로 이와 달리 보기 어렵다. ㈑ 이상의 사정을 종합하면, 원고의 경우 비과세 양도소득 요건인 "종전의 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 경작한 경우"에 해당한다 할 수 없고, 설령 원고가 그 주장처럼 2006. 10.경부터 이 사건 각 토지를 자경해왔고, 그것이 종전 임차 경작자로부터 위 토지를 제때 인도받지 못하여 부득이 그렇게 된 것이라 하더라도 위 비과세 양도소득요건에 해당하는 것으로 보아줄 수는 없다. ㈒ 따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ⑵ 위 가.⑵항 주장 부분 ㈎ 위 ⑴㈎항 기재 관계 법령의 내용에다가, 위 ⑴㈏항 기재 법리에 비추어, 이 사건 각 토지가 법 제89조 4호, 법 시행령 제153조 제2항의 농지의 대토요건에 해당할 경우 이사건 각 토지에 대응하는 ○○시 ○○동 ○○○-○ 과수원 15,978㎡에 대한 양도소득세가 비과세되는 것이고, 그러한 양도소득세 부과에 행정청의 재량이 개입할 여지는 없다. ㈏ 따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.