일괄양도시 양도가액을 각 필지별 기준시가비율로 안분계산한 것이 정당한지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007.1.10. 원고에 대하여 한 양도소득세 35,756,074원, 주민세 3,575,600원의 부과처분을 취소한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증의 1, 2, 갑2호의 2, 3, 갑6호증의 1 내지 13, 을1호증의 각 기재에 변론의 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

• 가. 원고는 1996. 7.경 이전에 별지 목록 기재 1 내지 4항 토지(이하 '자경농지'라 한다)를 취득하여 경작하는 한편, 2005.8.18. 별지 목록 기재 5 내지 11항 토지(이하 '낙찰농지'라 한다)를 경매절차를 통하여 낙찰받았다.
• 나. 원고는 2005.9.1. 위 자경농지, 낙찰농지와 함께 원고의 처 소유인 별지 목록 기재 12, 13항 토지(이하 '처 소유 농지'라 한다)를 모두 이○○, 서○○ 정○○(이하 '이○○ 등'이라 한다)에게 2005.8.16. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 그 후 원고는 2005.11.30.경 피고에게 위 자경농지 및 낙찰농지에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서, 위 자경농지 및 낙찰농지의 실지거래가액은 그 전체 매매대금인 274,000,000원으로 하고, 그 양도가액은 자경농지의 경우 기준시가로, 낙찰농지의 경우 필지별로 가액 구분을 하지 아니하고, 위 실지거래가액을 각 필지별 기준시가비율로 안분하여 계산한 금액으로 산정하는 한편, 그 실지거래가액에 관한 증빙서류로 매매계약서(갑2호증의 5, 6, 7)를 제출하였다.
• 라. 그런데, 피고는 위 나.항의 자경농지, 낙찰농지, 처 소유 농지(이하 '이 사건 매매 농지'라 한다) 매도에 대하여 실지조사한 결과 그 전체 매매대금이 385,000,000원이고, 필지별로 구분되어 산정되지 않았다고 하여, 자경농지의 경우 조세특례제한법 제69조 제1항 에 따라 양도소득세를 감면하는 한편, 낙찰농지의 경우 소득세법 제100조 제2항 에 따라 실지거래가액을 각 필지별 기준시가비율로 안분하여 계산한 금액 합계 250,458,812원으로 양도가액을 산정하여, 2007.1.10. 원고에게 위 자경농지와 낙찰농지의 양도에 관하여 양도소득세 35,756,074원, 주민세 3,575,600원을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

• 가. 원고의 주장 원고의 주장 요지는, 이 사건 매매농지는 전체 매매대금 385,000,000원에 서○○ 등에게 매도된 것으로서, 낙찰농지의 경우 그 낙찰대금 180,000,000원 그대로, 자경농지를 포함한 나머지 농지의 경우 과수원은 평당 100,000원, 답은 32,000원으로 하여 위 전체 매매대금이 정해진 것(낙찰농지 대금 180,000,000원 + 나머지 농지 중 과수원 1,851평 합계 185,100,000원 + 답 633평 합계 20,256,000원 = 385,356,000원, 그 중 356,000원 감액)이므로, 이와 같은 경우에는 매매농지 별로 가액 구분이 불분명한 것으로 볼 수 없음에도 불구하고, 이와 달리 피고는 소득세법 제100조 제2항 에 의하여 토지의 가액이 불분명한 때에 해당한다고 보아 전체 매매대금을 각 필지별 기준시가비율로 안분한 후 이에 따라 낙찰농지의 양도가액을 산출하는 방법으로 양도소득세 감면대상인 자경농지와 양도차익이 없는 낙찰농지에 대하여 양도소득세를 부과하였으니, 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하므로 취소되어야 한다는 것이다.
• 나. 관계법령 (1) 소득세법 제100조 제1항 에는, 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다고 규정하고 있고, 그 제2항에는, 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하고, 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다. (2) 소득세법 시행령 제166조 제6항 에는, 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호에는, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.
• 다. 인정사실 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑2호증의 4 내지 7, 갑3호증의 3 내지 9, 을5호증, 을6호증의 각 기재 및 증인 배○○의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

(1) 원고는 2005.7.11. 낙찰농지를 179,777,776원에 낙찰받았다.

(2) 원고는 2005.7.27. 서○○ 등에게 이 사건 매매 농지 전체를 매도하는 계약을 체결하면서 농지별로 각 매매대금을 구분하여 정하지 아니하고 전체 매매대금을 385,000,000원으로 하고, 계약금 50,000,000원은 계약시 지급하며, 잔금 335,000,000원 2005.8.25. 지급하되, 처 소유 농지는 원고가 대리하여 매매계약을 하고, 낙찰농지에 대하여는 원고가 낙찰받아 매수인에게 이전등기한다는 취지의 매매계약서(갑2호증의 4)를 작성하였다.

(3) 이에 따라 서○○ 등은 원고에게 매매대금으로 2005.7.27. 37,000,000원 2005.8.18. 172,000,000원, 2005.8.26. 50,000,000원, 2005.9.1. 60,000,000원, 2005.9.12. 5,000,000원, 2005.9.13. 47,860,000원을 지급하고, 나머지 대금 13,140,000원도 소유권이전등기 후에 모두 산정하였다.

(4) 원고는 위 매매계약 체결 후 2005.8.16.경 중개인인 배○○와의 합의하에 자경농지와 낙찰농지에 대한 별도의 검인용 매매계약서(갑2호증의 5, 6, 7)를 작성하였는데, 위 매매계약서에는 별지 목록 기재 1 내지 10항 토지의 경우 매도인 원고, 매수인 이○○, 서○○, 매매대금을 필지별로 구분하여 정하지 아니하고 일괄하여 매매대금을 244,000,000원으로, 별지 목록 기재 11항 토지의 경우 매도인 하고, 매수인 정○○, 매매대금 30,000,000원으로 한다고 기재되어 있다.

(5) 한편, 원고는 위 1.다.항에서 본 바와 같이 자경농지 및 낙찰농지에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 그 실지거래가액에 관한 증빙서류로 위 검인용 매매계약서를 제출하였다.

• 라. 판단

(1) 먼저, 원고의 주장 내용 및 위 다.항 인정사실에 의하면, 이 사건 매매 농지 양도가액은 실제 매매대금인 385,000,000원임을 알 수 있다.

(2) 다음, 이 사건의 쟁점, 즉 이 사건 매매 농지의 양도가액이 필지별 또는 낙찰농지, 자경농지 및 처 소유 농지별로 구분되어 있는지(적어도 낙찰농지가 자경농지나 처 소유 농지와 구분되어 있는지)에 관하여 보면, 위 다.항 인정사실 및 이 사건 변론에 나타난 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 매매 농지의 실제 매매대금은 385,000,000원 인데, 원고 제출의 어떤 계약서에도 필지별 혹은 자경농지, 낙찰농지, 처 소유 농지별로 구분, 산정되어 매매대금이 기재되어 있지 않음은 물론 평당 얼마의 가격에 매매되었는지 조차도 나타나지 않은 채 전체 매매대금만 기재되어 있는 점, 이와 같은 상태에서 원고는 위 1.다.항의 양도소득예정신고 당시 자경농지와 낙찰농지의 매매대금을 274,000,000원으로 신고하면서 그 스스로 낙찰농지의 경우 필지별로 가액을 구분하지 아니하고 위 신고실지거래가액을 각 필지별 기준시가비율로 안분하여 그 양도가액을 산정한 점, 원고는 낙찰농지를 제외한 나머지 농지에 대하여 과수원은 평당 100,000원 답은 평당 32,000원으로 산정하여 양도하였다는 것이나, 중개인 배○○의 진술 내용(자경농지와 낙찰농지의 매매대금은 평당 55,000원 정도)에 비추어 그대로 믿기도 어렵거니와 그렇다 하더라도 이 사건 매매 농지가 필지별로 그 가액이 구분되어 매매된 것으로 보기 어려운 점, 낙찰농지에 대한 원고 주장의 양도가액이 실지 양도가액으로 볼 만한 자료가 없는 점(원고 주장의 평당 가격으로 낙찰농지의 대금을 계산하더라도, 그 대금이 1억 5,400만원 정도되어 그 낙찰가격 1억 8,000원 정도에 훨씬 못미치는 것으로 나타난다) 등을 종합하면, 이 사건 매매 농지는 자경농지, 낙찰농지, 처 소유 농지의 구분이나 그 필지별 구분 없이 일괄하여 매매대금 385,000,000원에 매매된 것으로 봄이 타당하고, 원고 주장에 부합하는 취지의 갑3호증의 3 내지 9, 갑4호증의 2 내지 29의 각 기재 및 증인 배○○의 일부 증언만으로는 이와 달리 보기에 부족하다.

(3) 이상의 사정을 종합하면, 이 사건 매매 농지의 양도는 소득세법 제100조 제2항 이 정한 토지들의 가액의 구분이 불분명한 때에 해당하므로, 낙찰농지의 양도가액을 이 사건 매매농지의 실지거래가액에 의하여 각 필지별 기준시가비율로 안분계산하여 산정한 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.