감염성폐기물 처리업의 허가를 받지 않고 제공한 처리용역의 면세용역 해당 여부

1. 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 1. 2. 원고에 대하여 2000년 제2기 부가가치세 11,824,110원, 2001년 제1기분 부가가치세 7,808,110원, 2001년 제2기분 부가가치세 23,033,670원, 2002년 제1기분 부가가치세 7,428,920원, 2002년 제2기분 부가가치세 32,383,740원, 2003년 제1기분 부가가치세 21,707,440원, 2003년 제2기분 부가가치세 24,093,660원, 2004년 제1기분 부가가치세 18.356.290원, 2004년 제2기분 부가가치세 16,795,600원, 2005년 제1기분 부가가치세 19,948,280원, 2005년 제2기분 부가가치세 17,099,500원을 부과한 처분을 취소한다.

원고는 ΟΟΟ도 ΟΟ시에서 개원 또는 근무하고 있는 의사 및 기타 회원들 사이에 의도의 앙양, 의학의술의 발전보급, 국민보건의 향상 및 의원의 옹호를 목적으로 설립된 법인인바, 원고는 2000. 5. 원고에 소속된 병‧의원에서 발생하는 감염성폐기물을 공동으로 수집‧운반하기 위하여 폐기물관리법 제25조 제6항 에 따라 공동운영기구를 구성한 후 피고로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인에 대한 고유번호증과 사업장 폐기물배출자신고필증을 교부받아 그 무렵부터 감염성폐기물 수집‧운반업(‘이 사건 용역’이라고 한다)을 영위하고 병원으로부터 지급받은 수입금 합계 1,207,907,000원을 부가가치세 면세수입금액으로 신고하였음에 대하여, 피고는 2007. 1. 2. 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상에 해당되지 않는다는 이유로 원고에게 청구취지 기재 부가가치세를 부과하는 처분(‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

원고는, ① 이 사건 용역은 부가가치세법 제12조, 그 시행령 제29조 제1호, 제11호에서 규정한 부가가치세 면세사업인 “의사‧치과의사‧한의사‧조산사 또는 간호사가 제공하는 용역”에 해당하거나 “ 폐기물관리법 제26조 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집‧운반 및 처리용역”에 해당하고, ② 피고는 2000. 6. 1. 원고에게 고유번호증을 교부한 이래 이 사건 처분을 하기 전까지 이 사건 용역에 대하여 부가가치세 면세사업으로 간주하였고, 이 사건 처분 이후인 2007. 3. 15.에는 원고에게 면세법인 사업자등록증을 교부하였을 뿐만 아니라 ΟΟ세무서장은 원고와 유사한 용역을 제공하는 ΟΟΟΟ의사회에 대하여 면세법인 사업자등록증을 교부하고 부가가치세를 면제하고 있는 점 등을 비추어 보면, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위반된 처분이거나 소급과세에 해당하여 위법하므로 취소되어야 한다는 취지로 주장한다.

살피건대, 관련 법령은 별지와 같고, ① 부가가치세법 제12조 제4호 는 의료보건용역으로서 대통령령으로 정하는 재화나 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하는데, 부가가치세법 시행령 제29조 는 그 의료보건용역의 범위에 관하여 의료법에서 규정하는 의사‧치과의사‧한의사‧조산사 또는 간호사가 제공하는 용역(1호)과 폐기물관리법 제26조 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집‧운반 및 처리용역과 부가가치세법 제30조 의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역(제11호)을 말한다고 규정하고 있고, 폐기물관리법 제26조 는 지정폐기물인 감염성폐기물에 대하여 폐기물처리업을 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 환경부장관에게 제출한 후 환경부장관으로부터 적합통보를 받아 환경부령이 정하는 기준에 의한 시설‧장비 및 기술능력을 갖추어 환경부장관의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있는바, 이 사건 용역 자체가 부가가치세법 시행령 제29호 제1호 에서 규정한 “의사‧치과의사‧한의사‧조산사 또는 간호사가 제공하는 용역” 자체에 해당하지 않음은 분명하고, 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 는 “생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자”에 한하여 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있는데, 원고가 폐기물관리법 등 관련 규정에 따라 환경부장관으로부터 폐기물처리업에 관한 허가를 받지 않았음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 원고가 사실상 허가받은 폐기물처리업자와 동일하게 관련 법령을 준수하는 등 엄격한 규제를 받아 왔다는 점만으로 원고가 제공한 이 사건 용역이 부가가치세 면세사업에 해당한다고 볼 수는 없고, ② 갑 제13호증, 을 제5호증의 6의 기재에 따르면, 피고가 2007. 3. 15. 원고의 신청에 따라 면세법인 사업자등록증을 원고에게 교부한 사실은 인정되나, 부가가치세법상 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보케 하려는 데 그 입법취지가 있는 것으로서, 사업자가 소관 세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하고 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것이므로 피고가 납세의무자인 원고에게 면세법인 사업자등록증을 교부하였다고 하더라고 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 않겠다는 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수는 없고, 이 사건 용역이 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하지 않는 이상 과세관청이 원고를 포함하여 원고와 유사한 용역을 제공하는 다른 사업자에 대하여 부가가치세를 부과하지 않았다는 점만으로 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 면제하겠다는 과세관청의 비과세관행이 성립되었다고 볼 수도 없으므로 원고의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.

부가가치세법 제5조 (등록)

① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다. 제7조 (용역의 공급)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화‧시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 제12조 (면세)

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

⑤ 제1항과 제2항에서 규정하는 재화 또는 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부가가치세법 시행령 제7조 (등록신청과 등록증교부)

① 법 제5조제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일

③ 제1항의 신청을 받은 세무서장은 사업자의 인적사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록증을 신청일부터 7일내에 신청자에게 교부하여야 한다. 다만, 사업장시설이나 사업현황을 확인하기 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 교부기한을 7일에 한하여 연장하고 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 교부할 수 있다.

④ 사업자가 법 제5조제1항의 규정에 의하여 등록을 하지 아니하는 경우에는 관할세무서장이 조사하여 등록시킬 수 있다.

⑤ 법 제5조제1항 단서의 규정에 의하여 사업자등록의 신청을 받은 세무서장은 신청자가 사업을 사실상 개시하지 아니할 것이라고 인정되는 때에는 등록을 거부할 수 있다.

⑧ ｢소득세법｣ 제168조 및 ｢법인세법｣ 제111조 의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다. 제11조 (등록정정)

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록정정신고서에 사업자등록증 및 임차한 상가건물의 해당 부분의 도면(제8호에 해당하는 경우로서 임대차의 목적물 또는 그 면적의 변경이 있거나 ｢상가건물 임대차보호법｣ 제2조제1항 에 따른 상가건물의 일부분을 새로이 임차하는 경우에 한한다)을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 단서 생략

4. 사업의 종류에 변동이 있는 때

② 제1항의 신고를 받은 세무서장은 다음 각호의 기한내에 정정내용을 확인하고 사업자등록증의 기재사항을 정정하여 재교부하여야 한다. 제29조 (의료보건용역의 범위) 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(｢의료법｣ 또는 ｢수의사법｣의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. 의료법에 규정하는 의사‧치과의사‧한의사‧조산사 또는 간호사가 제공하는 용역

11. 폐기물관리법 제26조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집‧운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 폐기물관리법 (2007. 4. 11. 법률 제8371호로 전문 개정되기 전의 것)

1. “폐기물”이라 함은 쓰레기‧연소재‧오니‧폐유‧폐산‧폐알카리‧동물의 사체 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질을 말한다.

3. “사업장폐기물”이라 함은 대기환경보전법‧수질 환경보전법 또는 소음‧진동규제법의 규정에 의하여 배출시설을 설치‧운영하는 사업장 기타 대통령령이 정하는 사업장에서 발생되는 폐기물을 말한다.

4. “지정폐기물”이라 함은 사업장폐기물중 폐유‧폐산등 주변환경을 오염시킬 수 있거나 감염성폐기물 등 인체에 위해를 줄 수 있는 유해한 물질로서 대통령령이 정하는 폐기물을 말한다. 4의2. “감염성폐기물”이라 함은 지정폐기물중 인체조직 등 적출물, 탈지면, 실험동물의 사체 등 의료기관이나 시험‧검사기관등에서 배출되는 인체에 위해를 줄 수 있는 물질로서 대통령령이 정하는 폐기물을 말한다. 제25조 (사업장폐기물의 처리)

① 사업장폐기물배출자는 그의 사업장에서 발생하는 폐기물을 스스로 처리하거나 제26조의 제3항의 규정에 의한 폐기물처리업의 허가를 받은 자, 제44조의2의 규정에 의하여 다른 사람의 폐기물을 재활용하는 자, 제4조 또는 제5조의 규정에 의한 폐기물처리시설을 설치‧운영하는 자 또는 해양오염방지법 제18조 의 규정에 의하여 폐기물해양배출업의 등록을 한 자에게 위탁하여 처리하여야 한다.

⑥ 환경부령이 정하는 2 이상의 사업장폐기물배출자는 각각의 사업장에서 발생되는 폐기물을 환경부령이 정하는 바에 따라 공동으로 수집‧운반 또는 처리할 수 있다. 이 경우 사업장폐기물배출자는 공동운영기구를 설치하고 그 중 1인을 공동운영기구의 대표자로 선정하여야 하며, 폐기물처리시설을 공동으로 설치‧운영할 수 있다. 제26조 (폐기물처리업)

① 폐기물의 수집‧운반 또는 처리를 업(이하 “폐기물처리업”이라 한다)으로 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시‧도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

② 환경부장관 또는 시‧도지사는 제1항의 규정에 의하여 제출된 폐기물처리사업계획서를 검토하여 그 적합 여부를 폐기물처리사업계획서를 제출한 자에게 통보하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 적합통보를 받은 자는 환경부령이 정하는 기준에 의한 시설‧장비 및 기술능력을 갖추어 업종별로 시‧도지사의 허락을 받아야 한다. 다만, 지정폐기물을 대상으로 하여 폐기물처리업을 하고자 하는 자는 환경부장관의 허가를 받아야 한다.

④ 폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.

1. 폐기물수집‧운반업 폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업 제30조 (폐기물처리시설의 설치)

① 폐기물처리시설은 환경부령이 정하는 기준에 적합하게 설치하여야 하되, 환경부령이 정하는 규모 미만의 폐기물소각시설은 이를 설치‧운영하여서는 아니된다.

② 제26조제3항의 규정에 의한 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받고자 하는 자 외의 자가 폐기물처리시설을 설치하고자 하는 경우에는 환경부장관의 승인을 얻어야 한다. 다만, 제1호의 폐기물처리시설을 설치하는 경우를 제외하며, 제2호의 폐기물처리시설을 설치하는 경우에는 환경부장관에게 신고하여야 한다.

1. 학교‧연구기관등 환경부령이 정하는 자가 환경부령이 정하는 바에 따라 시험‧연구목적으로 설치‧운영하는 폐기물처리시설

2. 환경부령이 정하는 규모의 폐기물처리시설 (끝)