3. 차기이월결손금
처리 전 결손금에서 결손금처리액을 차감한 금액으로 한다.
1. 사실관계
(1) 청구법인이 제출한 연구및인력개발준비금 환입관련 보정자료에 의하면 동 준비금의 손금산입 및 사용내역은 아래와 같으며, 이에 대하여는 다툼이 없다. (표 생략)
(2) 청구법인이 제출한 연구및인력개발준비금 환입관련 보정자료에 의하면 동 준비금의 환입내역은 아래와 같으며, 이에 대하여는 다툼이 없다. (표 생략) (3) 처분청의 의견서에 의하면 청구법인의 이익잉여금처분(결손금처리) 계산서 내역은 아래와 같으며, 2002.03사업연도에 기술개발준비금의 적립금 8,133,333천원을 결손금에 보전하고, 이후 최초로 처분가능이익 이 발생한 2004.03사업연도에 미 환입 준비금상당액을 다시 적립하지 않은 사실에 대하여는 다툼이 없다. (표 생략)
(4) 처분청 기획분석검토결과 보고서에 의하면 쟁점준비금과 관련하여 2006.06.28. 법인세 경정 시 당초 2001.03사업연도 준비금 상당액 전액인 1,000백만원을 손금불산입하였으나, 국세청 예규(서면2팀-2036, 2004.10.05.)에 의하여 최초로 처분가능이익이 발생한 2004.03사업연도에 익금산입 한 333백만원은 적립금 적립과 처분이 동시에 이루어진 것으로 보아 이를 제외하고, 미환입 준비금상당액인 666백만원을 손금불산입하여 2006.08.11. 재 경정한 사실이 확인된다.
(5) 이 건과 관련하여 처분청이 국세청에 자문신청 하여 회보된 공문(법규과-○○○○)에 의하면 ‘ 조세특례제한법 제9조 의 규정에 의한 연구 및 인력개발준비금(이하 ‘준비금’이라 함)을 법인세법 제61조 의 규정에 의하여 손금에 산입하고 당해 사업연도의 이익처분 시 당해 준비금의 적립금을 적립한 법인이, 동 준비금 상당액을 조세특례제한법 시행령 제8조 제3항 의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 소요된 금액에 상당하는 준비금을 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 에 따라 익금에 산입하기 전에 결손금에 보전한 경우에는 동 미환입 준비금 상당액을 결손금 보전 이후 최초로 처분가능이익이 발생한 사업연도에 다시 준비금으로 적립하여야 하는 것이며, 처분가능 이익이 있음에도 미환입 준비금 상당액을 재 적립하지 아니한 경우에는 법인이 당초 준비금을 손금에 산입한 사업연도에 당해 미환입 준비금 상당액을 세무상 손금불산입하는 것이다. 또한, 상기의 내용에 따라 경정하는 법인세의 국세기본법 시행령 제12조 의 3의 규정에 의한 국세부과 제척기간의 기산일은 같은 조 제2항 제3호의 규정에 따라 처분가능 이익이 발생한 사업연도의 잉여금처분일의 다음날로 보는 것’으로 기재되어 있다. (6) 준비금사후관리 검토보고서에 의하면 쟁점준비금을 결손금 보전에 충당 후 최초로 처분가능이익 1,032백만원이 발생한 2004.03사업연도에 동 준비금 상당액을 다시 적립하여야 하나, 다시 적립하지 않고 배당 등 처분한 것으로 확인된다.
(7) 법인세경정결의서에 의하면 처분청은 이 건과 관련하여 법인세 186,667천원, 가산세 105,123천원(과소신고 37,176천원, 미납부 67,947천원)을 추가로 경정하여 고지한 사실이 확인된다.
2. 판 단
(1) 국세청 예규(서면2팀-2036, 2004.10.05)에 의하여 쟁점준비금 적립금의 재 적립 의무를 부여한 처분의 당부 청구법인은 정당하게 적립한 쟁점준비금의 적립을 기업회계기준에 의하여 결손금에 보전하였으나, 처분청이 국세청 예규에 의하여 적립의무를 다시 부여하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법 제9조 제1항 의 규정에 의하여 준비금을 손금에 산입하고 당해 사업연도 이익처분시 동 준비금의 적립금을 적립한 법인이 같은 법 같은 조 제2항의 규정에 의한 익금산입시기가 도래하기 전에 기업회계기준 제78조 제2호의 규정에 따라 동 준비금을 결손금에 보전한 경우 법인세법 시행령 제98조 제1항 의 규정에 의한 적립금의 기한전 처분으로 보지 아니하는 것이나, 그 후 최초로 처분가능이익이 발생한 사업연도의 이익처분시 동 준비금에 상당하는 적립금을 다시 적립하여야 하는 것이다(서면2팀-439, 2006.02.28. 같은 뜻). 그러나 청구법인은 준비금의 적립금을 2002.03사업연도 결손금 보전에 충당한 후 최초로 처분가능이익이 발생한 2004.03사업연도에 이를 재 적립하지 않고 소액주주에게 배당하여 사외유출 시켰다. 따라서 국세청 예규(서면2팀-2036, 2004.10.05)에 의하여 준비금 적립금의 재 적립의무를 부여하여 법인세를 과세한 것은 국세기본법 제18조 에 의한 세법해석의 기준을 확대 해석한 것으로 부당하다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 쟁점준비금과 관련하여 법인세 경정 시 가산세를 부과한 처분의 당부 가산세는 의무불이행에 대한 행정상의 제재로 납세자에게 귀책사유가 있다고 인정되는 경우에 부과하는 것으로 이 건과 같이 법인세법에 준비금을 재설정하라는 규정이 없고, 단지 예규에 의해서만 준비금을 재설정하라고 되어 있으며, 조세특례제한법에 의거 설정과 사용의무를 이행한 청구법인에게 귀책사유가 있다고 볼 수 없으므로 가산세 부과는 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다. 가산세라 함은 세법에서 규정하고 있는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 규정하는 의무를 위반한 자로부터 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 부과 징수하는 금액을 말하며, 일종의 행정상 제재로서 세금을 기한 내 성실하게 신고․납부하여 납세자의 귀책사유가 없다고 인정되는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는 것이며(법인46012-2132, 1996.07.27.), 외부회계감사 대상 법인이 손금산입 한 준비금을 익금산입 전에 적립금을 처분함으로써 그 준비금을 손금불산입 하는 경우 중과소신고가산세가 적용되는 것이다(법인22601-719, 1988.03.12.). 또한 조세특례제한법 제9조 와 법인세법 제61조 제1항 및 같은 법 시행령 제98조 제1항에 의한 규정은 일반적으로 납세자에게 알려져 있고 받아들여진 법 규정으로 납세의무자가 그 의미를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있다. 그리고 처분청이 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 법인세를 부과하기 전까지 청구법인이 수정신고 등을 통하여 자진납부 할 기회가 있었음에도 이를 이행하지 않았으며, 쟁점준비금의 적립금을 결손금 보전 후 최초 처분가능 이익이 발생한 2004.03사업연도에 이를 재 적립하지 않고 배당 등을 통하여 사외에 유출한 사실로 미루어 납세자에게 귀책사유가 없다고 볼 수 없으므로 법인세 경정시 가산세(과소신고 및 미납부)를 부과한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. (3) 국세부과제척기간 기산일을 ‘최초 처분가능이익이 발생한 사업연도의 잉여금처분일의 다음날’로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부 국세기본법 제12조 의 3 제2항 제3호에 의한 국세부과 제척기간의 기산일인 ‘추징사유가 발생한 날’은 세액공제 등을 하면서 세법상 사후관리 규정이 있는 경우의 것으로 한정 해석하여야 하며, 법인세법 제61조 에서 신고조정 손금산입액의 사후관리규정을 명백하게 대통령령에 위임 또는 규정하지 않은 상태에서 재 적립의무를 사후관리 하여 부과제척기간의 기산일을 연장하는 것은 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다. 국세기본법 시행령 제12조 의 3【부과제척기간의 기산일】에 의하면 ‘공제 또는 면제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액)을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날’이라고 되어있다. 그러므로 이 건과 관련된 국세를 징수할 사유가 발생한 날을 검토하면 조세특례제한법에 규정된 ‘연구 및 인력개발준비금’은 당해 준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 종료일까지 목적에 맞게 지출하여야 하고, 동 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해사업연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입하도록 되어있다. 그러므로 청구법인은 쟁점준비금의 적립금을 손금에 산입한 2001.03사업연도에 법인세를 경감 받았고, 그 이후에 준비금 재적립 의무를 이행하지 아니하여 위 조항에 부합하므로 ‘처분가능이익이 발생한 사업연도의 잉여금처분일의 다음 날’을 국세를 징수할 사유가 발생한 날로 보아 국세부과 제척기간 기산일을 계산한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. (4) 쟁점준비금을 2001.03사업연도를 귀속시기로 하여 손금불산입한 처분의 당부 쟁점준비금과 관련하여 기간의 인식기준을 국세부과 제척기간의 기산일은 ‘당해 사유가 발생한 날’이 속하는 사업연도의 법인세 신고기한 종료일로 하고, 손금불산입은 ‘당초 손금에 산입한 사업연도’로 하는 것은 지나치게 과세관청에 유리하도록 해석한 것이며, 예규에 의해 쟁점준비금을 결손에 보전한 것이 임의환입이 아니라면 임의환입과는 다르게 당해 사유가 발생한 사업연도에 손금불산입 하여야 한다는 주장에 대하여 살펴본다. 법인세법 시행령 제98조 제1항 에 의거 손금에 산입한 준비금의 익 금산입 전에 그 적립금을 처분한 경우에 당해 적립금에 상당하는 준비금은 이를 손금에 산입한 것으로 보지 아니하므로 당연히 당초에 손금으로 계상한 사업연도에 손금불산입 하는 것으로 보인다. 또한 조세특례제한법 제9조 제3항 의 경우는 사업을 폐지하거나 해산한 법 인이 적립금의 적정 적립, 연구개발비 적정 사용 등 모든 의무를 다한 후의 준비금을 익금산입 완료하기 전에 폐업 등의 사유로 계속 익금에 산입하지 못할 때 일시에 강제 환입하는 경우이고, 쟁점준비금의 적립금을 익금산입 전에 처분한 경우와 그 의미를 같이하여 그 귀속시기를 동일한 경우로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. 따라서 법인세법 시행령 제98조 제1항 에 의거 ‘ 당초에 손금으로 계 상한 사업연도’에 손금불산입 하여 법인세를 부과한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.