국가나 지방자치단체로부터 위탁받은 사업의 부가가치세 면제 여부는 사업자의 책임과 계산에 따라 판단함
국가나 지방자치단체로부터 위탁받은 사업의 부가가치세 면제 여부는 사업자의 책임과 계산에 따라 판단함
이건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.
청구법인은 수도권지역에서 발생하는 폐기물의 처리와 자원화를 촉진하고, 주변지역주민의 쾌적한 생활환경의 조성에 기여함을 목적으로 2000. 7.12. 설립한 비영리 공익법인으로, “수도권매립지 사업지구 내 쇄석골재 자체확보 사업 계약”에 의거 청구법인이 폐기물매립장 기반공사 중 발견된 암반원석을 쇄석파쇄업을 영위하고 있는 (주)○○공영(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 채굴하게 하여 청구법인의 규격에 맞게 쇄석골재를 납품받기로 계약을 체결하였고, 납품받은 쇄석골재 대금은 청구법인이 공급한 원석금액으로 환산하여 상계처리 하였다.
○○지방국세청은 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 2001～2004년까지 청구법인에게 납품한 쇄석골재대금 6,006,695천원(공급대가)을 매출누락 하였다 하여 부가가치세․법인세 결정 후 서인천세무서(이하 “처분청”이라 한다)로 청구법인에 대한 자료를 파생시켰고 이에 처분청은 청구법인이 청구외법인에게 공급한 암반원석 4,107,733천원(공급대가, 이하 “쟁점재화”라 한다)을 부가가치세법 제6조 제1항 및 동법 시행령 제14조 제1항의 3에 의거 교환계약에 의하여 재화를 인도하는 것으로 보아 2006. 2. 2. 2001. 1기～2004. 2기까지 부가가치세 총 594,533,170원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.12.27. ○○세무서 과세전적부심사청구를 거쳐(20 06. 1.26. “불채택” 통지함) 2006. 4.27. 이 건 이의신청을 제기하였다.
(1) 청구법인은 매립지부지가 청구법인의 소유가 아닌 공유수면매립면허를 가지고 있는 ○○시와 환경관리공단의 소유(○○시 37,314,500: 국가 15,000,000)인 바, 매립장 기반공사시 발견된 쟁점재화의 소유자는 국가와 지방자치단체이므로 쟁점재화의 처분에 대하여 청구법인이 재화의 공급자가 아니다. 즉, 암반원석과 쇄석골재의 교환은 국가 및 지방자치단체가 공급하는 재화이다.
(2) 청구법인은 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률(이하 “공사법”이라 한다)에 의하여 매립업무를 총괄하고 있고, 매립지에서 발견된 암반은 매립업무에 필요한 골재로 전부 교환되어 전량 매립업무에 사용하였기 때문에 반입수수료 및 분담금원가가 절감되어 지방자체단체가 부담해야하는 반입수수료 및 분담금이 줄었으므로 쟁점재화 처분이익은 국가 및 지방자치단체에 완전 귀속되었다.
○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. (이하생략)
○ 부가가치세법 시행령 제14조 【재화공급의 범위】
① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 현금판매ㆍ외상판매ㆍ할부판매ㆍ장기할부판매ㆍ조건부 및 기한부판매ㆍ위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것
2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화에 공작을 가하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 의하여 재화를 인도하는 것
3. 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것
4. 공매ㆍ경매ㆍ수용ㆍ현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것 (이하생략)
○ 부가가치세법 제12조 【면 세】
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (1～15호 생략)
16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
18. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
○ 부가가치세법 시행령 제38조 【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】 법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 용역을 제외한 것을 말한다.
1. 우정사업운영에 관한 특례법에 의한 우정사업조직이 우편법 제15조 제1항 에 규정된 부가우편역무중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역
2. 고속철도건설촉진법에 규정하는 고속철도에 의한 여객운송용역
○ 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률 부칙 (2000. 1.21. 법률 제6200호) 제3조 【권리ㆍ의무의 승계】 이 법 시행당시 지방자치법 제149조 의 규정에 의하여 설립된 수도권매립지운영관리조합과 환경관리공단법에 의하여 설립된 환경관리공단에 속하는 수도권매립지의 설치ㆍ운영에 관한 권리ㆍ의무는 공사가 이를 포괄승계한다
○ 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률 제19조 【사업】
① 공사는 다음 각호의 사업을 행한다.
1. 수도권매립지에 반입되는 폐기물의 처리 2.폐기물관리법제2조 제7호의 규정에 따른 폐기물처리시설 및 이에 부속되는 시설의 설치ㆍ관리
3. 폐기물을 자원화하기 위한 시설의 설치 및 운영
4. 주민지원기금의 조성 및 주변영향지역의 지원
6. 수도권매립지 및 주변지역의 환경관리
8. 복토용 토사의 확보를 위한 토취장의 개발 및 운영
10. 수도권매립지 안의도시공원 및 녹지 등에 관한 법률제2조 제4호의 규정에 따른 공원시설,체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률제2조 제1호의 규정에 따른 체육시설,문화예술진흥법제2조 제1항 제3호의 규정에 따른 문화시설 등의 설치 및 운영
11. 기타 수도권매립지의 설치ㆍ관리와 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무
12. 제1호 내지 제11호의 사업을 위한 조사ㆍ연구, 설계, 책임감리, 환경오염물질의 측정ㆍ분석 및 기술지원 등 부대되는 업무
② 공사는 제1항 각 호의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우 환경부장관의 승인을 얻어 제1항 각 호의 사업과 관련된 사업에 출자하거나 출연할 수 있다.
③ 공사는 환경부장관의 승인을 얻어 제1항 각 호의 사업을 위탁할 수 있다.
④ 제2항의 규정에 따른 출자 또는 출연에 대하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률 제24조 【운영위원회】
① 이사회의 의결에 앞서 제19조의 규정에 의한 사업에 관한 중요사항을 심의하기 위하여 공사에 운영위원회(이하 "위원회"라 한다)를 둔다.
② 위원회는 위원장과 위원으로 구성한다.
③ 위원장은 공사의 사장이 되며, 위원은 다음 각호의 자를 환경부장관이 위촉한다.
1. 환경부장관이 추천하는 관계공무원 1인
2. 시ㆍ도지사가 추천하는 관계공무원 각 2인
3. 수도권매립지 주변지역의 주민이 추천하는 주민대표 6인
4. 환경부장관 및 수도권매립지 주변지역의 주민대표가 추천하는 관련전문가 각 1인과 시ㆍ도지사가 추천하는 관련전문가 1인
④ 위원의 추천을 받은 환경부장관은 특별한 사유가 없는 한 위촉을 거부할 수 없다.
⑤ 위원은 비상근으로 한다.
⑥ 위원의 임기는 2년으로 하되 연임할 수 있다. 다만, 공무원인 위원의 경우에는 그 직에 재임하는 기간으로 한다. (2005.12.29. 개정)
⑦ 위원회는 다음 각호의 사항을 심의한다.
1. 수도권매립지에 반입되는 폐기물에 대한 반입수수료
2. 수도권매립지에 반입되는 폐기물의 종류, 반입량, 반입기준 및 반입대상 구역
3. 수도권매립지 주변환경 보전을 위한 시설물의 설치 및 지원에 관한 사항
4. 기타 공사의 사장이 심의가 필요하다고 인정하여 부의하는 사항
⑧ 위원회의 운영에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률 제26조 【사업계획 등의 승인】 공사는 대통령령이 정하는 바에 따라 매사업연도의 사업계획 및 예산안을 작성하여 환경부장관의 승인을 얻어야 한다. 이를 변경하고자 할 때에도 또한 같다.
○ 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률 제28조 【업무의 지도ㆍ감독】
① 환경부장관은 공사의 업무를 지도ㆍ감독한다.
② 환경부장관은 공사에 대하여 그 업무ㆍ회계 및 재산에 관하여 필요한 사항을 보고하게 하거나 소속공무원으로 하여금 공사의 장부ㆍ서류 및 기타 물건을 검사하게 할 수 있다.
○ 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률 제5조 【수도권매립지환경관리계획】
① 제7조의 규정에 의한 공사는 2년마다 다음 각호의 사항을 포함하는 수도권매립지환경관리계획을 수립하여 환경부장관의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경하는 때에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 때에는 그러하지 아니하다.
2. 반입되는 폐기물의 종류, 반입량 및 반입기준
3. 수도권매립지 기반시설의 공사시행에 관한 사항
4. 수도권매립지 주변 환경보전에 관한 사항
5. 수도권매립지 사후관리에 관한 사항
6. 기타 수도권매립지의 관리에 관한 사항
② 공사가 제1항의 규정에 의한 계획을 수립할 때에는 미리 시ㆍ도지사와 협의하여야 한다
○ 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률 제7조 【공사의 설립 및 법인격】
① 수도권매립지를 환경상 안전하고 효율적으로 관리하기 위하여 수도권매립지관리공사(이하 "공사"라 한다)를 설립한다.
② 공사는 법인으로 한다.
○ 서면3팀-205(2006. 2. 1.) 지방자치단체로부터 위탁받은 사업의 부가가치세 면제여부는 사업자의 책임과 계산에 따라 판단함.
○ 서면3팀-448(2005.03.31.) 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공단이 지방자치단체로부터 거주자우선주차와 공영주차장사업의 운영․관리를 위탁받아 당해 지방공단이 자기의 명의와 계산으로 당해 사업을 영위하면서 그 수입금액을 자기의 수입금액으로 계상하는 경우 당해 거주자우선주차와 공영주차장사업은 지방자치단체가 공급하는 용역에 해당하지 아니하는 것이나, 당해 지방공단은 단순히 징수업무를 대행하고 지방자치단체의 명의와 계산으로 하는 경우 지방자치단체가 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세가 면제됨.
○ 서삼46015-12234(2002.12.26.), 부가46015-633(1998.04.03.) 사업자가 지방자치단체가 발주한 토목공사 중 발생되는 모래를 채취․판매하고 그 대금을 지방자치단체에 예치하는 경우, 모래판매대금의 과세여부는 사업자의 계산과 책임 하에 채취하여 판매하는 경우에는 당해 사업자 명의로 매입자에게 매출세금계산서를 교부하는 것이나, 모래채취 및 판매 등의 업무를 위탁받아 이를 대행판매하는 경우에는 매출세금계산서를 교부하지 아니하는 것임.
○ 부가46015-927(1995. 5.25.) 지방자치단체로부터 공영주차장의 관리업무를 포괄적으로 위탁받아 자기의 책임과 계산하에 주차장 이용자로부터 주차료를 받는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.
- 다. 사실관계
(1) 법인등기부등본 및 국세통합시스템에 의하면 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 2000. 7.12. 법인 등록하여 폐기물수집 및 처리업을 영위하고 있는 환경부 주관의 비영리 공익법인이며, 자본금은 없다.
(2) 공사법 부칙 (2000. 1.21. 법률 제6200호) 제3조 【권리ㆍ의무의 승계】및 제19조 【사업】에 의하면 “ 지방자치법 제149조 의 규정에 의하여 설립된 수도권매립지운영관리조합과 환경관리공단법에 의하여 설립된 환경관리공단에 속하는 수도권매립지의 설치ㆍ운영에 관한 권리ㆍ의무는 청구법인이 이를 포괄승계한다”라고 규정되어 있어 청구법인은 지방자치단체조합 및 국가의 사업을 포괄승계 받아 공사법 제19조에 규정된 사업을 영위하고 있음을 알 수 있다.
(3) 처분청의 과세자료처리보고서에 의하면 폐기물매립장 조성공사시 지하에서 발견된 암반을 매립장 공사 등에 소요되는 골재를 자체 확보하고자 청구외법인과 교환계약에 의해 재화를 공급한 것으로 부가가치세법 제12조 제1항 제16호, 동법시행령 제37조 제1호에 규정하는 고유목적사업을 위하여 일시적으로 공급하는 경우로 볼 수 없다하여 부가가치세를 과세하였음이 확인된다.
(4) 과세전적부심사결정서(2006. 1.26.)에 의하면 쟁점재화의 공급은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법 시행령 제37조 제1호에 규정하는 고유목적사업을 위하여 일시적으로 공급하는 경우로 볼 수 없고, 동법 시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】에 해당하지 않고 독립적 재화를 계속하여 공급하고 있는 행위로 판단하여 불채택통지 하였다.
(5) 처분청의 경정결의서에 의하면 쟁점재화의 공급에 대하여 매출누락한 것으로 보아 2001. 1기～2004. 2기 과세기간 부가가치세 총 594,533,170원(2001. 1기 16,346,810원, 2001. 2기 48,414,840원, 2002. 1기 57,107,880원, 2002. 2기 93,195,640원, 2003. 1기 84,400,060원, 2003. 2기 94,078,690원, 2004. 1기 111,106,130원, 2004. 2기 87,883,120원)을 경정결의 하였음이 확인된다.
(6) 청구법인이 제시한 1989. 2. 3. ○○시와 환경관리공단이 체결한 계약서에 의하면 매립지의 토지 소유권 분할규정이 있으며 ○○시와 환경관리공단이 37,314,500: 15,000,000으로 분할하기로 하였음이 확인된다.
(7) ○○지방국세청의 조사보고서에 의하면 청구법인과 청구외법인은 2001. 1.19.부터 2003. 5.30.까지 5차에 걸쳐 원석개발 및 골재납품관련 계약을 변경하여 체결하였음이 확인된다.
(8) 2003. 5.30. 5차 청구법인과 청구외법인이 체결한 “수도권매립지 쇄석골재 자체확보 사업 계획서” 제6조 【쇄석골재의 납품】에 의하면 청구외법인은 8,440, 179㎡의 암반원석을 채굴하여 921,870㎡의 쇄석골재를 납품하기로 계약을 체결하였고, 이때 납품가액을 6,076,928,880원으로 변경하였음이 확인된다. 당초 계약시 개발조건은 골재개발 기간은 착수일(2001년)로부터 65개월로 하고, 청구외법인이 지하암반 개발을 위한 관계기관의 허가를 얻어 청구외법인이 책임지고 채굴하도록 하였음이 확인된다.
(9) ○○지방국세청의 조사보고서에 의하면 쇄석골재 자체확보 계획을 근거로 하여 4년 동안 실제로 발생된 원석개발 및 납품현황은 다음 [표1]과 같다. [표1] 원석개발 및 납품현황 (단위: ㎥, 천원) [표1] 원석개발 및 납품현황 연도 원석개발 쇄석골재납품 개발량 개발금액 납품량 납품금액 2001 477,044 343,471 231,589 1,647,289 2002 1,207,150 869,148 166,690 1,149,520 2003 1,765,242 1,270,974 498,157 3,041,349 2004 2,255,749 1,624,139 26,940 168,535 합계 5,705,185 4,107,733 923,376 6,006,695 (단위: ㎥, 천원)
(10) 이건 심리과정에서 재화의 공급의 주체를 확인하기 위하여 청구법인에게 원석개발과 관련하여 환경부 및 지방자치단체에 보고한 서류 등을 보정요구 하였다.
① 청구법인이 제출한 보정서류(제6차 운영위원회 개최결과 알림 문서, 기획0109- 20, 2001. 4.26.)에 의하면 쇄석골재 자급계획 추진상황 및 기대효과(21만㎥ 원석개발시 약 33억원의 예산절감의 효과가 있음)에 관한 보고를 운영위원회에 보고하였으며, 운영위원회를 통해 통과된 사항을 환경부장관 및 관련 지방자치단체(○○․○○․○○)에 보고 하였음이 확인된다.
② 청구법인의 내부문서인 수도권 제1매립지 안정화공사 설계내역서 및 설계변경내역서에 의하면 2000. 6월 2,857백만원의 골재비용이 소요된다고 설계되었던 것이 2003. 12월 설계변경내역서에 의하면 골재비용 276백만원으로 변경되어 골재비용이 2,581백만원 절감되었음이 확인된다.
(11) 공사법 제28조에 의하면 환경부장관은 공사의 업무를 지도․감독하며 공사에 대하여 그 업무․회계 및 재산에 관하여 필요한 사항을 보고하게 규정하고 있으므로 이건 심리과정에서 환경부에 쇄석골재 자체확보사업이 공사법 제19조의 규정에 의한 국가에서 위탁한 사업에 해당하는지 여부 및 동 사업에 따른 수익의 귀속 및 회계연도 예산에 미치는 영향에 대한 질의를 공문(법무과-6919, 2006. 7.10.)으로 의뢰 하였다.
(12) 환경부의 회신공문(생활폐기물과-2638, 2006. 7.27.)에 의하면 다음과 같이 확인된다.
① 쇄석골재 자체확보사업은 2001.12.20.(생폐67510-1213) 공사법 제5조에 의거 환경부에서 승인한 사업이며, 청구법인은 동 사업내용을 공사법 제24조에서 규정하고 있는 운영위원회에 보고하는 등 공사법의 규정에 따라 사업을 추진하고 있다.
② 청구법인이 쇄석골재 자체확보사업의 추진으로 얻어지는 이익(절감비용)만큼 향후 청구법인이 징수하는 반입수수료나 부담금이 적어지게 되는 효과가 있으므로 쇄석골재사업의 이익이 청구법인에게 귀속되지 않는다.
- 라. 판단 청구법인이 매립장 기반공사 중 채굴한 재화(암반원석)를 청구외법인과 교환계약에 의하여 재화를 공급한 것에 대하여 쟁점재화의 소유자는 국가와 지방자치단체이고, 쟁점재화의 처분이익은 국가 및 지방자치단체에 귀속되므로 암반원석과 쇄석골재의 교환은 국가 및 지방자치단체가 공급하는 재화임을 주장하므로 이에 대해 살펴본다. 부가가치세법 제12조 제1항 17호 에 의하면 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것은 면세한다고 규정하고 있고, 지방자치단체로부터 위탁받은 사업의 부가가치세 면제여부는 사업자의 책임과 계산에 따라 판단한다.(서면3팀-205(2006. 2. 1.)) 즉, 비영리 공익법인인 청구법인이 국가 및 지방자치단체의 사업을 대행하여 매립장 기반공사를 시행하던 중 발견된 암반을 채굴․교환에 의한 공급을 하고 그 대금을 국가 및 지방자치단체의 예산을 절감하는 경우, 암반공급대금의 과세여부는 청구법인의 계산과 책임 하에 채굴하여 판매하는 경우에는 부가가치세 과세대상이나, 암반채굴 및 판매 등의 업무를 위탁받아 이를 대행판매하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것인 바,(같은 뜻: 서삼46015-12234(2002.12.26.) 외 다수) 청구법인은 공사법 부칙 (2000. 1.21. 법률 제6200호) 제3조에 의거 국가 및 지방자치단체로부터 수도권매립지에 관한 설치 및 운영에 관한 포괄적인 권리 및 의무를 승계 받았으므로 청구법인 권한으로 쇄석골재 자체확보 사업을 추진할 수 있어 “수도권매립지 쇄석골재 자체확보 사업 계획서”를 작성하여 청구법인 명의로 쇄석골재 사업에 관한 계약을 체결한 후 청구외법인에게 공급하였고, 원석개발금액 및 납품가액을 결정함에 있어서 국가 및 지방자치단체가 사전에 관여한 사실이 없으므로 그 권한과 책임이 국가 및 지방자치단체에게 있다고 보기 어렵다. 또한, 『지방자치단체로부터 공영주차장의 관리업무를 포괄적으로 위탁받아 자기의 책임과 계산 하에 주차장 이용자로부터 주차료를 받는 경우에는 부가가치세법 제7조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것(부가46015-927,1995. 5.25.)』과 같이 청구법인은 매립지관리 및 운영에 관한 전반적인 권리 행사를 할 수 있으므로 매립지운영관련 제반사항을 포괄적으로 위탁받았다고 할 수 있는 바, 청구법인이 공급한 재화는 부가가치세법 제6조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 과세함이 정당하다. 게다가 원석개발에 따른 수익의 귀속이 국가의 세입예산으로 직접 귀속된 것이 아닌 비용절감의 효과만이 있을 뿐이고, 부가가치세법 제2조 에서 규정한 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로 명시되어 있으며, 부가가치세법이 형식을 중시하는 세목이라는 점을 감안할 때 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다. 따라서 처분청이 부가가치세법 제6조 제1항 및 동법 시행령 제14조 제1항의 3에 의거 교환계약에 의하여 재화를 인도하는 것으로 보아 2006. 2. 2. 2001. 1기～2004. 2기까지 부가가치세 총 594,533,170원을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 이의신청은 심의결과 청구인 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.