비영리법인이 출연받은 자산의 직접공익목적사업에 사용 여부

○○세무서장이 2005. 6. 1. 청구법인에게 한 출연재산의 공익목적 미사용에 따른 증여세 1,152,000,000원은 이를 취소한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 소재하는 의료법인 ○○의료재단으로, ○○시 ○○동 ○○번지 외 3필지의 대지 754㎡, 같은 곳 건물 3,051㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구 외 이○○, 임○○, 임○○, 조○○(이하 “이○○ 외 3인”이라 한다)로부터 공익목적사업으로 출연받아 2000. 5.22. 설립하여 운영되어 왔으나 쟁점부동산이 2002. 6.20. 경영부실로 임의경매되어 (주)○○종합건설에 낙찰됨으로써 공익목적사업에 사용이 불가능하게 되자 처분청은 상속세및증여세법 제48조 제2항 의 규정에 의하여 쟁점부동산이 3년 이내 직접 공익목적사업에 사용되지 않는 등의 추징 사유에 해당하는 것으로 보아 2005. 6. 1. 청구법인에게 쟁점부동산의 출연당시의 시가 28억원을 증여재산가액으로 하여 증여세 1,152백만원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 7.15. 이 건 이의신청을 제기하였다.

청구법인은 현재 위 병원내부 인테리어 공사업자와 각종 민·형사상의 소송이 계류 중인 상태에 있고, 청구법인은 공익법인으로서 출연 받은 쟁점부동산에 대하여 증여세가 면제되므로 이 건 부과처분은 부당하다.

청구법인은 쟁점부동산을 이○○ 외 3인으로부터 2000. 6.13. 출연받아 공익목적사업으로 사용하지 않은 채 2002. 6.20. 임의경매에 의하여 (주)○○종합건설에 낙찰되었다. 그러므로 출연 받은 쟁점부동산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 공익목적(의료)사업으로 사용하지 않았으므로 당초 증여세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 공익법인으로서 쟁점부동산을 출연받아 이를 공익목적사업에 미사용하였는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 상속세및증여세법 제4조 【증여세 납세의무】

④ 증여자는 수증자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 수증자가 납부할 증여세에 대하여 연대하여 납부할 의무를 진다. 다만, 제35조, 제37조 내지 제41조, 제41조의 3 내지 제41조의 5, 제42조 및 제48조(출연자가 당해 공익법인의 운영에 책임이 없는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에 한한다)의 규정에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2003.12.30. 항번개정)

1. 주소 또는 거소가 분명하지 아니한 경우로서 조세채권의 확보가 곤란한 경우 (2002.12.18. 개정)

2. 증여세를 납부할 능력이 없다고 인정되는 경우로서 체납으로 인하여 체납처분을 하여도 조세채권의 확보가 곤란한 경우

○ 상속세및증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연 받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연 받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 다만, 불특정다수인으로부터 출연 받은 재산 중 출연자별로 출연 받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. (2000.12.29. 개정)

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우 (2000.12.29. 개정)

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2000.12.29. 개정)

○ 상속세 및 증여세법시행령 제38조 【공익법인 등이 출연 받은 재산의 사후관리】

② 법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(재정경제부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. (2000.12.29. 개정)

④ 법 제48조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우”라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. (2000.12.29. 신설)

○ 상속세 및 증여세법시행령 제40조 【공익법인 등에게 부과되는 증여세과세가액의 계산 등】

① 법 제48조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 가액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 가액을 말한다. (2000.12.29. 개정)

1. 법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 1의 가액 (1999.12.31. 개정)

• 가. 직접 공익목적사업 등외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액
• 나. 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액 (1999.12.31. 개정)

3. 법 제48조 제2항 제4호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 제38조 제4항에 규정한 사용기준에 미달되게 사용한 부분에 대하여 다음의 산식에 의하여 계산한 재산가액 (2000.12.29. 개정) 공익목적사업외에 사용하거나 제38조제4항의 재정경제부령에 의한 출연재산 규정에 의한 사용기준에 미달하는 금액 (직접 공익목적사업에 사용한 × 분은 제외한다)의 평가가액 제38조 제4항의 규정에 의한 매각대금

• 다. 사실관계

1. 청구법인이 2000. 5.22. 의료업을 영위하는 공익법인으로 설립된 사실, 2000. 6.13. 이○○ 외 3인으로부터 쟁점부동산을 출연받아 2002. 6.20. 임의경매에 의하여 쟁점부동산이 (주)○○종합건설에 낙찰된 사실, 출연당시 쟁점부동산의 시가는 28억원인 사실에 대하여는 처분청과 다툼이 없다.

2. 청구법인의 등기부등본 기재내용에 의하면, 청구법인은 비영리 의료법인으로 의료기관을 설치 운영하고 보건의료에 관한 연구 및 새로운 기술개발 등을 통한 국민보건 향상의 목적으로 설립된 공익법인으로 청구법인의 사업목적은 ① 의료기관의 설치 및 운영, ② 지역 영세민 무료 및 무의촌 순회진료, ③ 기타 목적 달성에 필요한 부대사업으로 확인되며, 2000. 5.22. ○○도지사는 의료법 제41조 의 규정에 의하여 청구법인의 설립을 허가하였음이 확인된다.

3. 이 건 부과처분의 처분청 자료처리복명서 및 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 2000. 6.13. 이○○ 외 3인으로부터 증여에 의하여 공익목적사업용으로 출연받았으나 3년이내에 직접공익목적사업에 미사용하여 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호 에 의거하여 증여세 1,152백만원을 고지결정하였음이 확인된다.

4. 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은 2000년～2002년 사업연도까지 공익목적사업(의료)에서 발생한 수익금의 법인세를 신고한 내역이 없으나, 2001년～2002년 상반기까지 아래표와 같은 신용카드에 의한 매출액이 발생하였다. 발 생 기 간 매출건수 카드매출금액 비 고 2001년 5월～ 6월 149 29,857천원 2001년 7월～12월 290 55,337천원 2002년 1월～ 3월 150 18,362천원 소 계 589 103,556천원

5. ○○세무서장이 2003.10.31. 납기로 청구법인에 결정고지한 법인세 경정결의서에 의하면, 청구법인은 청구 외 ○○화재보험(주) 등으로부터 73,412천원의 의료업 수입금액이 발생하였음에도 법인세를 무신고하여 추계결정방법에 의하여 2002년 사업연도 법인세 10,062천원을 결정고지하였음이 확인된다.

6. 국세통합전산망에 의하여 청구법인의 과세자료를 조회한 바 위 4)의 의료업자수입금액합산표 외에 아래표와 같은 과세자료가 발생하였음이 확인된다. 과세자료종류 사업 연도 자료 건수 자료금액 처리전말 자료내용 의료업자 수입금액합산표 2001 15 198,728천원 미처리

○○화재보험(주) 등 의료업수입금액 발생 등 의료업자 수입금액합산표 2002 5 73,412천원 고지

○○해상보험(주) 등에 의료업 수입금액 발생 의료업자 수입금액합산표 2003 1 4,908천원 활용 의료업 수입금액 발생 계산서합계표 제출일람표 2001 7 57,584천원 미처리

○○화재해상보험(주)에 매출 23,277천원 발생 등 계산서합계표 제출일람표 2002 4 9,804천원 미처리

○○기업(감염성폐기물처리업체)의 매입자료발생 등

7. 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은 아래표와 같이 근무직원에 대하여 2001년 4월～2001년10월까지의 갑근세 원천징수이행상황신고서를 제출하였음이 확인된다. 제출년월 귀속연월 지 급 인 원 총지급액 (근로소득) 갑근세 납부할세액 비 고 2001년 5월 2001년 4월 54 61,790,950 1,188,020 2001년 6월 2001년 5월 73 106,644,300 801,050 2001년 7월 2001년 6월 68 86,925,864 1,499,350 2001년 9월 2001년 7월 68 10,489,900 1,068,680 2001년10월 2001년 8월 69 10,385,850 1,093,220 2001년11월 2001년 9월 64 94,878,766 1,604,890 2001년12월 2001년10월 103 272,009,410

• ※ 지급인원과 총지급액은 매월의 중도퇴사자가 포함된 인원과 금액임

8. 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은 아래 표와 같이 의약품, 의료관련 소프트웨어 등을 매입하고 세금계산서를 수취하였음이 확인된다. 과세기간 매수 공급가액 매입처 사업내용 비 고 2000년 1기 3 42,081천원 소프트웨어 공급 등 2000년 2기 29 1,457,730천원 의료관련컴퓨터 등 2001년 1기 167 634,544천원 의약품 판매 등 2001년 2기 186 171,460천원 의약품 판매 등 2002년 1기 128 157,779천원

○○종합건설(주) 외 2002년 2기 30 -1,268,575천원 의료관련컴퓨터 등 ’00. 2기분 거래취소 2003년 1기 7 827천원 렌트카 등

9. 2000.11.25.자 청구법인 작성의 채권양도통지서에 의하면, 청구법인은 청구 외 ○○화재보험(주) 등 13개 업체로부터 받을 진료비청구 채권 14억원을 청구 외 임○○에게 양도하였다고 청구 외 ○○화재해상보험(주)에 내용증명으로 통지한 내용이다.

10. 청구법인이 제출한 2005. 4. 8.자 ○○지방법원 ○○지원의 2004가합541(선고: 2005. 3.31.) 판결문에 의하면, 청구법인이 2001. 4. 5.～2002. 3. 5.까지 작성한 진료기록부 및 간호기록부를 피고 청구 외 ○○의료재단 및 신○○이 점유하고 있어 이를 반환하여 달라는 청구이나 위 물건을 피고들이 점유한다고 인정할 수 없다는 내용임이 확인된다.

• 라. 판단 청구법인은 의료기관을 설치 운영하고 지역 영세민 무료진료 등을 목적으로 설립된 공익법인이므로 출연받은 쟁점부동산에 대하여는 증여세가 면제되어야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

1. 먼저, 처분청의 이건 부과처분의 과세경위 및 근거법령을 살펴보면, 이○○ 외 3인이 2000. 6.13. 쟁점부동산을 청구법인에 공익목적사업을 위하여 출연하여 증여세를 면제하였으나 쟁점부동산이 2002. 6.20. 임의경매에 의하여 청구 외 ○○종합건설(주)에 낙찰되자 청구법인이 쟁점부동산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 미사용하였다고 보아 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호 의 규정에 의하여 미사용된 재산가액 2,800백만원을 증여과세가액으로 하여 이 건 부과처분을 하였다.

2. 다음으로, 청구법인이 쟁점부동산을 출연받아 직접 공익목적사업에 사용하였는지의 여부를 살펴본다. 처분청은 청구법인이 의료기관를 설치 및 운영하여 국민보건의 향상을 목적으로 하는 의료업 법인이나 이에 대한 수익금액을 법인세 신고한 내용이 없고 출연받은 쟁점부동산을 2002. 6.20. 임의경매에 의하여 매각하여 출연일로부터 3년이내에 직접 공익목적사업에 미사용하였다고 보아 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호 의 규정에 따라 이 건 부과처분을 하였으나, 전시한 사실관계와 같이 ① ○○세무서장 및 처분청은 청구법인의 의료업 수입금액자료(자동차보험회사, ○○공단, ○○공단 등에서 진료비 수입발생)에 의하여 법인세를 결정고지하거나 소액이라하여 활용처리하였음이 확인되는 점, ② 청구법인은 2001년 4월부터 10월까지의 근무직원에 대하여 갑종근로소득세를 원천징수하여 신고한 점, ③ 국세통합전산망에 의하여 2001년 5월부터 2002년 3월까지 청구법인에 신용카드 매출자료가 발생하였고, 의약품 등을 매입하고 세금계산서 등을 수취한 점, ④ 청구법인이 작성한 2001. 4. 5.～2002. 3. 5.까지의 진료기록부와 간호기록부를 피고 의료법인 ○○의료재단에 반환요구하였으나 피고가 점유한다 인정할 수 없다는 ○○지법 ○○지원의 판결문(2004가합541,2005. 3.31.)과 2000.11.25. 청구법인이 보험회사 등에서 장래에 받을 진료비 채권 14억원을 청구 외 임○○(청구법인의 이사장)에게 양도한다는 통지서를 제출하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 2000년부터 공익목적사업을 영위하였다고 봄이 타당함에도 처분청이 출연받은 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 미사용하였다고 보아 과세한 이 건 부과처분은 잘못이라 하겠다.

3. 따라서, 쟁점부동산이 2002. 6.20. 임의경매로 낙찰됨에 따라 그 매각대금이 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호 의 규정에 따라 직접 공익목적사업에 사용되었는지 여부는 별론으로 하더라도 쟁점부동산을 출연받아 3년 이내에 직접 공익목적사업에 미사용하였다고 보아 과세한 이 건 부과처분은 잘못이라 할 것이다.

따라서 이 건 이의신청은 심의결과 청구인 주장이 이유 있다고 인정되므로 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.