예정고지세액 기납부공제 등에 대하여 환급요구한 경정청구를 거부한 처분의 당부

○○세무서장이 2004.11. 5. 청구인에게 한 2003년 과세연도 종합소득세환급세액 103,301,606원의 경정청구거부 처분은

1. ○○도 ○○시 ○○동 과수원 14,671㎡를 2003. 7.25. 양도하고 종합소득세 확정신고시 기준경비율에 의해 추계 신고한 주요경비 중 토지취득가액 550,000,000원과 기준경비율에 의해 계산한 경비 125,144,179원 합계 675,144,179원을 필요경비로 인정하여 그 과세표준을 경정하고,

2. 2003년 과세연도 토지 등 매매차익 예정결정고지세액 230,455,190원은 기 납부세액으로 인정하여 종합소득세 결정세액에서 차감하여 그 세액을 경정하고,

3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

○○지방국세청장은 2003.11.18.부터 2004. 1.14.까지 청구인에 대하여 재산제세 통합조사를 실시하고, ○○도 ○○시 ○○동 과수원 14,671㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2000. 7. 7. 취득하여 2003. 7.25. 양도한데 대하여 이를 부동산 매매업으로 보아 2003년 과세연도 종합소득세 230,455,190원을 예정결정하였다. 이에 청구인은 2003년 과세연도 종합소득세를 기준경비율에 의한 추계로 2004. 5. 31. 처분청에 확정신고하였으나 예정결정 고지세액을 기 납부세액으로 공제하지 못하였다하여 2004. 8. 2. 103,301,606원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나 처분청은 쟁점금액에 대한 산출내역을 조사하고 주요경비에 대한 증빙서류 및 장부가 신빙성이 결여된다는 사유로 2004.11. 5. 경정청구거부 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 2. 1. 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구취지 처분청이 2004.11. 5. 청구인에게 경정청구 거부한 처분은 2003년 과세연도 예정결정납부세액 230,455,190원을 기 납부세액으로 공제하여 경정결정한다 라는 결정을 구한다.
• 나. 청구이유 쟁점금액에 대한 경정청구를 거부한 처분은 세법적용에 있어서 과세형평과 합목정성을 위배하는 것으로 부당하게 청구인의 재산권을 침해하였고, 세금계산서 수수 및 신고의무를 이행하지 아니하였다하여 일체의 비용을 인정하지 아니한 것은 부당하므로 종합소득세 확정신고분에 대한 예정결정납부세액을 기 납부세액에 반영하여 경정결정하여야 한다.

청구인이 종합소득세 확정신고시 계상한 기준경비율에 의한 주요경비는 증빙서류나 장부가 전혀 비치되어 있지 않아 신빙성이 결여되어 있고, 매입비용에 해당하는 세금계산서를 교부한 쌍방은 부가가치세법에 의한 신고도 없이 수년이 지난 증빙을 제시한 것으로 청구인이 주장하는 쟁점금액에 대한 경정청구거부 통지는 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 예정고지세액 기 납부공제 등에 대하여 2003년 과세연도 종합소득세를 환급요구한 경정청구에 대해, 처분청이 경정청구 거부한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 소득세법 제76조 【확정신고자진납부】

③ 다음 각호의 세액이 있는 때에는 확정신고자진납부에 있어서 이를 공제하여 납부한다. (94.12.22. 개정)

2. 제69조의 규정에 의한 토지 등 매매차익예정신고산출세액 또는 그 결정·경정한 세액 (예정신고납부세액공제액을 포함한다)

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 항 및 ②항 생략

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (94.12.31. 개정)

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원 수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다. (2000.12.29. 단서신설)

1. 수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 “기준소득금액”이라 한다) 으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의 2의 규정에 의한 소득금액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우에는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다. (2002.12.30. 개정)

• 가. 매입비용(사업용고정자의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였다거나 지출할 금액
• 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액

○ 【매입비용·임차료의 범위와 증빙서류의 종류 고시】 [별표1] 매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료의 범위

• 가. ‘매입비용’은 다음에 정하는 재화의 매입(사업용 고정자산의 매입을 제외함)과 외주가공비 및 운송업의 운반비로 한다.

① ‘재화의 매입’은 재산적가치가 있는 유체물(상품·제품·원료·소모품 등 유형적 물건)과 동력·열 등 관리할 수 있는 자연력의 매입으로 한다.

• 나. “가”항의 ‘외주가공비’와 ‘운송업의 운반비’ 이외의 용역을 제공받고 지출하였거나 지출할 금액은 매입비용에 포함하지 아니한다. 매입비용에 포함되지 않는 용역을 예시하면 다음과 같다.

① 음식료 및 숙박료

② 창고료(보관료), 통신비

③ 보험료, 수수료, 광고선전비(광고선전용 재화의 매입은 매입비용으로 함)

④ 수선비(수선·수리용 재화의 매입은 매입비용으로 함

⑤ 사업서비스, 교육서비스, 개인서비스, 보건서비스 및 기타 서비스(용역)를 제공받고 지급하는 금액 등 [별표2] 증빙서류의 종류

1. ‘매입비용’과 ‘사업용고정자산에 대한 임차료’는 다음의 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 사실이 객관적으로 확인되어야 한다.

• 가. 세금계산서, 계산서, 신용카드매출전표(이하 “정규증빙서류”라 함)를 수취한 금액
• 나. 소득세법 제160조 의 2 제2항 단서와 같은 법 시행령 제208조의 2및 같은 법 시행규칙 제95조의 2의 규정에 의하여 정규증빙서류를 수취하지 않아도 되는 경우에는 지출 사실이 확인되는 영수증 등 증빙서류를 비치·보관하고 있는 금액
• 다. “가”항 또는 “나”항에 해당되지 않는 ‘매입비용’과 ‘사업용고정자산에 대한 임차료’에 대하여 정규증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 종합소득세 과세표준 확정신고서에 별지의 주요경비지출명세서를 첨부하여 제출한 금액

2. ‘종업원의 급여·임금·퇴직급여’는 다음의 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 사실이 객관적으로 확인되어야 한다.

• 가. 급여·임금은 근로소득원천징수영수증 또는 지급조서를 관할세무서에 제출한 금액
• 나. 퇴직급여는 퇴직소득원천징수영수증 또는 지급조서를 관할세무서에 제출한 금액
• 다. 급여와 임금 및 퇴직급여에 대한 원천징수영수증 또는 지급조서를 제출할 수 없는 부득이한 사유가 있는 경우 및 일용근로소득에 대하여는 소득을 지급받은 자의 주소, 성명, 주민등록번호 등 인적사항이 확인되고 소득을 지급받은 자가 서명 날인한 증빙서류를 비치·보관하고 있는 금액

○ 서일46011-11508, 2003.10.23. 기준경비율에 의해 소득금액을 계산하는 경우 부동산매매업자 등이 지출한 취득세․등록세는 매입비용에 해당하지 않음

○ 서일 46011-11714, 2002.12.17. [제목] 추계소득인 ‘기준소득금액’ 산정시에 주요경비로서 수입금액에서 공제하는 ‘매입비용과 임차료’의 범위 [회신] 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 가목에 규정된 수입금액에서 공제하는 매입비용(사업용고정자산에 대한 매입비용을 제외)과 사업용고정자산에 대한 임차료의 범위는 국세청 고시 제2001-27호 (2001.12.19.)의 [별표 1] “매입비용과 사업용고정자산에 대한 임차료의 범위”에 규정된 내용에 의하는 것이며, 업종에 따라 그 범위가 달라지는 것은 아닌 것임.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) 처분청이 청구인의 2004.11. 5. 2003년 과세연도 종합소득세 경정청구에 대해 거부 처분한 경위를 살펴보면,

(1) ○○지방국세청장은 2003년 과세연도분 토지 등 매매차익에 대하여 세무조사를 하고 2004. 2.25. 아래 표와 같이 230,455,190원을 예정고지 결정하였다. 이에 청구인은 2004. 5.31. 부동산매매업에 대한 종합소득세를 기준경비율에 의한 추계로 처분청에 확정신고하였다. (단위: 천원) 구 분 매 매 가 액 필 요 경 비 매 매 차 익 예 정 고 지 세 액 금 액 1,226,904 554,250 672,653 230,455

(2) 이후 2004. 8. 2. 아래 표와 같은 주요경비를 공제한 기준경비율에 의하여 종합소득금액 감액 및 처분청에서 과세 결정한 230,455,190원의 예정결정납부세액을 기 납부세액으로 공제하여 쟁점금액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. (단위: 천원) 구 분 예정결정 확정신고 경정청구 지출증빙서류

① 총 수입금액 1,226,904 1,226,904 1,226,904

② 필요경비 (③+④) 554,250 920,683 1,079,781

③ 주 요 경 비 취 득 가 액 550,000 550,000 매입계약서 취 득 세 등 25,539 25,539 지방세납세증명서 공 사 원 가 220,000 220,000 세금계산서 지 급 이 자 97,098 대출금 이자내역 급 료 37,000

• 지급수수료 25,000 중개수수료 영수증

④ 기준경비율에 의한 경비(10.2%) 125,144 125,144

⑤ 기 납 부 세 액 230,455

⑥ 납 부 힐 세 액 230,455 125,948 -104507

(3) 이에 처분청은 쟁점금액에 대한 경정청구 적정여부를 조사하여 주요경비를 확인할 증빙서류나 장부가 전혀 비치되어 있지 않아 신빙성이 없다하여 2004.11. 5. 경정청구거부 통지하였음이 처분청의 경정청구 처리결과 통지 공문(조사2과-1982., 2004.11. 3.)에서 확인된다.

• 나) 쟁점금액을 경정청구함에 있어 쟁점토지 매매차익 산정을 위한 양도시 매매가액 및 취득시 매매가액에 대해서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.
• 다) 청구인이 제출한 주요경비의 증빙서류를 살펴보면,

(1) 쟁점토지를 취득하고 이에 대한 취득세, 등록세 등 25,539천원을 납부하였음이 지방세 세목별 납세증명서에 의해 확인된다.

(2) 2000. 8.20. 청구인은 청구 외 오○○과 쟁점물건 지상에 눈썰매장 시설 토목 및 안전시설공사를 2억2천만원에 완료하고 그 증빙서류로 도급계약서, 세금계산서, 공사대금 영수증을 제출하였으나 쌍방이 교부한 세금계산서에 대한 부가가치세 신고내용이 없고 공사대금 지출에 대한 구체적인 내역은 제출하지 못하고 있다.

(3) 쟁점토지의 취득자금 용도로 대출받아 금융비용 97,098천원을 지출하였다는 증빙서류로 청구 외 ○○은행에서 발행한 대출금원장을 제출하고 있으나 당해 차입금이 쟁점토지 취득자금으로 사용된 구체적인 내역은 제출하지 못하고 있다.

(4) 청구인은 직원에 대한 급료 37,000,000원, 쟁점물건 취득시 지출한 중개수수료 25,000,000원을 지출하고 이에 대한 증빙서류로 수기 작성된 지출내역서를 제출하고 있으나, 급료 및 중개수수료를 지급한 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있다.

○ 판단

• 가) 청구인이 예정결정된 매매차익에 대한 소득세를 기준경비율에 의해 확정신고함에 있어 주요경비를 인정하여 쟁점금액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구에 대해 처분청이 경정청구 거부한 처분이 맞는지 여부를 판단하기에 앞서, 청구인이 기준경비율에 의한 추계방법에 의거 주요경비를 공제한 바 당해 주요경비가 소득세법 시행령 제143조 제③항 1호 각목에서 규정하는 매입비용과 종업원의 급여 등에 해당하는지 살펴본다.

(1) 위 관련법령에서와 같이 기준경비율에 의하여 소득금액을 계산하는 경우 부동산매매업자 등이 지출한 취득세․등록세는 매입비용에 해당하지 아니하고

(2) 2003.12.24. 국세청 고시 제2003-36호에 의거 매입비용․임차료의 범위와 증빙서류의 종류 고시에서 규정하는 종업원의 급여는 근로소득원천징수영수증 또는 지급조서에 의하여 지급하였거나 지급할 사실이 객관적으로 확인되어야 하고, 서비스(용역)를 제공받고 지급하는 금액은 매입비용에 포함되지 않는 용역으로 청구인이 주장하는 급여 및 지급수수료는 주요경비에 해당하지 아니한다.

(3) 또한, 청구인은 부동산 매매업자에 해당하고 쟁점토지는 재고자산으로 건설자금이자는 취득원가에 포함될 수 없어 매입비용에 해당하지 아니하고, 쟁점토지에 건설한 눈썰매장 시설은 부동산매매업과 관련없는 사업용자산 설치비용으로 업무와 관련없는 경비에 해당되어 매입비용에 해당하지 아니한다고 판단된다.

• 나) 한편, 청구인이 ○○지방국세청장으로부터 쟁점토지의 매매차익으로 예정고지 결정받은 230,455,190원은 소득세법 제76조 제③항 2호에 근거하여 확정신고시 당연히 공제되어야 함에도 처분청이 이를 경정청구거부 통지함은 부당한 것으로 판단된다.
• 다) 따라서, 청구인이 주장하는 경비 중 취득가액 550,000천원과 기준경비 125,144천원을 제외한 금액은 총 수입금액에서 공제하는 주요경비에 해당하지 아니함에도 이를 공제한 것으로 명백하게 잘못인 바, 처분청의 이 건 경정청구거부 처분에는 달리 잘못이 없으나, 청구인이 납부한 토지 매매차익 예정고지세액 230, 455,190원은 경정결정에 의하여 기 납부세액으로 공제되어야 할 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제6항 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.