임의로 면세용역으로 보아 신고누락한 금액에 대한 과세 처분의 당부 등

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 (주)○○개발이라는 상호로 위생관리용역을 제공하는 사업자로서, 2002년 제1기~2003년 제1기 과세기간에 청구법인 매출신고금액과 거래상대방 매입신고금액 간에 차이가 남에 따라 세금계산서불부합자료가 발생하였다. 이에 따라 처분청은 청구법인의 2002년 제1기~2003년 제1기 과세기간 부가가치세 신고내역을 대사한 결과, 청구법인이 2002년 제1기 549,164천원, 2002년 제2기 596,057천원, 2003년 제1기 340,794천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 거래상대방에게 세금계산서를 발행한 후에 이를 면세매출로 신고함에 따라 부가가치세를 신고누락한 사실을 확인하여, 2004. 7. 1. 청구법인에게 2002년 제1기 90,804,32 0원, 2002년 제2기 93,074,300원, 2003년 제1기 47,799,760원(합계 231,678,380원)의 부가가치세를 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004. 9.17. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구취지 위 부과처분의 취소를 구한다.
• 나. 청구이유 당초에 공동주택의 청소용역에 대하여는 부가가치세를 과세하지 아니하다가 2001. 7. 1. 이후부터 공급하는 청소용역에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 청소용역에 대하여 오랜 기간 비과세 관행이 성립되어 있었으므로 이는 소급과세금지원칙에 위반되는 것이며, 주택관리업자 등이 직접 공급하는 일반관리용역과 청구법인과 그 지위가 유사한 경비업법상 경비업 허가법인의 경우에는 공동주택에 직접 공급하거나 주택관리업자 등을 통하여 간접으로 공급하는 것 모두에 대하여 부가가치세를 면제하면서 청구법인과 같은 수탁관리 용역업체가 제공하는 일반관리용역에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 평등의 원칙에 위배된다 할 것이고, 이와 같이 청소용역에 대하여 부가가치세가 과세됨에 따라 청구법인은 위탁관리업체와의 청소용역 계약 시 소독용역에 준한 범위를 70%, 청소용역 범위를 30%로 구분․표시하여 계약하였으나, 위탁관리업체가 우월적 지위를 이용하여 세금계산서 발행을 강요함에 따라 당초 쟁점금액을 포함한 금액에 대하여 세금계산서 발행한 것으로, 청구법인은 부가가치세 과세대상인 청소용역 부분(30%)에 대하여는 부가가치세를 신고하고 쟁점금액은 소독용역에 해당하여 이를 면세매출로 신고한 것이므로 쟁점금액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분은 부당하므로 취하하여야 한다.

청구법인은 쟁점금액이 공동주택에 대한 소독용역에 해당하므로 부가가치세 적용대상에서 제외하여야 한다는 주장이나, 청구법인이 당초 쟁점금액에 대하여 거래상대방에게 세금계산서를 발행하였다가 이후 부가가치세 신고 시 자의적인 판단기준에 따라 이를 소독용역부분(총공급대가의 70%)에 해당하는 것으로 하여 면세매출로 신고하였으므로 쟁점금액에 대하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1.~3. (생략)

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

○ 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】 법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건 용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. 1.~9. (생략)

○ 전염병예방 제40조의 3 【소독업의 신고】

① 소독을 업으로 하고자 하는 자는 보건복지부령이 정하는 시설․장비 및 인력을 갖추어 시․도지사에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

② 주택법에 의한 주택관리업자가 제1항의 규정에 의한 소독장비를 갖춘 것으로 인정되는 경우에는 그가 관리하는 공동주택에 대한 소독의 실시에 한하여 제1항의 규정에 의한 소독업의 신고를 한 것으로 본다.

○ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 생략

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득. 수익. 재산. 행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 (가) 청구법인이 2002년 제1기~2003년 제1기 과세기간에 거래상대방에게 쟁점금액에 대하여 세금계산서를 발행한 이후에 이를 부가가치세가 면제되는 소독용역에 해당하는 것으로 보아 면세매출로 부가가치세를 신고함에 따라 세금계산서불부합이 발생한 사실이 세금계산서불부합거래일람표 및 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 거래상대방과 체결한 위생관리용역계약서 사본에 의하면, 청소용역 30%, 소독용역 70%로 구분․표시하여 계약한 경우는 부가가치세를 수령한 청소용역에 대하여만 부가가치세를 신고하였으나, 청소용역과 소독용역의 구분이 없는 계약(○○아파트, ○○아파트 등)의 경우는 계약한 용역대금에 부가가치세가 포함되어 있어 결과적으로 쟁점금액에 대한 부가가치세를 거래상대방으로부터 수령하였음에도 청구법인은 쟁점금액을 부가가치세가 면제되는 소독용역으로 보아 부가가치세를 신고 누락한 사실을 알 수 있다. (다) 그리고, 청구법인은 1999.11.13. ○○광역시 ○○구 보건소장으로부터 전염병예방법에 의한 소독업의 허가를 받아 공동주택의 소독, 및 구충, 건물청소 및 유지관리 등의 용역을 제공하는 사업자임이 소독업허가증 사본 등에 의하여 알 수 있으며, 부가가치세법 제12조 및 동법 시행령 제29조의 규정에 의하면 전염병예방법에 의하여 소독업의 허가를 받은 사업자가 공동주택 등 다수인이 거주 또는 이용하는 시설에 대하여 공급하는 소독용역을 의료 보건용역으로 보아 부가가치세를 면세하도록 규정되어 있으나, 쟁점금액이 소독용역에 해당하는지 여부에 대하여는 청구법인의 구체적이고 객관적인 자료의 제시가 없어 확인되지 아니한다.

○ 판단 (가) 청구법인은 청소용역에 대하여는 오랜 기간 비과세관행이 성립되어 있었으므로 이는 소급과세금지원칙에 위반되고 청구법인과 같은 수탁관리 용역업체가 제공하는 일반관리용역에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 평등의 원칙에 위배된다는 주장이나, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라 할 것이므로, 과세관청이 청소용역에 대하여 면세용역이라고 공적견해를 표명한 사실이 없고 청소용역이 부가가치세법상 과세대상 용역으로 규정되어 있는 한 소급과세금지원칙 등에 위반된다고는 볼 수 없는 것으로 판단된다. (나) 그리고, 청구법인은 거래상대방인 위탁관리업체 등의 요구에 의하여 부득이하게 쟁점금액에 대하여 세금계산서를 발행하였으나 사실상 쟁점금액은 부가가치세가 면제되는 소독용역에 해당하여 이를 면세매출로 신고한 것이므로 부가가치세 신고누락이 아니라는 주장이나, 일반적으로 세금계산서는 그 자체에 부가가치세액을 기재하도록 함으로써 공급받는 과세사업자로 하여금 매입세액으로 공제할 수 있도록 하는 영수증을 의미하는 것으로, 비록 부가가치세법령에 전염병예방법에 의하여 소독업의 허가를 받은 사업자가 공동주택 등 다수인이 거주 또는 이용하는 시설에 대하여 공급하는 소독용역은 의료보건용역으로 보아 부가가치세를 면제하도록 규정되어 있으나, 쟁점금액이 사실상 소독용역에 해당하는지 여부가 객관적인 자료의 제시가 없어 구체적으로 확인되지 아니할 뿐만 아니라 계약서상 쟁점금액을 포함한 용역대금에 부가가치세가 포함되어 있어 결국 청구법인이 쟁점금액에 대하여도 부가가치세를 거래상대방으로부터 수수한 사실을 알 수 있고, 부가가치세 제도운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성이 담보되지 아니하고서는 법인세, 소득세 등의 정확한 과세산정이 곤란하고, 부가가치세의 근간을 유지하기 위하여는 청구법인이 거래상대방에게 이미 발행한 세금계산서의 진설성과 거래질서에 영향을 줄 수는 없다 할 것이므로, 이와 같이 청구법인이 거래상대방에게 이미 세금계산서를 발행하여 교부하고도 이를 임의로 부가가치세가 면제되는 소독용역으로 보아 부가가치세를 신고 누락한 쟁점금액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 그러므로, 이 건 이의신청은 심의결과 청구법인의 청구주장은 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.