① 토지분양대금지연납입에 따른 연체이자의 필요경비 산입 여부 등 ② 매매사례가액으로 양도가액을 결정한 당부

처분청이 청구인에게 2004. 5.14.자로 고지한 2000년도 귀속 양도소득세 861,683, 200원은 취득가액을 재조사하여 그 결과에 따라 이를 경정하고 나머지 청구는 이를 기각합니다.

○○지방국세청장(조사3국3과)이 청구인의 2000년~2001년 귀속분에 대한 양도소득세 조사 시 아래와 같은 사실을 적출하여 처분청에 결정 사항을 통보하였고,

① ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 토지 1,140.7평 분양권양도(이하 “쟁점분양권”이라 한다)와 관련 취득가액에 포함된 연체이자 239,919,090원을 필요경비 부인하고, 청구인이 부담할 연체이자를 취득자인 (주)○○가 부담한 289,153,680원으로 하여 양도차익 716,617,410원 결정

② 2000. 3.15. (주)○○ 비상장주식 17,143주(이하 “쟁점주식1”이라 한다)를 특수관계자(청구인이 대표이사)인 (주)○○에 양도한 건과 관련 매매사례가익을 정용하여 시가 728,577,500원과 신고양도가액 196,973,070원의 차액 531,604,430원을 양도차익에 가산 결정

③ (주)○○ 주식 45,000주(이하 “쟁점주식2”라 한다)를 장내 매각하고 양도소득세 무신고한 건에 대해 양도가액 2,173,039,500원, 취득가액 44,850,000원, 필요경비 15,211,277원으로 하여 양도차익 2,112,978,223원 결정

④ (주)○○ 주식 165,000주(이하 “쟁점주식3”이라 한다)를 홍○○에게 매각하고 양도소득세 무신고한 건에 대해 양도가액 1,732,500,000원, 취득가액 300,000,000원, 필요경비 8,662,500원으로 하여 양도차익 1,423,837,500원 결정 처분청은 위 결정사항 통보자료에 의하여 2004. 5.18. 청구인에게 2000년도 귀속 양도소득세 861,683,200원, 2001년도 귀속 양도소득세 343,312,610원 2000년도 귀속 증권거래세 17,428,980원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 8.19. 이 건 이의신청을 제기하였다.

처분청이 2004. 5.18. 청구인에게 한 2000년 귀속 양도소득세 861,683,200원 및 2001년 귀속 양도소득세 343,312,610원, 2000년 귀속 증권거래세 17,428,980원의 부과처분은 이를 취소한다 라는 결정을 구한다.

① 토지분양대금지연납입에 따른 연체이자 필요경비 산입 여부 및 청구인이 부담할 연체이자를 취득자가 부담한 경우 양도가액 포함 여부

② 매매사례가액으로 양도가액을 결정한 처분 적부

③ 취득가액 적정계산 여부

4. 쟁점 ①에 대하여

• 가. 청구이유 청구인은 쟁점분양권 양도와 관련하여 토지분양대금 지연납입에 따라 부담한 연체이자 및 증빙서류를 못 찾은 설계비용 등을 공제하면 실질적으로 양도차익이 전혀 없음에도 불구하고, 처분청 청구인이 부담한 1차 중도금에 대한 연체이자 239,91 9,090원을 취득가액에서 공제하고, 청구인과는 무관한 2차, 3차 중도금에 대한 연체이자 289,153,680원을 양도가액에 포함시켜 양도소득세를 부과한 처분은 조세법의 대원칙을 구현하는 실질과세원칙에 위배되는 위법 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견

(1) 토지분양대금 지연납입에 따른 연체이자의 필요경비 산입 여부에 대하여는 청구인이 납입한 토지분양대금은 2000. 3.20. 계약금 937,200,000원, 2001.07.13. 및 2001. 7.18. 1차 중도금 1,722,074,560원(당초약정이자 포함)이므로 취득원가는 계약금과 1차 중도금을 더한 2,147,280,910원이며, 대금지연 납입으로 인하여 2001.7.13. 및 2001. 7.18.에 납입한 연체이자 239,919,090원을 취득원가에 산입하지 아니한 당초 처분은 정당하며,

(2) 또한, 청구인이 부담할 연체이자를 취득자인 (주)○○ 등이 2001.12. 7. 부담한 289,153,680원의 양도가액 포함 여부에 대하여는 청구인이 2000. 9.20. 납입할 1차 중도금 중 일부미납금에 대한 연체이자 29,448,310원, 2001. 3.20.납입할 2차 중도금에 대한 연체이자 201,999,710원, 2001. 9.20. 납입할 3차 중도금에 대한 연체이자 57,705,660원은 청구인이 부담할 연체이자 임에도 취득자인 (주)○○ 등이 부담하여 납입하였으므로 동 연체이자 상당액을 양도가액에 가산하여 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 다. 관련법령

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (이하생략)

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도 자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가에 상당하는 가액 (제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함되되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. (생략)

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다. (이하생략)

○ 재산46014-94, 2003.04.04. 토지 분양권 양도 시, 양도자가 지급해야 할 그 토지 분양대금 납부지연으로 인한 연체이자를 매수인이 부담키로 한 경우, 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않음

• 라. 사실관계 (가) 청구인은 쟁점분양권을 2000. 3.20. ○○공사로부터 분양받아 2001. 7.18.까지 약정원금 1,722,074,560원, 약정이자 425,206,350원, 연체이자 239,919,090원 합계 2,387,200,000원을 납입한 상태에서 2001.12. 7. 쟁점분양권 중 950.6평은 (주)○○에 2,166,453,867원에 양도하고, 190.1평은 ○○(주)에 408,290,773원에 양도한 사실이 “토지매각원부” 및 “토지매매계약서” 등에 의해 확인된다. (나) 또한, 청구인은 (주)○○ 등에 쟁점분양권 양도 시 1차 중도금 일부 및 2차, 3차 중도금에 대한 연체이자 상당액 289,153,680원은 납입하지 않은 상태에서 양도하였고, 동 연체이자 상당액은 취득자인 (주)○○ 등이 납입한 사실이 (주)○○ 보관 “토지취득 현황표”에 의해 확인된다.
• 마. 판단 (가) 먼저 토지분양대금 지연납입에 따른 연체이자 필요경비 산입 여부에 대해 살펴보면, 소득세법 시행령 제163조 제1항 제3호 단서에 [당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다] 고 규정하고 있으므로, 이 건의 경우 ○○공사와의 약정에 의하여 납입하는 약정이자 외에 중도금의 납입기일의 지연으로 인해 발생한 연체이자 상당액 239,919,090원에 대해 필요경비 부인한 당초 처분은 정당하며, (나) 또한, 토지 분양권 양도 시 양도자가 부담할 확정된 연체이자를 매수인이 승계 받아 사실상 부담하는 때에는 당해 금액을 실지양도가액에 가산하는 것이므로 (재산46014-94, 2003. 4. 4. 같은 뜻), 2001. 9.20.까지 청구인이 납입하여야 할 1차 중도금 일부 및 2차, 3차 중도금에 대한 연체이자 상당액 289,153,680원을 청구인이 납입하지 않은 상태에서 2001.12. 7. (주)○○ 및 ○○(주)에 양도하여 동 연체이자 상당액을 취득자인 (주)○○ 등이 사실상 부담하였으므로 실지양도가액에 연체이자 상당액 289,153,680원을 가산하여 결정한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 쟁점 ②에 대하여

• 가. 청구이유 청구인이 2000. 3.15. 쟁점주식1을 특수관계자인 (주)○○에 196,973,070원(주당 @11,490원, 액면가 5,000원)에 양도하고 상속세 및 증여세법에 의거 주식을 평가하여 양도소득세 신고납부한데 대하여 처분청은 청구인이 2000. 2.28. (주)○○주식 5,000주를 당시 (주)○○대표이사인 이○○에게 매도한 가격인 주당 @42,500원을 매매사례가액으로 적용하여 양도소득세를 부과하였으나,

2000. 2.28. 주식거래가액은 이○○이 (주)○○의 3월 주총을 앞두고 경영권 확보를 위하여 고가로 매입한 가격이므로 [불특정 다수인 간에 거래된 공정한 거래가액] 으로 볼 수 없음에도 이 거래가액을 매매사례가액으로 적용한 것은 부당하며, 이 매매사례가액도 청구인이 이○○과 거래한 주식양도계약서를 보면 같은 날 같은 주식의 거래가액이 각각 2,500주는 35,000원, 2,500주는 50,000원으로 되어 있음에도 처분청은 이를 평균한 가격인 42,500원을 매매사례가액으로 적용한 것 또한 부당하다. 그리고, 2000. 4.17. 청구인이 이○○에게 (주)○○ 주식 4,500주(액면가 5,000원)를 주당 @5,550원에 거래한 사실이 주식매매계약서에 의해 확인되고 있는 등 (주)○○ 주식의 매매가격은 시장성이 적어 매매사례가액을 적용하기엔 무리가 있다.

• 나. 처분청 의견 처분청이 매매사례가액으로 적용한 2000. 2.28. 청구인과 이○○의 거래내역 중 같은 날 같은 주식의 주당 거래가액이 각각 @35,000원 및 @50,000원으로 서로 다른 주당가액으로 매매계약서를 작성하였으나, 작성된 매매계약서가 여러 장이 아니고 1장의 동일한 계약서에 서로 다른 주당가액으로 계약하였을 뿐이므로 산술적으로 평균하여 주당 @42,500원으로 확인함), 2000. 4.17. 거래된 주당 @5,550원의 사례가액보다 2000. 2.28. 매매사례가액이 쟁점주식의 양도일인 2000. 3.15.에 최근 일이므로 신빙성이 있으며, 그리고, 이○○과의 거래가 고가의 거래사유가 있었으며, 당해법인의 주식은 시장성이 없는 주식이라는 주장은 관련 사유를 입증할 만한 아무런 증빙이 없으므로 받아들일 수 없다.
• 다. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

② 제94조 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다.

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정. 경정 및 통지】

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지 거래가액에 의하는 경유로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액. 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사 하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제76조 의 2 【추계결정 및 경정】

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계 결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

○ 국심2004서198, 2004.05.14. 신고한 주식 양도가액이 신빙성이 없다고 판단하여 양도가액이 확인되는 거래분의 가중평가액을 이용하여 양도가액을 추계결정 하였으나 거래 사실 확인서, 계약서 등의 증빙자료에 의할 때 신고한 주식 양도가액이 신빙성이 있다고 본 사례

• 라. 사실관계 (가) 쟁점주식1은 (주)○○의 비상장 보통주식으로 (주)○○은 1998. 5.22. 설립 시 1주당 가액이 @10,000원 이었으나 1999.12. 2. 1주당 @5,000원으로 액면분할 하였고, 또 다시 2000. 8. 7. 1주당 @500원으로 액면 분할한 사실이 “법인 등기부등본” 에 의해 확인된다. (나) 청구인은 아래와 같이 (주)○○의 주식을 취득 및 양도한 사실이 청구인이 제시한 “주식취득가액 증명원 및 주식양도계약서” 와 처분청의 조사 시 제출된 “주식이동상황명세서(갑)(을) 및 주식양도양수계약서” 등에 의해 확인된다. (주)○○ 주식 취득내역 (단위: 원) 취득일자 주식수 액면가 주당 취득가액 금액 비 고 1999.10.13. 10,000주 10,000 40,000 100,000,000 주식취득 1999.12.02. 20,000주 5,000 5,000 100,000,000 액면분할 2000.03.03. 15,000주 5,000 5,000 75,000,000 무상증자 2000.08.07. 350,000주 500 500 175,000,000 액면분할 (주)○○ 주식 2000년 중 양도내역 양도일자 주식수 액면가 주당양도가액 금 액 비 고 2000.02.28. 5,000주 5,000원 42,500원 212,500,000원 2000.03.15. 17,143주 5,000원 11,490원 196,973,070원 쟁점주식1 2000.06.02. 5,000주 5,000원 75,000원 375,000,000원 (다) 그리고 (주)○○의 쟁점주식1의 양도일(2000. 3.15) 전후 각 3개월의 주식거래내역은 아래와 같이 “주식양도양수계약서”에 의해 확인된다. 양도일자 주식수 액면가 주당 양도가액 양도자 취득자 2000.02.28. 5,000주 5,000원 42,500원 청구인 이○○ 2000.06.02. 5,000주 5,000원 75,000원 청구인 이○○ 2000.06.02. 2,000주 5,000원 55,000원 (주)○○ 신○○ 2000.06.29. 12,072주 5,000원 50,000원 (주)○○ (주)○○ (라) 한편, 청구인은 2000. 4.17. 청구인이 보유하고 있던 (주)○○ 주식 4,500주(액면가 5,000원)를 이○○에게 1주당 5,550원에 양도하였다는 “주식매매계약서”를 제시하고 있다.
• 마. 판단 (가) 청구인이 2000. 2.28. (주)○○의 주식을 이○○에게 1주당 @42,500원에 양도한 것은 (주)○○의 대표이사인 이○○이 (주)○○의 3월 주총을 앞두고 경영권 확보를 위하여 고가로 매입한 가격이므로 [불특정 다수인 간에 거래된 공정한 거래가액] 으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구인은 매수자인 이○○이 단지 경영권 확보를 위해 고가로 매입하게 되었다고 주장만 할 뿐 당사자인 이○○이 고가로 매입하게 된 사유에 대한 입증할 만한 객관적인 증빙서류를 제시하고 있지 않을 뿐만 아니라 이○○의 2000년 기초 주식수가 74,000주로 전체 주식수 대비 38.95%를 차지하고 있어 경영권 확보를 위해 고가매입 하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없으므로 받아들일 수 없다고 판단되며, (나) 또한, 2000. 4.17. 청구인이 이○○에게 (주)○○ 주식 4,500주를 주당 @5,5 50원에 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)한 사실이 있는 등 (주)○○ 주식의 매매가격은 시장성이 적어 매매사례가액을 적용하기엔 무리가 있다고 주장하고 있으나, 쟁점거래에 대하여 청구인은 주식매매계약서 외에 거래내역을 확인할 만한 금융거래내역 등 객관적인 증빙서류를 제시하지 않아 실지거래 여부가 확인되지 않고 있으며, 상기 사실관계에서 보듯이 청구인이 2000년 중 양도한 (주)○○의 총 양도주식수는 27,143주(2000. 8. 7. 액면분할 전 주식수)인 것으로 확인되고 있으나 쟁점거래는 총 양수주식수인 27,143주에 포함되어 있지 않을 뿐만 아니라 객관적으로 양도사실이 입증되지 않고 있으므로 2000. 2.28. 청구인이 이○○에게 매매한 가액인 주당 @42,500원을 쟁점주식의 매매와 동일성 또는 유사성이 있는 거래로 보아 매매사례가액으로 적용하여 추계 결정한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

6. 쟁점 ③에 대하여

• 가. 청구이유

(1) 처분청은 청구인이 2000년 중 쟁점주식2를 장내매각하고 양도소득세 무신고한 건에 대해 취득가액을 청구인이 1999.12.20. 최종 매입한 가액인 44,850,000원만 인정하여 과세하였으나, 이 가액은 주당 단가가 @1,500원으로 양도소득세 신고를 위하여 형식적으로 신고한 금액이며, (주)○○ 주식의 취득가액은 주식매매계약서에 의해 499,995,000원(2004. 5월 ○○청의 조사 시 확인된 금액으로 거래상대방 양도소득세 추징)으로 확인되고 있고, 또한 청구인은 (주)○○ 보유주식 중 일부를 2000. 3.12. ~2000. 4.30. 기간 동안 매각하고 양도소득세 신고 시 취득가액을 액면 가액으로 하여 신고한 사실이 있으므로 취득가액 산정 시 이 부분에 반영되어야 하며, 청구인이 보유하고 있는 (주)○○ 주식은 2000년도 중에 전부 매각되었고 양도소득세가 1년 단위로 합산 과세되고 있는 점에 비추어 볼 때 2000년도 청구인의 양도주식에 대한 취득가액은 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액 전액을 인정하여야 한다.

(2) 처분청은 청구인이 2000. 4.18. 쟁점주식3을 홍○○에게 매각하고 무신고한 건에 대해 취득가액을 150,000주에 대한 가액인 300,000,000원만 인정하고 15,000주에 대한 취득가액을 반영하지 않고 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) ○○지방국세청장의 거래상대방 장○○에 대한 조사 시 양도가액은 1999. 6. 8. 350주 99,995,000원, 1999. 7.12. 250주 100,000,000원, 1999. 9.13. 1,500주 22,500,000원 합계 222,495,000원으로 조사되었으며, 1999. 9.13. 취득계약서상 5,000주 300,000,000원은 거래사실 자체가 불분명 하므로 이를 입증할 구체적인 증빙을 제시하여야 하나 제시하지 못하고 있다(주식변동명세서상의 주식변동 내역 및 장○○의 ○○청 조사내역에 의하면 5,000주 취득사실 확인 안 됨). 또한, 2000. 4. 3. (주)○○ 주식 160,000주 장외양도건에 대한 양도소득세 신고 시 취득가액을 과소 신고하였다는 증빙을 제시하지 못하고 있어(2001. 5월 양도소득세 신고 시 (주)○○의 주식 외 여러 법인의 주식에 대하여 양도신고 하였다고 하나 법인별 주식수, 취득. 양도가액의 신고내역을 제시하지 못하여 청구인의 확인서로 양도내역만 확인받음), 양도내역을 토대로 취득가액을 역산하면(1999. 6. 8. 및 1999. 7.12. 취득한 600주 199,995,000원은 2000.4.3.에 양도된 160,000주의 취득가액으로 기신고 시 포함된 것임) 장내거래건 45,000주 양도건에 대한 취득가액으로 1999. 9.13. 취득한 취득가액 22,500,000원만 취득원가로 인정될 금액이라 할 것이다. 따라서 청구인의 (주)○○ 주식의 총취득가액 499,995,000원은 사실과 다르며, 2000. 4. 3. 양도건에 대한 양도소득세 신고 시 취득가액을 과소신고 하였다는 주장 또한 이를 입증할 증빙이 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 청구인은 (주)○○ 주식 15,000주의 취득가액을 입증할 증빙을 제시하지 않고 있으며, 1999. 7.29. 유상증자로 취득한 150,000주(유상증자 당시는 15,000주, 액면가 @5,000원) 300,000,000원 외에 15,000주는 1999. 7.29. 무상증자(10:1)로 취득한 주식으로 취득가액은 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

• 다. 관련법령

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득다시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로 대통령령이 정하는 것 (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

④ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

• 라. 사실관계 (가) 청구인이 (주)○○ 주식을 양도 양수한 거래내역은 “주식양도양수계약서 및 거래상대방 장○○(양도자)의 확인서”, “법인등기부등본 및 국세통합시스템 주주현황 조회자료”에 의해 아래와 같이 변동된 사실이 확인된다. 청구인의 (주)○○ 주식변동 내역 (단위: 주, 천원) 구 분 양수 양수 무상증자 양수 액면분할 양도 양도(장내) 거래일자

99. 6. 8.

99. 7.12.

99. 8. 5.

99. 9.13. 99.12. 4.

2000. 4. 3. 2000년 중 주식수 350 250 8,400 1,500 210,000 160,000 45,000 액면가 10,000원 10,000원 10,000원 10,000원 500원 500원 500원 금 액 99,995 100,000 0 22,500 0 3,700,000 2,173,039 보유주식수 350 600 9,000 10,500 210,000 50,000 5,000 (나) ○○지방국세청장의 거래상대방 장○○에 대한 주식변동조사 시 (주)○○ 주식을 청구인에게 매각한 건에 대해 아래와 같이 조사 확인 하였다. (단위: 원) 양도일자 주식수 액면가 양도소득세 신고 실거래가액 확인 취득가액 양도가액 취득가액 양도가액 합계 2,100 21,000,000 28,500,000 21,000,000 222,495,000

1999. 6.08. 350 10,000 3,500,000 3,500,000 3,500,000 99,995,000

1999. 7.12. 250 10,000 2,500,000 2,500,000 2,500,000 100,000,000

1999. 9.13. 1,500 10,000 15,000,000 22,500,000 15,000,000 22,500,000 (다) 청구인은 (주)○○ 주식의 총취득가액 499,995,000원을 입증하기 위해 “주식양도양수계약서” 3부(1999.6.8. 350주 99,995,000원, 1999.7.12. 250주 100,000, 000원, 1999. 9.13. 5,000주 300,000,000원)를 제시하고 있다. (라) 또한, 청구인은 2001. 5.31. (주)○○의 5개 법인의 비상장주식 233,643주를 양도하고 양도가액을 5,779,000,000원, 취득가액을 808,250,000원으로 하여 양도소득세 신고한 사실이 국세통합시스템 “양도소득세 신고서 조회자료” 및 청구인에 대한 조사 시 청구인이 확인한 “주식 양도소득세 신고내역”에 의해 확인된다. (마) 쟁점주식3의 관련법인 (주)○○는 1999. 7.28. 에 304,690주(액면가@5,000원, 발행가 @20,000원)를 유상증자 하였고, 또한 동 일자에 70,000주(액면가 @5, 000원, 총발행주식수 700,000주 대비 10: 1의 비율)를 무상증자 한 사실이 “법인등기부등본” 과 (주)○○는 2000. 4.15. 액면가 @5,000원에서 @500원으로 액면분할 등기하였다. (바) 청구인은 1999. 7.28. (주)○○의 유상증자 시 15,000주(액면가 @5,000원, 발행가 @20,000원)를 300,000,000원에 취득하였고, 동 일자에 보유주식수의 10%에 해당하는 1,500주를 무상증자 받은 사실이 “주식청약서” 등에 의해 확인된다.

• 마. 판단 (가) 먼저 청구인이 2000년 중 쟁점주식2를 장내매각한 건에 대해 살펴보면, 청구인은 (주)○○ 주식의 총취득가액은 499,995,000원이라고 주장하면서 장○○으로부터 취득한 주식양도양수계약서 3부를 제시하고 있으나, 상기 사실관계에서 보듯이 ○○지방국세청장이 거래상대방 장○○에 대한 조사 시 확인한 바에 의하면 1999. 6. 8. 350주(99,995,000원), 1999. 7.12. 250주(100,00 0,000원) 취득 건은 청구인의 주장과 양도자인 장○○의 확인 내용이 일치하나, 1999. 9.13. 5,000주(300,000,000원) 취득 건에 대하여 양도자 장○○은 1,500주(22,500,000원)를 양도한 것으로 확인하고 있는데 대해 청구인은 주식양도양수계약서 외에 거래내역을 입증할 만한 금융거래내역 등 뿐만 아니라 청구인의 (주)○○ 주식변동내역에 비추어 볼 때 1,500주(22,500,000원)를 취득한 사실이 맞다 할 것인 바, 청구인의 (주)○○ 주식의 총 취득가액은 1999. 6. 8. 350주(99,995,000원), 1999. 7.12. 250주(100,000,000원), 1999. 9.13. 1,500주(22,500,000원)의 합계액인 222,495,000원으로 확인된다 할 것이다. 그리고, 청구인이 2000. 4. 3. (주)○○ 주식 160,000주를 매각하고 2001. 5월 양도소득세 신고 시 취득가액을 과소신고 하였다고 주장하는데 대해 살펴보면, 소득세법 시행령 제162조 제4항 에 [양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다]고 규정하고 있으므로 2000. 4. 3. 160,000주 양도분에 대해 2001. 5월 양도소득세 신고 시 취득가액을 과소신고 하였다면 같은 연도에 양도한 쟁점주식2 양도분에 대한 양도소득세 결정 시 과소 신고한 취득가액을 추가로 인정하는 것이 바람직하다 할 것인 바, 청구인은 2001. 5월 양도소득세 신고 시 (주)○○ 주식 160,000주 매각 건에 대해 양도가액은 3,700,000,000원으로 하여 신고한 사실은 확인 하면서 취득가액에 대하여는 액면 가액으로 신고한 사실이 있다고 주장할 뿐 취득가액으로 신고한 금액이 얼마인지 및 과소 신고한 금액이 얼마인지를 확인할 만한 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 처분청 또한 청구인이 1999. 6. 8. 및 1999. 7.12. 취득한 600주 199,995,000원은 2000. 4. 3. 양도한 160,000주의 취득가액에 포함되었을 것이라고 볼 뿐 취득가액으로 신고한 금액이 얼마인지 정확히 확인하지 못한 상태에서 쟁점주식2의 취득가액으로 44,850,000원을 인정하여 결정한 것으로 보인다. 따라서 청구인이 2000. 4. 3. (주)○○ 주식 160,000주를 매각하고 2001. 5월 양도소득세 신고 시 취득가액으로 신고한 금액이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 청구인의 (주)○○ 주식 총취득가액으로 확인된 금액인 222,495,000원 중 160,000주 매각분에 대한 신고 시 취득가액으로 신고한 금액과 미결정된 5,000주의 취득가액에 해당하는 금액을 제외한 잔액을 쟁점주식2의 매각과 관련한 취득가액으로 결정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 2000. 1.18. 쟁점주식3을 홍○○에게 매각한 건에 대해 살펴보면, 청구인은 쟁점주식3에 대한 처분청의 무신고 결정 시 150,000주의 취득가액에 해당하는 300,000,000원만 취득가액으로 인정하였으므로 15,000주의 취득가액에 상당하는 금액을 추가로 인정하여 달라고 주장하고 있으나, 위의 사실관계에서 보듯이 청구인은 쟁점주식2 중 150,000주는 1999. 7.28. 유상증자 시 300,000,000원에 취득하였고, 15,000주는 동 일자에 무상증자로 인하여 취득하였음이 확인되므로 유상증자로 취득한 금액인 300,000,000원만 취득가액으로 인정하여 양도소득세 부과한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

따라서, 이 건 이의신청은 심의결과 청구인 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.