부당행위계산부인하여 인정이자 계산 및 관련 지급이자 손금불산입 처분의 당부

○○세무서장이 2004. 5. 1. 청구법인에게 한 1998년 ~ 2002년 사업연도분 법인세 6,150,447,170원의 부과처분은

1. 특수관계자인 해외현지법인(Y○○, Y○○)의 차입금을 지급보증하고 대위변제하여 발생한 구상채권 및 선급금 등을 업무무관 가지급금으로 보아 부당행위계산부인하여 익금산입한 인정이자 7,593,464,952원(1998년~2002년)은 익금불산입(2001년 사업연도에 손금산입한 7,098,576,815원 손금불산입)하고 손금불산입한 관련 지급이자 8,345,919,085원은 손금산입 하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 피아노 등 악기를 제조․판매하는 상장법인으로서 ○○지방국세청장(조사1국1과)은 청구법인의 1998년~2002년 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 아래와 같은 사실을 적출하여 처분청에 결정사항을 통보하였고,

① 특수관계자인 해외현지법인의 차입금을 지급보증하고 대위변제하여 발생한 구상채권은 업무무관가지급금 등에 해당하므로 부당행위계산부인하여 인정이자 7, 593백만원 익금산입하고, 이와 관련 지급이자 8,345백만원 손금불산입

② 특수관계자인 해외현지법인의 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권에 대한 대손금 부당상계액 20,889백만원 손금불산입

③ 신제품․신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 것으로 미래의 경제적 효익을 기대할 수 있는 비용은 이연자산인 연구개발비에 해당되므로 해당액 4,611백만원 손금불산입하고 동 이연자산 상각비 2,823백만원 손금산입 처분청은 위 결정사항 통보자료에 의하여 2004. 5. 1. 청구법인에게 1998년 ~ 2002년 사업연도분 법인세 6,150,447,170원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여

2004. 6.18. 이 건 이의신청을 제기하였다.

처분청이 2004. 5. 1. 청구법인에게 한 1998년 ~ 2002년 사업연도분 법인세 6, 150,447,170원의 부과처분 중 3,950,000,000원의 부과처분을 취소한다 라는 결정을 구한다.

① 특수관계자인 해외현지법인의 차입금을 지급보증하고 대위변제하여 발생한 구상채권을 업무무관 가지급금으로 보아 부당행위계산부인하여 인정이자 계산 및 관련 지급이자 손금불산입 처분의 당부

② 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권의 대손금 부인 당부

③ 비경상적으로 발생한 연구개발비의 이연자산 해당 여부

4. 쟁점 ①에 대하여

• 가. 청구이유 청구법인의 계열사인 해외현지법인(Y○○, Y○○)과 청구법인 사이의 거래관계는 다음과 같은 사유로 업무와 밀접한 관련성이 있으므로 업무무관가지급금으로 볼 수 없다.

(1) 청구법인은 피아노 생산에 주된 원재료인 양질의 목재구입을 위하여 미국 씨애틀에 청구법인의 일종의 구매파트인 Y○○를 설립(100％ 투자)하여 동 법인으로부터 1998년에 15,280백만원, 1999년에 7,774백만원, 2000년에 922백만원 상당의 원목을 구입하였는 바, 이는 청구법인의 원재료 구매활동과 관계된다. 따라서 Y○○는 청구법인의 목재구매를 위한 해외구매부서에 해당되므로 금융조달 시 모회사의 금융지급보증은 동 법인의 운영을 위해서 필수적이었고, IMF 상황 하에서 영업부진으로 경영부실되어 모회사인 청구법인이 지급보증 대위변제한 것은 청구법인의 원자재 확보를 위해 불가피하게 설립된 회사임을 간과하고 업무와 관련없는 가지급금으로 보는 것은 부당한 처분이다.

(2) 또한, 청구법인이 유럽지역의 피아노 수출영업을 목적으로 독일에 현지법인인 Y○○를 설립(100％ 투자)하였으며 이는 청구법인의 해외수출부서에 해당되며 청구법인은 동 법인에 1998년에 7,532백만원, 1999년에 4,361백만원, 2000년에 4, 867백만원, 2001년에 138백만원 상당의 악기를 판매하였다. 이와 같이 해외매출을 위한 영업활동 목적으로 설립한 법인의 금융차입 시 주거래은행에서 청구법인의 지급보증을 요구하여 자동적으로 보증하게 되었으며, IMF 상황 하에서 영업부진으로 차입금을 상환하지 못하게 되어 모회사인 청구법인이 대위변제한 것은 회사의 매출활동과 관련된 필수적 거래이므로 업무무관 가지급금으로 볼 수 없다.

(3) 해외현지법인의 보증채무를 대위변제하게 된 이유는 IMF 외환위기로 청구법인이 100% 출자한 해외현지법인이 부도위기에 처하게 되자 ○○협의회(이하 󰡒협의회󰡓라 한다)는 청구법인을 기업개선작업(Work Out) 대상자로 선정하여 1999. 3. 22. 청구법인과 협의회 사이에 기업개선작업 약정(이하 󰡒약정󰡓이라 한다)이 체결되었으며, 이 약정에 의하면 Y○○는 1999. 6.30.까지 매각 또는 청산하고, Y○○는 1999.12.31.까지 청산하도록 되어 있으며, 청구법인이 해외현지법인에 Stand- by L/C 형태로 지급보증한 보증채무는 대금지급 시 청구법인의 차입금으로 전환하도록 되어 있다.

(4) 처분청은 청구법인이 스스로 대위변제하였고 채권자(은행)로부터 강제집행을 받은 일이 없기 때문에 이유 없다고 하나, 청구법인은 화의신청을 하기 위하여 대위변제한 것으로 청구법인도 자금여력이 없는 상태에서 타은행으로부터 차입하여 대위변제한 것이므로 스스로 대위변제한 것은 아니다. 따라서 청구법인이 피아노 등 악기 생산에 필요한 원자재를 원활하게 조달하기 위하여 설립한 Y○○와 유럽지역의 수출증대를 위하여 설립한 Y○○는 청구법인의 업무와 밀접한 연관성이 있으므로 해외현지법인의 채무보증으로 인하여 떠안은 차입금과 이에 대한 지급이자를 업무와 관련 없는 가지급금 등으로 보아 부당행위계산부인하여 인정이자 7,593백만원을 익금산입(2001년에 7,098백만원 손금산입)하고, 관련 지급이자 8,345백만원을 손금불산입한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 해외현지법인 Y○○ 및 Y○○는 업무와 밀접한 연관성이 있으므로 처분청이 단기대여금 등을 업무무관 가지급금으로 보아 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 가지급금에는 순수한 의미의 대여금은 물론 구상금채권 등과 같이 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되는 개념이고, 내국법인이 100% 출자한 해외현지법인에 낮은 이율로 운영자금을 제공한 경우에는 부당행위계산부인의 규정을 적용하는 것이므로 당초 처분은 적법하다.

(2) 또한, 청구법인은 해외현지법인의 갱생을 위해 주거래은행으로부터의 “기업개선작업(Work Out)󰡓의 일환으로 지급보증 대위변제한 것이므로, 즉 스스로 대위변제한 것이 아니므로 단기대여금 등은 업무무관 가지급금에 해당되지 않는다고 주장하나, 청구법인이 제출한 기업개선작업약정서 등을 살펴보면, 채권자들이 주채무자(Y○○ 및 Y○○)에 대해 강제집행 등을 한 사실은 전혀 없고, 청구법인 스스로 지급보증한 후 임의로 대위변제한 사실만이 확인된다.

(3) 그리고, 관련 예규에 의하면 Work Out 졸업을 조건으로 이미 법정관리절차가 진행 중인 계열사의 기존 지급보증부분에 대하여 채권단과의 합의하에 임의로 대위변제하는 등 주채무자의 사업부진 등을 이유로 동 채무를 임의로 대위변제한 금액은 업무와 관련이 없는 자금의 대여액으로 보도록 되어 있고, 특수관계법인의 보증채무를 인수하여 당해 채권금융기관에 임의로 대위변제한 금액은 각 사업연도 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니하는 것으로 그 변제금액은 당해 특수관계자에 대한 업무와 관련 없는 자금의 대여액으로 보도록 되어 있으므로 이 건 당초 처분은 적법하다.

• 다. 관련법령

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 󰡒특수관계자󰡓라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 󰡒부당행위계산󰡓이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② ~ ③ (생략)

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 󰡒조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. ~ 5. (생략)

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 (이하 생략)

○ 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】

① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. ~ 3. (생략)

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

• 가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산
• 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 (이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】

① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. (이하 생략)

○ 재법인-106, 2004.02.13. 특수관계자인 주채무자의 파산으로 지급보증한 채무에 대하여 채권자의 강제집행 등에 의하여 대위변제하는 경우 이는 주채무자에게 직접 대여한 것이 아니므로 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당하지 아니하나(재법인46012-170, 2000. 11. 2.), 주채무자의 사업부진 등으로 채무를 임의로 대위변제하는 경우에는 자금의 대여에 해당하는 것이므로 업무와의 관련성 여부에 따라 업무무관 가지급금 여부를 판정하는 것임.

○ 법인46012-1282, 2000.05.31. 내국법인이 해외현지법인의 시설 및 운영자금을 대여한 경우에 그 자금의 대여가 사실상 당해 내국법인의 영업활동과 관련된 때에는 업무와 관련없는 가지급금 등으로 보지 아니함.

○ 법인46012-2367, 2000.12.23. 특수관계자인 주채무자의 파산으로 변제능력 없어 채권자의 강제집행 등에 의해 보증채무자가 대위변제한 구상채권은 부당행위계산 대상 아니며, 업무무관 가지급금에 해당하지 않음.

○ 제도46012-11088, 2001.05.14. 특수관계법인의 보증채무를 인수하여 당해 채권금융기관에 임의로 대위변제한 금액은 각 사업연도 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니하는 것으로 그 변제금액은 당해 특수관계자에 대한 업무와 관련없는 자금의 대여액으로 보는 것임.

• 라. 사실관계

(1) 청구법인은 1956.11. 3. 설립되어 피아노 등 악기를 제조․판매하고 있으며, 미국에 설립(1991. 6.26.)한 현지법인 Y○○와 독일에 설립(1998. 3.15.)한 Y○○는 청구법인이 100% 출자한 해외현지법인으로서 Y○○는 2001. 6.18. 청산되었고, Y○○는 2002. 2. 9. 청산되었다. 그리고 Y○○ 및 Y○○는 당초 ○○은행으로부터 1992년과 1989년에 해외투자 허가 등을 받아 청구법인이 100% 투자하여 현지법인을 설립한 사실이 해외투자 허가공문 등에 의해 확인된다.

(2) 청구법인은 1999. 2.18.을 시작으로 1999. 4.23.까지 총 7차례 Y○○의 차입금 26,822,105,267원을 지급보증하고 대위 변제하여 준 사실이 있고, 1999.12.31.에는 Y○○에 대하여 6,991,476,615원을 추가로 대여금 계상한 사실(Y○○가 자회사인 Y○○로부터 차입한 금액을 청구법인이 대지급한 것임)이 있는 등 1999. 12.31. 현재 총 33,813,581,882원을 Y○○에 대한 단기대여금으로 처리한 사실과 Y○○에 1998. 5.26. 및 1998. 6.29. 선급금 3,191,971,350원을 지급한 사실이 있으며, 1999. 5.19. Y○○의 차입금 1,999,350,000원을 지급보증하고 대위변제하여 준 사실이 󰡒해외 특수관계자에 대한 보증채무 대위변제명세서󰡓 및 󰡒Y○○에 지급한 선급금 내역󰡓에 의해 확인된다.

(3) 또한, Y○○의 단기대여금(지급보증 대위변제금액 등) 및 선급금은 Y○○의 청산일인 2001. 6.18.까지 30,704,409,571원이 남아 있었으며, Y○○에 대한 단기대여금(지급보증 대위변제금액)은 2002. 2. 9.까지 전액 환수한 사실이 확인되며, Y○○ 및 Y○○에 대한 지급보증 대위변제금액에 대한 이자를 청구법인이 전액 지급한 사실이 󰡒연도별 이자비용 지출내역󰡓에 의해 확인된다.

(4) 처분청은 특수관계자인 해외현지법인의 차입금을 지급보증하고 대위변제한 금액, 선급금 등을 업무무관가지급금으로 보아 부당행위계산부인하고, 대위변제로 인해 발생된 지급이자는 전액을 손금으로 인정하는 대신 그 지급이자도 업무무관 가지급금으로 보아 부당행위계산부인하여 인정이자 상당액 7,593,464,952원을 익금산입(Y○○가 청산된 2001년도에 7,098,576,815원 손금산입)하고, 관련 지급이자 8,345,919,085원을 손금불산입한 사실이 아래와 같이 확인된다. 부당행위계산 및 관련 지급이자 익금산입(손금불산입) 내역 (단위: 원) 사업연도 계 부당행위계산 부인 인정이자 업무무관가지급금 지급이자 부인 계 15,939,384,037 7,593,464,952 8,345,919,085 1998년 463,267,383 160,865,196 302,402,187 1999년 4,571,456,836 2,176,597,512 2,394,859,324 2000년 7,490,940,047 3,731,360,459 3,759,579,588 2001년 3,374,176,140 1,503,815,832 1,870,360,308 2002년 39,543,631 20,825,953 18,717,678 (단위: 원) 사업연도 계 Y○○ Y○○ 대여금 (원금) 이 자 부담액 선급금 대여금 (원금) 이 자 부담액 계 인정이자 7,593,464,952 6,104,158,962 581,271,215 412,146,688 431,164,704 64,723,383 대여금 등 잔액 116,029,607,683 92,537,446,676 12,479,269,254 4,459,497,333 5,022,578,322 1,530,815,798 1998년 인정이자 160,865,196 160,865,196 대여금 등 잔액 1,865,414,181 1,865,414,181 1999년 인정이자 2,176,597,512 1,856,760,094 64,382,520 134,117,888 117,951,842 3,385,168 대여금 등 잔액 37,676,432,907 32,845,581,882 2,058,351,928 877,128,804 1,764,810,000 130,560,293 2000년 인정이자 3,731,360,459 3,132,890,426 325,511,205 85,295,991 165,430,040 22,232,797 대여금 등 잔액 37,331,506,821 29,845,932,397 4,657,162,620 858,477,174 1,639,008,000 330,926,630 2001년 인정이자 1,503,815,832 1,114,508,442 191,377,490 31,867,613 132,181,521 33,880,766 대여금 등 잔액 38,611,261,522 29,845,932,397 5,763,755,006 858,477,174 1,618,760,322 524,336,623 2002년 인정이자 20,825,953 15,601,301 5,224,652 대여금 등 잔액 544,992,252

• 544,992,252 연도별 인정이자 및 대여금 등 잔액

(5) 한편, 청구법인은 1999. 3.22. 협의회와의 약정에 의하여 Y○○는 1999. 6.30.까지 매각 또는 청산하고, Y○○는 1999.12.31.까지 청산하도록 한 사실과 청구법인이 해외현지법인에 Stand-by L/C(지급보증신용장) 형태로 지급보증한 보증채무는 대지급 시 청구법인의 차입금으로 전환하도록 한 약정에 의해 대지급일자(1999. 2.18, 1999. 3.18, 1999. 4.12, 1999. 4.16, 1999. 4.22, 1999. 4.23.)에 청구법인의 차입금으로 전환된 사실이 기업개선작업 약정 및 채권은행(○○은행, ○○은행, ○○은행, ○○은행)이 발행한 󰡒차입금 전환현황󰡓에 의해 확인된다.

(6) 그리고 청구법인이 특수관계자인 해외현지법인의 채무를 지급보증하고 대위변제한 차입금은 주채무자가 해외현지법인이며, 차입금의 용도는 현지법인 시설자금 및 운영자금인 것으로 󰡒금전의 대차계약 신고(수리)서 등󰡓에 의해 확인된다.

(7) 또한, 청구법인은 미국 현지법인 Y○○로부터 1998년에 15,280백만원, 1999년에 7,774백만원, 2000년에 922백만원 상당의 원목을 구입하였고, 독일 현지법인 Y○○에 1998년에 7,532백만원, 1999년에 4,361백만원, 2000년에 4,867백만원, 2001년에 138백만원 상당의 악기를 판매한 사실이 󰡒특수관계자간 거래명세서 등󰡓에 의해 확인된다.

• 마. 판단

(1) 먼저, 내국법인이 해외현지법인의 시설 및 운영자금을 대여한 경우에 그 자금의 대여가 사실상 당해 내국법인의 영업활동과 관련된 때에는 업무와 관련 없는 가지급금 등으로 보지 아니하는 것이고(법인46012-1282, 2000. 5.31. 같은 뜻), 주채무자의 사업부진 등으로 채무를 임의로 대위변제하는 경우에는 자금의 대여에 해당하는 것이므로 업무와의 관련성 여부에 따라 업무무관 가지급금 여부를 판정하는 것인 바(재법인-106, 2004. 2.13. 같은 뜻), 위 사실내용과 같이 청구법인이 특수관계자인 해외현지법인의 채무를 지급보증하고 대위변제한 차입금의 용도가 현지법인 시설자금 및 운영자금인 것으로 확인되고 있고, 청구법인은 미국 현지법인 Y○○로부터 1998년부터 2000년까지 약 240억원 상당의 피아노 원자재인 원목을 구입한 사실과 독일 현지법인 Y○○에 1998년부터 2001년까지 약 199억원 상당의 악기를 판매한 사실을 종합하여 볼 때, 해외현지법인인 Y○○와 Y○○는 청구법인의 해외 구매부서 및 판매부서에 해당된다 할 것인 바, 청구법인이 해외로 자금을 유출하였다는 특별한 정황이 없는 상황에서 해외현지법인의 차입금을 지급보증하고 대위변제한 금액 및 선급금 등은 일응 청구법인의 업무와 관련이 있다고 보아야 할 것이다.

(2) 처분청은 채권자가 해외현지법인 등에 대한 강제집행 등을 한 사실이 없고 청구법인 스스로 임의변제한 것으로 보았으나, 관련 예규에 의하면 특수관계자인 주채무자의 파산으로 지급보증한 채무에 대하여 채권자의 강제집행 등에 의하여 대위변제하는 경우 이는 주채무자에게 직접 대여한 것이 아니므로 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당하지 아니하는 것인 바(재법인 46012-170, 2000.11. 2. 외 다수 같은 뜻), 위 사실내용과 같이 이 건의 경우 청구법인이 기업개선작업을 추진하여 경영정상화를 도모하고 자산건전성을 제고하기 위하여 ○○협의회와의 󰡒기업개선작업(Work Out) 약정󰡓에 의하여 지급보증한 보증채무를 대지급하고 청구법인의 차입금으로 전환한 것이고, 약정내용(제14조)을 보면 불이행시 신규여신지원 중단 및 취급여신 회수 등의 조치를 협의회가 취할 수 있다고 되어 있어 청구법인이 해외현지법인의 보증채무를 단순히 스스로 대위변제한 것이 아니라 해외현지법인의 갱생을 위하여 기업개선작업의 일환으로 불가피하게 대위변제한 것으로 판단된다.

(3) 따라서, 청구법인의 업무와 관련이 있고 기업개선작업의 일환으로 불가피하게 해외현지법인의 차입금을 지급보증하고 대위변제한 금액과 선급금 등을 업무무관가지급금으로 보아 부당행위계산부인하여 인정이자 계산 및 관련 지급이자 부인한 당초 처분은 부당하다고 판단된다.

5. 쟁점 ②에 대하여

• 가. 청구이유

(1) 청구법인은 Y○○의 경영상태가 어렵게 되자 자금조달이 용이치 아니하여 1998년 이전에 청구법인이 단기차입금을 지급하였다가 1998년에 연장하고 1999년에 청구법인 명의로 채무자를 변경하는 것으로 대위변제한 구상채권에 대하여 Y○○가 2001. 6월에 청산완료되자 307억원 상당액을 대손금으로 처리하였으나, 처분청은 주권상장법인이 100％ 출자한 해외현지법인에 대한 채무보증으로 인해 발생한 구상채권은 1998. 1. 1. 이후 최초로 채무보증한 경우에는 대손처리 안 된다는 예규(법인46012-4148, 1999.11.30.)에 의거 209억원 상당의 대손금을 부인하였으나 이는 다음과 같은 사유로 타당성이 결여되었다 할 것이다.

(2) 청구법인의 경우 1997년 이전에 지급보증을 하였으므로 1998년 이후 신규발생 지급보증이 아니며, 처분청은 경신(보증기한 연장)한 것을 두고 새로운 지급보증이라고 하나 이는 타당성이 결여되었다 할 것이며, 따라서 청구법인의 주장처럼 1998. 1. 1. 이후 신규발생 지급보증이 아니므로 동 예규는 적용할 수 없는 것이다.

(3) 또한, 독점규제법 제10조의2(계열회사에 대한 신규보증채무의 금지)의 규정에 의하면 대규모 기업집단 중 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업집단에 속하는 국내 계열회사에 대하여 채무보증을 하여서는 아니 된다. 이때 󰡒채무보증󰡓이라 함은 대규모 기업집단에 속하는 회사가 국내 계열회사에 대하여 행하는 보증을 말한다.고 규정하고 있는 바, 법인세법 제34조 제3항 에서 규정한 󰡒채무보증󰡓도 독점규제법에서 규정한 것처럼 국내 금융기관의 여신과 관련하여 국내법인에 대한 채무보증에만 한정하는 것으로 해석하는 것이 타당하다 할 것이다. 즉, 해외계열법인에 대한 채무지급보증은 무방한 것으로 해석하여야 할 것이다.

(4) 따라서, 이 건은 해외계열법인에 대하여 주거래은행의 권고에 의하여 지급보증 및 대위변제를 해주어 회수할 수 없는 채권이 되어 대손한 것이므로 이를 대손부인한 처분은 잘못되었다 할 것이며, 또한 이 건의 경우 1998. 1. 1. 이후 신규발생분이든 1998년 이전 발생분이든 대손금으로 비용처리할 수 있는 요건(회수불능)만 되면 비용인정 하여야 함에도 이를 연도 구분하여 비용부인한 이 건 처분은 잘못되었다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 대손금에 대한 관계법령을 검토해 보면, 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권은 상장법인의 경우 1998. 1. 1. 이후 최초로 채무보증하거나, 1997.12.31. 이전 채무보증한 것으로서 1998. 1. 1. 이후 보증기한을 연장한 것은 대손충당금설정 및 대손금으로 처리할 수 없으며, 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금은 1999. 1. 1. 이후 지급하는 분부터 대손충당금설정 및 대손금으로 처리할 수 없다고 규정되어 있다(청구법인은 1984. 7.28. 주권 상장함).

(2) 청구법인은 Y○○의 보증채무에 대한 지급보증을 1997.12.31. 이전에 하였다고 주장하나, 청구법인이 조사공무원에게 제시한 약정서 등에 의하면 처분청이 대손금 부인한 금액 모두 1998. 1. 1. 이후에 지급보증하였음이 확인되며, 청구법인이 제출한 이의신청서의 내용 중 청구법인이 계상한 대손금 307억원과 조사관서가 부인한 대손금 209억원 내역표에서도 1998. 1. 1. 이후에 쟁점 대손금에 대해 지급보증하였음이 명확히 확인된다.

(3) 그리고, 청구법인은 독점규제법 제10조의2의 규정에 의하면 금지되는 채무보증의 범위와 대상을 국내 계열회사에 한정하고 있으므로 청구법인의 쟁점 대손금은 인정되어야 한다고 주장하나, 이 부분은 청구법인이 법리를 오해한 것으로 보이며, 쟁점 채무보증은 법인세법 시행령 제61조 제4항 에서 규정한 일정한 채무보증에 열거되지 않은 것이므로 비록 채무보증의 대상이 해외현지법인이라 하더라도 예외 없이 당해 채무보증에 대한 구상채권의 대손처리는 불가능한 것이다.

(4) 따라서, 청구법인이 2001년 사업연도 중 대손금 손비처리한 금액 중 20,889, 996,312원을 대손금 부인한 당초 처분은 적법하다.

• 다. 관련법령

○ 법인세법 제34조 【대손충당금 등의 손금산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

② 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 󰡒대손금󰡓이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정은 다음 각호의 1에 해당하는 채권에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

1. 채무보증(대통령령이 정하는 채무보증을 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것 (이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제61조 【대손충당금의 손금산입】

① ~ ③ (생략)

④ 법 제34조 제3항 제1호에서 󰡒대통령령이 정하는 채무보증󰡓이라 함은 다음 각호의 채무보증을 말한다.

1. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제10조 의 2 제1항 각호의 1에 해당하는 채무보증 (이하 생략)

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제10조의2 【계열회사애 대한신규 채무보증의 금지】

① 대규모 집단 중 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업집단에 속하는 회사(금융업 또는 보험업을 영위하는 회사를 제외한다)는 국내계열회사에 대하여 채무보증을 하여서는 아니된다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 채무보증의 경우에는 그러하지 아니한다.

1. ~ 2. (생략)

3. 기업이 국제경쟁력 강화를 위하여 필요한 경우 기타 대통령령이 정하는 경우의 채무에 대한 보증

○ 법인세법 부칙 제6조 【손금의 계산 등에 관한 적용례】(1998.12.28. 법률 제5581호로 전면개정)

③ 제34조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 채무보증(이 법 시행 전에 채무보증한 것으로서 그 기한을 연장하는 것을 포함한다)하거나 지급하는 분부터 적용한다. 다만, 제34조 제3항 제1호의 경우 종전의 제14조 제1항의 규정을 적용받던 법인에 있어서는 1998년 1월 1일 이후 최초로 채무보증(1997년 12월 31일 이전에 채무보증한 것으로서 그 기한을 연장하는 것을 포함한다)하는 분부터 적용한다.

○ 법인세법 제14조 【대손충당금의 손금산입】(1998.12.28. 법률 제5581호로 전면개정 전의 규정)

① 외상매출금․대여금 기타 이에 준하는 채권(제15조 제1항 제19호의 규정에 의한 협회등록법인 및 제18조의 3 제3항 각호의 1에 해당하는 내국법인의 경우에는 대통령령이 정하는 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권을 제외한다)이 있는 내국법인이 각 사업연도에 계상한 대손충당금은 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액의 범위 내에서 이를 손금에 산입한다.

○ 재법인-126, 2004.02.19. 법인이 100％ 출자한 해외현지법인에 대한 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권은 법인세법시행령 제61조 제4항 각호에 규정하는 대손이 인정되는 예외적 채무보증의 범위에 포함되지 않음

• 라. 사실관계

(1) 청구법인은 Y○○에 대한 단기대여금(지급보증 대위변제금액) 26,822,105,267원 및 선급금 등 3,882,304,304원 총 30,704,409,571원을 Y○○의 청산일인 2001. 6.18.까지 회수하지 못하자, 2001년 사업연도 법인세신고 시 대손금(대손충당금과 상계)으로 손비처리한 사실이 확인된다.

(2) 처분청이 대손금 손비처리한 사실에 대해 검토한 내역을 보면, 청구법인은 해외현지법인인 Y○○에 대해 지급보증 대위변제한 금액 26,822,105,267원 중 기회수한 3,964,000,000원을 제외한 22,858,105,267원에서 1999. 4.16. 대지급하였으나 1997. 5.30. 지급보증한 8,955,936,085원만 대손금 인정하고, 그 외의 금액 13,902,169,182원은 1998. 1. 1. 이후 지급보증 기한연장한 사실을 확인하여 대손금을 부인하였고, 또한, Y○○에 대한 선급금 877,128,804원 및 Y○○ 차입금(Y○○가 자회사인 Y○○로부터 차입한 금액을 청구법인이 대지급한 것) 6,991,476,615원을 합한 금액 7,868,605,419원 중 기회수한 22,301,115원을 제외한 7,846,304,304원에서 1998. 5.26. 발생한 선급금 858,477,174원만 대손금 인정하고, 그 외의 금액 6,987, 827,130원은 1999. 1. 1. 이후 발생한 업무무관 가지급금인 사실을 확인하여 대손금 부인하였다. 보증채무 대위변제금액 등 대손처리 내역 (단위: 원) 대지급내역 Y○○ 차입내역 회수내역 대손금 계상액 대손금 인정액 대손금 부인액 일자 금액 지급 보증일 차입 은행 일자 금액

99. 2.18. 2,399,200,000 98.11.13. 연장

○○ BANK

00. 8.14. 266,000,000 2,133,200,000 2,133,200,000

99. 3.18. 2,418,404,000 98.11.18. 연장

○○ STL

00. 8.14. 269,000,000 2,149,404,000 2,149,404,000

99. 4.12. 3,711,538,169

98. 4.14. 연장

○○ STL 99.12.22.

00. 8.14. 306,000,000 412,000,000 2,993,538,169 2,993,538,169

99. 4.16. 10,506,936,085

97. 5.30. 장기차입

○○ 런던 99.12.22.

00. 8.14. 379,000,000 1,172,000,00 0 8,955,936,085 8,955,936,085

99. 4.22. 2,416,852,000

98. 9.24. 연장

○○ STL 99.12.22.

00. 8.14. 86,000,000 268,000,000 2,062,852,000

• 2,062,852,000

99. 4.23. 5,369,175,013 98.12.17. 연장

○○ BANK 99.12.22.

00. 8.14. 197,000,000 609,000,000 4,563,175,013

• 4,563,175,013 소계 26,822,105,267 3,964,000,000 22,858,105,267 8,955,936,085 13,902,169,182

98. 5.26. 877,128,804 선급금

00. 3.31. 18,651,630 858,477,174 858,477,174 99.11.30. 6,991,476,615 Y○○ 차입금

00. 8.10. 3,649,485 6,987,827,130 6,987,827,130 소계 7,868,605,419 22,301,115 7,846,304,304 858,477,174 6,987,827,130 합계 34,690,710,686 3,986,301,115 30,704,409,571 9,814,413,259 20,889,996,312

(3) Y○○에 대해 지급보증 대위변제한 금액 26,822,105,267원 중 대손부인한 13,902,169,182원은 1998. 4.14.부터 1998.12.17.까지 총 6차례에 걸쳐 외환은행 등 ○○에 지급보증 기한연장한 사실과 Y○○가 자회사인 Y○○로부터 차입한 금액을 청구법인이 대위변제한 금액 6,991,476,615원 중 대손금 부인한 6,987, 827,130원은 1999.11.30. 대위변제한 사실이 청구법인이 보관하고 있는 내부 󰡒품위보고󰡓 및 󰡒이사회 의사록󰡓등에 의해 확인된다.

• 마. 판단

(1) 청구법인은 1997년 이전에 지급보증을 하였으므로 1998년 이후 신규발생 지급보증이 아니라고 주장하고 있으나, 법인세법 부칙 제6조(1998.12.28. 법률 제5581호로 전면개정된 것) 제3항에 󰡒제34조 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 채무보증(이 법 시행 전에 채무보증한 것으로서 그 기한을 연장하는 것을 포함한다)하거나 지급하는 분부터 적용한다. 다만, 제34조 제3항 제1호의 경우 종전의 제14조 제1항의 규정을 적용받던 법인에 있어서는 1998년 1월 1일 이후 최초로 채무보증(1997년 12월 31일 이전에 채무보증한 것으로서 그 기한을 연장하는 것을 포함한다)하는 분부터 적용한다.󰡓고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1997년 이전에 지급보증하고 1998. 1. 1. 이후에 기한연장한 사실 및 1999. 1. 1. 이후에 대금지급한 사실이 확인되는 20,889,996,312원을 처분청이 대손금 부인한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 또한, 청구법인은 독점규제법 제10조의2의 규정에 의하면 금지되는 채무보증의 범위와 대상을 국내 계열회사에 한정하고 있으므로 청구법인의 경우 해외계열법인에 대한 채무지급보증이므로 대손금은 인정되어야 한다고 주장하고 있으나, 법인이 100％ 출자한 해외현지법인에 대한 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권은 법인세법시행령 제61조 제4항 각호에 규정하는 대손이 인정되는 예외적 채무보증의 범위에 포함되지 않는 것이므로(재법인-126, 2004. 2.19., 같은 뜻), 청구법인이 100% 출자한 해외현지법인 Y○○에 대한 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권에 대해 대손금 부인한 이건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

6. 쟁점 ③에 대하여

• 가. 청구이유

(1) 1999년~2001년 사업연도 중 ○○연구소 지출액에 대하여 청구법인은 경상연구개발비로 전액 비용처리 하였으나, 처분청은 동 기간 중 연구․개발업무 전담연구원에 대한 지출은 법인세법 시행령 제77조 제1항 제3호 (2001.12.31. 이전)의 연구개발비로서 이연자산에 해당한다고 보아 당해 비용 손금부인 후 5년간 균등액 상각하는 것으로 하여 과세하였다.

(2) 그러나 청구법인의 경우 연구개발비의 3대 요건(신기술 개발, 비경상적 발생경비, 미래의 경제적 효익 기대)에 맞지 않아 당기비용으로 처리한 것이므로 이를 비용인정 안한 처분은 타당성이 없다 할 것이며,

(3) 또한, 연구개발비도 기업의 존속이 전제되어야 5년 균등상각하여 비용처리가 가능하며 기업이 사실상 폐업하여 해체된 때에는 그날 일시상각으로 비용인정 되어야 할 것인 바, ○○연구소는 2003. 3.31.부로 (주)○○에 물적 분할 양도되었으므로 이날이 속하는 사업연도에 미상각잔액 전액을 손금추인하여야 할 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점 연구개발비는 이연자산인 연구개발비의 요건에 맞지 않으므로 처분청의 처분은 최소되어야 한다고 하나, 처분청은 청구법인이 이연자산(비경상적 비용)으로 서명 인정한 확인서 내용에 따라 처분한 것으로 적법하다.

(2) 또한, 청구법인은 ○○연구소는 2003. 3.31. 청구법인의 또 다른 현지법인인 (주)○○에 물적분할 양도되었으므로 그 사업연도의 미상각잔액을 2003년 사업연도 법인세 결정 시 손금추인하여야 한다고 주장하나, 관계법령에 의하면 기간손익계산을 위한 경과적 자산인 이연자산의 자산성을 인정하여 소유권을 행사하거나 또는 이를 타인에게 양도할 수 없는 것이므로 5년간 균등액을 상각한 처분은 적법한 것이며, 청구법인의 주장이 받아들여진다 하더라도 2003년 사업연도분은 처분사실이 없으므로 이 부분은 각하되어야 한다.

• 다. 관련법령

○ 법인세법 시행령 제77조 【이연자산의 평가】(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 삭제전의 규정)

① 제73조 제4호의 규정에 의한 이연자산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다. 1.~2. (생략)

3. 연구개발비: 신제품ㆍ신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

② 제1항의 규정에 의한 이연자산의 가액은 다음 각호의 방법에 의하여 각 사업연도의 손금에 이를 산입한다. 다만, 창업비ㆍ개업비 및 연구개발비의 경우 법인이 제1호 내지 제3호에 규정된 기간의 범위내에서 손금산입기간을 정하여 법인세 과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그 신고한 기간동안 균등액을 각 사업연도의 손금에 산입할 수 있다. 1.~2. (생략)

3. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도개시일부터 5년이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하는 방법 (이하 생략)

○ 법인46012-662, 1998.03.17. 법인이 부설연구소의 연구전담요원에게 지출하는 연구비용은 신제품, 신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 경우에는 연구개발비에 해당하는 것임

○ 감심2001-9, 2001.02.13. 경상기술개발비가 신제품․신기술 개발과 관련해 발생된 비경상적비용으로 이연자산인 연구개발비에 해당하므로 손금산입기간을 신고하지 않아 5년간 균등상각됨

○ 법인46012-196, 2003.03.21. (개발비 감가상각방법 처리기준)

(1) 감가상각방법

① 기업회계기준에 의한 개발비를 법인이 개발비로 계상하지 아니하고 당기비용으로 처리한 경우 당기비용으로 인정함

② ~ ④ (생략)

⑤ 개발비를 감가상각자산으로 계상하였으나 개발완료 전에 관련제품의 개발이 취소된 경우의 미상각개발비는 개발이 취소된 사업연도의 손금에 산입함

• 개발비는 개발이 완료되어 관련제품의 판매 또는 사용이 가능하게 된 시점부터 감가상각이 가능하므로 제품개발 진행 중 관련제품의 개발사업이 취소되고 개발실적이 향후 활용이 불가능한 경우에는 개발사업이 취소된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것임

(2) 시행시기

• 본 기준은 2002.12.31.이 속하는 사업연도분부터 적용하는 것이며,

• 2001.12.31. 이전 최초로 개시하는 사업연도에 대하여는 종전의 이연자산 상각방법을 적용하는 것임

• 라. 사실관계

(1) 청구법인은 1999년 사업연도부터 2001년 사업연도까지의 ○○연구소 지출액에 대해 손금산입기간을 신고하지 않고 경상연구개발비로 전액 비용처리하였으나, 처분청은 그 지출내역 중 연구․개발업무 전담연구원에 대한 지출은 연구개발비로서 이연자산에 해당한다고 보아 당해 비용 4,611,927,996원을 손금불산입하고, 동 상각비 2,823,317,509원(1999년~2002년 중 상각비)을 손금산입 하였다.

(2) 청구법인은 ○○지방국세청장의 법인세 통합조사 시 미국에 있는 ○○연구소에 대한 1999년부터 2001년까지의 지출내역 중 ○○연구소 총 직원 61명 중 연구․개발업무 전담연구원 12명에 대한 지출에 대하여 경상적 비용과는 별도로 비경상적 비용(총 비용 중 약 25%)으로 구분기재하여 조사공무원에게 제시한 사실이 󰡒○○연구소 비용명세서󰡓등에 의해 확인된다.

○○연구소 비용 처리내역 (단위: 원) 사업연도 총 비용 경상적 비용 비경상적 비용 계 18,279,599,838 13,667,671,842 4,611,927,996 1999년 5,988,263,037 4,338,304,310 1,649,958,727 2000년 5,969,493,245 4,376,679,141 1,592,814,104 2001년 6,321,843,556 4,952,688,391 1,369,155,165

(3) 또한, ○○연구소 부서별 업무표에 의하면 Software팀(신제품 구동프로그램 제작 및 Demo File 제작 업무) 및 Hardware팀(신제품 시스템 구상 및 스타일 제작, 신제품 회로설계 업무) 내에 연구․개발업무 전담연구원이 소속되어 신제품 제작 업무에 종사하고 있었던 것으로 ○○연구소 조직 및 인원현황표와 부서별 업무표에 의해 확인된다.

(4) 청구법인은 ○○연구소가 2003. 3.31. (주)○○에 물적 분할 양도되었다고 주장하고 있다.

• 마. 판단

(1) 세법상 연구개발비는 신제품․신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것으로 하되, 연구개발비로 계상한 사업연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 상각하여야 함을 알 수 있다.

(2) 청구법인의 경우 연구개발비의 요건에 맞지 않아 당기비용으로 처리한 것이므로 이를 비용인정 안한 처분은 타당성이 없다고 주장하나, 법인이 부설연구소의 연구전담요원에게 지출하는 연구비용은 신제품․신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 경우에는 연구개발비에 해당되는 것이며(법인46012-662, 1998. 3.17., 같은 뜻), 청구법인이 조사공무원에게 ○○연구소의 직원 중 연구․개발업무 전담연구원에 대한 지출에 대하여 비경상적 비용으로 구분기재하여 서명 확인한 사실이 있고, 실지 ○○연구소의 Software팀 및 Hardware팀 내 연구․개발업무 전담연구원이 신제품 제작 업무에 종사하였던 사실이 확인되므로 그 전담연구원에게 지급한 비용은 신제품․신기술 개발과 관련하여 발생된 비경상적 비용으로 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 이연자산인 연구개발비에 해당된다 할 것이므로 처분청에서 ○○연구소 총 비용 18,279,599,838원 중 경상적 비용 13,667,671,842원을 제외한 4,611,927,996원을 연구개발비로 보아 손금불산입하고, 동 상각비 2,823, 317,509원(1999년~2002년 중 상각비)을 손금산입한 이건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 또한, ○○연구소는 2003. 3.31.부로 (주)○○에 물적분할 양도되었으므로 이 날이 속하는 사업연도에 미상각잔액 전액을 손금추인하여야 한다고 주장하나, 개발비 감가상각방법 처리기준(법인46012-196, 2003. 3.21.)에 의하면 개발비를 감가상각자산으로 계상하였으나 개발완료 전에 관련제품의 개발이 취소된 경우의 미상각개발비는 개발이 취소된 사업연도의 손금에 산입한다고 규정하고 있는 바, 이 기준은 2002.12.31.이 속하는 사업연도분부터 적용하는 것이고, 2001.12.31. 이전 최초로 개시하는 사업연도에 대하여는 종전의 이연자산 상각방법을 적용하는 것이므로 2003년도에 부설기관인 ○○연구소를 양도한 이 건의 경우 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 이의신청은 심의결과 청구인 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.