교환으로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 소재한 법인으로, 농어촌정비사업 및 농업기반시설을 종합 관리하는 등 농, 어촌관련 업무를 총괄하는 공사로서, 청구법인 소유인 ○○도 ○○시 ○면 ○○번지 외 ○○필지 90,705㎡(이하“양도토지”라 한다)와 ○○시 소유인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 ○○필지 70,526㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 202. 6.26.자로 교환하여, 2002. 1. 1.~2002.12.31. 사업연도에 양도토지에 대한 양도차익 24,324,366,780원을 압축기장충당금을 설정하여 손금산입 하였고, 또한 2002. 1. 1.~2002.12.31. 사업연도에 농지사업 관련 매출채권에 대한 대손충당금 2,389,571,210원을, 농지매매사업 수입금액을 합산하여 이에 상당한 71,707,717원을 접대비로, 청구 외 ○○마을관련 지급이자 687,347, 256원을 잡손실로 계상(이하 위 3건을 “쟁점외 처분”이라 한다)하여 손금산입하였다.

○○지방국세청장은 청구법인의 위 신고내용에 대하여 서면분석 결과, 손금으로 계상한 양도토지에 대한 양도차익에 대하여 ○○시는 사업자가 아닌 국가기관으로서 쟁점토지를 농수로사업에 사용하지 않았고 대체농수로를 교환. 제공하기 위하여 양도토지를 농민으로부터 협의취득 후 청구법인과 교환하였으므로, 쟁점토지는 ○○시가 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하였던 양도토지와 동일한 종류의 고정자산에 해당하지 않는다고 보아 양도토지에 대한 양도차익을 손금불산입 유보처분 하였고, 쟁점외처분액을 유보처분 등을 하여 처분청에 통지하였다. 처분청은 이를 근거로 2004. 2. 2. 청구법인에게 2002. 1. 1.~2002.12.31. 사업연도 법인세 10,331,087,879원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 5. 3. 이 건 이의신청을 하였다.

• 가. 청구취지 “○○세무서장이 2004. 2. 2. 청구법인에게 부과처분한 2002. 1. 1.~2002.12.31. 사업연도 법인세 10,331,087,879원 중 9,143,410,800원을 취소한다.”라는 결정을 구한다.
• 나. 청구주장

○○시는 농어촌정비법 제10조 제1항 에 의하여 생산기반정비사업을 시행하는 지방자치단체로서, 법인세법 제50조 의 규정 취지는 두 내국법인간의 자산교환을 촉진하여 자산의 효율성을 높이기 위한 것이며, 다른 내국법인이 당해 사업을 시행할 수 있는 법적인 권한이 있는지 여부를 따질게 아니라 고정자산이 실질적으로 당해 사업에 사용되었는지 여부를 판단할 사항이므로, 쟁점토지는 ○○시가 실질적으로 농수로 사업에 사용하였던 토지인 바 당초 처분 부당하다.

법인세법 제50조 (교환으로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입)의 규정은 교환 당사법인이 동일한 종류의 교환대상자산을 2년 이상 당해 사업에 직접 사용한 후 교환하는 경우에 한하여 적용하는 것으로, 청구법인이 국가기관이며 비사업자인 ○○시로부터 교환취득한 쟁점토지는 ○○시가 농업생산정비사업을 할 목적으로 농수로를 대체 교환하기 위한 목적으로 새로운 농수로를 건설하여 제공한 것으로서, 청구법인이 ○○시로부터 교환취득한 쟁점토지는 ○○평야 일대 청구법인 소유의 농수로와 연결된 일부로 ○○시가 단독으로 사용할 수 없으며, 청구법인이 쟁점토지의 준공(1999.12.) 이전인 1998. 4.부터 가사용하였다는 ○○시 도시개발과 회신내용과 같이 교환 당사자인 ○○시가 농수로를 2년 이상 직접 사용하지 않았음이 확인되므로 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점

○○시가 쟁점토지를 2년 이상 농수로로 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

○ 법인세법 제50조 【교환으로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

① 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국법인이 2년이상 당해 사업에 직접 사용하던 고정자산으로서 대통령령이 정하는 자산 (이하 이 조에서 “사업용고정자산” 이라 한다)을 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자외의 다른 내국법인이 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 사업용고정자산(이하 이 조에서 “교환취득자산”이라 한다)과 교환(대통령령이 정하는 다수법인간의 교환을 포함한다)하는 경우 당해 교환취득자산의 가액 중 교환으로 발생한 사업용고정자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

② 제1항의 규정은 내국법인이 교환취득자산을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 교환 직전의 용도와 동일한 용도에 사용하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

○ 법인세법시행령 제86조 【교환으로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

② 법 제50조 제1항에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 토지. 건축물. 조세특례제한법시행령 제3조 제2항 의 규정에 의한 자산 기타 재정경제부령이 정하는 자산을 말한다.

○ 농어촌정비법 제10조 【농업기반정비사업시행계획의 고시등】

① 농업기반정비사업시행자는 제8조의 규정에 의한 농업기반정비사업 시행계획이 수립된 지역에 사업을 시행하고자 할 경우에는 당해 농업기반정비사업을 고시하고 그 시행계획을 제11조의 규정에 의한 농업기반정비사업에 참가할 수 있는 자격이 있는 자에게 열람시켜야 하며, 3분의 2 이상이 동의하여야 한다. 다만, 농림부령이 정하는 특수한 사유로 인하여 이러한 동의를 얻을 수 없는 경우에는 그 지역내의 수혜면적의 3분의 2 이상에 해당하는 토지소유자의 동의를 얻어야 한다.

○ 농어촌정비법 제11조 【농업기반정비사업에 참가할 수 있는 자격】 농업기반정비사업에 참가할 수 있는 자격이 있는 자는 그 사업의 시행지역내에 있는 토지에 관하여 다음 각호의 1에 해당하는 권리를 가지고 있는 자로 한다.

1. 농업의 목적으로 사용. 수익하는 토지의 소유자

2. 농업의 목적으로 사용. 수익하기 위하여 토지에 소유자외의 물건(등기된 임차권을 포함한다. 이하 같다)을 가지고 있는 자

3. 농업외의 목적으로 사용. 수익하는 토지의 소유자나 농업외의 목적으로 사용. 수익하기 위하여 토지에 소유권외의 물건을 가지고 있는 자

• 다. 사실관계

1. 청구법인과 처분청간 쟁점외처분과 쟁점토지의 처분액에 대하여는 다툼이 없다.

2. ‘○○시 회신문’에 의하면, “쟁점토지와 양도토지를 청구법인과 교환하게 된 이유로, 기존 청구인 소유의 농업용수로(양도토지)에서 인근지역으로의 하수 유입으로 인한 오염을 방지하고 주민생활 위험 및 익사사고를 예방하며 합리적인 도시개발계획 추진 및 쾌적한 환경을 조성하고자 ○○지구 택지개발사업과 병행하여 추진하였다”라고 기재되었다.

3. ‘신구농수로 용지교환계약서’에 의하면, ○○시와 청구법인간에 쟁점토지와 양도토지를 2002. 6.26.자로 교환계약서를 작성하여 등기접수일자 2002. 8. 7.로 ○○지방법원 ○○지원 ○○등기소에 접수한 사실과 ○○시와 청구법인간 교환가액을, 양도토지 사정가액 32,831,515.5천원, 쟁점토지 사정가액 7,664,966.8천원으로 평가하였음이 확인된다.

4. ○○지방국세청장은, ○○시 소유였던 쟁점토지는 법인세법 제50조 제1항 에서 규정한 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하던 종류의 고정자산에 해당하지 않는다고 보아 청구법인이 손금산입한 압축기장충당금 24,324,366,780원을 손금불산입(유보처분)하고, 쟁점 외 처분을 한 3,159,626,183원을 손금불산입(유보처분 등)하여 청구법인에게 2004. 2. 2. 2002. 1. 1.~2002.12.31. 사업연도 법인세 10,331, 098,8 79원을 결정·고지하였다.

5. 쟁점토지 사용·관리와 관련한 ‘○○시 회신문’에 의하면, “쟁점토지는 1999.12. 6. 준공되었고 2001. 3.13. 청구법인에게 인계하였으며, 공사 준공 전 가사용하기 위하여 1998. 4. 9. 농업용수가 통수된 이후로 청구법인이 관리. 사용하였다”는 회신내용이다.

6. 쟁점토지 준공일은 ○○간선간농업용수로 이설공사를 한 ‘준공검사조사서’에 의하면 1999.12. 6. 준공 되였음이 확인된다.

• 라. 판단 1) 법인세법 제50조 의 규정은, 사업 또는 자산의 맞교환에서 발생하는 자산양도차익에 대하여 기업간 전략적 제휴 및 사업구조조정을 정책적으로 지원하고자 하는 데 그 취지가 있다 할 것이므로, 청구법인은 농·어촌관련업을 주업으로 하는 법인체로서 양도토지를 농업용수로로 사용하였고, ○○시는 국가기관으로서 자체 시행한 ○○택지개발지구에 양도토지가 편입되자 청구법인과 고정자산을 교환하기 위하여 쟁점토지를 농수로로 건설한 것인 바, 법인세법 제50조 에서 규정한 대상법인에 해당하지 아니한다고 판단되며,

2. 아울러, 교환대상 자산은 교환당사법인 모두 2년 이상 당해 사업에 사용한 것이어야 하는 것인데, ○○시는 청구법인이 농수로로 사용한 양도토지와 교환하고자 쟁점토지를 농수로로 건설하였음이 교환계약서에 의하여 알 수 있으며, 쟁점토지가 준공(1999.12. 6.)되기도 전인 1998. 4. 9.부터 청구법인이 가사용. 관리하였음이 ○○시 회신문에 의하여 확인되므로, 처분청이 쟁점토지를 ○○시가 직접 사용하지 않은 것으로 보아 쟁점토지 양도차익을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

따라서 이 건 이의신청은 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.