유가증권처분손실의 손금 여부

이 건 이의신청은 청구법인 주장이 이유 있으므로 처분청이 청구법인에게 한 2000. 1. 1.~12.31. 사업연도 법인세 경정거부 처분은 4,485,699,336원을 손금으로 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하는 서비스 외 광업을 주업으로 하는 법인으로, 1999년 하반기에 3회에 걸쳐 총 18,000백만원을 수익증권에 투자하여 2000. 1. 1.~12.31. 사업연도에 관련 수익증권을 처분하는 과정에서 발생한 유가증권처분손실 4,503,529,857원이 유가증권평가손실로 계상한 금액 5,980,339,120원에 포함됨에 따라 세무조정 시 이를 손금 불산입 하였는 바, 이에 청구법인은 실제로 발생한 유가증권처분손실을 손금으로 인정하여 줄 것을 요구하며 2002. 7.16. 처분청에 경정청구서를 제출하였으나, 처분청은 청구법인이 제출한 위 경정청구서에 대해 세액을 경정할 수 없다는 내용의 거부통지를 2003. 6.12. 청구법인에게 서면으로 통보하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003. 9. 9. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구취지 위 경정거부 처분의 취소를 구한다.
• 나. 청구이유 청구법인의 2000년 수익증권의 취득 및 처분 거래가 회사의 정상적인 결재과정에 의하지 못하였고 해당 수익증권의 운용에 관련한 거래내역도 회사의 장부에 적절하게 반영되지 아니하였으나, 수익증권의 처분 금액에 대한 횡령은 발생하지 아니하고 다른 수익증권의 펀드에 투자되어 회사에 유보되어 있고 투자 수익증권의 운용은 자금부장의 정상적인 업무범위에 속하는 것이므로,

2000. 1. 1.~12.31. 사업연도 청구법인의 장부에 계상한 유가증권평가손실 중 수익증권의 취득 및 처분거래에서 실제로 발생한 유가증권처분손실에 해당하는 명목상 유가증권평가손실 4,503,529,857원을 손금으로 인정하여 달라는 경정청구에 대해 거부 처분한 처분청의 당초 처분은 부당하다.

2000. 1. 1.~12.31. 사업연도에 발생된 유가증권처분손실은 회사 결재권자의 결재 없이 자금 부장이던 청구 외 이○○의 임의적인 판단에 의해 수익증권을 처분 및 운용함으로 인하여 발생된 것이고 관련 거래내용을 청구법인의 장부에 반영하지 아니하였으며, 청구법인이 2000년도의 수익증권 처분 및 운용과 관련하여 자금부장을 업무상 배임죄, 횡령혐의로 고발하여 재판이 계류 중인 바, 청구법인에 귀속되는 정상적인 의사결정 행위로 보기 곤란하고 또한 재판결과에 따라 회사손실의 행위자에 대한 구상권 문제도 발생할 수 있어, 청구법인의 손금으로 용인할 수 없으므로 청구법인의 손금인정 경정 요구에 대하여 거부 처분한 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 유가증권처분손실에 대한 법인세 과세표준 및 세액의 경정요구에 대한 경정거부처분이 적법한 지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정 신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정 신고기한 경과 후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (이하 생략)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입 할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양 도당시의 장부가액(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 (가) 청구법인은 자금운용을 위하여 내부결재를 득하여 1999. 8. 5. ○○투자신탁(홀인원v-83호) 100억원, 1999. 9.14. ○○증권(뮤추얼자산배분형) 30억원, 1999. 11.30. ○○투자증권(○○○30시리즈1호) 50억원 등 3개사의 수익증권 3개 상품을 180억원에 취득하여, 1999년에 위 수익증권을 평가하여 청구법인의 장부상에 유가증권평가손익으로 281,540,000원을 계상하고, 투자회사 취득가액① 평가금액② 평가손익①-②

○○투자신탁 10,000,000,000 9,771,000,000 -229,000,000

○○증권 3,000,000,000 3,308,400,000 308,400,000

○○증권 5,000,000,000 5,202,140,000 202,140,000 계 18,000,000,000 18,281,540,000 281,540,000 (단위: 원) 이를 처분한 2000년에도 유가증권평가손익으로 -5,980,339,121원을 계상한 사실이 확인된다. 투자회사 평가액① 평가금액② 평가손익①-②

○○투자신탁(○○은행) 9,771,000,000 6,489,500,000 -3,281,500,000

○○증권(○○증권) 3,308,400,000 2,123,525,421 -1,184,874,579

○○증권(○○증권) 5,202,140,000 3,688,175,458 -1,513,964,542 계 18,281,540,000 12,301,200,879 -5,980,339,121 (단위: 원) ※ ()안은 재투자한 투자회사임 (나) 청구법인은 위 수익증권을 처분한 2000. 1. 1.~12.31. 사업연도의 유가증권처분손익을 검토 결과, 청구법인은 위 ○○증권의 수익증권에서 발생한 처분손실이 -91,453,696원이라며 경정청구 하였으나, 심리과정에서 처분손실이 -73,623,175원임이 확인되어 당초 청구법인이 경정청구 시에 손금 요구한 유가증권처분손실 4,503,529,857원과 -17,830,521원만큼 처분손실이 차이가 있음이 확인된다. 그리고 청구법인은 2000. 1. 1.~12.31. 사업연도에 수익증권을 처분하여 발생한 유가증권처분손실 4,485,699,336원을 포함하여 5,980,339,120원을 유가증권평가손실로 장부상 계상하여 세무조정 시 손금 불산입한 사실을 알 수 있다. 투자회사 취득일 취득금액 처분일 처분금액 처분손익

○○투자신탁

1999. 8. 5. 9,771,000,000

2000. 7.18. 7,642,000,000 -2,129,000,000

○○증권

2000. 7.21. 5,545,957,230

2000. 8.24. 5,472,334,055 -73,623,175

○○증권

1999. 9.14. 3,308,400,000

2000. 9. 2. 2,572,801,864 -735,598,136

○○투자증권 1999.11.30. 5,202,140,000 2000.11.28. 3,609,364,445 -1,592,775,555

○○증권 2000.11.28. 3,609,364,445 2000.12.26. 3,654,661,975 45,297,530 계 -4,485,699,336 (단위: 원) (다) 또한, 청구법인은 자금부장이던 청구 외 이○○에 대해 장외주식 매입 등과 관련하여 매입혐의로 검찰에 고발하여 현재 재판 진행 중인 사실이 확인된다.

○ 판단 비록 유가증권처분손실이 회사 결재권자의 결재 없이 당시 자금부장이던 청구 외 이○○의 임의적인 판단에 의해 수익증권을 처분 및 운용함으로 인하여 발생된 것이고 관련 거래내용 또한 청구법인의 장부에 반영하지 아니하였다고는 하나, 이는 당시 청구법인의 수익증권 운용담당자인 자금부장이 청구법인의 회사자금을 횡령하고 사문서를 위조하는 등 정상적인 회계처리를 방해함으로 인하여 청구법인이 2000. 1. 1.~12.31. 사업연도 결산 시 유가증권처분손실을 알지 못한 것으로 이 또한 청구법인의 자산을 처분하여 발생한 손실이고, 청구법인이 1999년에 자금운용을 위하여 180억원에 취득한 ○○투자 등 3개사의 수익증권을 2000년에 처분하고 발생한 4,485,699,336원의 유가증권처분손실을 계상하지 아니하고, 위 수익증권을 회사 내에 보유하고 있는 것으로 간주하여 유가증권평가손실로 계상한 사실이 확인되는 점 등을 종합하여 볼 때, 유가증권처분손실을 손금으로 인정하여 줄 것을 요구한 청구법인의 경정청구를 받아들이지 아니한 처분청의 경정거부처분은 부당하다고 판단되므로 실제 발생한 유가증권처분손실 4,485,699,336원을 손금에 산입하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 이의신청은 심의결과 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.