경정처분시 중소제조업특별세액감면을 적용 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에 본점(2001. 4.14. ○○시 ○○동 ○○번지에서 세적을 이전하였음)과 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 및 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 각 지점을 둔 법인으로서 ○○지방국세청의 청구법인에 대한 세무조사결과에 따라 처분청은 청구법인이 구 조세감면규제법상 중소기업투자세액공제금액으로 1996년 사업연도에 2,868,450원, 1997 사업연도에 30,796,931원을 각 적용하여 신고한 것을 구 조세감면규제법 제47조의 ‘수도권 안의 투자에 대한 조세감면 배제’규정에 해당한다 하여 이를 부인하고 다른 조사내용을 반영하여 법인세 1996년 사업연도분 27,914,420원, 1997년 사업연도분 333,577,060원을 각 경정하여 2002. 3.12. 청구법인에게 고지(2002. 3.18. 송달) 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002. 6.14. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구취지 위 부과처분 중 구 조세감면규제법 제7조의 ‘중소제조업 등에 대한 특별세액감면’(이하 “중소제조업특별세액감면”이라 함)규정을 적용하여 재경정하여 줄 것을 구한다.
• 나. 청구이유 중소기업투자세액공제는 처분청의 의견과 같이 배제되어야 한다고 생각하지만, 처분청은 감면신청을 하지 아니하였다는 이유로 중소제조업특별세액감면을 배제하고 이 건 부과처분을 하였으나 청구법인이 이 감면의 혜택을 거부한 것이 아니고 중소기업투자세액공제와 동시에 적용받을 수 없도록 규정되어 있었기 때문이며, 중소제조업특별세액감면은 중소기업으로서 법령에 규정된 업종에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하게 되어 있는 것으로서 다른 특별한 감면요건이 규정되어 있지 아니하므로 감면을 받고자 하는 자는 과세표준 신고와 함께 세액감면신청서를 관할세무서장에게 제출하도록 되어 있다 하더라도 이는 훈시적 규정으로 보아서 그 감면신청서를 제출하지 아니하였다 하더라도 위 세액감면 자체가 배제되는 것은 아니라고 보는 것이 상당하다.(감심99-300, 199.9.21., 소득46011-2051, 1998. 7.23., 법인46012-315, 2001. 2. 7. 참조) 본 건의 경우도 훈시적 규정에 해당하고 청구법인이 2002. 3.31.자로 중소제조업특별세액감면 상당액을 추가로 기업합리화적립금으로 적립하였으므로 비록 청구법인이 당초 신고시에 감면신청을 하지 못하였어도 처분청의 경정시에 중소제조업특별세액감면은 적용되어야 한다.

청구법인은 당초 ○○지방국세청의 조사결과에 따른 경정내용에 이의를 제기한 것이 아니라 당초 신고시 적용하지 않은 구 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 중소제조업특별세액감면을 적용받기 위하여 2002. 3.31. 해당 기업합리화적립금을 적립한 후 세액감면을 신청하는 것으로서 이는 경정청구를 통하여 세액감면을 신청할 대상이므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 구 조세감면규제법 제7조의 규정에 의한 ‘중소제조업특별세액감면’을 청구법인이 해당 사업연도의 법인세 신고시 적용하지 아니하고, 해당 감면세액 상당액의 기업합리화적립금도 그 적립시기에 적립하지 아니한 경우에 있어서 처분청이 경정처분시 중소제조업특별세액감면을 적용하여야 하는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 조세감면규제법 제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액 감면】

① 제조업. 부가통신업. 연구 및 개발업. 방송업. 엔지니어링사업. 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득(이하 이 조에서 “제조업소득 등”이라 한다)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액이 100분의20에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 1994년1월1일(부가통신업. 연구 및 개발업. 방송업. 엔지니어링사업과 물류산업의 경우에는 1995년1월1일)이후 최초로 개시하는 과세연도 및 그 이후의 각 과세연도에 있어서 다음 각 호의 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.(1995. 12.29. 개정)

1. 제118조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비 및 준비금의 손금산입

2. 제118조 제1항 제2호의 규정에 의한 소득공제

3. 제118조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제

① 제조업. 부가통신업. 연구 및 개발업. 방송업. 엔지니어링사업. 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.(96.12.30. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 제조업소득 등에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(94.12.12. 개정=96.12.30. 삭제)

③ 제1항의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세감면규제법 제123조 【기업합리화적립금의 적립】

① 제5조 내지 제7조. 제9조 내지 제11조 제20조 제25조 내지 제27조 제31조 제7항 내지 제9항 제32조 제8항 제34조 제38조 제45조 제46조 제50조 제51조 제53조 제54조 제88조 제93조 제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제. 세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. (95.12.29. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제. 세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항에 의한 기업합리화적립금은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.

④ 제1항의 세액공제. 세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 소득세 상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다.

○ 제146조 【감면세액의 추징】 제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제. 세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체 없이 징수한다.

1. 제123조의 기업합리화적립금을 동조 제3항에 규정된 방법에 의하지 아니하고 처분한 때

○ 조세특례제한법시행령 제108조 【기업합리화적립금의 적립 등】

① 법 제123조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업 회계상 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조 제1항 의 결산 확정일을 말한다)이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증가된 경우

② 제1항 제1호에서 처분가능이익이라 함은 당기순이익에서 이월결손금과 상법 제458조 의 규정에 의하여 적립한 당해 과세연도의 이익준비금을 공제한 금액을 말한다.

③ 제1항의 규정에 의한 사유로 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 사업연도의 이익금 처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

④ 법 제23조 제1항의 세액공제. 세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액에 상당하는 금액을 다음의 용도에 사용하여야 한다.(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 구 조세감면규제법 제7조 제1항의 규정에 의하면 제조업 등을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면(이 건에서 ‘중소제조업특별세액감면’을 말함)하되, 1995.12.29. 개정법률 제5038호의 동 조 동 항 단서규정에 의하면 중소기업특별세액감면을 적용할 수 없도록 규정하였다가 1996.12.30. 개정법률 제5195호에서는 위 단서규정이 삭제되면서 중소기업투자세액공제와 중소제조업특별세액감면은 중복적용이 가능하도록 개정되었다. 같은 법 제123조의 규정에 의하면 중소기업투자세액공제나 중소제조업특별세액감면을 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고, 이를 적립하여야 할 자가 적립하지 아니한 경우에는 당해 세액공제나 세액감면을 적용하지 아니하되, 다만 기업 회계상 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우나 당해 과세연도의 결산확정일 이후의 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증가된 경우에는 그 다음 사업연도의 이익처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 추가적으로 적립할 수 있도록 규정하고 있다.

(2) 청구법인의 경우 이 건 부과처분 대상 과세기간의 청구법인의 이익잉여금처분계산서상 처분가능이익 보면 1996년 사업연도는 1,4230,040,876원이며 1997년 사업연도는 1,867,932,557원으로 확인된다. 따라서 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 기업합리화적립금을 적립하지 못할 예외적인 사유. 즉, 당해 사업연도의 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하거나 당해 사업연도의 이익금처분이 종료된 결산확정일 이후의 세무조정으로 인하여 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증가된 경우로 인하여 중소기업특별세액감면을 적용받기 위한 기업합리화적립금을 적립하지 못할 사유는 발견되지 아니한다.

(3) 청구법인의 청구이유 중 구 조세감면규제법상 중소제조업특별세액감면과 중소기업투자세액공제를 동시에 적용할 수 없도록 규정되어 있어서 청구법인이 후자의 세액공제를 적용받았기 때문에 전자의 세액감면을 신청하지 아니하였다는 이유에 대하여 보건데, 청구법인의 중소기업투자세액공제는 청구법인의 소재지가 ○○시 지역이어서 당초부터 그 대상이 아니었음은 청구인과 처분청간에 다툼이 없이 자명하고, 여기에 1997년 사업연도에는 위 두 감면의 중복적용이 가능하였던 규정을 감안해서 볼 때 중소기업투자세액공제와 중소제조업특별세액감면과는 중복될 여지가 없다고 할 것이다. 또한 선택적인 경우를 가정하더라도 중소기업투자세액공제보다는 중소제조업특별세액감면이 훨씬 유리한 것으로서 청구법인은 위 두 감면이 중복되기 때문에 중소제조업특별세액감면을 적용받지 않았다는 이유는 예외적으로 인정하여 받아들일 만한 사유가 못된다고 판단된다.

(4) 청구법인이 청구이유에서 인용한 감사원의 심사결정례와 국세청의 예규를 보면, 감심99-300의 경우는 과세표준을 결손으로 신고한 법인이 과세관청의 세무조사로 인하여 납부할 세액이 발생하고 당해 법인이 당초 법인세 신고시 과세표준금액이 결손으로 되어 있어서 감면신청서를 제출하지 못하고 국세기본법 규정에 의한 적법한 경정청구를 통해 감면신청한 경우이고, 예규46012-315의 경우는 법인이 결손 및 감면세액의 미미 등으로 중소제조업특별세액감면을 적용받지 않은 사업연도의 과세표준 경정에 따라 소득이 발생 또는 증가한 경우 또는 감가상각의제규정을 적용하는 것이 당해 법인에게 불리한 경우를 가정한 예규이고, 예규소득46011-2051의 경우는 기업합리화적립금의 적립대상이 아닌 개인이 법인으로 전환한 경우를 가정한 예규로서 청구법인의 경우와는 맞지 않은 사례로써 청구법인의 경우와 같이 당초부터 중소제조업특별세액감면의 적용이 가능한데도 적용하지 않고 상당 기업합리화적립금조차 아예 적립하지 아니한 경우까지 무제한으로 적용될 수는 없는 사례들이라고 할 것이다.

(5) 더 나아가 청구법인이 기업합리화적립금을 추가적으로 적법하게 적립 하였는지 여부를 불문하고 청구법인이 당초 당해 사업연도의 법인세 신고시부터 중소제조업특별세액감면을 적용하지 아니하고 당해 사업연도의 이익처분시 기업합리화적립금도 적립하지도 아니하였는데, 이렇게 청구법인이 기업합리화적립금을 적립하지도 아니한 이상 적법한 경정청구에 의한 것도 아닌 이 건 경정처분시 처분청이 중소제조업특별세액감면을 무조건적으로 또는 적극적으로 적용하여야 할 의무는 없는 것으로 판단되며 나아가 이 건 경정으로 인해 증가된 세액에 대하여도 마찬가지라고 할 것이다. 그러므로 처분청이 경정시 청구법인에 대하여 중소제조업특별세액감면을 적용하지 아니하고 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 이의신청은 심의결과 청구인 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제4항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.