① 가산세 부과사유에 해당 여부 ② 신규 취득 자산의 감가상각 개시일이 언제인지 여부

○○세무서장이 2001.12. 3. 청구법인에게 한 법인세 1999사업연도 귀속 365, 872,690원과 2000사업연도 귀속 293,364,130원의 부과처분은 감가상각비 1999사업연도 귀속 350,107,955원(기계장치 상각분)과 2000사업연도 귀속 269,379,719원(기계장치 상각분 190,681,534원, 건물 상각분 78,698,185원)을 손금불산입에서 제외하여 경정하고 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 기각합니다.

처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과 2000사업연도 중 자기주식 3,296,337주(액면가액 3,296,337,000원, 취득가액 10,983,750,000원)을 취득하고 청구법인이 신고한 주식등변동상황명세서에 자기주식의 취득에 대한 거래내용을 표시하지 아니하였다 하여 주식등변동상황명세서 제출불성실가산세로 65,926,740원(3,296,33 7,000⨉2%)을 산정하고, 청구법인이 개발 중인 제품(초고압차단기)의 생산을 위한 기계장치 및 건물의 회사계상 감가상각비 1999사업연도분 350,107,955원(기계장치 상각분), 2000사업연도분 269,379,719원(기계장치 상각분 190,681,534원, 건물 상각분 78,698,185원)에 대하여 당해 자산에 대한 감가상각 개시시점(정상제품의 생산을 위한 실제가동일)이 도래하지 아니하였다 하여 손금불산입하면서 다른 조사·적출사항을 반영하고 위 기재의 가산세를 포함하여 2001.12. 3. 청구법인에게 법인세 1999사업연도분 365,872,690원, 2000사업연도분 293,364,130원 합계 659,236,820원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002. 2.20. 이 건 이의신청을 제기하였다.

• 가. 청구취지 처분청이 2001.12. 3. 결정고지한 1999사업연도 법인세 365,872,690원 중 98, 030,227원과 2000사업연도 법인세 293,364,130원 중 180,665,461원(법인세 75, 426,321원 및 가산세 105,239,140원)의 취소를 구한다.
• 나. 청구이유

○ ‘쟁점1’ 관련 청구법인은 2000사업연도 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서(갑)에 자기주식 취득분을 ‘소액주주란’에 합산하여 신고하였는데, 청구법인이 2000년6월 ○○(주)와 합병하는 과정에서 합병결의 반대주주가 상법 제530조 규정에 의한 주식매수청구권을 행사하여 취득한 것으로 음성적이거나 변칙적인 거래의 은닉을 위한 목적이 아닌 법적 의무사항 이행을 위해서 불가피하게 자기주식을 취득한 것이다. 당해 자기주식은 2000사업연도 대차대조표상 자본조정항목에 자기주식으로 별도 표시되어 있고, 감사보고서 주석사항에 “회사는 자기주식의 가격안정과 주식배당 및 무상증자 시 발행한 단주의 처리를 위하여 기명식 보통주식 3,296,337주(취득가액 10,983,570천원)를 시가로 취득하여 자본조정계정으로 계상하고 있으며, 향후 시장상황에 따라 처분할 예정입니다”라고 표시되어 있다. 따라서 법인세법시행령 제120조 5항 단서의 규정에 의해 “그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우”에 해당되므로 주식등변동상황명세서 제출불성실가산세의 부과처분은 부당하다.

○ ‘쟁점2’ 관련 청구법인은 중전기기제품 생산업체로서 1967년부터 1997년까지 25.7KV GIS(Gas insulated Switch gear; 가스절연차단기)한가지 규격만을 생산·판매해 오다가 초고압용 170kv GIS(이하 “신제품”이라 함)개발·생산을 목표로 투자계획을 세우고 199 7년 12월(1998년12월의 오기로 보임)부터 신제품의 제조에 관련된 기계설비를 취득하였고, 건물은 1998년에 착공하여 2000년에 완공한 후, 신제품이 2001. 4월 ○○공사의 KERI시험(○○기술연구원의 인증시험)에 최종 통과되어 수주에 성공할 때까지 신제품개발에 계속 사용하였으며 이에 대하여 감가상각비를 계상한 것은 정당한 것이다.

○ ‘쟁점1’ 관련 주식등변동상황명세서의 제출불성실가산세를 부과하지 아니하는 법인세법시행령 제12조 제5항 의 단서규정 “다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 경우로서...”는 주식 등의 변동내용을 당해 변동명세서상에 별도의 기록을 전제로 하고 있는데, 청구법인의 경우 원천적으로 기재사항이 없으므로 이 단서규정을 적용할 여지가 없고, 주식등변동상황명세의 제출의무는 법인세법 제119조 에 별도규정으로 부여되고 이를 위반한 경우 가산세를 부과하는 것으로, 청구법인의 경우와 같이 대차대조표에 자기주식으로 기재한 사실, 감사보고서의 주석 기재사항에 의하여 무신고한 사실이 확인된다 하여 가산세 부과대상에서 제외 한다고 볼 수 없으며, 국세청의 견해도 자기주식을 소액주주에 포함(자기주식은 소액주주의 법리를 적용하지 아니함)하여 신고함은 가산세 부과대상임을 대외적으로 명백히 하고 있으므로 가산세 부과처분 정당하다.

○ ‘쟁점2’ 관련 감가상각대상 자산의 감가상각 개시시점은 “사업에 사용한 날”이며, 사업에 사용한 날의 기준은 “정상제품의 생산을 위한 실제가동일”(예규 법인46012-3863, 1998. 12.10. 법인 46012-2054, 1998. 7.23.)이므로 청구법인이 신제품개발에 성공하여 한전의 승인을 받은 2001. 4. 이전까지는 정상제품의 생산을 위한 실제가동으로 볼 수 없어 청구법인이 계상한 감가상각비를 손금불산입하여 부과처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 청구법인이 신고한 주식등변동상황명세서상 자기주식의 취득 거래를 표시하지 아니한 것이 법소정의 주식등변동상황명세서 제출불성실가산세 부과사유에 해당하는지? (이 건에서 ‘쟁점1’이라 함)

(2) 신규취득자산의 감가상각 개시일(사업에 사용한 날)을 신제품개발에 사용하기 시작한 날로 볼 것인지 아니면 신제품개발을 완료하여 정상제품을 생산하기 시작한 날로 볼 것인지? (이 건에서 ‘쟁점2’라 함)

• 나. 관련법령

(1) ‘쟁점1’ 관련

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조 규정에 의하여 주식등변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출·누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.

○ 법인세법 제119조 【주식등변동상황명세서의 제출】

① 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식 등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

○ 법인세법시행령 제120조 【가산세의 적용】

⑤ 법 76조 제6항에서 “대통령령이 정하는 불분명한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사하와 다르게 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우

○ 법인세법시행령 제161조 【주식등변동상황명세서의 제출】

② 법 제119조 제1항에서 “대통령령이 정하는 주식 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다.

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 “소액주주”라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 주식을 말하며, 이하 생략

④ 법 제119조의 규정에 의한 소액주주 또는 소액출자자와 액면금액·시가 또는 출자총액은 당해 법인의 사업연도개시일과 사업연도종료일 현재의 현황에 의한다. 이 경우 어느 한 날이라고 소액주주 또는 소액출자자에 해당하지 아니하는 경우에는 제3항의 규정에 의한 소액주주 또는 소액출자자로 보지 아니한다.

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호, 사업자등록번호 또는 고유번호

3. 사업연도중의 주식 등의 변동상황

4. 소득세법시행령 제165조 제1항 제2호 및 제3호 가목의 규정에 의한 기준시가

⑥ 제5항 3호에서 주식 등의 변동은 매매·증자·감자·상속·증여 및 출자 등에 의하여 주주등 지분비율·보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다.

(2) ‘쟁점2’ 관련

○ 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.

○ 법인세법시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

② 감가상각자산을 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)

3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소하지 아니하는 것

○ 법인세법시행령 제26조 【감가상각범위액의 계산】

⑨ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 취득하여 사업에 사용한 감가상각자산에 대한 상각범위액은 사업에 사용한 날부터 당해 사업연도종료일까지의 월수에 따라 계산하되, 그 월수가 6월 이하인 경우에는 6월로 보아 상각범위액의 2분의1로, 6월을 초과하는 경우에는 1년으로 보아 상각범위액 전액으로 계산한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 (가) ‘쟁점1’ 관련 변동사항 주주명 기초주식수 주식변동상황 기말주식수 증가주식수 감소 주식수 양수 기타 양도 합 계 22,711,154 1,249,787 2,006,042 1,249,787 24,717,196 소액주주 7,286,730 790,842 6,495,888 허 ○○ 1,359,095 484,887 1,406,018 3,250,000 김 ○○ 458,945 458,945

○○다이아몬드(주) 6,360,500 764,900 7,125,400 (주)○○ 224,964 224,964

○○ 375,060 375,060 기타주주※ 7,245,884 7,245,884 청구법인이 처분청에 신고한 2000사업연도의 주식등변동상황명세서의(갑)〔을〕표는 제출하지 아니함)〕의 기재내용을 요약하면 다음의 표와 같다. ※기타주주는 명세서에 기재된 주주 중 주식의 변동이 없는 주주를 일괄 표시한 것임. 그 기재내용에 의하면 2000사업연도 중 소액주주 양도분 790,842주와 김○○의 양도분 458,945주 합계 1,249,787주를 청구법인의 대주주인 허○○(취득 직전 지분율 5.98%)가 484,887주, 계열사인 ○○다이아몬드(주)가 764,900주를 매수한 사실과 기타의 사유로 대주주 허○○가 1,406,018주, (주)○○이 224,964주, ○○(International Finance Corporation ; 국제금융공사)가 375,060주 합계 2,006,042주의 주식이 증가한 것으로 기재되어 있고, 그 외에 청구법인이 2000사업연도 중 취득하였다는 자기주식 거래의 변동상황이 표기되어 있지 아니하여 당해 주식등변동상황명세서의 기재내용만으로는 청구법인이 자기주식을 취득한 사실이나 자기주식을 소액주주거래분에 포함하여 신고하였는지 여부를 확인할 수 없다. (나) ‘쟁점2’ 관련 쟁점과 관련된 청구법인이 취득한 감가상각자산은 1998.12.31.~2000. 1.24. 간에 취득한 기계장치(취득가액 1,347,179,030원)와 2000. 5.31. 준공 취득한 공장건물(초고압동; 취득가액 3,147,927,400)로서 이에 대한 감가상각비로 청구법인은 199 9사업연도에 기계장치 상각분 350,107,955원, 2000사업연도에 기계장치 상각분 190,681,534원과 건물상각분 78,698,185원을 각각 감가상각비로 계상한 사실이 청구법인이 제시한 명세와 처분청의 조사자료에 의하여 확인되며, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과 아직 정상제품을 생산하기 전이므로 당해 자산들의 감가상각 개시일이 도래하지 아니하였다 하여 청구법인이 계상한 감가상각비를 전액 부인하여 손금불산입 하였다. 한편, 위와 같이 청구법인이 계상한 감가상각비를 처분청이 전액 부인한 것 외에 청구법인의 감가상각비 계상액의 계정대체 등의 회계처리 내용에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다.

○ 판단 (가) ‘쟁점1’ 에 대하여 청구법인과 처분청은 청구법인이 2000사업연도에 취득한 자기주식을 소액주주분에 포함하여 신고하였다고는 하나 위 사실관계와 같이 청구법인이 처분청에 신고한 주식등변동상황명세서의 소액주주 거래분은 당해 사업연도 중 감소한 주식 790, 842주를 대주주인 허○○와 ○○다이아몬드(주)가 매수한 사실 외에 자기주식의 취득에 대한 변동상황을 확인할 수 없다. 관련규정에 의하면 주식 등의 변동은 매매·증자·감자·상속·증여 및 출자 등에 의하여 주주 등·지분비율·보유주식 액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말하며, 상장법인의 경우 소액주주 외의 주주들의 주식 등의 변동상황을 주식등변동상황명세서에 기재하여 납세지 관할세무서장에게 신고하도록 규정되어 있고, 동 명세서에는 일정한 기재사항을 기재하도록 규정하면서 그 필요적 기재사항으로 ①주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호, 사업자등록번호 또는 고유번호 ② 주주 등별 주식 등의 보유현황 ③ 사업연도 중의 주식 등의 변동상황을 규정하면서 이의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우에는 가산세를 적용하며, 일부가 착오로 사실과 다르게 기재되었으나 그 밖의 기재사항으로 변동상황을 확인할 수 있는 경우는 예외적으로 가산세 적용에서 제외하도록 규정하고 있다. 그런데, 청구법인이 신고한 주식등변동상황명세서에는 아예 자기주식의 취득사실이 기재되어 있지 않아 처분청으로서는 누구로부터 언제 당해주식을 취득하였는지 알 수 없고, 그 밖의 기재사항으로도 당해 자기주식이 어떻게 거래되었는지 전혀 알 수 없다고 할 것이다. 또한 이 경우의 “그 밖의 기재사항”이란 당해 변동상황명세서에 기재된 사항 중 필요적 기재사항외의 기재사항을 의미하는 것이지 청구법인의 주장과 같이 대차대조표나 감사보고서에 기재된 사항을 의미하는 것이 아니라고 할 것이다. 따라서 청구법인이 처분청에 신고한 주식등변동상황명세서는 가산세 적용요건 즉, 제출된 변동상황명세서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인 할 수 없는 경우에 해당한다고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 부과한 주식등변동상황명세서 제출불성실가산세는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) ‘쟁점2’에 대하여 관련 규정을 보면 신규 취득자산의 경우 “사업에 사용한 날”부터 감가상각을 할 수 있다고 규정하고 있다. 청구법인의 주장과 처분청의 의견을 종합하여 보면 청구법인은 쟁점 기계장치와 건물의 취득완료 후에 신제품개발에 계속 사용해 온 것을 알 수 있다. 그렇다면, 청구법인의 신제품 개발활동도 사업활동의 일부라 할 것이고 “사업에 사용한 날”을 반드시 매출수익을 발생시키는 정상제품의 생산 활동만을 위해 사용하기 시작한 날 로 국한하여 해석할 수는 없다고 할 것이다. 처분청이 “사업에 사용한 날”은 “정상제품의 생산을 위한 실제가동일”이라고 주장하며 제시한 예규 법인 46012-3863(1998.12.10.), 법인 46012-2054(1998. 7.23.)는 생산설비의 취득활동이 아직 완료되지 않은 경우에 적용되는 예규로서 청구법인의 경우와 같이 자산의 취득이 완료되어 사업에 사용 중인 자산의 경우에까지 적용될 수 없는 것이라고 할 것이다. 따라서 쟁점의 감가상각비 계상 이후의 회계처리 문제나 세무조정 문제는 당사자 간에 다툼이 없으므로 별론으로 하고, 처분청의 부과처분 중 청구법인의 감가상각비 계상액을 손금불산입한 부분은 위법하다고 판단된다.

• 라. 결론 따라서 이 건 이의신청은 심의결과 청구인 주장이 일부는 이유 있고 일부는 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제4항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.