사업부문 분할시 선급금을 부가가치세 과세대상인 연구개발비로 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 2001. 6.15. 청구법인에게 결정고지한 2000년 제1기분 부가가치세 305,229,200원은 이를 취소합니다.

처분청은 청구법인이 청구 외 (주)○○에게서 교부받은 세금계산서 상 공급가액 8,274,487,305원에 대한 부가가치세 827,448,730원을 2000년 1기 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 공제 받았는 바 그 중 선급금으로 되어 있는 공급가액 2,3 47,860,000원을 매입세액 불공제하고 2001.6월15일 가산세 70,435,000원을 포함한 총 305,221,800원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001. 9. 8. 이 건 이의신청을 제기하였다.

청구법인이 청구 외 (주)○○으로부터 핵자기공명 진단기기 등의 개발관련 사업부 양수는 연구 중인 신기술개발 용역에 관한 권리의 양도 및 신기술개발의 연구결과의 양도에 해당되며, 이는 부가가치세가 과세되는 재화로서, 청구법인이 사업양도양수시 자산ㆍ부채 명세에 선급금으로 계상된 것은 연구개발비로 계정과목을 기재하여야 하나 직원의 업무착오로 인한 회계처리 오류이므로 실질내용에 따라 연구개발비로 간주하여 부가가치세 매입세액을 공제함이 타당한 것으로서 이 건 부과처분의 취소를 구한다.

청구법인이 청구 외 (주)○○으로부터 사업양도양수시 인수한 선급금은 부가가치세법상 재산적 가치가 있는 유체물 또는 무체물로 볼 수 없으므로 과세대상이 되는 재화로 볼 수 없으며, 청구 외 (주)○○은 정부기관으로부터 받은 출연금이 미래의 특정사건의 발생을 조건으로 하는 조건부 융자에 해당되는 것으로서 이와 관련한 선급금이 연구개발비가 아닌 단순한 채권의 인계에 해당하는 것으로 파악하고 있었음에도 이를 뒤집어 선급금을 연구개발비라고 주장하는 것은 청구외법인의 회계처리 및 계약서의 내용을 부인하는 모순을 가져오는 것이다. 또한 계약서상 청구 외 (주)○○의 연구개발비에 대한 대가가 영업권 형태로 2,022백만원 이미 지출되었으므로 선급금에 대한 매입세액 불공제는 적법한 것이다.

• 가. 쟁점 청구법인과 청구 외 (주)○○이 사업부분 분할과정에서 작성된 사업양수도계약서상 “선급금 2,347,860,000원”을 부가가치세 과세대상인 연구개발비로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “매출세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하“환급세액” 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

○ 동법시행령 제1조 【재화의 범위】

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력ㆍ열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) ○○지방국세청 ○○세무서 조사반의 조사내용과 처분청의 처분내용 및 청구법인의 주장내용에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

• 청구법인은 2000. 4. 청구 외 (주)○○의 사업부를 인수하여 설립된 법인으로 의료기기를 제조하는 업체이다.

• 이 건과 관련된 연구개발 경위를 보면 연구과제명은 수출형고자장(1.0t)핵자기 공명진단기기의 완성과 초고속 핵자기공명진단기기 개발(3.0t)로서 청구 외 (주)○○은 산업자원부와 보건복지부로부터 정보부담 50% 조건으로 하는 핵자기공명진단기기관련 연구의 주관기관이 되었다.

• 청구 외 (주)○○은 ○○대학교의과대학 등 13개 연구기관에 연구용역을 의뢰하고 위탁기술개발비 등 명목으로 연구개발비 2,347,860,000원을 지급하고 청구법인의 대차대조표상 선급금으로 기재한 사실이 확인된다.

• 나) 이 건 쟁점사업부 양도ㆍ양수 내용을 보면 계약내용은 청구 외 (주)○○은 청구법인에게 위 핵자기공명진단기기 개발에 대한 연구, 생산, 영업, 관리 등의 사업일체를 양도하는 내용의 계약을 체결함에 따라 청구법인이 연구주관기관이 되었음을 알 수 있고, 국고보조금 총 4,500,148,000원 중 위탁연구기관에 지급된 금액은 선급금 계정으로 계상하고 미지급된 금액은 영업권으로 계상하였음을 알 수 있다. ※ 사업양수도계약서상 자산내역 고정자산 349,606,256원 재고자산 3,554,733,049원 영업권 2,022,288,000원 선급금 2,347,860,000원 합계 8,274,487,305원 부가세대급금 827,448,730원 양도자산금액(A) 9,101,936,035원 ※세금계산서교부내용 (단위: 원) 공급자 공급받는자 작성일자 품목 공급가액 비고 (주)○○ (주)

○○ 2000.4.10 원재료외 3,554,733,049 2000.4.26 고정자산 343,955,442 2000.4.26 차량운반구 5,650,814 불공제 2000.5..3 선급금이관 2,347,860,000 불복부분 2000.5..3 기타매출 2,022,288,000 영업권 계 8,274,487,305

○ 판단

• 위 사실관계에 의하면 청구 외 (주)○○은 사업양수도시 선급금 2,347,860,000원을 포함한 자산의 양도금액에 대하여 매출세금계산서(8,274,487,305원)을 발행 하였으며 2000년 1기 부가가치세 확정신고시 양도금액을 과세표준에 산입하여 신고 납부하였고, 청구법인은 동 공급가액에 대한 매입세액을 2000년1기 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 공제받았음이 확인된다. 이에 처분청에서는 2000. 4.20. 청구 외 (주)○○이 법인의 사업부분을 분할하는 과정에서 양도자산 중 선급금에 대하여도 세금계산서를 교부하였고 청구법인은 이를 매입세액으로 공제받았다는 바, 동 선급금을 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과 처분하였다. 이 건과 관련하여 부가가치세 과세사업자가 부가가치세가 과세되는 신제품개발을 위하여 연구 중인 신기술 개발에 관한 권리를 양도하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세된다는 취지의 예규(부가22601-1876, 1985. 9.23.) 등이 있다.

• 상기 사실내용 및 관련규정 등을 종합하여 보면, 청구법인과 청구 외 (주)○○과의 사업양도양수행위는 부가가치세 과세사업자가 부가가치세가 과세되는 신제품 개발을 위하여 연구 중인 신기술개발에 관한 권리를 양도하고 그 대가를 받는 경우에 해당한다 할 것이고 청구법인이 (주)○○과 권리의 범위에 포함하여 거래한 선급금상당액은 연구기관에 의뢰한 연구개발용역에 대한 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 것으로서 장차 독점적ㆍ배타적 권리가 될 것임이 명백하고 당사자 간에 이를 권리로 보아 거래한 이상 완성된 권리의 양도와 달리 볼 수 있는 성질의 것이 아니라고 판단된다.

따라서 이 건 이의신청은 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제4항 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.