실질과세원칙에 입각하여 원가를 인정하고 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

이 건 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 1997. 4. 1. 설립된 법인으로 일반구역 운송화물업을 영위하면서 1997 ~2000년 기간 동안 부가가치세 및 법인세 신고에 있어 운송용역 매출누락 및 가공매입자료 수취로 부가가치세 탈루 및 가공원가 계상으로 인한 법인제세 탈루혐의로 처분청으로부터 2000.11.13.~2000.11.25. 기간 동안 특별세무조사를 받았다. 그 결과 97년~2000년 귀속분 운송용역 수입금액누락 221,212천원(지점포함)과 (주)○○(000-00-00000) 외 11개 업체로부터 가공매입자료 수취분 3,183,026천원(지점포함)에 대하여 처분청은 2001. 3. 3.자로 법인세 1998사업연도 56,351,960원, 1999사업연도 701,917,570원 및 부가가치세 1997년 2기 33,833,820원, 1998년 1기 5,6,16,650원, 1998년 2기 19,813,690원, 1999년 1기 61,232,446원, 1999년 2기 39,820,053원, 2000년 1기 45,088,743원 2000년 2기 46,350,630원 등 합계 1,010,025,562원의 부과처분을 하였다. 이에 청구인은 2001. 5. 9. 이 건 이의신청을 하였다.

• 가. 청구취지 위 각 부과처분을 취소한다.
• 나. 청구이유 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 운수업을 경영하는 법인으로서 여러 주유소로부터 정유를 매입하였으나 운수업의 특성상 주유소에서 소액 거래분은 세금계산서를 발행해 주지 않으므로 할 수 없이 그에 상당한 금액만큼 타 주유소에서 대체할 수밖에 없는 실정인 바, 매입대금에 대한 증빙(통장사본, 무통장입금증, 어음사본 등)이 부족하여 처분청이 이 사건 부과처분을 하였으나 처분청이 무조건 가공매입자료 전액을 원가 부인하는 것은 부당하고 실질과세원칙에 따라 어느 정도 원가를 인정해 주어야 한다.

당초 처분 시 가공매입으로 부가가치세 및 법인제세 경정한 자료는 매출거래처가 전부 자료상 사업자로 확정되어 검찰에 기 고발된 사업자이며, 청구내용에서 실제 주유소 소액 세금계산서를 발행받지 못하였다고 주장하고 있으나, 청구법인은 유류매입에 대한 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있으므로 가공매입으로 관련원가 부인 및 매입세액 불공제한 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점 실질과세원칙에 입각하여 원가 인정하고 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득.수익.재산.행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득.수익.재산.행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 판단

(1) 청구법인의 대표이사 신○○의 확인서 및 문답서에 의하면 적출된 내용은 아래와 같고 이러한 사실에 대하여는 청구법인도 다툼이 없다.

• 가공매입세금계산서 등 수취 1997/2기 259,995,000원 1998/1기 38,942,000원 (○○타이어) 1998/2기 1,452,200원 1999/1기 418,619,000원 (○○에너지 등 3개) 1999/2기 264,827,000원 ((주)○○ 외 2) 2000/1기 321,515,000원 (○○주유소 외 1)

• 매출 누락 적출 1998/1기 4,263,000원 1998/2기 150,961,000원 1999/1기 20,166,000원

(2) 위 적출내용에 대하여 청구법인은 부당한 처분이라고 주장하는 구체적인 금액, 이유 등을 직시하지 않고, 운수업체의 특성상 세금계산서를 발급받을 수 없는 사정을 고려하여 가공매입자료 중 어느 정도의 원가를 인정해 달라고 막연히 주장만 하고 이에 대한 증빙의 제시는 전무하다.

(3) 이 사건 부과처분관련 가공매입자료의 매출거래처가 전부 자료상 사업자로 확정되어 검찰에 고발된 사업자이며, 청구법인은 전국에 산재해 있는 여러 주유소로부터 경유를 매입하고 그때마다 소액이기 때문에 세금계산서를 발행받지 못하였다고 주장하고 있으나 유류 매입에 대한 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있다. 또한, 2000. 2기분 부가가치세 46,350,630원은 청구법인의 무납부로 인하여 당연 경정한 것인 바 이유 없다.

• 라. 결론 이 건 이의신청 심의결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제4항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.