조세심판원 심판청구

쟁점토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2026지0063 선고일 2026-04-14 조세심판원

[요지] 쟁점토지를 취득한 후 (코로나19 유행 등으로) 1년이 경과하여 제조업에 필요한 기계설비 구입을 시작했고, 인근 사업체에서 청구법인에게 기초공사 변경요구를 한 것은 청구법인의 내부적 사정에 불과하며, 청구법인이 제출한 자료를 볼 때 유예기간 내에 직접 사용하기 위해 정상적이거나 진지한 노력을 다한 것으로 보기 어려움

[참조결정] 조심2020지3428 / 조심2025지1834

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2021.10.7. 경기도 화성시 OOO 외 2필지 토지(공장용지, 9,770.7㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(분양)하고, 같은 날 지방세특례제한법(2021.6.8., 법률 제18209호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 제2호 가목 및 경기도 도세 감면 조례(2021.3.16., 조례 제6942호로 개정된 것, 이하 같다) 제6조 제1호 규정에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 취득세의 100분의 75를 감면을 받았다.
  • 나. 이후, 처분청은 쟁점토지에 현지출장(2024.10.22.) 결과, 쟁점토지에서 산업용 건축물을 신축공사가 진행 중인 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점토지 취득일(2021.10.7.)부터 정당한 사유 없이 3년이 경과 할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아, 2025.9.4. 청구법인에게 기 경감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함) 부과·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 지방세특례제한법에서 산업단지 내 입주기업에 대한 감면을 지원하는 취지는 공장운영 등 산업활동을 장려하기 위한 것이고, 감면된 취득세를 추징하는 것은 부동산의 시세차익을 노리는 행위나 세제상의 혜택만을 노리고는 산업활동에 사용하지 않는 행위를 방지하기 위한 점을 감안하면, 비록 청구법인이 토지를 취득한 날로부터 기산하여 유예기간인 3년 이내에 공장의 신축을 완료하지 못한 사실이 있으나 청구법인의 꾸준한 노력에도 불구하고 생각지 못한 상황들이 계속 발생하였으며, 그럼에도 불구하고 청구법인은 공장의 완공을 위한 진지한 노력을 다하였고, 2025.3.4. 공장의 신축을 완료하여 직접 사용을 개시하였으므로 이에 대한 정당한 사유가 인정되어야 합니다.

(1) 청구법인은 아래와 같이 정상적인 노력을 하였다. (가) 청구법인은 OOO에 본점을 두고, 경기도 화성시에 소재하는 OOO에 5천평 규모의 공장(AAA공장)에서 가구용 그라비아 인쇄제조업을 영위하고 있었다. 이에 추가하여 청구법인은 2021.10.7. 카렌더 첨단설비투자(BBB공장)를 위하여 AAA공장 옆에 있는 3천평 규모의 쟁점토지를 취득하였다 카렌더 장비는 단순한 기계장치의 조합이 아니라, 총 9개의 세부 공정(원료 배합실, 1차 겔링, 2차 겔링, 스트레나, 카렌다 본체, 합지 및 엠보싱, 쿨링, 표면 처리, 권치)이 하나의 생산 라인으로 구성되어야만 하는 고도화된 설비다. 이러한 장비는 사용 목적과 제품 사양에 따라 맞춤형으로 설계·제작되어야 하며, 그 구성 요소는 서로의 기능에 정밀하게 연동되어야 하는 특성을 가진다. (나) 청구법인은 현재 두 개의 라인을 구성 중이며, 각각의 메인 본체는 국내 CCC 및 DDD에서 중고 설비로 확보한 것이다. 이 중 1호기인 ‘OOO’는 직경 28인치, 폭 79인치로 경질 및 두꺼운 필름 생산에 적합하여 가구 도어용으로 사용되는 친환경 필름 제조에 매우 적합하다고 판단되어 도입한 것이다. 특히, 이 장비는 청구법인의 기존 특수 패터닝 코팅공정과 결합하여 시너지를 창출할 수 있다는 점에서 전략적인 선택이었다. (다) 반면, 2호기는 직경 22인치, 폭 72인치의 스펙을 가지며, 얇고 부드러운 필름 생산에 유리한 특성을 가지고 있어 청구법인이 현재 OOO 수출용 LVT 바닥재에 사용되는 데코필름(연간 약 180만m 생산 납품 중) 사업에 핵심적인 역할을 할 것으로 기대된다. 두 라인의 차별화된 특성과 목적에 따라, 장비의 선택은 매우 신중하게 이뤄졌으며, 이는 단순 생산 확대가 아닌 제품 다각화와 고부가가치 창출을 위한 전략적 투자다. (라) 장비 조합 및 발주는 해외 2개 업체와 국내 9개 업체에 걸쳐 이루어졌으며, 전체 공정이 하나의 연속된 라인으로 작동해야 하기 때문에 각 설비의 사양, 구조, 그리고 설치 레이아웃에 대한 긴밀한 조율이 필요했다. 특히 장비 간의 연계가 필수적인 구조이기 때문에 발주 전 사양 협의 및 설계 조정, 가격 협상 등에만 최소 6개월 이상이 소요되었으며, 실제 설치 가능성 및 유지보수 조건까지 고려해야 했다. 이처럼 장비 구성이 단일 업체에 의한 것이 아닌 복합 발주 구조였기에 그 조율 난이도는 일반적인 설비 구축보다 훨씬 높은 수준이었다. (마) 이러한 특수성과 복합성에도 불구하고 청구법인은 2022년 10월부터 2024년 9월까지 외화 OOO달러를 지불하여 해외 설비를 도입하고, 2023년 10월부터 2024년 10월까지 총 OOO원의 국내 설비를 순차적으로 취득하였다. 일부 장비는 2024년 3월, 공장 준공 이전에 미리 가설창고를 설치하여 쟁점토지 내에 반입·보관하며 차질 없이 설치를 준비하였다. 건축물을 공장으로 사용하기 위해서는 기계장비 등의 설치가 선행되어야 하는바, 그 준비기간 등도 정당한 사유에 해당된다(조심 2020지3428, 2020.12.23., 참조). 이렇듯 기계장비의 물색과 구입하는 데에만 2년이 넘는 시간이 소요되었고 기계장비의 취득에 OOO원에 가까운 금액을 투자한 것은 청구법인이 쟁점토지 구입 당시부터 임대나 매각으로 시세차익을 얻기 위한 목적이 아닌 직접 사용하겠다는 지속적이고 진정성 있는 의지와 노력을 보여주는 것이다.

(2) 외부의 장애요건으로 인해 청구법인은 쟁점토지를 취득 후 3년 이내에 사용하지 못하였다. (가) 청구법인은 2년 정도의 시간을 들여 기계장비를 취득하는 동시에 공장 신축을 위하여 2022년 12월에 설계를 의뢰하고 계약금을 지급하였다. 청구법인의 공장 신축 계획 상 건축설계는 2023년 12월 말까지 완료하고 건축공사는 2023년 12월부터 2024년 7월까지 완료하려는 계획이었다. 공장에 설치 할 카렌더설비 본체는 각각 약 80톤에 달하며, 기계 기초 공정은 설비의 정상 작동과 안전성 확보를 위해 필수적인 요소다. 특히 1호기(OOO)는 현재 존재하지 않는 OOO 업체에서 제작된 것이고, 2호기는 사업 철수한 IHI 제품으로서, 두 장비의 기초 설계 방식이 상이하여 기초 설계 단계부터 매우 정밀한 검토가 필요했다. 기계 기초는 대체로 ① 기초 바닥 매트, ② 고정 볼트 삽입, ③장비 하중 분산 설계의 세 단계로 나누어지며, 건축업체와 기계 설비업체가 밀접하게 협업해야 하므로 설계 오차가 발생하면 장비 설치와 가동에 심각한 차질을 초래할 수 있는 매우 민감한 공정이다. 따라서 쟁점토지 지상에 건축하는 BBB공장의 기초 공사는 장비의 중량과 특수성으로 인해 매우 정밀하고 안정적인 공법이 요구되었다. 당초에는 강관말뚝을 타격 방식으로 지반에 박는 ‘파일 직항타 공법’을 채택하여 기초 파일 시공을 계획하였다. 그러나 해당 부지는 인접 대지와의 이격이 좁고, 주변에 이미 조업 중인 공장이 다수 존재하는 관계로, 향타시 발생하는소음, 진동, 분진문제에 대해 2023년 7월경 인근 사업체인 ㈜EEE로부터 민원이 제기되었다. (나) 특히 인접한 공장에서 생산공정 중 정밀한 인쇄 및 라미네이팅 설비를 제작하고 있어, 진동으로 인한 생산 공정 오류 및 장비 손상 우려를 강하게 주장하였고, 이에 따라 파일직항타공법을 유지하는 것이 인근 사업장과의 분쟁을 유발할 뿐 아니라 지역사회 갈등을 악화시킬 수 있다는 현실적인 판단 아래, 청구법인은파일 직항타 공법을 중단하고 소음 및 진동 발생이 적은 ‘DRA공법’으로 전면 변경하기로 결정하였다. 이러한 변경은 단순한 시공 방식의 선택이 아니라,설계 전반의 구조 검토 및 하중 계산을 재수행해야 하는 중대한 변경이었다. 특히, 기존 향타 공법은 타격에 의한 지지력이 확보되나, DRA공법은 스크류로 지반을 굴착하면서 파일 주변에 케이싱을 설치한 후 파일을 관입하는 공법으로써 항타가 일절 없는 공법이기 때문에 소음, 진동 등에 의한 민원의 발생을 최소화할 수 있는 공법으로 기술검토 되었다. 이에 따라 BBB공장은 기존에 설계되었던 파일의 직경, 간격, 심도 등기초 설계 요소를 전면 재검토하고, 구조기술사 및 건축사와의 협의를 통해 변경도면을 작성해야 했다. 이 과정에서 건축 설계사, 구조 엔지니어, 시공사 간의 협업이 불가피했고, 이에 따른설계 지연은 최소 3개월 이상소요되었다. 이로 인해 예정보다 늦은 2024년 6월에나 착공이 되고 2025년 3월에 공장에 대한 일부 사용승인이 되었다. 만약 옆공장에서의 민원이 발생하지 않고 처음 계획한 건축공법으로 공사를 수행하였다면 유예기간 만료일(2024.10.3.)이전인 2024년 7월에는 공사를 마무리할 수 있었을 것이다. (다) 건축물의 바닥을 파내어 설치작업을 하는 카렌더 제조설비가 있었던 만큼 제조설비의 설치를 고려하지 아니하고 건축설계와 건축공정을 일방적으로 진행하기는 어려운 상황에서 건축공사 착공지연이 청구법인의 귀책사유가 아닌 민원 발생으로 늦어진 것은 취득한 토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다. 한편, BBB공장은 2025년 1월경 공사가 완료되었으나 3공장 증축을 추가하는 것으로 변경함에 따라 전체 시설규모가 장애인시설에 해당되어 BBB공장의 장애인시설 설치 여부를 판단하기 위해서 장애인단체등과의 협의가 2개월가량 소요되어 최종적으로 2025년 3월에 부분 사용승인을 얻게 된 것이다.

(3) 청구법인은 취득한 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하고 있다. (가) 청구법인은 옆 공장과의 민원 해결과 기계장비구입 등이 완료된 후 2024년 6월 건축허가를 신청하여 허가 받은 후 지체 없이 바로 착공을 하였으며 이 후 정상적인 공사 진행을 통해 2025.3.4. 부분사용승인을 받았으며 BBB공장 운영을 위한 신규인원을 채용하고 현재까지 공장을 가동하고 있다. 2024년 6월 공장 건축을 위한 착공 이후 공사기간(9개월)은 특별한 중단 없이 계속되었으며 이러한 공사기간은 토지를 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 기간에 해당한다(조심 2020지3428, 참조) (나) 또한, 2024년 6월 착공하여 2025년 3월에 부분 사용승인 후 신규 직원을 채용하여 공장으로 사용하고 있는 사실은 청구법인이 쟁점토지 구입 당시부터 임대나 매각등의 목적이 아닌 직접 사용하겠다는 의지와 노력을 보여주는 것이다. 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2년 여에 걸쳐 기계장비를 구입하는 등 정상적으로 업무에 사용하려고 노력하였으며, 민원이 발생하지 않았다면 유예기간 이내에는 공장으로 직접 사용할 수 있었다. 다만 유예기간은 지났으나 실제 건축허가 후 즉시 착공하여 정상적으로 공사를 진행하여 현재 공장으로 직접 사용하고 있으므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 기계장치 물색 및 구입기간에 2년 여에 걸쳐 기계장비를 구입하는 등 정상적으로 업무에 사용하려 노력하였으며, 인접 사업체로부터의 민원제기에 따른 시공방식 변경에 따라 쟁점토지를 취득일로부터 3년 이내 해당 목적으로 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다 주장한다. 대법원에서는지방세특례제한법제78조 제5항 제1호의 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 뜻하는 것(대법원 2020.4.29. 선고 2020두31750 판결)이라 판시한바, 청구법인이 제출한 설비계약서상 계약체결 개시일은 2022.9.26.로 확인되는데 이는 계약 체결 시점으로부터 감면 유예 종료일까지 2년 이상의 기간의 남아 있었음을 의미한다. 따라서 청구법인이 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없다고 인정할 직접적인 내부 사정이 되었다고 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 2년 6개월이 지난 2024.4.17. 건축신고서를 제출하고 2024.7.5. 착공 신고 수리를 진행하였는데 건축신고가 지연된 사유로 2023년 7년 경 건축 설계 진행 도중 인접 회사로부터 민원이 제기되었고 이는 설계 방식 전반의 검토 및 하중 계산을 재 수행해야 하는 중대한 변경이었기에 착공 및 임시사용승인이 당초 예정보다 지연되었다 주장한다. 그러나 위와 같은 사실은 쟁점토지 매매계약서 특약에 명시되어 있듯이 입주 전 현장 상황에 대해 충분한 조사가 선행되어야 하기에 위와 같은 주장은 자체 내부 사정에 의한 경영 판단에 불가하며, 설령 그 사실을 몰랐다 하더라도 건축허가 신고수리부터 임시 시용승인까지 9개월기간이 소요된 점을 감안시 취득 이후 쟁점토지를 해당 용도로 사용하려는 적극적인 노력을 하였더라면 감면 유예기간(3년) 안에 건축물 준공이 가능했을 거라 예상되기에 쟁점토지를 직접 사용 하지 못한 정당한 사유로 보기 어렵다.

(3) 청구법인은 또한 2025년 1월 BBB공장의 공사가 완공되었으나 장애인 시설 설치 여부를 판단하기 위해 장애인 단체 등과 2개월 가량 협의기간이 추가로 소요되어 2025.3.31. 임시사용승인 받았다고 주장하나, BBB공장의 임시사용승인 시점은 쟁점토지를 취득한 후 3년이 지난 시점이기에 이를 직접 사용하는 데에 행정관청의 사용금지 등의 외부적인 사유로 판단할 수 없고 이 외에 법령상·사실상의 명확한 장애 사유는 달리 없었던 것으로 보이는데도, 약 2년 6개월이 경과한 시점에서야 건축허가를 받고 착공한 사실에 비추어 보면 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵다 할 것이다.

(4) 추가적으로 청구법인은 민원 해결 및 기계장비 구입 후 공사를 진행해 2025.3.31. 임시사용승인을 받아 쟁점토지를 직접 사용하고 있다 주장하나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27. 선고, 97누20090 판결 참조) 할 것이다. 지방세특례제한법 제123조에서 직접 사용의 범위는 재산세에 한정하여 건축 중인 경우를 포함한다고 명확하게 규정함과 더불어, 대법원에서는 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하며 건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하다 판시하였다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319판결 참조) 더 나아가 당해 업종의 용도에 직접 사용 한다는 것은 토지에 건물을 건축하였다는 것만으로 부족하고, 토지와 건물에서 당해 업종의 영업을 개시하는 것이라고 봄이 타당하고(대법원 2025.4.24. 선고 2025두30974, 대법원 2013.3.14. 선고 2012두25200 판결) 취득일로부터 2년 9개월 경에 착공 신고 수리를 득하고 3년 5개월 경인 2025년 3월 임시사용승인을 받은 청구법인은 감면 유예기간 내에 해당용도 직접 사용하지 못한 것으로 보아야 한다. 따라서, 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려워, 처분청이 청구법인에 대해 기 감면된 취득세를 부과·고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 쟁점토지를 유예기한 내(3년) 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법률: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점토지에 대한 매매계약서에 따르면, 별첨 2에서 계약시 유의 사항에 대하여 다음과 같은 사항이 기재되어 있다. <쟁점토지에 대한 매매계약서 별첨 2 일부내용> ◯◯◯ (나) 쟁점토지의 인·허가 내역 등은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점토지의 인·허가 내역 등 ◯◯◯ (다) 처분청의 2024.10.24. 출장결과보고서에 따르면, 출장일 현재 쟁점토지 지상에 건물이 건축 중인 것으로 나타난다. (라) 처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 연도별 항공사진은 다음과 같다. ◯◯◯ (라) 청구법인은 정당한 사유가 있다는 증빙으로 아래 자료를 제출하였다.

1. 2022.9.26. 작성된 자동차원단 1호 CAL 등(원료시스템, 헨셀믹서, 믹싱롤, 스트레나, 카렌다롤, 전기집진기 본체 등) 매각계약서를 제출한바, 계약금액은 $ OOO(원화 약 OOO원)으로 나타난다

2. ㈜FFF종합건축사사무소와 2022.12.31. 작성한 건축물의 설계 표준계약서의 일부 내용은 아래와 같다. ◯◯◯

3. 2023.2.22. ㈜ GGG와 작성한 가설 건축물 신설 도급계약서 일부 내용은 아래와 같다. ◯◯◯

4. 2023.7.18. 주식회사 EEE는 청구법인에게 공문서를 발송한바, 그 일부 내용은 아래와 같다. ◯◯◯

5. 2023.8.21. ㈜FFF종합건축사사무소가 작성한 기술검토의견은 아래와 같다. ◯◯◯

6. ㈜HHH와 2023.10.30. 카렌다수정수리, 쿨링수정수리 및 설치공사를 하는 공급계약을 체결한바, 그 일부 내용은 아래와 같다. ◯◯◯

7. 청구법인은 2024.5.8. ㈜DDD와 카렌다 중고기계 매매계약을 체결(계약금액은 OOO원(부가가치세 별도))하였고, 2024.6.17. ㈜ III과 베어링을 납품받는 계약을 체결(납품 예상일: 2024.6.17.〜2024.7.31., 금액 OOO원)하였다.

8. ㈜FFF종합건축사사무소와 2024년 6월에 작성한 쟁점토지 지상에 BBB공장 신축공사에 대한 건축물의 공사감리 표준계약서 일부내용은 아래와 같다. ◯◯◯

9. 청구법인은 ㈜HHH와 2024.7.9. 카렌다 추가제작에 대한 공급계약을 체결한바, 계약금은 OOO원(부가가치세 별도)으로 나타난다.

10. 청구법인은 JJJ 주식회사와 2024.8.20. Pneumatic Conveying 및 Weighing System을 OOO원에 구입하는 계약을 체결하고 2024.8.29. KKK와 LLL 백터 모터(카렌다 모터) 외 물품을 OOO원에 구입하는 계약을 체결하고, 동일 일자에 ㈜KKK테크와 계약 물품(카렌더 전기판넬 및 이설작업, 이설 전기공사, 카메라 모니터 설치 등)을 제작, 설치하는 계약을 OOO원에 체결하였다.

11. 청구법인은 원보일러 시스템과 2024.9.11. 계약물품(열매체보일러, 온도콘트롤유니트, 배관공사, 시운전 등)의 관하여 제작, 설치 계약을 OOO원(부가가치세 별도)에 체결하였다.

12. 청구법인은 ㈜HHH와 2024.9.30. 카렌다 라인공사에 대한 공급계약을 체결한바, 계약금은 OOO원(부가가치세 별도)으로 나타난다.

13. 청구법인은 2024.10.14. MMM와 기계제작에 대한 계약을 체결한바, 계약금액은 OOO원으로 나타난다.

14. 청구법인이 제출한 공사일자별 지연 정리내역은 아래 <표2>와 같다. ◯◯◯

15. 청구법인은 쟁점토지에 공장을 신축한 후 현재까지 공장을 가동중이라며 아래의 사진을 제출하였다. ◯◯◯

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제78조 제4항은 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 대해서는 취득세를 경감하도록 규정하면서, 같은 조 제5항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지․제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)이다. 또한, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세, 등록세의 감면 규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것이다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 참조). (나) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간 내에 산업용 건축물 등을 건축하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 제출한 자료에 따르면 쟁점토지를 취득한 후 1년이 경과하여 기계설비 구입을 시작하였고 이러한 사유에 대하여 우리 원에 출석하여 기계설비를 구입하려면 실사를 하여야 하고 코로나19로 인하여 중국에 있는 기계의 실사가 어려웠다는 취지로 답변한바, 코로나19 유행은 청구법인 뿐만 아니라 당시에 이루어진 다른 건축공사 등에 있어서 일반적인 상황으로, 이를 들어 ‘취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용할 것’을 요건으로 하여 지특법 제78조 제4항에 따른 감면을 받은 청구법인에게 그 감면을 인정할 정도로 정당한 사유가 있었다고 인정하기는 어렵다고 보이는 점(조심 2025지1834, 2026.1.22., 같은 뜻임) 인근 사업체에서 청구법인에게 기초공사 변경요구를 한 사유 등은 청구법인의 내부적 사정에 불과하고, 청구법인은 기계설비 구입을 시작하고도 공장설계 계약을 지체한 것으로 보이며, 2023.10.30. 카렌다 설치 공사 계약을 하였음에도 건축허가를 약 6개월이 경과한 2024.4.17.에 신청하였는데, 이러한 지체에 대한 납득할 만한 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점, 기계장치를 구입하여 수리하면서 다른 업체(HHH)에 보관한 후 가설창고에 보관하였다는 주장을 볼 때 기계장치의 구입과 쟁점토지 지상에 건축하는 공장 설립의 진행이 불가분 관계였다고 보기 어려운 점, 청구법인이 유예기간 내에 공장 설립의 착공신고를 하였으나 이는 직접 사용을 한 준비행위에 불과하고, 청구법인은 유예기간이 경과하여 임시사용승인을 받은 점, 청구법인이 제출한 자료에 따른 일련의 사실관계상 청구법인은 쟁점토지를 취득 후 유예기간 내에 직접 사용하기 위해 정상적이거나 진지한 노력을 다한 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 한 이 건 취득세 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2021.6.8. 법률 제18209호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

  • 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

  • 가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. <신설 2011. 12. 31., 2021. 12. 28.>

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. <신설 2014. 12. 31., 2016. 12. 27.>

(2) 경기도 도세 감면 조례(2021.3.16., 조례 제6942호로 개정된 것) 제6조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25 <개정 2017.5.4.>

원본 출처 (국세법령정보시스템)